Clonagem do cDNA e análise filogenética dos genes do hormônio de crescimento da tainha Mugil platanus (Mugilomorpha, Mugilidae) e do agulha-negra Hemiramphus brasiliensis (Atherinomorpha, Hemiramphidae)

Atherinid and mugilid fishes are currently considered sister groups. However, there are many controversies about this hypothesis. In order to evaluate the phylogenetic relationship between aterinids, mugilids and percomorphs, GH (growth hormone) cDNA sequences of the mullet Mugil platanus (Mugilomorpha) and the halfbeak Hemiramphus brasiliensis (Atherinomorpha) were obtained using the RACE protocol (Rapid Amplification of cDNA Ends). The H. brasiliensis GH cDNA contains an open reading frame of 615 nucleotides encoding a preprotein of 204 amino acid residues, while the partial M. platanus GH cDNA contains an open reading frame of 597 nucleotides encoding a preprotein of 199 amino acid residues. Both hormones exhibit typical GH features when compared to those of mature GHs from other Acanthopterygian fishes. The deduced GH amino acid sequences were used to infer a phylogenetic tree using the maximum parsimony method. The topology found has placed Atherinomorpha and Mugilomorpha within Percomorpha, indicating that mugilids are probably more related to perciforms than atherinids.Os peixes aterinídeos e mugilídeos são normalmente considerados grupos irmãos, porém existem muitas controvérsias sobre esta classificação. Para investigar a relação filogenética entre aterinídeos, mugilídeos e percomorfos, as seqüências de Cdna do hormônio do crescimento da tainha Mugil platanus (Mugilomorpha) e do agulha-negra Hemiramphus brasiliensis (Atherinomorpha) foram obtidas utilizando o protocolo RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends). O cDNA do agulha-negra apresentou uma seqüência de 615 nucleotídeos, codificando um polipeptídeo de 204 aminoácidos, enquanto o cDNA da tainha apresentou 597 nucleotídeos, codificando um polipeptídeo de 199 aminoácidos. Ambos os hormônios exibem aspectos típicos de GH quando comparados com a seqüência matura de GHs de outros peixes da superordem Acanthopterygii. As seqüências deduzidas de aminoácidos do GH foram utilizadas para a construção de uma árvore filogenética utilizando o método da máxima parcimônia. A topologia encontrada classificou Atherinomorpha e Mugilomorpha dentro de Percomorpha, indicando que os mugilídeos são provavelmente mais relacionados aos perciformes do que os aterinídeos

The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability

Chromobacterium violaceum is one of millions of species of free-living microorganisms that populate the soil and water in the extant areas of tropical biodiversity around the world. Its complete genome sequence reveals (i) extensive alternative pathways for energy generation, (ii) ≈500 ORFs for transport-related proteins, (iii) complex and extensive systems for stress adaptation and motility, and (iv) wide-spread utilization of quorum sensing for control of inducible systems, all of which underpin the versatility and adaptability of the organism. The genome also contains extensive but incomplete arrays of ORFs coding for proteins associated with mammalian pathogenicity, possibly involved in the occasional but often fatal cases of human C. violaceum infection. There is, in addition, a series of previously unknown but important enzymes and secondary metabolites including paraquat-inducible proteins, drug and heavy-metal-resistance proteins, multiple chitinases, and proteins for the detoxification of xenobiotics that may have biotechnological applications

Mutational analysis of de N-terminal region of the beta subunit of elF2

elF2 esta envolvido na selecao do codon AUG para inicio de traducao em eucariotos, uma vez que em levedura, mutacoes em suas tres subunidades foram identificadas por permitirem o reconhecimento de um codon UUG pelo anti-codon do Met-tRNAiMet. A subunidade beta de elF2 contem um motivo que poderia mediar interacoes com RNA compreendido por tres blocos de sete residuos de lisina, os quais sao altamente conservados evolutivamente. Neste trabalho foi realizada uma analise de delecoes nesta proteina em Saccharomyces cerevisiae, a qual indicou que somente um bloco de lislnas e suficiente para manter sua funcao in vivo, provavelmente devido a carga, uma vez que a troca destes aminoacidos por arglnina, mas nao por alanina, manteve a viabilidade celular. A remocao de qualquer um dos bloco de lisinas nao afeta a expressao de GCN4. Entre as duplas delecoes, somente aquela em que permanece o segundo bloco levou a uma marcada desrepressao de GCN4. A tripla delecao resultou em altos niveis de expressao de GCN4, correspondendo a um fenotipo dominante negativo, indicando que este alelo pode ainda estar mantendo uma funcao parcial, competindo com a proteina selvagem e proporcionando um defeito na sintese protelca. Esta proteina deletada associa-se com elF2a e elF2g e e encontrada no complexo de pre-iniciacao. A ligacao de mRNA in vitro a proteinas de fusao GST-elF2b e dependente dos blocos de lisinas, sendo mantlda na presenca de um unico bloco de lisinas ou argininas, mas nao de alaninas. A ligacao de elF2 ao mRNA e dependente da presenca dos blocos de lisinas na subunidadeb. A ligacao de elF2 a Met-tRNAiMet de forma GTP-dependente nao e afetada pela ausencia das repeticoes de lisinas. Os resultados obtidos aqui fornecem fortes evidencias do papel dos blocos de lisinas de elF2b em manter a interacao com mRNA in vivoBV UNIFESP: Teses e dissertaçõe

Forma indeterminada da Doença de Chagas

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