Non-equılıbrıum Behavıor Of A Complex Orderıng System: Hysteresıs In The D=3 Isıng Spın-glass From Hard-spın Mean-fıeld Theory

Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2007Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2007Üç boyutlu Ising spin-camı fazı içerisinde, bunalımı korumak üzere kurulmuş olan sert-spin ortalama-alan yöntemi kullanılarak histeresis eğrileri elde edilmiştir. Sistem zamana bağlı ve spin-camı düzenine eşlenik rasgele bir dış manyetik alan olan HQ ile sürülmektedir. Bu şekilde, spin-camı fazı içerisinde alan-kaynaklı bir birinci derece faz geçişi sağlanmıştır. Q-HQ eğrisinin histeresis çevrim alanı manyetik alanın sürülme hızı h ile A-Ao ~h^b şeklinde ölçeklenir. Spin-camı ve rasgele-bağ ferromanyetik fazlarında, sürülme hızı ölçeklenme üsteli b sıcaklık T’ye bağlı olarak değişmekte, fakat antiferromanyetik bağ yoğunluğu p den bağımsız gözükmektedir. Saf ferromanyetik fazda ise b diğer fazlardaki duruma ters bir şekilde T’den bağımsızdır ve ayrıca ciddi oranda farklı bir değer almaktadır.Hysteresis loops are obtained in the Ising spin-glass phase in d=3, using frustration-conserving hard-spin mean-field theory that yields the complete varigated micro-scopic ordering in this system at and away from equilibrium. The system is driven by a time-dependent random magnetic field HQ that is conjugate to the spin-glass order Q yielding a field-driven first-order phase transition through the spin-glass phase. The hysteresis loop area A of the Q-HQ curve scales with respect to the sweep rate h of magnetic field as A-Ao~h^b. In the spin-glass and random-bond ferromagnetic phases, the sweep-rate scaling exponent b changes with temperature T but appears not to change with antiferromagnetic bond concentration p. By contrast, in the pure ferromagnetic phase, b does not depend on T and has a sharply different value than in the two other phases.Yüksek LisansM.Sc

Authentication and prediction of some quality parameters of alcoholic beverage rakı with infrared spectroscopy

Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Food Engineering, Izmir, 2011Includes bibliographical references (leaves: 53-63)Text in English; Abstract: Turkish and Englishx, 63 leavesMid-infrared spectra of thirty- two Rakı samples of different brands, two types of Ouzo were collected and several chemical parameters were measured with analytical and instrumental methods. Moreover, Rakı samples were adulterated with methanol at 0.5-10% (vol/vol) and IR spectra were also obtained. Aims of this study are to classify Rakı samples according to raw material of Rakı and processing type, to predict some quality parameters of Rakı from IR spectra and also to detect adulteration of methanol in pure Rakı by using Fourier transform infrared spectroscopy in association with multivariate chemometric techniques and SIMCA. All samples were used to classify with respect to grape types (fresh or dried), raw material (only suma or suma and ethanol) and production process (double or triple distilled) by chemometric models. No clear classification could be found as parameters investigated because of predominant of alcoholic content in Rakı. In quantification analysis; pH, brix, electrical conductivity, total phenol and sugar content were determined with analytical reference methods for pure samples, then PLS were used to construct models to establish relationships between reference methods and FTIR spectra and to predict these quality parameters from spectral data. After PLS regression, highly good models were developed for brix and sugar. For adulteration analysis, six different Rakı samples were adulterated. First, PCA was used to detect Rakı samples adulterated with methanol. Then, PLS multivariate calibration model was constructed to determine the adulterant methanol content in Rakı . Consequently, successful results were obtained for detection of methanol in Raıı samples

Field-Driven Hysteresis of the d=3 Ising Spin Glass: Hard-Spin Mean-Field Theory

Hysteresis loops are obtained in the Ising spin-glass phase in d=3, using frustration-conserving hard-spin mean-field theory. The system is driven by a time-dependent random magnetic field H_Q that is conjugate to the spin-glass order Q, yielding a field-driven first-order phase transition through the spin-glass phase. The hysteresis loop area A of the Q-H_Q curve scales with respect to the sweep rate h of magnetic field as A-A_0 = h^b. In the spin-glass and random-bond ferromagnetic phases, the sweep-rate scaling exponent b changes with temperature T, but appears not to change with antiferromagnetic bond concentration p. By contrast, in the pure ferromagnetic phase, b does not depend on T and has a sharply different value than in the two other phases.Comment: 5 pages, 8 figures, 1 table. Replaced with published versio

Body Dysmorphic Disorder in Oral and Maxillofacial Surgery

Body dysmorphic disorder (BDD) may be related to the appearance of a body part or may sometimes arise from concerns about a body function. Currently, this disorder was included in contemporary classification systems with DSM-5. The majority of BDD patients first consult dermatologists, surgeons, and more often plastic surgeons, rather than psychiatrists. Therefore, it is difficult to determine the prevalence of this disorder in the psychiatric society. The oral and maxillofacial region is highly associated with face deformities, and the patients with BDD are applying to those clinics even without self-awareness of their disorders. It has been reported that most of the orthognathic surgical patients are associated with the facial appearance of surgical motivations and will have similar psychological motivations to cosmetic surgery patients. Moreover, the orthodontics, prosthetic and restorative dentistry are the branches of dentistry that mostly the patients come with esthetic complaints. Studies on BDD have not yet received the value they deserve concerning the prevalence and severity. Researches in dentistry and oral and maxillofacial surgery are much less, and the individuals suffering from BDD are not well-known among dentists/oral and maxillofacial surgeons; therefore, the frequency of BDD patients is not noticed and treated properly

Performance of CHROMAGAR candida and BIGGY agar for identification of yeast species

BACKGROUND: The importance of identifying the pathogenic fungi rapidly has encouraged the development of differential media for the presumptive identification of yeasts. In this study two differential media, CHROMagar Candida and bismuth sulphite glucose glycine yeast agar, were evaluated for the presumptive identification of yeast species. METHODS: A total number of 270 yeast strains including 169 Candida albicans, 33 C. tropicalis, 24 C. glabrata, 18 C. parapsilosis, 12 C. krusei, 5 Trichosporon spp., 4 C. kefyr, 2 C. lusitaniae, 1 Saccharomyces cerevisiae and 1 Geotrichum candidum were included. The strains were first identified by germ tube test, morphological characteristics on cornmeal tween 80 agar and Vitek 32 and API 20 C AUX systems. In parallel, they were also streaked onto CHROMagar Candida and bismuth sulphite glucose glycine yeast agar plates. The results were read according to the color, morphology of the colonies and the existance of halo around them after 48 hours of incubation at 37°C. RESULTS: The sensitivity and specificity values for C. albicans strains were found to be 99.4, 100% for CHROMagar Candida and 87.0, 75.2% for BiGGY agar, respectively. The sensitivity of CHROMagar Candida to identify C. tropicalis, C. glabrata and C. krusei ranged between 90.9 and 100% while the specificity was 100%. The sensitivity rates for BiGGY agar were 66.6 and 100% while the specificity values were found to be 95.4 and 100% for C. tropicalis and C. krusei, respectively. CONCLUSIONS: It can be concluded that the use of CHROMagar Candida is an easy and reliable method for the presumptive identification of most commonly isolated Candida species especially C. albicans, C. tropicalis and C. krusei. The lower sensitivity and specificity of BiGGY agar to identify commonly isolated Candida species potentially limits the clinical usefulness of this agar

Otizm spektrum bozukluğu olan çocukların etkinlikler ve ortamlar arası geçişlerini kolaylaştırmada hazırlayıcı videoların etkililiği

Preschool children with disabilities spend more time when transitioning between activities and settings than their typically developing peers. Extended transition duration leads to reducing the time spent on teaching. Various antecedent-based transition strategies are used to increase independent transition and decrease the transition duration of children with autism spectrum disorder. One of these strategies is video priming. This study aimed to examine the efficacy of video priming, an antecedent-based transition strategy, on increasing independent transitions of children with autism spectrum disorder and decreasing the time these children spent in transitions. Also, identifying opinions of parents of and teaching staff for participating children regarding the acceptability of video priming was aimed. Four children with autism spectrum disorder between the ages of 4 and 6 participated in the study. An ABAB design was used to evaluate the effects of video priming. Results indicated that video priming effectively increased all children’s independent transitions and decreased transition duration. The results also showed that the parents and teaching staff had a highly positive opinion about the video priming and its acceptability. This study provided additional evidence that video priming can facilitate children’s transition with autism spectrum disorder. The implication for future research and practice were discussed.Okul öncesi dönemdeki özel gereksinimi olan çocuklar, etkinlikler ve ortamlar arası geçişler sırasında akranlarına oranla daha fazla zaman harcamaktadır. Uzayan geçiş süreleri de öğretim için ayrılan sürenin kısalmasına neden olmaktadır. Alanyazında, otizm spektrum bozukluğu olan çocuklara bağımsız geçiş davranışlarını kazandırmak ve çocukların geçişlerde harcadıkları süreleri kısaltmak üzere çeşitli öncül temelli geçiş stratejileri bulunmaktadır. Bu geçiş stratejilerinden birisi de hazırlayıcı videolardır. Çalışmanın amacı, öncül temelli bir geçiş stratejisi olan hazırlayıcı videoların, otizm spektrum bozukluğu olan çocukların bağımsız geçişlerini artırma ve geçişlerde harcadıkları süreyi kısaltmadaki etkililiğini incelemektir. Ayrıca, hazırlayıcı videoların kabul edilebilirliğini ortaya koymak üzere katılımcı çocukların ebeveynlerinin ve öğretmenlerinin görüşlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, yaşları 4-6 arasında değişen, otizm spektrum bozukluğu tanısı olan dört çocuk katılmıştır. Hazırlayıcı videoların etkililiğini değerlendirmek için ABAB deseni kullanılmıştır. Bulgular, otizm spektrum bozukluğu olan çocukların bağımsız geçişlerini artırma ve geçişlerde harcadıkları süreleri kısaltmada hazırlayıcı videoların etkili olduğunu göstermektedir. Sosyal geçerlik bulguları da ebeveynlerin ve öğretmenlerin hazırlayıcı videoların kabul edilebilirliği hakkındaki görüşlerinin oldukça olumlu olduğunu göstermektedir. Sonuç olarak, çalışmanın bulguları hazırlayıcı videoların otizm spektrum bozukluğu olan çocukların geçişlerini kolaylaştırabileceğini ortaya koymaktadır. Çalışmada, ileri araştırmalara ve uygulamalara yönelik öneriler sunulmuştur

Intestinal obstruction due to ileal metastasis of Ewing’s sarcoma

We present a case report of intestinal obstruction caused by ileal metastasis of Ewing’s sarcoma. The invasive tumoral segment of the ileum was removed and the bowel continuity was provided with end-to-end anastomosis. Histopathologic examination showed tumoral invasion of the ileal mucosa and ileal wall by small blue round cells of Ewing’s sarcoma.Keywords: Ewing’s sarcoma, ileal metastasis, intestinal obstructio

Improving the resolution of diffraction patterns from many low resolution recordings

Ankara : The Department of Electrical and Electronics Engineering and the Institute of Engineering and Sciences of Bilkent University, 2010.Thesis (Master's) -- Bilkent University, 2010.Includes bibliographical references leaves 126-128.Holography attempts to record and reconstruct wave fields. The resolution limitation of the recording equipments causes some problems in the reconstruction process. An automatic method for the registration and stitching of low resolution diffraction patterns to form a higher resolution one is proposed. There is no prior knowledge about the 3D position of the object in the recordings and it is assumed that there is only one particle in the object field. The method uses Wigner transform, Canny edge detection and Hough transform to register the patterns, and some additional iterative methods depending on the local variance of the reconstructed patterns to stitch them. The performance of the overall system is evaluated against object radius, noise in the original pattern, recording noise and presence of multiple particles in the object field by computer simulations.Yücesoy, VeyselM.S

Multifunctional Formate Dehydrogenase Fusion Protein Binds To Gold Surface With Improved Reaction Kinetics

Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2011Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2011NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (EC 1.2.1.2, FDH) enzimi, format iyonlarını CO2 ‘ye yükseltgeyip aynı zamanda NAD+ molekülünü NADH’a indirgeyen değerli bir enzimdir. D-özgü 2- hidroksi asit dehidrogenaz süper familyasına ait olan bu enzim, aileye mensup diğer enzimlerden yapısal ve substrat ilgisi bakımından bir takım farklılıklar içermektedir. FDH enziminin katalizlediği reaksiyonun diğer dehidrogenazlara oranla oldukça basit olması ve tek basamaklı olması sebebiyle, enzim endüstriyel ve bilimsel kullanımda oldukça yaygındır. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi ilk olarak 1950’li yıllarda Mathews tarafından bezelye tohumlarından elde edilmiştir. Buna karşılık enzim popülerliğini 1970’li yılların sonunda kiral moleküllerin endüstriyel sentezinde kullanılan kofaktörlerin geri dönüştürülmesi ve tekrar tekrar kullanılması amacıyla oluşturulan biyoreaktörde kullanılması ile kazanmıştır. 2000’li yılların başında gelişen DNA dizi analizi teknolojisi sayesinde birçok farklı organizmada NAD+-bağımlı format dehidrogenaz genleri tanımlanmıştır. Bu organizmalar arasında en çok ilgiyi içerdikleri FDH enziminin dayanıklılığı ve yüksek kinetik aktivitesinden dolayı Candida cinsine ait organizmalar çekmiştir. Tüm bu çalışmalar ışığında NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enziminin hücre içinde çeşitli stres durumlarında arttığı ve bir çeşit anti-stres proteini olarak görev alıyor olabileceği düşünülmüş ve bu alanda çalışmalara hız verilmiştir. FDH enziminin kofaktör geri dönüşümünde kullanılan en etkili enzim olmasının başlıca sebepleri arasinda ilk olarak enziminin katalizlediği reaksiyon geri dönüşümsüz olmasi, buna bağlı ikincil reaksiyonun tek yönde ilerlemesi ve bu sayede % 100’e yakın bir verim elde edilmesi gösterilebilir. Buna ek olarak FDH enziminin katalizlediği reaksiyonun son ürününün CO2 olması ve CO2’in kolayca buharlaşması sayesinde ekstra saflaştırma adımlarına gerek duyulmaz. Ayrıca, uygun çalışma pH aralığı 6.0-9.0 olması sayesinde de farklı enzimlerle kullanımı mümkündür. Son olarak metanolu karbon kaynagi olarak kullanan mikroorganizmalarda üretilebilmesi sayesinde üretim maliyeti oldukça düşüktür. Tüm bu faktörler ışığında Bommarius ve öğrencileri 1995 yılında Candida boidinii mikroorganizmasindan izole ettikleri NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimini L-tert-leucine amino asidinin kiral sentezinde kofaktör geri kazanımı amacıyla başarılı bir şekilde kullanmışlardır. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enziminin başlıca dezavantajları arasında aktif sistein amino asitlerinden kaynaklanan düşük dayanıklılığı, NADP kofaktör molekülüne özgü ilgisinin olmaması ve üretildiği metanol kullanan mikroorganizmalarin yüksek maliyetidir. Tüm bu dezavantajların üstesinden gelebilmek amacıyla protein mühendisliği yöntemleri kullanılarak enzim üzerinde çeşitli modifikasyonlar ve mutasyonlar yaratılmıştır. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi doğrudan hidrit iyonu (H-) transferini gerçekleştirebilme kabiliyetine sahip olduğundan bu az görülen reaksiyonunun çalışılabilmesi ve tepkime basamaklarının aydınlatılabilmesi açısından da son derece uygun bir enzimdir. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi genel olarak çift substratlı sıralı Bi-Bi reaksiyonu mekanizması ile çalışır. Bu mekanizmada NAD+ molekülü birincil substrat olarak görev alır ve enzime bağlanması, enzimin formata iyonuna olan ilgisini üç kat arttırır. Bu reaksiyon türü dehidrogenazlarin önemli bir kısmında da oldukça yaygındır. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi amino ve karboksil bölgeleri olmak üzere iki ana bölüme ayrılabilir. Amino bölgesinin enzim aktivitesinde önemli bir role sahip olduğu bilinmektedir. Maya ve mantar kökenli NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimlerinin amino asit dizilerinde herhangi bir fark olmamasına rağmen, bakteriyel kökenli NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enziminde bir takım amino asit eklenmeleri mevcuttur. Candida methylica NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi yaklaşık alarak 46000 Dalton boyutunda ve 364 amino asitten oluşan bir moleküldür. Yapılan çalışmalarda ayrıca Candida methylica NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (cmFDH) ve Candida boidini NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (cbFDH) NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimlerinin katalitik bölgesindeki amino asitlerin ayni oldukları görülmüştür. Bunlar, 77. sıradaki Prolin (Pro77), 78. sıradaki Fenilalanin (Phe78), 102. sıradaki İzolösin (Ile102), 118. sıradaki Asparajin (Asn118), 171. sıradaki Alanin veya Glisin (Ala/Gly171), 173. sıradaki Glisin (Gly173), 176. sıradaki Glisin (Gly176), 267. sıradaki Arjinin (Arg267), 287. sıradaki Glütamin (Gln287) ve 310. sıradaki Histidin (His310) amino asitleridir. FDH enzimi endüstride oldukça yaygın kullanım alanına sahiptir. Bunların başında kiral moleküllerin sentezi gelir. Nikotinamid adenin dinükleotid kullanımından doğan yüksek maliyeti azaltabilmek amacıyla bu tür üretimlerde FDH enzimi NADH indirgeni olarak kullanılır. Diğer bir kullanım alanı ise format biyosensörleridir. Format biyosensorlerinde, format iyonunun varlığını eser miktarda da olsa tanımlayabildiği için, sensör uygulamalarında oldukça yaygın olarak kullanılır. Nikotinamid adenin dinükleotid (NAD) yaklaşık olarak 300’den fazla dehidrogenaz enzimi tarafından kofaktör olarak kullanılan ve elektrokatalitik yükseltgenmesi sonucu katı yüzey üzerinde yüksek bir potansiyel fark meydana getiren bir moleküldür. Bu enzimlerin farklı substratlar varlığında NADH’a olan özgüllüklerinin arttırılması ve redoks kabiliyetlerinin yükseltilmesi üzerine uygulanan analitik yaklaşımlar ve çalışmalar literatürde mevcuttur. Enzimlerin endüstriyel alanda tekrar tekrar kullanılabilmesi, dayanıklılığının artırılması amacıyla günümüze kadar çeşitli tutuklama yöntemleri geliştirilmiştir. Literatürde birçok farklı tutuklama metodu mevcuttur. Bunların arasında elektriksel etkileşim aracılığı ile fiziksel tutuklama ve kovalent bağ oluşturup kimyasal olarak bağlama yöntemleri en geniş yeri kaplar. Özellikle kovalent bağ oluşturup kimyasal olarak bağlama yöntemi için literatürde onlarca farklı yaklaşım mevcuttur. Bunların arasında ilk olarak akla gelenler, amin, tiyol, karboksil reaksiyonlarıdır. Son zamanlarda ise bu söz konusu geleneksel tutuklama yöntemleri sebep olduğu çeşitli sorunlar nedeniyle yerlerini daha modern metotlara bırakmışlardır. Elektriksel etkileşim ile fiziksel tutuklama metodunda bağın zayıflığından doğan akma problemleri ve kovalent bağ ile tutuklama metodunda sıklıkla görülen enzimin kinetik aktivitesindeki azalma bu problemlere başlıca örneklerdir. Tutuklama için kullanılabilecek bir diğer yol ise biyomoleküllerin birbirine olan ilgisine dayalı histidin kuyruğu ve biyotin-avidin etkileşimi yöntemleridir. Fakat bu yöntemler de birtakım sorunlar içermektedirler. Gen mühendisliği yöntemiyle geliştirilmiş olan (GEPI) peptitler farklı inorganik yüzeylere özgün olarak bağlanabilme kapasitesine sahiptir. Bu dizilerin inorganik malzemelere olan seçici ve yüksek ilgisi enzim tutuklama teknolojisinde geleneksel metodlara iyi bir alternatif olacağı düşünülmüştür. Bu amaçla FDH enziminin amino ucuna altın yüzeylerine özgün bağlanan peptit dizisi (AuBP2) eklenmiş ve birlikte füzyon halinde üretilmesi sağlanmıştır. Peptitin boyunun uzun olması sebebiyle eklenmesi beş farklı primer ve iki farklı PCR reaksiyonu ile gerçekleştirilmiştir. Sonrasında peptit-enzim füzyonlarının E. coli bakteriyel ekspresyon sisteminde, güçlü bir promotor altında IPTG indüklenmesi vasıtasıyla üretilmeleri sağlanmıstır. Enzimin içerdiği Histidin amino asitlerinden oluşan kuyruğun Nikel Nitrilotriasetik asit molekülüne (Ni-NTA) olan ilgisi kullanılarak saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan proteinler sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile görüntülenmiş ve yeterli saflıkta elde edildiklerini belirlenmiştir. Saflaştırma aracı olarak kullanılan enzimin amino ucunda yer alan altı adet Histidin amino asidi altına özgül olmayan şekilde bağlanma kapasitesine sahip olduklarından dolayı PreScission Proteaz enzimi vasıtası ile uzaklaştırılmıştır. Histidin kuyruğu denilen bu bölge saflaştırılmış enzimlerden uzaklaştırıldıktan sonra aktivite tayinleri literatürde varolan yöntemler uygulanarak yapılmıştır. Bu amaçla, format iyonunun substrat olarak kullanıldığı ve NAD+ kofaktörü aracılığı ile gerçekleşen reaksiyon koşulları literatürde belirtilen koşullarda hazırlanmış ve değişen format iyonu konsantrasyonunda oluşan NADH molekülü tayini 340 nanometre dalga boyunda UV-spektrofotometresi kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar ışığında, amino ucuna altın yüzeylerine özgün bağlanan peptit dizisi (AuBP2) eklenen NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enziminin kinetik aktivite değerlerinde altın yüzeylerine özgün bağlanan peptit dizisi (AuBP2) eklenmemiş NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimine oranla herhangi bir azalma olmadığı gözlemlenmiştir. Sonrasında yüzey plasmon rezonans spektroskopisi (SPR) yöntemiyle oluşturduğumuz füzyon proteininin altın kaplı SPR yüzeylerinde tutuklama kapasitesi ölçülmüş ve AuBP2 eklenmemiş NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimi ile karşılaştırılmıştır. Bu sonuçlar ışığında da amino ucuna altın yüzeylerine özgün bağlanan peptit dizisi (AuBP2) eklenen NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enziminin, AuBP2 eklenmemiş NAD+-bağımlı format dehidrogenaz enzimine oranla altın yüzeye 12 kat daha güçlü bağlandığı tayin edilmiştir. Sonuç olarak tüm bu veriler ışığında AuBP2 peptidinin enzim aktivitesinde herhangi bir azalmaya yol açmadığı buna karşılık enzime altın yüzeye özgün şekilde bağlanabilme yeteneği kazandırdığı gösterilmiş ve bu amaçla enzimlere eklenebilecek ideal bir molekül olduğu ispatlanmıştır.NAD+-dependent formate dehydrogenases (EC 1.2.1.2, FDH) belonging to superfamily of D-specific 2-hydroxy acid dehydrogenases plays an important role in the energy supply mechanisms of methylotrophic microorganisms. FDHs mainly catalyze the oxidation of formate ion to CO2 where the reaction coupled with the reduction of NAD+ to NADH. As a result, a single C-H bond in the substrate breaks down and a new C-H bond in the NADH forms. NAD+-dependent FDHs are versatile biocatalysts in the enzymatic synthesis of valuable optically active chiral compounds in the industry. However, the yield of the reaction is too low due to the laborious purification steps. Moreover, chemical immobilization methods cause a sharp decrease in the activity of enzyme. Controlled binding and assembly of proteins onto inorganic substrates are at the core of bio-nanotechnology. Genetically engineered peptides for inorganics (GEPI) provide molecular linkage between the proteins and inorganic surfaces. GEPI-mediated immobilization techniques do not have such drawbacks that chemical immobilization methods have like random orientation of proteins on solid surfaces and multi-step chemical reactions requirements. Moreover, GEPIs have certain benefits like ability to work in physiological conditions and enhanced functional durability. The aim of this study is to construct fusion protein by attaching the biocombinatorially selected Gold Binding Peptide (AuBP2) to the N-terminal of Candida methylica FDH enzyme (cmFDH) and characterize the multifunctional properties, and finally demonstrate the effects of AuBP2 conjugation on binding and kinetic properties of FDH enzyme on both soluble and immobilized forms on the gold surface. With this purpose, AuBP2-FDH fusion enzyme has successfully cloned and expressed. Purification of both fusion and wild type enzymes performed. Then, kinetic and binding characteristics were calculated. Data showed that AuBP2 addition to the enzyme did not make a significant change in the kinetic parameters of the FDH enzyme but cause 12-fold increase in adsorption behavior of enzyme on gold surface, which demonstrates that gold specific AuBP2 peptide, is an ideal linker molecule for FDH immobilization on gold surface.Yüksek LisansM.Sc

Phase Diagrams and Crossover in Spatially Anisotropic d=3 Ising, XY Magnetic and Percolation Systems: Exact Renormalization-Group Solutions of Hierarchical Models

Hierarchical lattices that constitute spatially anisotropic systems are introduced. These lattices provide exact solutions for hierarchical models and, simultaneously, approximate solutions for uniaxially or fully anisotropic d=3 physical models. The global phase diagrams, with d=2 and d=1 to d=3 crossovers, are obtained for Ising, XY magnetic models and percolation systems, including crossovers from algebraic order to true long-range order.Comment: 7 pages, 12 figures. Corrected typos, added publication informatio