Transcriptome Analysis Uncovers the Gene Expression Profile of Hemileia vastatrix (Race XXXIII) during the Interactions with Resistant and Susceptible Coffee

This article presents research to sequence the transcriptome of H. vastatrix race XXXIII to obtain a database for use as a reference in studies of the interaction between the fungus and coffee. In addition, the authors aim to identify differentially expressed genes that have the potential to act as effector proteins during the interaction

Desempenho de bezerros de corte de diferentes composições genéticas produtos de rebanho leiteiro / Performance of beef calves of different genetic compositions dairy products

Objetivou-se com este trabalho avaliar o peso ao nascimento, desenvolvimento durante o período de amamentação e peso ao desmame de bezerros terminais oriundos do cruzamento de fêmeas F1 Holandês x Zebu com touros zebuínos. Bezerros ¾ Nelore e Guzerá, foram os que apresentaram maior (P<0,05) média de peso ao nascimento 39 kg. Os filhos de touros da raça Gir, foram os que apresentaram menores (P<0,05) valores para o peso a desmama com média de 163,6 kg, e ganho médio diário de 0,464 kg/dia. O desempenho dos bezerros (a) na fase de cria, apresentou um desenvolvimento continua crescente, em todos os grupos genéticos. No resultado da correlação entre o peso ao nascimento e o peso a desmama, somente o grupo genético com 50% de genes da raça Gir que não obtiveram significância (P>0,05). No resultado da correlação entre o peso ao nascimento e o ganho médio diário, somente os grupos genéticos com 75 e 50% Nelore tiveram efeito significativo (P<0,05). Produtos oriundos do cruzamento de vacas F1 Holandês x Zebu com touros de raças zebuínas são viáveis para os segmentos de recria e engorda da cadeia da carne

METODOLOGIAS DE ENSINO NA EDUCAÇÃO DE JOVENS E ADULTOS: UM ESTUDO SISTEMÁTICO E CRÍTICO

Youth and adult education (EJA) plays a crucial role in promoting educational equality and empowering individuals to deal with contemporary social and economic challenges. In this systematic and critical study, we investigated the main teaching methodologies used in EJA, analyzing their effectiveness, challenges and contributions to the educational process of these students. Through a comprehensive literature review, we identify different pedagogical approaches, including Andragogy, Popular Education, Project Pedagogy, and other relevant strategies, and explore their implications for adult learning. The critical analysis highlighted the importance of considering the specific characteristics of the EJA audience, such as life experiences, individual needs and socioeconomic contexts, when implementing teaching methodologies. We note that although several approaches have proven to be effective in promoting active participation and engagement among adult learners, important challenges remain, such as the lack of adequate resources, the social stigma associated with late education, and the need to adapt teaching methods. to contemporary demands. Based on the critical review, we emphasize the importance of flexible, learner-centered approaches that take into account the diversity of adult learners' experiences and contexts. We propose an integrative approach that combines aspects of Andragogy and Project Pedagogy, aiming to promote autonomy, relevance and practical applicability of the knowledge acquired in EJA. This study seeks to contribute to the improvement of educational practices in EJA, encouraging the implementation of more appropriate and practical teaching methodologies to meet the specific needs of this diverse and sonorous audience.A educação de jovens e adultos (EJA) desempenha um papel crucial na promoção da igualdade educacional e na capacitação de indivíduos para lidar com os desafios sociais e econômicos contemporâneos. Neste estudo sistemático e crítico, investigamos as principais metodologias de ensino utilizadas na EJA, analisando sua eficácia, desafios e contribuições para o processo educacional desses alunos. Por meio de uma revisão abrangente da literatura, identificamos diferentes abordagens pedagógicas, incluindo a Andragogia, a Educação Popular, a Pedagogia de Projetos e outras estratégias relevantes, e exploramos suas implicações na aprendizagem de adultos. A análise crítica destacou a importância de considerar as características específicas do público da EJA, como experiências de vida, necessidades individuais e contextos socioeconômicos, ao implementar as metodologias de ensino. Observamos que, embora várias abordagens tenham demonstrado ser eficazes na promoção da participação ativa e no envolvimento dos alunos adultos, ainda persistem desafios importantes, como a falta de recursos adequados, o estigma social associado à educação tardia e a necessidade de adaptação dos métodos de ensino às demandas contemporâneas. Com base na revisão crítica, enfatizamos a importância de abordagens flexíveis e centradas no aluno, que levem em consideração a diversidade de experiências e contextos dos alunos adultos. Propomos uma abordagem integrativa que combina aspectos da Andragogia e da Pedagogia de Projetos, visando promover a autonomia, a relevância e a aplicabilidade prática do conhecimento adquirido na EJA. Este estudo busca contribuir para o aprimoramento das práticas educacionais na EJA, incentivando a implementação de metodologias de ensino mais adequadas e práticas para atender às necessidades específicas desse público diversificado e sonoro

Transcriptomic study of sugarcane ancestor genotypes focusing on cell wall metabolism-related genes

A cana-de-açúcar é uma gramínea C4 cuja principal característica é o acúmulo de altas concentrações de sacarose no colmo. As variedades comerciais são derivadas de cruzamentos de S. officinarum, que possui colmos grossos com alto teor de açúcar, e S. spontaneum, que apresenta colmos finos, fibrosos, com baixo teor de açúcar, mas com maior perfilhamento e resistência a estresses. O desenvolvimento da tecnologia do bioetanol celulósico, no qual o bagaço é utilizado para produção de bioetanol, tem gerado o interesse no desenvolvimento da cana energia, que possui mais fibra e biomassa, porém menos sacarose. Para isso, é importante o entendimento das vias regulatórias de biossíntese de parede celular, principal constituinte da biomassa vegetal. Ainda, as variedades comerciais possuem uma base genética estreita, que pode ser um dos fatores responsáveis pela diminuição dos ganhos de produtividade que vem sendo observada a cada variedade lançada. Isso mostra a importância de se voltar aos genótipos ancestrais para identificar genes que possam ser importantes para o melhoramento da cana-de-açúcar, incluindo o desenvolvimento da cana energia. Assim, o presente trabalho analisou o transcriptoma de três genótipos ancestrais e dois híbridos comerciais, juntamente com a caracterização de dados morfo-fisiológicos. Essa abordagem permitiu ligar padrões de expressão gênica aos fenótipos e identificar genes e vias regulatórias que estão possivelmente relacionadas aos mecanismos que determinam características como produtividade, acúmulo de sacarose e lignina, principalmente genes de regulação da estrutura da cromatina, metabolismo de parede celular e algumas famílias de fatores de transcrição. A expressão desses genes apresentou maior correlação com acúmulo de sacarose do que a expressão dos próprios genes do metabolismo de sacarose. S. spontaneum foi o genótipo que apresentou perfil de expressão e fenótipos mais distintos, mostrando um potencial biotecnológico para produção de biomassa. A integração dos resultados sugere que o acúmulo de sacarose compete com o de lignina e que o controle do crescimento em entrenós mais jovens pode ser importante para a maior produtividade. Também foram construídas bibliotecas de cDNA full length e estas apresentaram 90% de insertos completos. O sequenciamento dessas bibliotecas revelou uma grande quantidade de transcritos novos e específicos do gênero Saccharum, juntamente com um número significativo de transcritos antissense e milhares de genes diferencialmente expressos que podem estar associados, principalmente, às diferenças de resistência a estresses de S. officinarum e S. spontaneum. Essas bibliotecas fornecem uma grande plataforma para estudos posteriores para descoberta de polimorfismos, splicing alternativo e alelos que possam ser importantes nas características dos genótipos. Ainda, foram identificadas sequências promotoras de genes do metabolismo de parede celular e de alguns candidatos a estarem envolvidos nesse processo; vários apresentaram sítios de ligação conservados responsivos a fatores de transcrição da biossíntese de parede celular, mas algumas diferenças importantes foram identificadas, evidenciando divergências evolutivas entre cana-de-açúcar e outras espécies. Nossos dados mostram-se importantes por avançar no entendimento das vias envolvidas no metabolismo de parede celular em cana-de-açúcar assim como por caracterizar parte da variabilidade dos genótipos ancestrais.Sugarcane is C4 grass whose main characteristic is the accumulation of high concentrations of sucrose in its stem. Commercial varieties are derived from crosses between S. officinarum, which has thick culms with high sugar content, and S. spontaneum, which has thin fibrous culms, with low sugar content, but presents high tillering and stress tolerance. The development of cellulosic bioethanol technology, on which the bagasse is used to produce bioethanol, has raised the interest to produce the energy cane, which has high fiber content and biomass yield instead of sucrose. For this purpose, it is important to obtain knowledge on the regulatory pathways of the biosynthesis of the cell wall, the main component of plant biomass. Still, commercial varieties have a narrow genetic basis and this could be one of the reasons for the reduction on yield gains that has been noticed for new varieties released. This shows the importance to return to ancestor genotypes to identify genes that might be important for sugarcane improvement, as well as for energy cane development. The present work analyzed the transcriptome of three ancestor genotypes and two commercial hybrids, together with the characterization of morphophysiological traits. This approach allowed us to link gene expression pattern and phenotypes to identify genes and regulatory pathways that might be related to the mechanisms determining traits, such as yield, sugar and lignin content, especially genes related to chromatin structure regulation, cell wall metabolism and some transcription factors families. The expression of those genes showed a greater correlation to sucrose content than expression of sucrose metabolism genes itself. S. spontaneum is the genotype with the most distinct expression profile and phenotype, showing a biotechnological potential for biomass production. The integration of the results suggests that sucrose accumulation competes with lignin and the control of growth in younger internodes might be important in determining higher yield. In addition, full length cDNA library has been constructed and they showed 90% full length inserts confirmed. High-throughput sequencing revealed a large number of new and specific Saccharum transcripts, as well as a significant number of antisense transcripts and thousands of differentially expressed genes that might be related to, especially, the differences of stress tolerance of S. officinarum and S. spontaneum. These libraries provide a large platform for future studies to discover polymorphisms, splicing variants and alleles that might be important to genotype\'s traits. We also identify promoter sequences from cell wall-related genes and some candidates to be involved in this process; several of them showed conserved binding sites responsive to cell wall-related transcription factors, however, some differences were also identified, showing an evolutionary divergence among sugarcane and other species. Our data are important for advancing knowledge on cell wall-related pathways in sugarcane as well as for the characterization of genetic variability of ancestor genotypes

Characterization of a begomovirus obtained from yellow passionfruit (Passiflora edulis f. flavicarpa) and production of infectious clones

Os begomovírus (família Geminiviridae) possuem genoma de DNA circular de fita simples, encapsidado em partículas icosaédricas imperfeitas geminadas. São transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci e causam doenças de grande importância econômica em diversas culturas, principalmente em regiões tropicais e subtropicais. No Brasil, os begomovírus são um grande problema fitossanitário nas culturas do tomateiro e feijoeiro, e relatos recentes confirmam sua presença também na cultura do maracujazeiro. Apesar da baixa incidência, sua importância na cultura do maracujazeiro não deve ser subestimada, devido à severidade dos sintomas e incapacidade da planta de recuperar-se da infecção causada por esses begomovírus. O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular e biológica do isolado BR:LNS2:Pas:01 de begomovírus obtido de maracujazeiro em Livramento de Nossa Senhora, BA. Para isso, foi realizada a clonagem e seqüenciamento do genoma viral (DNA-A e DNA- B). A análise das seqüências demonstrou que o DNA-A do BR:LNS2:Pas:01 possui cinco ORFs correspondentes aos genes cp, rep, trap, ren e ac4, e outras duas ORFs com alta identidade de seqüência com a ORF AC5. O DNA-B possui ORFs correspondentes aos genes mp e nsp. O DNA-A do isolado BR:LNS2:Pas:01 possui maior identidade de seqüência com o Tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV) (77%), e o DNA-B com o Tomato yellow spot virus (ToYSV) (74%). Esses valores indicam tratar-se de uma nova espécie, para a qual é proposto o nome Passion flower severe leaf distortion virus (PSLDV). A análise filogenética agrupou o DNA-A do PSLDV no mesmo ramo monofilético do TGMV, e o DNA-B no mesmo ramo monofilético do ToYSV. A caracterização biológica consistiu na determinação da gama de hospedeiros do PSLDV- [BR:LNS2:Pas:01], inoculando-se clones infecciosos via biobalística em diversas espécies/cultivares de plantas. Plantas das famílias Passifloraceae e Solanaceae foram hospedeiras do vírus, mas apesar do alto relacionamento filogenético com os vírus de tomateiro do Brasil, o PSLDV- [BR:LNS2:Pas:01] não foi capaz de infectar plantas dessa espécie.Begomoviruses (family Geminiviridae) possess a circular, single-stranded DNA genome encapsidate in twinned icosahedral particles. They are vectored by the whitefly Bemisia tabaci and cause economically important diseases in several crops, mainly in tropical and subtropical regions. In Brazil, begomoviruses are major pathogens in common bean and tomato crops, and recent reports have confirmed their presence in yellow passionfruit. In spite of the low incidence, their importance in this crop should not be underestimated, due to the severity of the disease and the plant s inability to recover from the infection. The objective of this work was to carry out the molecular and biological characterization of the begomovirus isolate BR:LNS2:Pas:01, obtained from yellow passionfruit plants in Livramento de Nossa Senhora, Bahia state. The viral genome (DNA-A and DNA-B) was cloned and sequenced. Sequence analysis demonstrated that the BR:LNS2:Pas:01 DNA-A has five ORFs corresponding to the genes cp, rep, trap, ren and ac4, and two additional ORFs with high sequence identity with the AC5 ORF. The DNA-B has two ORFs corresponding to the genes mp and nsp. The DNA-A of isolate BR:LNS2:Pas:01 has the highest nucleotide sequence identity with Tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV) (77%), and the DNA-B with Tomato yellow spot virus (ToYSV) (74%). These identity values indicate that this isolate represents a new begomovirus species, for which the name Passion flower severe leaf distortion virus (PSLDV) is proposed. Phylogenetic analysis clustered the PSLDV DNA-A in a monophyletic branch with TGMV, and the DNA-B in a monophyletic branch with ToYSV. Biological characterization consisted in the determination of the isolate s host range, via biolistic inoculation of infectious clones in plants of several species/cultivars. The host range was restricted to species from the Passifloraceae and Solanaceae families. However, in spite of the high sequence identity between PSLDV-[BR:LNS2:Pas: 01] and tomato begomoviruses, the virus was not capable of infecting tomato

A copper-zinc superoxide dismutase of Piper nigrum: Molecular cloning, recombinant expression, in vitro activity and molecular modeling

252-261Superoxide dismutase (SOD) plays crucial role controlling oxidative burst produced during interactions of plants with biotic factors. Previous studies identified a partial cDNA sequence coding for SOD in black pepper (Piper nigrum L.) infected by Fusarium solani f. sp. piperis, causal agent of rot root disease. Here, our main aim was to isolate this full-length cDNA sequence and characterize the P. nigrum SOD, named PnCuZnSOD. The 738-bp full-length cDNA contains a 459-bp open reading frame (ORF) encoding a deduced protein with 152 amino acid residues, predicted to be a cytosolic protein with molecular weight and isoelectric point of 15 kDa and 5.27, respectively. Comparative sequence analysis revealed high identity between the deduced PnCuZnSOD and superoxide dismutase sequences from GenBank database. In addition, putative conserved motifs, copper- and zinc-binding domains and cysteine residues involved in disulfide bond were identified. Furthermore, molecular modeling analyzes generated the three-dimensional structure of PnCuZnSOD protein. The recombinant PnCuZnSOD was produced by heterologous expression in bacterial cells, followed by the His-tagged protein purification and enzymatic activity evaluation. The effects of heat and hydrogen peroxide on the PnCuZnSOD activity were evaluated. The results indicated PnCuZnSOD as a probable active protein contributing to reactive oxygen species (ROS) homeostasis in the cytosol of P. nigrum cells

Characterization of Tomato yellow spot virus, a novel tomato-infecting begomovirus in Brazil Caracterização do Tomato yellow spot virus, um novo begomovírus isolado de tomateiro no Brasil

The objective of this work was the biological and molecular characterization of a begomovirus detected in São Joaquim de Bicas, Minas Gerais, Brazil, named TGV-[Bi2], by determining its host range, complete nucleotide sequence and phylogenetic relationships with other begomoviruses. Biological characterization consisted of a host range study using either sap inoculation or particle bombardment as inoculation methods. The yellow spot virus can infect plants in Solanaceae and Amaranthaceae, including economically importat crops as sweet pepper, and weeds as Datura stramonium and Nicotiana silvestris. For the molecular characterization, the full-length genome (DNA-A and DNA-B) was amplified, cloned and completely sequenced. Sequence comparisons and phylogenetic analyses indicated that TGV-[Bi2] constitutes a novel begomovirus species named Tomato yellow spot virus (ToYSV), closely related to Sida mottle virus (SiMoV).<br>O objetivo deste trabalho foi a caracterização biológica e molecular de um begomovírus detectado em tomateiros em São Joaquim de Bicas, Minas Gerais, denominado TGV-[Bi2]. A caracterização biológica consistiu em teste de gama de hospedeiros, realizado por meio de inoculação via extrato foliar tamponado ou bombardeamento de partículas. O isolado TGV-[Bi2] infecta plantas das famílias Solanaceae e Amaranthaceae, inclusive espécies economicamente importantes como o pimentão, e algumas plantas daninhas como Datura stramonium e Nicotiana silvestris. A caracterização molecular consistiu na clonagem e seqüenciamento de seu genoma completo (DNA-A e DNA-B). A comparação de seqüências e análise filogenética indicaram que o TGV-[Bi2] constitui uma nova espécie de begomovírus, denominada Tomato yellow spot virus (ToYSV), filogeneticamente relacionado ao Sida mottle virus (SiMoV)

NEOTROPICAL CARNIVORES: a data set on carnivore distribution in the Neotropics

Mammalian carnivores are considered a key group in maintaining ecological health and can indicate potential ecological integrity in landscapes where they occur. Carnivores also hold high conservation value and their habitat requirements can guide management and conservation plans. The order Carnivora has 84 species from 8 families in the Neotropical region: Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Otariidae; Phocidae; Procyonidae; and Ursidae. Herein, we include published and unpublished data on native terrestrial Neotropical carnivores (Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Procyonidae; and Ursidae). NEOTROPICAL CARNIVORES is a publicly available data set that includes 99,605 data entries from 35,511 unique georeferenced coordinates. Detection/non-detection and quantitative data were obtained from 1818 to 2018 by researchers, governmental agencies, non-governmental organizations, and private consultants. Data were collected using several methods including camera trapping, museum collections, roadkill, line transect, and opportunistic records. Literature (peer-reviewed and grey literature) from Portuguese, Spanish and English were incorporated in this compilation. Most of the data set consists of detection data entries (n = 79,343; 79.7%) but also includes non-detection data (n = 20,262; 20.3%). Of those, 43.3% also include count data (n = 43,151). The information available in NEOTROPICAL CARNIVORES will contribute to macroecological, ecological, and conservation questions in multiple spatio-temporal perspectives. As carnivores play key roles in trophic interactions, a better understanding of their distribution and habitat requirements are essential to establish conservation management plans and safeguard the future ecological health of Neotropical ecosystems. Our data paper, combined with other large-scale data sets, has great potential to clarify species distribution and related ecological processes within the Neotropics. There are no copyright restrictions and no restriction for using data from this data paper, as long as the data paper is cited as the source of the information used. We also request that users inform us of how they intend to use the data