Achille Urbain (1884-1957) : l'éthologie prétexte.: Un pastorien au Muséum national d'Histoire naturelle.

17 pages.National audienceAchille Urbain (1884-1957) graduated from Lyon Veterinary School in 1906, but, as early as 1903, had joined the army which he was to leave in 1931. While appointed to the Military Laboratory for Veterinary Research (1920-1931), he carried out his Doctor of Veterinary Medicine at Pasteur Institute under the supervision of Alexandre Besredka. He became a microbiologist acknowledged by his peers. Urbain entered the natural History national Museum in 1931, became the first Director of the Vincennes Zoo in 1933, and in 1934 the first holder of the chair of " Ethology of Wild Animals ". He was to take up the position as Director of the Museum from 1942 to 1949. We are going to demonstrate that the scientist was essentially a Pastorian microbiologist, then we shall try to understand why he chose to hold a Chair of Ethology at the Museum, whereas it was very far from his scientific expectations.Achille Urbain (1884-1957), diplômé de l'école vétérinaire de Lyon (1906), s'engage dès 1903 dans l'armée qu'il quittera en 1931. Nommé au Laboratoire Militaire de Recherches Vétérinaires (1920-1931), il prépare sa thèse de doctorat vétérinaire à l'Institut Pasteur, sous la direction d'Alexandre Besredka. Urbain entre au Muséum national d'Histoire naturelle de Paris en 1931. Il devient en deux ans le premier directeur du zoo de Vincennes, ainsi que le premier titulaire de la chaire d' " Éthologie des animaux sauvages ". Nous montrerons que le savant est avant tout un microbiologiste pastorien, puis nous essaierons de comprendre pourquoi il a choisi une chaire d'éthologie au Muséum, a priori très éloignée de ses aspirations scientifiques. La réponse à la question posée est la suivante : au Zoo de Vincennes, Urbain peut poursuivre ses recherches pastoriennes chez les animaux sauvages, pratiquant donc une véritable " éthologie prétexte "

Achille Urbain, un microbiologiste "pasteurien" oublié

National audienceACHILLE URBAIN (1884-1957) - a forgotten pastorian follower - Pasteur Institute and Pastorians played a major role in Achille Urbain's career. He joined the army in 1903, graduated at the Veterinary School of Lyon in 1906 and joined the Military Laboratory of Veterinary Research in 1920. He completed his training in Besredka's service at Pasteur Institute and dedicated himself to microbiology - in relation with animal pathology -. He entered the National Museum of Natural History in 1931 and in 1934 became the first director of the Zoo of Vincennes and the first Professor of "wild animals ethology". From 1942 to 1949 he managed the Museum where he carried out his research in microbiology. The study of Urbain's work in the field of Pastorian disciplines explains why he is now unknown : he essentially remained a scientific collaborator and did not involve himself in fundamental research. Moreover, he remained a "classical" bacteriologist whereas virology and bio-molecular revolution was coming.L'Institut Pasteur et les pastoriens ont joué un rôle capital dans la carrière d'Achille Urbain. Engagé dans l'armée en 1903, diplômé de l'École Vétérinaire de Lyon en 1906, il rejoint le Laboratoire Militaire de Recherches Vétérinaires en 1920. Il complète sa formation dans le service de Besredka à l'Institut Pasteur et se consacre à la microbiologie - en lien avec la pathologie animale -. Il entre en 1931 au Muséum national d'Histoire naturelle, devenant, en 1934, le premier directeur du Zoo de Vincennes et le premier professeur d'" Éthologie des animaux sauvages ". De 1942 à 1949 il dirige le Muséum, où il poursuit ses recherches en microbiologie. L'étude des travaux d'Urbain dans le domaine des disciplines pastoriennes explique pourquoi il est aujourd'hui méconnu : il reste pour l'essentiel un collaborateur scientifique et ne s'engage pas dans une recherche fondamentale. De plus, il demeure un bactériologiste " classique ", alors que s'annonce la révolution virologique et biomoléculaire

Mecanismes de control negatiu de la inflamació vehiculats per receptors nuclears

Els receptors nuclears són una família de factors de transcripció dependents de lligand que regulen la reproducció, el desenvolupament, el metabolisme i la resposta immunitària. Diversos membres de la família dels receptors nuclears tenen un paper important en el control negatiu de la inflamació. Centrarem aquesta revisió en alguns dels receptors nuclears que presenten una activitat repressora de la inflamació ben caracteritzada i revisarem els mecanismes moleculars involucrats en aquestes accions antiinflamatòries.Nuclear receptors are a superfamily of ligand-dependent transcription factors that regulate reproduction, development, metabolism and immune responses. Several nuclear receptors play an important role in the negative control of inflammation. In this review we will focus on those nuclear receptors with better characterised anti-inflammatory roles and the molecular mechanisms underlying their actions

Characterization of Ionizable Groups' Environments in Proteins and Protein-Ligand Complexes through a Statistical Analysis of the Protein Data Bank

We conduct a statistical analysis of the molecular environment of common ionizable functional groups in both protein-ligand complexes and inside proteins from the Protein Data Bank (PDB). In particular, we characterize the frequency, type, and density of the interacting atoms as well as the presence of a potential counterion. We found that for ligands, most guanidinium groups, half of primary and secondary amines, and one-fourth of imidazole neighbor a carboxylate group. Tertiary amines bind more rarely near carboxylate groups, which may be explained by a crowded neighborhood and hydrophobic character. In comparison to the environment seen by the ligands, inside proteins, an environment enriched in main-chain atoms is found, and the prevalence of direct charge neutralization by carboxylate groups is different. When the ionizable character of water molecules and phenolic or hydroxyl groups is accounted, considering a high-resolution dataset (less than 1.5 A), charge neutralization could occur for well above 80% of the ligand functional groups considered, but for tertiary amines.Peer reviewe

Characteristics of the turbulent/nonturbulent interface in boundary layers, jets and shear-free turbulence

The characteristics of turbulent/nonturbulent interfaces (TNTI) from boundary layers, jets and shear-free turbulence are compared using direct numerical simulations. The TNTI location is detected by assessing the volume of turbulent flow as function of the vorticity magnitude and is shown to be equivalent to other procedures using a scalar field. Vorticity maps show that the boundary layer contains a larger range of scales at the interface than in jets and shear-free turbulence where the change in vorticity characteristics across the TNTI is much more dramatic. The intermittency parameter shows that the extent of the intermittency region for jets and boundary layers is similar and is much bigger than in shear-free turbulence, and can be used to compute the vorticity threshold defining the TNTI location. The statistics of the vorticity jump across the TNTI exhibit the imprint of a large range of scales, from the Kolmogorov micro-scale to scales much bigger than the Taylor scale. Finally, it is shown that contrary to the classical view, the low-vorticity spots inside the jet are statistically similar to isotropic turbulence, suggesting that engulfing pockets simply do not exist in jet

Gestes de surface : Touching Reality de Thomas Hirschhorn et What Shall We Do Next? de Julien Prévieux

Si l’on peut mettre en relation des œuvres aussi différentes que Touching Reality de Thomas Hirschhorn (2012) et What Shall We Do Next de Julien Prévieux (2006-2014) c’est parce qu’elles consistent, l’une et l’autre, en une représentation de gestes définis par les technologies numériques. Touching Reality est une vidéo qui, en une projection de taille imposante, montre des photographies de corps mutilés qu’une main de femme fait défiler et agrandit sur un écran tactile. What Shall We Do Next comprend un film d’animation et une pièce chorégraphique consistant en une suite de mouvements « à vide » ; il s’agit de gestes que les fabricants d’ordinateurs et de consoles de jeux ont fait breveter auprès de l’agence américaine USPO, des manipulations relatives à des appareils pour l’heure à l’état d’étude. C’est de la représentation que ces artistes ont choisi de donner de ces nouvelles « techniques du corps » qu’il sera question : du type de mouvements que ces œuvres mettent en évidence et de la manière dont ces artistes articulent ces manipulations avec le réel. L’action du corps se réduit ici à celle de la main. Thomas Hirschhorn présente et Julien Prévieux suggère son glissement sur les écrans ; ils montrent différentes orchestrations des doigts sur leur surface lisse et font percevoir la singularité de ces manipulations familières ou à venir, singularité qui réside dans une combinaison de précision délicate et de systématisme froid. En associant à ces effleurements un défilement d’images de corps détruits trouvés sur les réseaux sociaux, Thomas Hirschhorn indique sur un mode délibérément cru la violence qui réside dans cette « atopie fugitive » (Mondzain). Si l’œuvre de Julien Prévieux consiste à ne pas figurer explicitement ce réel, c’est toutefois à une forme équivalente de violence que cet enchainement de gestes atones semble se référer.Both Touching Reality by Thomas Hirschhorn (2012) and What Shall We Do Next by Julien Prévieux (2006-2014) present gestures determined by digital technology. Touching Reality is a video which shows large-scale images of mutilated bodies that a woman’s hand enlarges on a tactile screen. What Shall We Do Next consists in an animated short film and a choreographic creation based on movements repeated in empty space. They are gestures that computer and video games programmers have had patented with the American agency USPO, gestures relating to devices that are for the moment still being developed. Our aim is to study how these artists have chosen to represent these new body gestures and the way they impact on the real world around us. The focus is here on the hand. Thomas Hirschhorn presents the gesture of the moving hand on the screen, and Julien Prévieux suggests how it slides on the screen. They show how the movements of the fingers on the smooth surface, whether already familiar or still to come, are singular, because they are both delicately precise, but also systematically cold. By associating these light touches to the photos of destroyed bodies, found on social networks, Thomas Hirschhorn reveals the inherent violence which resides in this “fugitive atopia” (Mondzain). Though Julien Prévieux does not crudely represent it, he seems to refer to the same kind of underlying violence

Le siècle des Lumières et l'embellissement des villes: une capitale provinciale, Grenoble

During the Enlightment century, there was a fad for cities « smartening». Town planning, described as « frôleur » by Georges Duby, become in the eighteenth century a growing concern for the men of this time. For a long time some writers, philosophers, architects and painters have theorized in this area. Leon Battista Alberti in the fifteenth century is one of them: he advocates the combination of beauty, strength and usefulness with respect to urban development. These ideas are reflected in the eighteenth century by the actors who decide and carry out urban operations. Grenoble is involved in this line of thought despite the difficulties it encounters. Contributors are numerous, as conflicts troubling them, which has obviously an impact on the progress, the execution and the implementation of urban projects. The grip of king's agents, the decline of the Office of Finance, the parliamentary opposition and also the sidelining of the consuls are issues that fuel disputes. Grenoble, situated at the confluence of the Isère and the Drac (etymologically : the dragon), two watercourses still largely unconquered at this time, is enclosed in a straitjacket of walls and old ramparts. Its geographical location as well as its status of military place are not without consequences on the urban layout. In the eighteenth century, the emerging representations of the city lead to a change of the « urban landscape » : the hygiene, the healthiness are concerns that government takes more and more into account without sacrificing comfort and the improvement of the resident's living environment. The widening, the straightening and paving of the streets are privileged, the nature is integrated into the arrangements with the creation of walks, gardens, the places are in honour of the King, the notion of monumental perspective develops. This paper relates the Grenoble's town planning evolutions in the eighteenth century, by replacing the city in a general context of cities smartening .Le Siècle des Lumières est marqué par l'engouement pour « l'embellissement » des villes. L'urbanisme qualifié de « frôleur » par Georges Duby devient au XVIIIe siècle une préoccupation grandissante pour les hommes de l'époque. Depuis longtemps des écrivains, des philosophes, des architectes ou des peintres ont théorisé dans ce domaine. Leon Battista Alberti au XVe siècle est l'un de ceux-là : il préconise l'alliance de la beauté, de la solidité et de l'utilité pour ce qui concerne les aménagements urbains. Ces idées sont reprises au XVIIIe siècle par les acteurs chargés de décider et de réaliser les opérations urbanistiques. Grenoble participe à ce courant de pensée malgré les difficultés qu'elle rencontre. Les intervenants sont nombreux tout comme les conflits qui les agitent ce qui a évidemment une répercussion sur l'avancement, l'exécution et la réalisation des projets urbains. La mainmise de l'intendant, le déclin du Bureau des Finances, l'opposition du Parlement ou encore la mise à l'écart des consuls sont autant de sujets qui nourrissent les querelles. Grenoble située au confluent de l'Isère et du Drac (étymologiquement : le dragon), deux cours d'eau encore largement indomptées à l'époque, est enserrée dans un carcan de murailles et de remparts anciens. Sa situation géographique ainsi que son statut de place-forte ne sont pas sans conséquences sur le tracé urbain. Au XVIIIe siècle, les nouvelles représentations de la ville qui émergent entrainent un changement du « paysage urbain » : l'hygiène, la salubrité sont des préoccupations que les pouvoirs publics prennent de plus en plus en compte sans oublier le confort et l'amélioration du cadre de vie des habitants. L'élargissement, le redressement et le pavage des rues sont privilégiés, la nature est intégrée aux aménagements avec la création de promenades, de jardins, les places font honneur au Roi, la notion de perspective monumentale se développe. Ce mémoire retrace les évolutions de l'urbanisme grenoblois au XVIIIe siècle, en replaçant la cité dans un contexte général d'embellissement des villes

Development of Computational Methods to Predict Protein Pocket Druggability and Profile Ligands using Structural Data

This thesis presents the development of computational methods and tools using as input three-dimensional structures data of protein-ligand complexes. The tools are useful to mine, profile and predict data from protein-ligand complexes to improve the modeling and the understanding of the protein-ligand recognition. This thesis is divided into five sub-projects. In addition, unpublished results about positioning water molecules in binding pockets are also presented. I developed a statistical model, PockDrug, which combines three properties (hydrophobicity, geometry and aromaticity) to predict the druggability of protein pockets, with results that are not dependent on the pocket estimation methods. The performance of pockets estimated on apo or holo proteins is better than that previously reported in the literature (Publication I). PockDrug is made available through a web server, PockDrug-Server (http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr), which additionally includes many tools for protein pocket analysis and characterization (Publication II). I developed a customizable computational workflow based on the superimposition of homologous proteins to mine the structural replacements of functional groups in the Protein Data Bank (PDB). Applied to phosphate groups, we identified a surprisingly high number of phosphate non-polar replacements as well as some mechanisms allowing positively charged replacements. In addition, we observed that ligands adopted a U-shape conformation at nucleotide binding pockets across phylogenetically unrelated proteins (Publication III). I investigated the prevalence of salt bridges at protein-ligand complexes in the PDB for five basic functional groups. The prevalence ranges from around 70% for guanidinium to 16% for tertiary ammonium cations, in this latter case appearing to be connected to a smaller volume available for interacting groups. In the absence of strong carboxylate-mediated salt bridges, the environment around the basic functional groups studied appeared enriched in functional groups with acidic properties such as hydroxyl, phenol groups or water molecules (Publication IV). I developed a tool that allows the analysis of binding poses obtained by docking. The tool compares a set of docked ligands to a reference bound ligand (may be different molecule) and provides a graphic output that plots the shape overlap and a Jaccard score based on comparison of molecular interaction fingerprints. The tool was applied to analyse the docking poses of active ligands at the orexin-1 and orexin-2 receptors found as a result of a combined virtual and experimental screen (Publication V). The review of literature focusses on protein-ligand recognition, presenting different concepts and current challenges in drug discovery.Tässä väitöskirjassa esitetään tietokoneavusteisia menetelmiä ja työkaluja, jotka perustuvat proteiini-ligandikompleksien kolmiulotteisiin rakenteisiin. Ne soveltuvat proteiini-ligandikompleksien rakennetiedon louhimiseen, optimointiin ja ennustamiseen. Tavoitteena on parantaa sekä mallinnusta että käsitystä proteiini-liganditunnistuksesta. Väitöskirjassa työkalut kuvataan viitenä eri alahankkeena. Lisäksi esitetään toistaiseksi julkaisemattomia tuloksia vesimolekyylien asemoinnista proteiinien sitoutumistaskuihin. Kehitin PockDrugiksi kutsumani tilastollisen mallin, joka yhdistää kolme ominaisuutta – hydrofobisuuden, geometrian ja aromaattisuuden – proteiinitaskujen lääkekehityskohteeksi soveltuvuuden ennustamista varten siten, että tulokset ovat riippumattomia sitoutumistaskun sijoitusmenetelmästä. Apo- ja holoproteiinien taskujen ennustaminen toimii paremmin kuin alan kirjallisuudessa on aiemmin kuvattu (Julkaisu I). PockDrug on vapaasti käyttäjien saatavilla PockDrug-verkkopalvelimelta (http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr), jossa on lisäksi useita työkaluja proteiinin sitoutumiskohdan analyysiin ja karakterisointiin (Julkaisu II). Kehitin myös muokattavissa olevan tietokoneavusteisen prosessin, joka perustuu samankaltaisten proteiinien päällekkäin asetteluun, louhiakseni Protein Data Bankista (PDB) toiminnallisten ryhmien rakenteellisia korvikkeita. Tätä fosfaattiryhmiin soveltaessani tunnistin yllättävän paljon poolittomia fosfaattiryhmän korvikkeita ja joitakin positiivisesti varautuneita korvikkeita mahdollistavia mekanismeja. Lisäksi havaitsin, että ligandit omaksuivat U muotoisen konformaation fylogeneettisesti riippumattomien proteiinien nukleotidien sitoutumistaskuissa (Julkaisu III). Tutkin PDB:n proteiini-ligandikompleksien suolasiltojen yleisyyttä viidelle emäksiselle toiminnalliselle ryhmälle. Suolasiltojen yleisyys vaihteli guanidinium-ionin 70 prosentista tertiääristen ammoniumkationien 16 prosenttiin. Jälkimmäisessä tapauksessa suolasiltojen vähäisyys vaikuttaa riippuvan siitä, että vuorovaikuttaville ryhmille on vähemmän tilaa. Mikäli tarkastellut emäksiset ryhmät eivät osallistuneet vahvoihin karboksylaattivälitteisiin suolasiltoihin, niiden ympäristössä vaikutti olevan runsaasti happamia toiminnallisia ryhmiä, kuten hydroksi- ja fenoliryhmiä sekä vesimolekyylejä (Julkaisu IV). Lopuksi kehitin työkalun, joka mahdollistaa telakoinnista saatujen sitoutumisasentojen analyysin. Työkalu vertaa telakoitua ligandisarjaa sitoutuneeseen vertailuligandiin, joka voi olla eri molekyyli. Graafisena tulosteena saadaan diagrammi ligandien muotojen samankaltaisuudesta ja molekyylivuorovaikutusten sormenjälkiin perustuvasta Jaccard-pistemäärästä. Työkalua sovellettiin oreksiini-1- ja oreksiini-2-reseptoreille yhdistetyllä virtuaalisella ja kokeellisella seulonnalla löydettyjen aktiivisten ligandien sitoutumisasentojen analyysiin (Julkaisu V).Cette thèse présente le développement de méthodes et d’outils informatiques basés sur la structure tridimensionnelle des complexes protéine-ligand. Ces différentes méthodes sont utilisées pour extraire, optimiser et prédire des données à partir de la structure des complexes afin d’améliorer la modélisation et la compréhension de la reconnaissance entre une protéine et un ligand. Ce travail de thèse est divisé en cinq projets. En complément, une étude sur le positionnement des molécules d’eau dans les sites de liaisons a aussi été développée et est présentée. Dans une première partie un modèle statistique, PockDrug, a été mis en place. Il combine trois propriétés de poches protéiques (l’hydrophobicité, la géométrie et l’aromaticité) pour prédire la druggabilité des poches protéiques, si une poche protéique peut lier une molécule drug-like. Le modèle est optimisé pour s’affranchir des différentes méthodes d’estimation de poches protéiques. La qualité des prédictions, est meilleure à la fois sur des poches estimées à partir de protéines apo et holo et est supérieure aux autres modèles de la littérature (Publication I). Le modèle PockDrug est disponible sur un serveur web, PockDrug-Server (http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr) qui inclus d’autres outils pour l’analyse et la caractérisation des poches protéiques. Dans un second temps un protocole, basé sur la superposition de protéines homologues a été développé pour extraire des replacements structuraux de groupements chimiques fonctionnels à partir de la Protein Data Bank (PDB). Appliqué aux phosphates, un grand nombre de remplacements non-polaires ont été identifié pouvant notamment être chargés positivement. Quelques mécanismes de remplacements ont ainsi pu être analysé. Nous avons, par exemple, observé que le ligand adopte une configuration en forme U dans les sites de liaison des nucléotides indépendamment de la phylogénétique des protéines (Publication III). Dans une quatrième partie, la prévalence des ponts salins de cinq groupements chimiques basiques a été étudié dans les complexes protéine-ligand. Ainsi le pourcentage de pont salin fluctue de 70% pour le guanidinium à 16% pour l’amine tertiaire qui a le plus faible volume disponible autour de lui pour accueillir un group pouvant interagir. L’absence d’acide fort comme l’acide carboxylique pour former un pont salin est remplacé par un milieu enrichis en groupement chimiques fonctionnels avec des propriétés acides comme l’hydroxyle, le phénol ou encore les molécules d’eau (Publication IV). Dans un dernier temps un outil permettant l’analyse des poses de ligand obtenues par une méthode d’ancrage moléculaire a été développé. Cet outil compare ces poses à un ligand de référence, qui peut être une molécule différente en combinant l’information du chevauchement de forme de la pose et du ligand de référence et un score de Jaccard basé sur une comparaison des empreintes d’interaction moléculaires du ligand de référence et de la pose. Cette méthode a été utilisé dans l’analyse des résultats d’ancrage moléculaires pour des ligands actifs pour les récepteurs aux orexine 1 et 2. Ces ligands actifs ont été trouvés à partir de résultats combinant un criblage virtuel et expérimental. La revue de la littérature associée est focalisée sur la reconnaissance moléculaire d’un ligand pour une protéine et présente diffèrent concepts et challenges pour la recherche de nouveaux médicaments