Decloud: an unsupervised deconvolution tool for building gene expression profiles

Deconvolution is the process of decomposing a mixed signal into its originating elements. For my thesis I created a clustering application, named DeCloud, with the intent to replace the unsupervised clustering step in the deconvolution tool, Deblender. Utilizing clustering packages in R such as optCluster, the application was built to allow for a range of new clustering algorithms. In this thesis the scope has been set to test Hierarchical clustering and two variations of PAM. A novel filtering function was created, providing a different approach to handling clusters. The novel approach has been implemented for use with the PAM clustering method, but could be applied to other algorithms as well. We have tested the resulting pipeline on the data sets used to benchmark Deblender and other tools. Comparing the results obtained by Deblender and by DeCloud, shows that DeCloud obtains marked better results on two of the three datasets used for testing. The last dataset is a complicated case, none of the applications are able to effectively cluster and deconvolve. The novel filter function applied to the PAM algorithm has been shown to be the best performer in each of the two successful deconvolution datasets.Master's Thesis in InformaticsINF39

Dyrking av makroalger. En ny vekstnæring?

Målet med denne studien er å skaffe et overblikk over hvordan statusen er for den norske næringen innenfor dyrking av makroalger. Makroalger som også kalles for tang og tare er den nyeste satsingen innenfor norsk akvakultur. Dette er akvatiske plantelignende organismer som deles inn i tre hovedgrupper: Grønne, røde og brune makroalger. Historiske sett er makroalger en ressurs som er blitt utnyttet til en rekke forskjellige formål, som medisin, brennstoff, fôr, direkte konsum og ingredienser. Asiatiske land har alltid vært de største utnytterne av denne ressursen, men interessen og etterspørselen etter makroalger har også spredt seg til vestlige land. Hovedbestanddelen kom tidligere fra høsting av ville alger, men det har blitt nødvendig å dyrke makroalger for å møte den stadig økende etterspørselen og dekker nå om lag 95 % av den globale etterspørselen. Makroalger har et bredt spekter av bruksformål fra fôr- og matindustri til kosmetikk og bioenergi. Dyrking av makroalger er i dag en stor global industri og stod for om lag 25 % av den globale produserte biomassen fra akvakultur i 2014. Den norske akvakulturnæringen har hatt eventyrlig suksess de siste tiårene, noe som også har ført til kultivering av en rekke andre marine arter. I Norge har det de siste årene vært betydelige politiske signaler og optimisme rundt dyrking av makroalger. For å kunne praktisere dyrking av makroalger kreves det konsesjon og de første kommersielle konsesjonene ble utdelt i 2014. Antallet tildelte konsesjoner og etablering av nye selskaper har siden 2014 økt betraktelig, og det er i dag 23 selskaper med konsesjon i Norge. I dag er det kun sukkertare og butare som dyrkes i betydelige volumer, men det forskes også på dyrking av flere andre arter. Funnene i denne oppgaven har vist at norske dyrkere, så vel som europeiske, i stor grad er i en forsøksfase. En god del av utfordringene næringen har hatt er i stor grad blitt løst, men for at ambisjonene om dyrking av makroalger på industrielt nivå skal oppfylles gjenstår det fortsatt mange utfordringer ut over hele verdikjeden som må løses. Regulerende organer har også utfordringer som må løses med hensyn til å effektivisere behandlingsprosessen av konsesjonssøknader. Det er dog en rekke forskningsprosjekter, kunnskapsbaser og samarbeider mellom næringsaktører og forskningsinstitusjoner som jobber mot å løse disse utfordringene. Dyrking av makroalger har en plass i norsk akvakultur med gode framtidsutsikter. Men for å skape et nytt oppdrettseventyr slik næringen er blitt omtalt som, vil det kreves nye investeringer, forskning og kartlegging av de ulike aspektene ved alle ledd i verdikjeden

Differences in population development and management for red deer (Cervus elaphus atlanticus) and moose (Alces alces) in former Halsa municipality

Jeg har sett på bestandsutviklingen til hjort og elg i tidligere Halsa kommune. Ved å bruke sett og skutt data fra hjorteviltregisteret så kan jeg se at hjorten har hatt en økning i bestanden de siste 18 årene, mens elgen har hatt en nedgang i antall individer i bestanden. Jeg undersøkte flere momenter for forvaltningen av disse artene og sammenlignet med interkommunale målsettinger fra hjorteviltregion 2 som grunnlag. Hjorten har over flere år blitt forvaltet for å få ned bestanden og har derfor hatt et høyt uttak av hodyr med noe suksess, men fortsatt har ett høyt antall individer. Hos elgen har også målet vert å få ned bestanden, men det ser ut til at avskytningen har vært mer vilkårlig og senere fått konsekvenser med en lav bestand under bestandsmål. Ved sammenligning av de to artene viste det seg at det er et langt høyere antall hjort enn elg i tidligere Halsa kommune. Begge artene hadde en viss synkende gjennomsnittlig vekt hos kalv som kanskje som kanskje kan skyldes en direkte konkurranse om mattilgang mellom artene på grunn av antall uten at dette kan konkluderes. Jeg har også sett på blant annet kjønnssammensetningene, sett dyr per jegerdag samt alderssammensetningen (kun for hjort) for å se på endringene i de to artenes bestander. Jeg har også brukt data fra et pågående viltkameraprosjekt som viste en økende andel sette elg med økende andel sette hjort i utmark. Det motsatte ble vist når jeg sammenlignet antall hjort og elg med sett og skutt data fra hjorteviltregisteret. Dette kan forklares med at flesteparten av hjorten som blir registrert under jakt blir observert på innmark, mens elg kanskje oppholder seg mere i utmark.Abstract I have studied population development of red deer and moose in former Halsa municipality. With the use of seen and shot data from “hjorteviltregisteret.no /register for deer species” I have seen that the population of red deer has increased over the last eighteen years, but the number of moose has decreased. I investigated multiple factors in the management of these two species and compared them to the overall management plans for the deer region 2 (hjorteviltregion 2) in Norway. The population of red deer has over many years been managed to decrease the overall numbers and because of that have had a management plan to take out a big portion of females. This has had some success, but still there is a big number of deer in the area. The management plan for moose has also been to reduce the number of animals in the population. But poor management planning and unrestricted shooting has taken the population to an all-time low compared to the overall plans for the area. Both species has had a decrease in weights for calves, this could be a direct consequence to competition for food between the two species. That could be because of the number of animals in the herds. but in this research, I could not conclude if this was the main cause of lower weights of calves. I have also looked in to among other things the gender composition, seen animals per hunters’ day and the age composition (only for red deer). All this to understand the population development for the two species. I also used data from a local camera trapping project to compare the number of red deer to moose over a period and I found out that with an increase in the number of deer the number of moose also increases. I did the same comparison on the data from seen deer, in this comparison I found the opposite. Whit an increase in number of red deer, the number of moose decreased. This can be explained by the fact that most registered reed deer from seen data gets registered on farmland-areas where the moose do not tend to use the farmlands for grazing as much as the red deer

Recycled Aluminium Alloys and their Models: Role and Behaviour of Alloying Elements during Alkaline Etching

Alkaline etching is a common pretreatment for aluminum surfaces. Etching behavior was compared between an alloy based on post-consumer scrap (PCS) and several model alloys of rolled AA3005 and extruded AA6060 with systematically varied amounts of Mn, Cu and Ni. Analysis of concentrations of alloy elements in the etching solution by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) shows that significant fractions of the investigated elements Cu, Fe, Mg, Mn, Ni, and Zn dissolve. Surface analysis of samples in different stages of the etching process show (i) an increase in oxide layer thickness with etching time, (ii) an enrichment of important alloy elements and impurities (Cr, Cu, Fe, Mg, Mn, Si) near the metal/oxide interface, and (iii) the deposition of Mg, Fe, Si-containing aluminum hydroxide on the surface. A comparison with open circuit potential measurements and time-resolved electrochemical polarization resistance measurements enables a detailed analysis of the etching mechanism. The aluminum dissolution rate during etching is limited by the transport of species through the oxide precursor layer, thus is potential-independent. Differences in etching rates between different alloy classes, evidenced by mass loss measurements, are related to differences in the cathodic or anodic reaction mechanisms (hydrogen evolution or metal dissolution) during etching.publishedVersio

Constraint induced språkterapi (CIST) - praktisk erfaring med metoden

Masteroppgave i logopedi - Universitetet i Nordland, 201

Ultrasonic imaging as a means of monitoring gonadal development in lumpfish (Cyclopterus lumpus)

The commercial farming of juvenile lumpfish requires monitoring of gonadal development to achieve synchronized production. Conventional methods such as gonadosomatic index (GSI), sex hormone analyses, gonadal histology, endoscopy, and gene expression analyses are costly, invasive, and often involve sacrificing the fish. We assessed the efficiency of ultrasound as a non-invasive method for monitoring gonadal development in lumpfish. Based on ultrasound observations, we categorized the fish into six stages; F0 to F5 for females and M0 to M5 for males, that represented maturity levels from immature to spent. Importantly, the ultrasound gonadal stages aligned with histological gonadal stages. Additionally, ultrasound stages aligned with profiles of GSI, testosterone (T), 11-ketotestosterone, and 17β-estradiol throughout gonadal development including the spawning period. Moreover, these parameters exhibited significant positive correlations with each other reflecting their parallel trends during gonadal development. To minimize the frequency of ultrasound usage and fish handling, we established F3 and M3/M4 as arbitrary thresholds for identifying ripe females and males, respectively. By using these thresholds, the need for regular ultrasound monitoring could be reduced during most of the rearing period. Ultrasound proves to be useful and reliable for monitoring gonadal development in lumpfish, enabling synchronized production of juvenile fish