Effiicient Computation of Maximal Exact Matches Between Genomic Sequences

Sequence alignment is one of the most accomplished methods in the field of bioinformatics, being crucial to determine similarities between sequences, from finding genes to predicting functions. The computation of Maximal Exact Matches (MEM) plays a fundamental part in some algorithms for sequence alignment. MEMs between a reference-query genome are often utilized as seeds in a genome aligner to increase its efficiency. The MEM computation is a time consuming step in the sequence alignment process and increasing the performance of this step increases significantly the whole process of the alignment between the sequences. As of today, there are many programs available for MEM computing, from algorithms based full text indexes, like essaMEM; to more effective ones, such as E-MEM, copMEM and bfMEM. However, none of the available programs for the computation of MEMs are able to work with highly related sequences. In this study, we propose an improved version, E-MEM2, of the well known MEM computing software, E-MEM. With a trade-off between time and memory, the improved version shows to run faster than its previous version, presenting very large improvements when comparing closely-related sequences

Work, Inequalities, and Precarization: Impacts on Brazil in Times of COVID-19 Pandemic

This paper aims to consider and analyze the effects of the COVID-19 pandemic on work in Brazil. The difficult times Brazil has been facing have deepened the precarization experienced by a significant number of citizens in the work world and exposed the structural inequalities of the Brazilian society. We begin by presenting a contextualization of the country in terms of general indicators (political and social) and highlighting the development of Brazil’s work relations. We then analyze secondary data (from official sources), showing even more profound social inequalities in the work world in pandemic times, including those referring to recent reformist policies, with strong neoliberal inspiration in Brazil. Finally, we discuss the above-mentioned profound inequalities, especially those related to the increasingly weaker social protection networks and labor rights in Brazilian society.L’objectif de l’article est d’analyser les effets de la pandémie de COVID-19 sur le monde du travail au Brésil. L’idée motrice est que les temps difficiles vécus par le pays ont non seulement approfondi la situation de précarisation vécue par un nombre significatif de citoyens dans le monde du travail, mais ont aussi rendu plus visibles les inégalités structurelles de la société brésilienne. L’article présente une contextualisation du pays en ce qui concerne les indicateurs généraux (politiques et sociaux) et retrace l’itinéraire de la formation des relations de travail au Brésil. Ensuite, il analyse des données secondaires (de sources officielles) qui mettent en évidence l’approfondissement des inégalités sociales dans la sphère du monde du travail en temps de pandémie, incluant celles qui se rapportent aux politiques récentes de forte inspiration néolibérale. Enfin, l’article revient de manière critique sur l’augmentation évoquée des inégalités, spécialement celles concernant l’affaiblissement des réseaux de protection sociale et des droits du travail dans la société brésilienne

Indicação e intermediação de interesses: uma análise da conexão eleitoral na cidade do Rio de Janeiro, 2001-2004

Neste trabalho, os autores analisam a relação entre a sociedade e o poder público a partir do Poder Legislativo, tomando como objeto de estudo as indicações feitas pelos vereadores da Câmara Municipal do Rio de Janeiro aos órgãos da Prefeitura deste município nesse período. O objetivo é analisar a dinâmica político-eleitoral a partir das estratégias adotadas pelos vereadores para se reelegerem ou se elegerem para outro cargo público. A hipótese da pesquisa é que os legisladores municipais utilizam as indicações para intermediar a relação entre os eleitores e o Poder Executivo e, desta forma, construir sua conexão eleitoral. Os dados utilizados na pesquisa são secundários e qualitativos, constituindo uma base em Access (Microsoft) proveniente do Banco de indicações dos vereadores do Rio de Janeiro (Câmara Municipal do Rio de Janeiro, 2004). Seu conteúdo constitui-se de características das indicações produzidas pelos vereadores no período 2001-2004, tais como o ano de emissão e a zona de destino na cidade. A base, transportada para o Excel, foi depurada e nela cada indicação foi categorizada conforme a sua destinação a um serviço de investimento, de manutenção ou imaterial. As tabelas de frequências simples e de contingência foram geradas no pacote SPSS. Os dados característicos das indicações foram associados e identificaram-se padrões de emissão de ordens temporal, de categoria e de região de destinação. As indicações disponíveis são a totalidade daquelas emitidas pela Câmara do Rio no período mencionado. Constituem, ao mesmo tempo, uma população analisada em um período definido e uma grande amostra do processo histórico amplo e dinâmico de geração de indicações. Submetidos à análise descritiva e ao testeχ2 de aderência, os dados confirmam parcialmente a hipótese da pesquisa. Em primeiro lugar, eles sugerem que os vereadores tendem a usar as indicações de modo que o bem ou serviço público seja realizado pelo Executivo e entregue à população ainda durante o período de seu mandato. Em segundo, que ao fazê-las os vereadores visam fornecer um bem ou prestar um serviço público que supre as carências identificadas por eles próprios ou pelos eleitores. A pesquisa sugere que as indicações, comumente vistas como pouco relevantes por alguns cientistas políticos e a imprensa de um modo geral, podem ser instrumentos de costura de redes políticas, sendo, por isso, importante a sua análise. Mas os dados sugerem ainda a necessidade de novas pesquisas para verificar se as indicações são de fato destinadas preferencialmente ao reduto eleitoral do vereador e para se entender melhor por que nem todos os vereadores usam as indicações com a mesma frequência. A hipótese, ainda a ser verificada, é: políticos com uma votação mais concentrada territorialmente tenderiam a utilizar mais este dispositivo legislativo do que aqueles que têm uma votação mais dispersa

Dinamic of pathogenic protozoa and cyanobacteria in a reservoir used for water supply in southeastern Brazil

O presente estudo foi baseado no monitoramento de um reservatório tropical (Vargem das Flores) utilizado para o abastecimento público de água de sete cidades da região metropolitana de Belo Horizonte, Minas Gerais. O reservatório foi monitorado durante quatro anos: período inicial (de 2004 a 2007) para células de cianobactérias e parâmetros físico-químicos e, subsequentemente (2007 e 2008), para oocistos de Cryptosporidium spp. e cistos de Giardia spp. em quatro estações de amostragem. Também foram avaliadas as concentrações de Escherichia coli de 2007 a 2008, o que permitiu a caracterização de cada ponto de amostragem de acordo com a legislação do Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA) nº 274/2000. Os resultados indicaram concentrações de (oo)cistos de Cryptosporidium spp. e Giardia spp. variando de 0 a 0,8 (oo)cistos.L-1, e as mais elevadas concentrações de células de cianobactérias, de 0,0 a 4,5 x 105 cels.mL-1, apontando assim para potencial risco à saúde humana caso a água do reservatório seja consumida sem tramento. As cianobactérias não foram encontradas durante a estação seca. O grupo retornou rapidamente após a desestratificação. A estação chuvosa foi caracterizada pela elevada ocorrência de cianobactérias com a predominância da espécie picoplanctônica (Aphanocapsa sp.), sobre Microcystis spp. previamente detectada, e apresentou as maiores variações de oxigênio dissolvido, turbidez, fósforo total, ortofosfato, amônia, nitrito e nitrato. A mudança observada no grupo das cianobactérias (Aphanocapsa spp. sobre Microcystis spp.) pode ser um indicativo das alterações das características da água. De acordo com as concentrações de E. coli , as estações foram classificadas como próprias para recreação de contato primário, de acordo com a Resolução CONAMA nº 274/2000.The current study monitored the water quality of a tropical reservoir (Vargem das Flores) used to supply potable water to seven cities in the metropolitan area of Belo Horizonte, Minas Gerais, southeast Brazil. The reservoir was monitored for four years: initially (from 2004 to 2007) for cyanobacterial cells and physicochemical parameters and, subsequently (in 2007 and 2008), for Cryptosporidium spp. oocysts and Giardia spp. cysts in four sampling stations. The concentrations of Escherichia coli were also measured in 2007 and 2008, wich allowed the characterization of each sampling point according to the National Environment Council (CONAMA) no. 274/2000. Results indicated concentrations of Cryptosporidium spp. and Giardia spp. (oo)cysts ranging from 0 to 0.8 (oo)cysts.L-1, and higher concentrations of cyanobacteria cells, from 0.0 to 4.5 x 105 cells.mL-1, thus indicating potential risks to human health, if the water from the reservoir is not properly treated before consumption. The group of cyanobacteria was not found during the dry season, returning soon after destratification. The rainy season was characterized by a higher ocurrence of cyanobacteria and predominance of picoplanktonic species (Aphanocapsa spp.), over the Microcystis spp. previously found and presented the highest variations in dissolved oxygen, turbidity, total phosphorous, orthophosphate, ammonia, nitrite and nitrate. The change observed within the group of cyanobacteria (Aphanocapsa spp. over Microcystis spp.) may be indicative of changing characteristics in the water source. All the sampling points were classified as adequate for primary contact recreation, given the E. coli concentrations, according to the CONAMA Resolution no. 274/2000

Predicting Physical Features and Diseases by DNA Analysis: Current Advances and Future Challenges

The 'omics' era and its concomitant technological advances have brought great insight into genetics. One of the most promising fields within human genetics is the prediction of physical traits from analysis of genetic material. Besides the predictive potential of DNA, the traceability of pathogenic agents in the human body through molecular analysis is also a field to be further exploited. In this review, we aim to discuss specific aspects of phenotypic prediction by analysing DNA, with special emphasis on normal variation, and the application of a technology known as ‘Forensic DNA Phenotyping’ (FDP). We also suggest the term ‘Phenotype Informative Markers’ (PIMs) to designate any molecular markers responsible for normal or pathological human phenotypic variation. In addition, we raise some recommendations related to forensic genetics, the molecular diagnosis of human diseases, and the traceability of pathogens in the human body, giving special emphasis to the need for validation of these tests with strict protocols. Some relevant concerns about privacy, ethics, and legality of such predictions have also been discussed. Finally, we look at perspectives on the use of epigenetic tools, and quote some examples of what has been done in this specific field.Fil: Silva de Cerqueira, Caio Cesar. Scientific Police Of Sao Paulo State; BrasilFil: Ramallo, Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: Hünemeier, Tábita. Universidade de Sao Paulo; BrasilFil: de Azevedo, Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: Quinto Sanchez, Mirsha Emmanuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: Paschetta, Carolina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: Cintas, Celia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: González, Marina Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; ArgentinaFil: Schüler-faccini, Lavinia. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Brasil. National Institute of Medical Genetics Population; BrasilFil: Bortolini, María Cátira. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; BrasilFil: González José, Rolando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; Argentin

Avaliação de banana-passa obtida de frutos de diferentes genótipos de bananeira

Industrialization can be a good option for using production surplus and fruits with poor appearance for in natura consumption, because of its capacity to extend shelf life and to aggregate value to the product. Fruits from different banana (Musa spp.) varieties obtained from breeding programs may have differentiated characteristics regarding their adaptation to a certain fruit processing. The objective of this work was to evaluate the dehydrated banana product obtained from fruits of different genotypes. The genotypes used were: Caipira; Nanica; Pacovan and its hybrids PV03-44 and PV03-76; Prata Anã and its hybrids FHIA-18, Pioneira and Prata Graúda. Antioxidant treatments were ascorbic acid (0.25%), citric acid (0.30%); and osmotic dehydration treatment was sucrose (40%, at 70°C). Dehydration was completed in a dryer with forced air circulation. Products obtained were appraised for physical, physico-chemical, chemical and sensory aspects. The highest yield was obtained with Pacovan. Dehydrated bananas produced by the genotypes studied had good sensory acceptance, with means higher than 6 for the following attributes: appearance, color, aroma, flavor and texture. Pioneira was the genotype with highest sensory acceptance.A industrialização pode ser uma opção para o aproveitamento de excedentes de produção e de frutos com aparência comprometida para consumo in natura, ao proporcionar aumento da vida-de-prateleira e agregação de valor ao produto. Frutos de diferentes variedades de bananeira (Musa spp.), obtidas em programas de melhoramento genético, podem apresentar características diferenciadas no que se refere à adequação à determinada forma de processamento. O objetivo deste trabalho foi avaliar o produto banana-passa, obtido a partir de frutos de diferentes genótipos de bananeira. Os genótipos avaliados foram: Caipira; Nanica; Pacovan e seus híbridos PV03-44 e PV03-76; Prata Anã e seus híbridos FHIA-18, Pioneira e Prata Graúda. O processamento da banana-passa incluiu a aplicação de tratamento antioxidante, com ácido ascórbico (0,25%) e ácido cítrico (0,30%), e desidratação osmótica, com sacarose (40%, a 70°C). A desidratação foi completada em secador de cabine com circulação forçada de ar. Os produtos obtidos foram avaliados quanto aos aspectos físicos, físico-químicos, químicos e sensoriais. O maior rendimento de produção foi obtido pela cultivar Pacovan. As bananas-passa tiveram boa aceitação sensorial, com médias superiores a 6 (gostei ligeiramente) para os atributos aparência, cor, aroma, sabor e textura. A Pioneira foi o genótipo com maior aceitação sensorial

S-Nitroso-N-Acetylcysteine Ameliorates Ischemia-Reperfusion Injury In The Steatotic Liver

BACKGROUND: Steatosis is currently the most common chronic liver disease and it can aggravate ischemia-reperfusion (IR) lesions. We hypothesized that S-nitroso-N-acetylcysteine (SNAC), an NO donor component, can ameliorate cell damage from IR injury. In this paper, we report the effect of SNAC on liver IR in rats with normal livers compared to those with steatotic livers. METHODS: Thirty-four rats were divided into five groups: I (n=8), IR in normal liver; II (n=8), IR in normal liver with SNAC; III (n=9), IR in steatotic liver; IV (n=9), IR in steatotic liver with SNAC; and V (n=10), SHAN. Liver steatosis was achieved by administration of a protein-free diet. A SNAC solution was infused intraperitoneally for one hour, beginning 30 min. after partial (70%) liver ischemia. The volume of solution infused was 1 ml/100 g body weight. The animals were sacrificed four hours after reperfusion, and the liver and lung were removed for analysis. We assessed hepatic histology, mitochondrial respiration, oxidative stress (MDA), and pulmonary myeloperoxidase. RESULTS: All groups showed significant alterations compared with the group that received SHAN. The results from the steatotic SNAC group revealed a significant improvement in liver mitochondrial respiration and oxidative stress compared to the steatotic group without SNAC. No difference in myeloperoxidase was observed. Histological analysis revealed no difference between the non-steatotic groups. However, the SNAC groups showed less intraparenchymal hemorrhage than groups without SNAC (p=0.02). CONCLUSION: This study suggests that SNAC effectively protects against IR injury in the steatotic liver but not in the normal liver

Evaluation of the Genotoxicity of Endodontic Materials for Deciduous Teeth Using the Comet Assay

Objective: To evaluate genotoxicity of zinc oxide, P. A. calcium hydroxide, mineral trioxide aggregate and an iodoform paste using comet assay on human lymphocytes. Material and Methods: Two positive controls were used: methyl-methanesulfonate for the P.A. calcium hydroxide and mineral trioxide aggregate; and doxorubicin for the iodoform paste and zinc oxide. There were also two negative controls: distilled water for the P.A. calcium hydroxide and mineral trioxide aggregate; and DMSO for the iodoform paste and zinc oxide. Comets were identified using fluorescence microscopy and 100 of them were counted on each of the three slides analyzed per drug test. A damage index was established, taking into consideration the score pattern that had previously been determined from the size and intensity of the comet tail. Analysis of variance, followed by Tukey’s test, was used to compare the means of the DNA damage indices. Results: The DNA damage index observed for mineral trioxide aggregate (7.08 to 8.58) and P.A. calcium hydroxide (6.50 to 8.33), which were similar to negative control index. On the other hand, damage index for zinc oxide (104.7 to 218.50) and iodoform paste (115.7 to 210.7) were similar to positive control index. Conclusion: Iodoform paste and zinc oxide showed genotoxicity at all concentrations used

Estradiol-17β altera expressão proteica endometrial em fêmeas bovinas tratadas no 17º dia do ciclo estral

In bovine females the release of prostaglandin F2&#945; (PGF2&#945;) is induced in vivo by estradiol (E2). It is believed that E2 stimulates the synthesis of essential proteins for the production of PGF2&#945;. This study aimed to evaluate the effect of E2 in increasing the concentration of total protein and modifying the protein composition of endometrial explants from bovine females treated with E2 at the 17th day of estrous cycle. Crossbred heifers were treated at 17th day of estrous cycle intravenously with 0 mg (Control Group; n = 6) or 3 mg of E2 (E2 Group; n = 6) and killed two hours after. Endometrial explants were isolated, subjected to extraction of total protein, quantified and were analyzed by one-dimensional electrophoresis on polyacrylamide gel 10% SDS-PAGE. The concentration of total protein did not differ between groups, 6296.10 + 439.90 µg/mL for the Control Group and 8426.56 + 1156.00 µg/mL for E2 Group (p = 0.1158). There was no significant difference (p &gt; 0.05) in the protein profile of endometrial explants in gels stained with Coomasie Blue. In gels stained with Silver Nitrate it was verified in E2 Group greater relative percentage of the bands referring to the molecular weight of 75 to 76 kDa (8.40% vs. 4.89% in E2 Group and Control respectively; p < 0.05) and 108 to 110 Kda (6.85% vs. 3.84% in E2 Group and Control respectively, p < 0.05). It was observed in E2 Group lower relative percentage of the band referring to the molecular weight of 90 kDa (5.78% vs. 9.83% in E2 Group and control respectively; p < 0.05). We concluded that the E2 does not increase the protein concentration in the endometrium, however, it modifies the proteinic composition in the endometrial explants, indicating that E2 alters the expression of specific proteins.Em fêmeas bovinas, a liberação de prostaglandina F2α (PGF2α) é induzida in vivo pelo estradiol (E2). Acredita-se que o E2 estimule a síntese de proteínas essenciais na produção de PGF2α. Objetivou-se avaliar o efeito do E2 no incremento da concentração de proteínas totais e na modificação da composição proteica em explantes endometriais de fêmeas bovinas tratadas com E2 no 17º dia do ciclo estral. Novilhas cruzadas foram tratadas no 17º dia do ciclo estral, via intravenosa, com 0 mg (Grupo Controle; n = 6) ou 3 mg de E2 (Grupo E2; n = 6) e abatidas duas horas após. Explantes endometriais foram isolados, submetidos à extração de proteínas totais, quantificados e avaliados por Eletroforese Unidimensional em gel de poliacrilamida 10% SDS-PAGE. A concentração de proteínas totais não diferiu entre os grupos, 6296,10 + 439,90 µg/mL para o Grupo Controle e 8426,56 + 1156,00 µg/mL para o Grupo E2 (p = 0,1158). Não houve diferença significativa (p &gt; 0,05) no perfil proteico dos explantes endometriais em géis corados com Coomasie Blue. Em géis corados com Nitrato de Prata verificou-se no Grupo E2 maior porcentagem relativa das bandas referentes ao peso molecular de 75 a 76 kDa (8,40% vs. 4,89%; no Grupo E2 e Controle respectivamente; p &lt; 0,05) e 108 a 110 kDa (6,85% vs. 3,84%; no Grupo E2 e Controle respectivamente; p &lt; 0,05). Observou-se no Grupo E2 menor porcentagem relativa da banda referente ao peso molecular de 90 kDa (5,78% vs. 9,83%; no Grupo E2 e Controle respectivamente; p &lt; 0,05). Conclui-se que o E2 não incrementa a concentração de proteínas no endométrio, entretanto, altera a composição proteica nos explantes endometriais, indicando que o E2 altera a expressão de proteínas específicas