SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python.

SciPy is an open-source scientific computing library for the Python programming language. Since its initial release in 2001, SciPy has become a de facto standard for leveraging scientific algorithms in Python, with over 600 unique code contributors, thousands of dependent packages, over 100,000 dependent repositories and millions of downloads per year. In this work, we provide an overview of the capabilities and development practices of SciPy 1.0 and highlight some recent technical developments

Comparing apparent viscosity of gruels produced from instant cereal flakes

Badano charakterystykę kleikowania wodnych mieszanin przygotowanych z ześrutowanych błyskawicznych płatków z czterech zbóż, o różnej ich zawartości w wodzie. Stwierdzono znaczne różnice pod względem lepkości pozornej kleików. Wskazano, że czynnikami różnicującymi lepkość były: pochodzenie skrobi w płatkach, zróżnicowana jej zawartość, zabiegi hydrotermiczne i płatkowanie, interakcje z głównymi składnikami chemicznymi tworzącymi matrycę komórek ziarna zbóż. Wyznaczono liniowe zależności pomiędzy lepkością maksymalną kleików a zawartością płatków w mieszaninie wodnej. Zależności ułatwią porównanie lepkości kleików skrobiowych lub pomogą w doborze zawartości surowca skrobiowego w produktach spożywczych, w których płatki zastąpią zagęstniki skrobiowe. Stwierdzono, że kleiki z płatków jęczmiennych charakteryzowały się największą lepkością, a płatki – największą zawartością β-glukanów (3,79 %), dużą zawartością skrobi (58,3 %), znacznymi ilościami białka (8,04 %), małą zawartością błonnika pokarmowego (7,18 %), lecz o znacznym udziale jego frakcji rozpuszczalnej (4,13 %). Płatki pszenne wykazywały najmniejszą lepkość podczas kleikowania, ale zawierały najwięcej białka (9,36 %), dużo nierozpuszczalnego błonnika (7,92 %) i prawie nie zawierały β-glukanów (0,11 %). Kleiki z płatków żytnich cechowała stosunkowo mała lepkość, pomimo że płatki zawierały najwięcej skrobi (66,1 %), której towarzyszyła największa zawartość błonnika (13,09 %), największa zawartość jego frakcji nierozpuszczalnej (8,84 %), a przeciętna zawartość β-glukanów (1,62 %) i najmniejsza zawartość białka (4,30 %). Kleiki z płatków owsianych miały stosunkowo małą lepkość, a płatki zawierały: najmniej skrobi (50,8 %), najwięcej tłuszczu (6,47 %), stosunkowo dużo białka (8,50 %) i β-glukanów (3,23 %) oraz przeciętnie – błonnika (8,20 %). Opracowane warunki porównawczych badań lepkości kleików z płatków zbożowych można zastosować w projektowaniu funkcjonalnych produktów żywnościowych, w których środki zagęszczające na bazie skrobi mogą być zastąpione przez płatki zbożowe.The gelatinization profile was analyzed of aqueous mixtures made from ground instant flakes of four types of cereals and with a varying content of cereal flakes in water. It was found that there were considerable differences in the apparent viscosity of gruels. The following viscosity-differentiating factors were pointed out: origin of starch contained in the flakes, varying contents of starch, hydrothermal treatments and flaking as well as interactions with the main chemical components that formed the matrix on cells of the cereal grain. Linear dependencies were determined between the maximum viscosity of gruels and the content of flakes in the aqueous mixture. Those dependencies make it easier to compare the viscosity of starch gruels or help choose the content level of starch material in food products, in which flakes are to replace starch thickeners. It was found that the gruels made from barley flakes were characterized by the highest viscosity, whereas the barley flakes: by the highest content of β-glucans (3.79 %), a high content of starch (58.3 %), considerable amounts of protein (8.04 %), and a low content of dietary fibre (7.18 %) together with a substantial content of soluble fraction thereof (4.13 %). The wheat flakes had the lowest viscosity during gelatinization, but they contained the highest amount of protein (9.36 %), a high amount of insoluble fibre (7.18 %), and they contained hardly any β-glucans (0.11 %). The gruels made from rye flakes were characterized by a relatively low viscosity despite the fact that the rye flakes contained the highest amount of starch (66.1 %) accompanied by the highest content of fibre (13.09 %), the highest content of insoluble fraction of fibre (8.84 %), but the average content of β-glucans (1.62 %) and the lowest content of protein (4,30 %). The gruels from oat flakes had a relatively low viscosity, and the oat flakes contained: the lowest amount of starch (50.8 %), the highest fat content (6.47 %), a relatively high amount of protein (8.50 %) and β-glucans (3,23 %), and an average amount of fibre (8.20 %). The conditions developed for performing comparative tests on the viscosity of gruels from instant cereal flakes might be applied to design functional food products, in which starch-based thickening agents could be replaced by cereal flakes

Characteristics and application of biospeckle phenomenon in the study of plant materials (a review)

Biospeckle – zmienny w czasie interferencyjny obraz powstający na skutek rozpraszania koherentnego światła na obiektach biologicznych, coraz częściej znajduje zastosowanie w eksperymentalnych technikach niedestrukcyjnej oceny jakości owoców i warzyw. Użyteczny w praktycznej ocenie jakości parametr – aktywność biospeckli - uzyskiwany poprzez analizę obrazów za pomocą różnorodnych metod statystycznych, jest wskaźnikiem aktywności biologicznej czyli intensywności rozmaitych procesów metabolicznych. W dotychczas przeprowadzonych badaniach materiałów roślinnych z sukcesem zastosowano zjawisko biospeckli do: wykrywania uszkodzeń mechanicznych i infekcji patogenami oraz oceny stopnia rozwoju, dojrzałości lub starzenia. Aktywność biospeckli wykazuje także korelacje z parametrami jakościowymi oraz zawartością określonych substancji chemicznych w tkankach roślinnych.Biospeckle – variable in time, interferential image, formed by scattering of coherent light on biological objects, more often is used in experimental, non-destructive techniques for quality evaluation of fruits and vegetables. Useful in the practical evaluation of quality parameter - biospeckle activity– obtained by application of various statistical methods of image analysis, is an indicator of biological activity or intensity of various metabolic processes. In previous studies of plant materials, biospeckle phenomenon has been successfully applied in detecting mechanical damage, infection by pathogens and evaluation of the stages of development, maturity and senescence Biospeckle activity also shows the correlation of the quality parameters and content of certain chemicals in plant tissues

Expression level of quiescin sulfhydryl oxidase 1 (QSOX1) in neuroblastomas

Neuroblastoma is the most common extracranial solid malignant tumor observed during childhood. Although these tumors can sometimes regress spontaneously or respond well to treatment in infants, genetic alterations that influence apoptosis can, in some cases, confer resistance to chemotherapy or result in relapses and adversely affect prognosis for these patients. The aim of this study was to correlate immunohistochemical expression of the protein QSOX1 (quiescin sulfhydryl oxidase 1) in samples obtained from untreated neuroblastomas with the patients’ clinical and pathological prognostic factors and clinical course. Neuroblastoma samples (n=23) obtained from histology blocks were arrayed into tissue microarrays and analysed by immunohistochemistry. The cases were classified according to the following clinical and pathological prognostic factors: age at diagnosis greater or less than/equal to 18 months; location of the lesion at diagnosis (abdominal or extra-abdominal); presence or absence of bone-marrow infiltration; tumor differentiation (well or poorly differentiated); Shimada histopathologic classification (favourable or unfavourable); state of the tumor extracellular matrix (Schwannian-stroma rich or poor); amplification of the MYCN oncogene; and clinical course (dead or alive with or without relapses/residual lesions). Twelve of the cases were female, 9 children were over 18 months old, 9 cases presented with extra-abdominal tumors and 9 cases exhibited tumors with unfavourable histologies. Fifteen patients underwent bone-marrow biopsy, and 4 of these were positive for metastasis. Nine patients died. The higher immunohistochemical expression of QSOX1 was more common in well-differentiated samples (P=0.029), in stroma-rich samples (P=0.029) and in samples from patients with a high prevalence of relapses/residual disease. The functions of QSOX1 include extracellular matrix maturation and the induction of apoptosis. Therefore, QSOX1 may be involved in neuroblastoma differentiation and regression and may thus function as a biomarker for identifying risk groups for this neoplasm