Stopping criteria for genetic improvement software for beef-cattle mating selection

O objetivo deste trabalho foi propor um novo critério de parada para diminuir o tempo de processamento do programa de melhoramento genético PampaPlus, além de maximizar o índice de qualificação genética (GQI) da progênie, controlar a endogamia e evitar o descarte não intencional. Foram utilizados dados de dois rebanhos integrantes do PampaPlus. Cinco cenários de acasalamento foram elaborados com diferentes números de touros (9 a 37) e vacas (142 a 568). Os dados analisados foram: diferenças esperadas na progênie, informações de pedigree, máxima endogamia, número máximo e mínimo de acasalamentos por touro, e penalidades para desempenho inferior. As variáveis analisadas foram tempo de processamento e o GQI das progênies. Foram utilizados três critérios de parada: critério de parada original, fixado em 1.000 iterações; critério de parada por saturação (SSC), baseado na variância do GQI; e critério de parada de Bhandari (BSC), que inclui o parâmetro de intervalo de gerações. O SSC e o BSC reduziram o tempo de processamento em 24,43–53,64% e em 14,32–50,87%, respectivamente. O BSC atinge solução em menos tempo, sem perda da qualidade do GQI. O BSC é generalizável e efetivo em reduzir o tempo de processamento das recomendações de acasalamento.The objective of this work was to propose a new stopping criterion to shorten the computing time of the PampaPlus genetic improvement software, while maximizing the genetic qualification index (GQI) of the progeny, controlling inbreeding, and avoiding unintended culling. Data from two beef-cattle herds integrating PampaPlus were used. Five mating scenarios were built using different numbers of sires (9 to 37) and dams (142 to 568). The analyzed algorithm inputs were: expected progeny differences, pedigree information, maximum inbreeding, maximum and minimum number of matches for each sire, and penalty weights for poor performance. The analyzed response variables were computing time and the GQI of the progenies. Three stopping criteria were used: original stopping criterion fixed at 1,000 iterations; saturation stopping criterion (SSC), based on GQI variance; and Bhandari’s stopping criterion (BSC), which includes the generation interval parameter. SSC and BSC reduced processing time in 24.43–53.64% and in 14.32–50.87%, respectively. BSC reaches solution in less time, without losses in GQI quality. BSC is generalizable and effective to reduce the processing time of mating recommendations

SEXUALIDADE NO BRASIL: CONTRIBUIÇÕES DOS GRUPOS DE PESQUISA CADASTRADOS NO CONSELHO NACIONAL DE DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO E TECNOLÓGICO (CNPq)

This descriptive study investigated the Brazilian Research Groups registered in the CNPq Directory which supposed to publish in the sexuality field in the form of journals, books and chapters of books in the last three years (2010-2012). It was found 343 groups, responsible for 3670 published articles, 597 books and 2017 books’ chapters. However, in only 2.91% of articles, 7.03% of books and 9.17% of books’ chapters referred to the theme sexuality, with 82.24% of scientific articles related to the topic were indexed in theLatindex and Lilacs. Finally, it is concluded that few research groups were found, as well as, scarce scientific literature in the area of Physical Education to the thematic of sexuality. This initiative represents an important tool for identifying the state of the art about sexuality in Brazil, besides to disseminate the knowledge about the needs and demands on this scientific field

Differentially transcribed genes in skeletal muscle of lambs

The objective of this study was to compare gene transcription profiles in Longissimus dorsi muscle of the following four hair sheep genetic groups, Morada Nova (MO), Brazilian Somali (SO), Santa Inˆes (SI) and 1⁄2Dorper  1⁄2Morada Nova (F1). These groups all display different postnatal muscle growth. The transcriptomes of the skeletal muscle of the lambs (at 200 days of age) were profiled by using oligonucleotide microarrays and reverse transcription- quantitative real-time PCR (RT-qPCR). The microarray experiment identified 262 transcripts that were differentially expressed when transcription levels were compared between the different breeds. A total of 23 transcripts among which those involved in skeletal muscle development (MyoD1 and IGFBP4), lipogenesis and adipogenesis (C/EBP d , PPAR g and PGDS) were differentially expressed in at least in one comparison. Clustering analysis showed that there is greater similarity in gene expression between the MO and SI breeds and between F1 and SO genetic groups. The SO breed has the most distinct expression pattern. The RT-qPCR results confirmed the findings from the microarray study. A positive correlation was observed between the expression of MyoD1 and the cold carcass yield. The negative correlations between the weight and yield of cold carcass with the expression of C/EBP d mean that the selection for adipogenesis could lead to a lower carcass weight. The GLUT3 and PYGL gene transcripts were negatively correlated with fat thickness, but ATP5G1 was positively correlated with this trait. Interestingly, many genes negatively correlated with PUFA were positively correlated with cold carcass yield. In conclusion, the present work demonstrated that there are breed-specific expression patterns in Brazilian hair sheep genetic groups. The differences in gene expression among genetic groups were consistent with their phenotypic differences. The positive correlation of the MyoD1 expression with the cold carcass yield suggests that this gene is important for tissue growth in sheep. Thepositive correlation of the C/EBP d expression with PUFA provides an opportunity to select for lipid deposition in meat animals

Amputação bilateral de membro posterior e cistectomia parcial por tromboembolismo aórtico em gato: Relato de caso

O tromboembolismo aórtico felino (FATE) é uma condição incomum caracterizada pela formação de coágulos na aorta. O diagnóstico é baseado em sinais clínicos, como dor, paralisia, ausência de pulso, cianose e resfriamento dos membros. A etiologia frequentemente está associada à cardiomiopatia hipertrófica. O tratamento é controverso e depende de diversos fatores. A intervenção cirúrgica é uma opção e as diretrizes da AAFP Feline Anesthesia Guidelines são úteis nesse contexto. O prognóstico varia, sendo muitas vezes reservado, com baixas taxas de sobrevivência em casos graves. O estudo descreve um caso clínico de um gato, sem doença cardíaca preexistente, que desenvolveu FATE. Foi submetido à múltiplos procedimentos cirúrgicos (tromboembolectomia, cistectomia parcial e amputação bilateral dos membros posteriores) e teve uma recuperação notável, apesar das baixas expectativas de sobrevivência de acordo com a literatura. O paciente permaneceu em bom estado de saúde e qualidade de vida, mesmo após 55 dias após a última cirurgia. Isso sugere que, em casos selecionados, a intervenção cirúrgica pode ser benéfica para a recuperação de felinos com FATE que desenvolveram isquemia irreversível de membros

O uso da estatística Bayesiana no melhoramento genético animal: uma breve explicação

This paper describes the study of Bayesian techniques in animal breeding, in order to discuss and clarify this approach compared to the frequentist statistical. It will be presented two algorithms for stochastic integration by Monte Carlo simulation of Markov Chains (MCMC): the Gibbs sampler and Metropolis-Hastings. It is considered the application of these techniques mentioned as an alternative to animal breeding programs in the estimation of genetic parameters in order to solve problems related to more complex models and the expression of traits of economic interest that do not have normal distribution. The proposed approaches are explained and discussed in developing of this paper.Este trabalho aborda o estudo de técnicas bayesianas no melhoramento genético animal, no intuito de discutir e elucidar esta referida abordagem frente a estatística “frequentista”. Apresentam-se dois algoritmos de integração estocástica por meio da simulação de Monte Carlo em Cadeias de Markov (MCMC): o Amostrador de Gibbs e o Metropolis-Hastings. Considera-se a aplicação das mencionadas técnicas como uma alternativa aos programas de melhoramento animal, na estimação de parâmetros genéticos em ordem de solucionar problemas relacionados aos modelos mais complexos e a expressão de características de interesse econômico que não tenham distribuição normal. As abordagens propostas são explicadas e discutidas no desenvolvimento do trabalho

Rational use of medicines: prescribing indicators at different levels of health care

This multicenter study aimed to investigate prescribing patterns of drugs at different levels of health care delivery in university-affiliated outpatient clinics located in eight cities in the South and Midwest of Brazil. All prescriptions collected were analyzed for various items, including WHO prescribing indicators. A total of 2,411 prescriptions were analyzed, and 469 drugs were identified. The number of drugs prescribed per encounter, the frequency of polypharmacy, and the percentage of encounters with at least one injection or antibiotic prescribed were higher in centers providing primary health care services, compared to those where this type of care is not provided. Most drugs (86.1%) were prescribed by generic name. In centers with primary health care services, drug availability was higher, drugs included in the National and Municipal Lists of Essential Medicines were more frequently prescribed, and patients were given more instructions. However, warnings and non-pharmacological measures were less frequently recommended. This study reveals trends in drug prescribing at different levels of health care delivery in university-affiliated outpatient clinics and indicates possible areas for improvement in prescribing practices.Este estudo multicêntrico teve como objetivo investigar o padrão de prescrição de medicamentos para pacientes ambulatoriais atendidos em serviços de saúde vinculados a universidades com diferentes níveis de atenção, em oito cidades do sul e centro-oeste do Brasil. As prescrições coletadas foram submetidas à análise de diversos itens, incluindo os indicadores de prescrição propostos pela OMS. No total, 2.411 prescrições foram analisadas e 469 medicamentos foram identificados. O número de medicamentos prescritos por consulta, a frequência de polifarmácia e a porcentagem de consultas com pelo menos um medicamento injetável ou um antimicrobiano prescrito foram maiores em centros de saúde que ofereciam cuidados de atenção básica, em comparação com aqueles que não dispunham desse tipo de atendimento. A maioria dos medicamentos foi prescrita pelo nome genérico (86,1%). Em unidades com cuidados de atenção básica, a acessibilidade foi maior, a prescrição de medicamentos presentes nas Listas Nacional e Municipais de Medicamentos Essenciais foi mais frequente e instruções foram fornecidas aos pacientes mais comumente. Entretanto, advertências e medidas não farmacológicas foram indicadas com menor frequência. Este estudo revela tendências de prescrição de medicamentos em serviços de saúde ligados a universidades, com diferentes níveis de atenção, e indica possíveis áreas de melhoria na prática da prescrição

Genotype × environment interaction for yearling weight in Polled Nellore cattle in Northeast Brazil

O objetivo deste trabalho foi avaliar a interação genótipo × ambiente (IGA) quanto ao peso ajustado aos 365 dias de idade, em bovinos da raça Nelore Mocha do Nordeste do Brasil, por meio de modelos de norma de reação, via regressão aleatória com abordagem bayesiana. Os modelos analisados incluíram o efeito fixo de idade da vaca (linear e quadrático) e os efeitos aleatórios genético aditivo e de grupo de contemporâneos. O modelo de norma de reação com variância residual homogênea e um passo (MHNRHO1P) proporcionou melhor ajuste aos dados do que os modelos com variância residual heterogênea e o modelo animal padrão (MA). As estimativas de variância genética (64,41±13,24 kg2 a 842,31±58,29 kg2) e herdabilidade (0,11±0,01 a 0,63±0,02) aumentaram com a melhoria do gradiente ambiental. As correlações de Spearman variaram de 0,69 a 0,99, entre as classificações dos reprodutores com maiores valores genéticos nos MA e MHNRHO1P, nos diferentes ambientes, o que indica alteração na classificação, especialmente dos valores genéticos obtidos pelo MA nos ambientes superiores. A identificação desse nível de IGA torna necessárias as avaliações específicas dos indivíduos e rebanhos para os ambientes de baixo, médio e alto nível de produção.The objective of this work was to evaluate the genotype × environment interaction (GEI), for the adjusted weight at 365 days of age, in Polled Nellore cattle from Northeastern Brazil, by using reaction norm models through random regression in a Bayesian approach. The analyzed models included the fixed effect of cow’s age (linear and quadratic), and the genetic additive and contemporary group random effects. The one‑step reaction norm models with homogeneous residual variance (RNHM1sHm) yielded better data adjustments than the models with heterogeneous residual variance, and the standard animal model (AM). The estimates of genetic variance (64.41±13.24 kg2 to 842.31±58.29 kg2) and heritability (0.11±0.01 to 0.63±0.02) increased as the environmental gradient improved. Spearman correlation values ranged from 0.69 to 0.99, among the classification of breeders with the highest breeding genetic values in AM and RNHM1sHm, in distinct environments, indicating changes in classification, particularly in the genetic values obtained by AM in high‑quality environments. The identification of such degree of GEI requires that specific evaluation of individuals and herds are performed for environments of low, medium and high production