Demonstrating a powerful scale-up strategy for Biosimilar mAb in single use systems via physicochemical and functional characterization

Biosimilars have received a remarkable attention in the recent years. Due to the heterogeneity of biosimilar mAbs, they need to be well-characterized by various orthogonal techniques in order to identify their physicochemical and functional characteristics. Characterization of the post translational modifications, especially, glycosylation is vital to define the critical quality attributes (CQAs) which affect safety, efficacy and quality of drugs. In this study, we were able to manipulate the quality of the drug by using scale-up strategies for single use systems. By using ultra-performance liquid chromatography (UPLC) coupled to mass spectrometry (MS), we were able to demonstrate physicochemical similarities between innovator and its biosimilar candidate. Even the PTM (N-terminal pyroglutamic acid formation, C-terminal lysine truncation, methionine and tryptophan oxidation, asparagine deamidation, N-glycosylation and glycation) levels of two products from 3 and 200-liter single-use bioreactors were highly similar compared to the innovator. The mass spectrometry studies showed that the scale-up strategy from 3 liter to 200 liter was successful. Deconvoluted mass spectrum for intact and reduced masses (heavy and light chain) of innovator and its biosimilar candidates from different production scales were significantly similar. Oxidation was observed to be lower in 200 liter bioreactor compared to the 3 liter. The N-glycan profiles for the major and minor glycan species were highly similar compared to the originator. Aggregation level in 200 liter was slightly lower than that of the small scale production. Mass spectrometry becomes an important tool to enhance the biosimilarity to the originator in order to decrease the clinical efforts to be able to provide affordable drugs to the patients

IDH-mutant glioma specific association of rs55705857 located at 8q24.21 involves MYC deregulation

The single nucleotide polymorphism rs55705857, located in a non-coding but evolutionarily conserved region at 8q24.21, is strongly associated with IDH-mutant glioma development and was suggested to be a causal variant. However, the molecular mechanism underlying this association has remained unknown. With a case control study in 285 gliomas, 316 healthy controls, 380 systemic cancers, 31 other CNS-tumors, and 120 IDH-mutant cartilaginous tumors, we identified that the association was specific to IDH-mutant gliomas. Odds-ratios were 9.25 (5.17–16.52; 95% CI) for IDH-mutated gliomas and 12.85 (5.94–27.83; 95% CI) for IDH-mutated, 1p/19q co-deleted gliomas. Decreasing strength with increasing anaplasia implied a modulatory effect. No somatic mutations were noted at this locus in 114 blood-tumor pairs, nor was there a copy number difference between risk-allele and only-ancestral allele carriers. CCDC26 RNA-expression was rare and not different between the two groups. There were only minor subtype-specific differences in common glioma driver genes. RNA sequencing and LC-MS/MS comparisons pointed to significantly altered MYC-signaling. Baseline enhancer activity of the conserved region specifically on the MYC promoter and its further positive modulation by the SNP risk-allele was shown in vitro. Our findings implicate MYC deregulation as the underlying cause of the observed association

Chlorate and Other Oxychlorine Contaminants Within the Dairy Supply Chain

The presence of chlorate in milk and dairy products can arise from the use of chlorinated water and chlorinated detergents for cleaning and sanitation of process equipment at both farm and food processor level. Chlorate and other oxychlorine species have been associated with inhibition of iodine uptake in humans and the formation of methemoglobin, with infants and young children being a high‐risk demographic. This comprehensive review of chlorate and chlorine derivatives in dairy, highlights areas of concern relative to the origin and/or introduction of chlorate within the dairy supply chain. This review also discusses the associated health concerns, regulations, and chemical behavior of chlorate and chlorine‐derived by‐products, and provides a summary of mechanisms for their detection and removal

Farklı İllerden Toplanan Su Örneklerinde NIS İnhibitörü Olan Perklorik Asit Düzeylerinin Araştırılması

Perklorik asit (ClO4¯) suda oldukça mobil ve stabil bir inorganik anyondur. Perklorik asidin kimyasal özellikleri iyoda benzerdir ve sodyum-iyot taşıyıcısının (NIS) tiroid bezine iyot taşımasını baskılar. Yetersiz iyot alımı durumunda, hassas popülasyonlarda (gebeler, bebekler, çocuklar) tiroid disfonksiyonlarına neden olabilmektedir. Daha önceki çalışmada, İstanbul, Kayseri ve Isparta'da 24-saatlik idrar örnekleri analiz edilmiş ve çalışmaya katılanların perklorik aside maruz kaldığı görülmüştür. Bu çalışmada, Ankara, Isparta, İstanbul, Kayseri ve Sakarya şehirlerinden, tüm şehirleri kapsayacak şekilde toplam 145 rastgele örnek alınarak, musluk sularında perklorik asit düzeylerini belirlemek amaçlanmıştır. Perklorik asit analizleri için HPLC-MS/MS yöntemi kullanılmıştır. Deteksiyon limiti ve kantifikasyon limiti, sırasıyla, 0.008 ve 0.026 µg/L olarak hesaplanmıştır. Analizler arası varyasyon (%CV) düşük ve orta seviyedeki örnekler için hesaplanmıştır. Buna göre 0.4 ve 2 µg/L konsantrasyonundaki kontrol örnekleri için %CV değerleri, sırasıyla, %6.72 ve %2.72 olarak hesaplanmıştır. Örneklerin %97.9'unda perklorik aside rastlanmıştır. Ölçülen perklorik asit düzeyleri <0.02 µg/L ile 3.75 µg/L arasında değişmektedir. Örneklerin ortalaması 0.17 µg/L'dir. İstanbul, Ankara, Sakarya, Kayseri ve Isparta illerindeki medyan düzeyleri, sırasıyla, 0.081, 0.081, 0.041, 0.27 ve 0.029 µg/L olarak bulunmuştur. En yüksek perklorik asit konsantrasyonu 3.75 µg/L olarak Ankara'da ölçülmüştür. Kayseri ilinde medyan 0.27 µg/L, %75 persentil 0.34 µg/L olarak ölçülmüştür. Örneklerdeki perklorik asit konsantrasyonları, EPA tarafından musluk suları için belirlenen güvenlik sınırının (15 µg/L) altında saptanmıştır. Sonuç olarak, bu şehirlerde insanların maruz kaldığı perklorik asit kaynağının sular olmadığı gözlenmiştir. Asıl kaynağın besin maddeleri olduğu düşünülmekte ve bundan sonra yapılacak araştırmaların bu yönde devam etmesi gerekmektedir

Beyazlatıcı ajanların diş sert dokularda oluşturdukları kalsiyum kayıplarının incelenmesi

Bu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.8.SUMMARY In order to determine the effects of 3 bleaching gels containing 10%, 16, 35 carbamide peroxide on enamel surfaces, the amount of calcium passed from the prepared specimens in to the solutions, the changes of mineral compositions in the application areas, and the SEM photographs of the enamel surfaces on which the bleaching gel were applied were examined. Out of 39 human teeth chosen for this study, 3 were used for pH differences, 28 were for calcium loss determinations, and 8 were for surface analysis. For pH measurements, the initial pH values of the bleaching agents were recorded. Then, pH values of the specimens in which the teeth were immersed for 6 hours were measured in every 2 hours. The resuts showed no significant changes in the pH values of the materials with time. In order to measure the calcium loss, standard windows were opened at the approximal surfaces of the teeth. Then, they were kept in 10% and %16 carbamide peroxide, 7 hours a day, for a period of 10 days. The teeth were kept in 35 % carbamide peroxide group for 5 days. During the whole experiment, the teeth were kept in moist enviroment at 37±1°C. At the end of this period, the amount of calcium passing from the teeth in to the solution was measured by Atomic Absorption Spectrophotometry. At the end, it is observed that the amount of calcium loss has increased parallel to time and carbamide peroxide concentration. For surface analysis, the bleaching agents were applied directly to the windows prepared on the teeth and kept 7 hours a day, in a moist enviroment at 37±1 °C. The same procedure wass carried on in all experiment groups for 10 days.57 The SEM and EDS analysis were performed by measuring and taking photographs of the application and control areas. It is observed that, parallel to the concentration, the variations on the amounts of calcium and phosphorus contents of enamel surface and the changes on the surface morphology have increased. At the end of this study, we concluded that, during application of bleaching agents containing carbamide peroxide, enamel surface were affacted very little by 10% carbamide peroxide, intermediate by 16% carbamide peroxide and very highly by 35% carbamide peroxide.7.0ZET Bu çalışmada, farklı konsantrasyonlarda karbamit peroksit içeren beyazlatıcıların minede meydana getirebileceği değişimleri ortaya koyabilmek amacıyla, hazırlanan örneklerden çözeltiye geçen kalsiyum kayıpları, uygulama bölgelerindeki Ca / P'larındaki değişimler ve beyazlatıcı ajanların uygulandığı mine yüzeyleri SEM ile görüntüleri alınıp incelendi. Çalışma için ayrılan 39 dişin, 3 tanesi pH takibinde, 28 tanesi kalsiyum kayıplarında ve 8 tanesi yüzey analizi çalışmalarında kullanıldı. Kullanılan beyazlatıcı ajanlar %10 luk karbamit peroksit, %16'lık karbamit peroksit ve %35'lik karbamit peroksit içeren 3 farklı konsantrasyondan olmak üzere belirlendi. pH ölçümleri: kullandığımız beyazlatıcıların başlangıç pH'ları ve içerisine diş konularak 6 saat bekletilen örneklerin, ikişer satlik ara ile yapılan pH ölçümleri kaydedildi. Kullanılan materyallerin pH'larında zaman içinde belirgin bir değişimin olmadığı gözlendi. Kalsiyum kayıplarının ölçülmesi: Dişlerin aproximal yüzlerinde standart pencereler açıldı. Dişler, hazırlanan çözeltilerde günde 7 saat olmak üzere %10 ve %16 karbamit peroksit uygulandığı gruplarda 10 gün, %35'lik karbamit peroksit uygulandığı grupta 5 gün bekletildi. Örnekler tüm çalışma boyunca 37±1 °C'de, nemli bir ortamda tutuldu. İşlem sonunda dişlerden çözeltiye geçen kalsiyum miktarı Atomik Absorpsiyon Spektrofotometresi ile ölçülerek, zaman ve konsantrasyona paralel olarak kalsiyum kayıplarının arttığı saptandı. Yüzey analiz çalışmaları: Dişler üzerinde hazırlanan pencerelere beyazlatıcı ajanlar direkt olarak uygulanarak, nemli bir ortamda 37±1°C'de günde 7 saat bekletildi, işleme tüm gruplarda 10 gün süre ile devam edildi.55 Yapılan SEM ve EDS analizlerinde dişlerin uygulama ve kontrol bölgelerinden ölçümler alındı, fotoğrafları çekildi. Konsantrasyona paralel olarak mine yüzeyindeki Ca ve fosfor oranlarındaki değişimlerin ve yüzey morfolojisindeki etkilenmenin arttığı tespit edildi. Çalışma sonunda karbamit peroksit içeren beyazlatıcı ajanların uygulamaları sırasında mine yüzeyinin konsantrasyona paralel olarak %10 karbamit peroksit ile en az, %16 karbamit peroksit ile orta, %35 karbamit peroksit ile belirgin bir şekilde etkilendiği sonucuna vardı

Zemin ankrajları ve ankrajlı kazı duvarlarının davranışı

TÜBİTAK MAG Proje15.03.197