The immunoregulatory effects of CMV-infection in human fibroblasts and the impact on cellular senescence

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>As a chronic antigenic stressor human Cytomegalovirus (CMV) contributes substantially to age-related alterations of the immune system. Even though monocytes have the greatest propensity for CMV-infection and seem to be an important host for the virus during latency, fibroblasts are also discussed to be target cells of CMV <it>in vivo</it>. However, little is known so far about general immunoregulatory properties of CMV in fibroblasts. We therefore investigated the immunoregulatory effects of CMV-infection in human lung fibroblasts and the impact on replicative senescence.</p> <p>Findings</p> <p>We observed that CMV-infection led to the induction of several immunoregulatory host cell genes associated with the innate and adaptive immune system. These were genes of different function such as genes regulating apoptosis, cytokines/chemokines and genes that are responsible for the detection of pathogens. Some of the genes upregulated following CMV-infection are also upregulated during cellular senescence, indicating that CMV causes an immunological phenotype in fibroblasts, which is partially reminiscent of replicative senescent cells.</p> <p>Conclusion</p> <p>In summary our results demonstrate that CMV not only affects the T cell pool but also induces inflammatory processes in human fibroblasts.</p

Kann man Philosophie Kindern nahe bringen?

Welchen Stellenwert hat philosophische Literatur für Kinder und Jugendliche zu Beginn der Informationsgesellschaft und zum Ende dieses Jahrtausends ? Macht es nicht wesentlich mehr Sinn, eine Computerzeitschrift zu abonnieren ? Oder kommt der Philosophie im Zeitalter der Bits und Bytes doch noch eine Bedeutung zu? In unserer immer komplexer werdenden Gesellschaft muß die Entwicklung eines stabilen Ichs ein grundlegendes Erziehungsziel sein. Die Identitätsfindung hat aber ganz unmittelbar etwas damit zu tun, was man als "philosophische Fragestellungen" bezeichnen kann. Soziale und politische Mündigkeit sind nicht losgelöst zu sehen von den Fragen : Wer bin ich ? Welche Werte habe ich? Angesichts der Informationsflut in unserer Mediengesellschaft wird es immer schwieriger, seinen eigenen Standpunkt zu finden. In diesem Zusammenhang ist nicht nur der Zugang zu Information wichtig, sondern auch die Fähigkeit, diese Informationen kritisch zu hinterfragen. Schon in Bibliotheken ´93 wird auf die Bedeutung der "information literacy" hingewiesen : "Um eine Zweiklassengesellschaft zu verhindern, muß neben der Lesefähigkeit ("literacy") immer stärker auch die "information literacy" entwickelt werden, d.h. die Fähigkeit, Informationen zu finden, zu bewerten und mit ihnen gestaltend umzugehen." (Bibliotheken `93, 1994, S.70). Um scheinbar Selbstverständliches und Alltägliches einordnen und seine Bedeutung kritisch bewerten zu können, muß man die Fähigkeit zur Reflexion und Selbstreflexion erworben haben. Damit bewegt man sich aber schon auf dem Gebiet der Philosophie. In der vorliegenden Arbeit wird versucht, in einem theoretischen Teil eine Übersicht über die Geschichte und die verschiedenen Richtungen der Kinderphilosophie zu geben. Anhand eines ausgewählten Beispiels ("Sofies Welt" von Jostein Gaarder) soll dann in einem zweiten Teil ein Bezug zwischen einem literarischen Bestseller aus dem bibliothekarischen Grundbestand und kinderphilosophischen Aspekten hergestellt werden. In einem dritten, praxisnahen Teil möchte ich untersuchen, in welchem Grad der große Verkaufserfolg dieses Buches sich als Bekanntheitsgrad in einer bestimmten Altersgruppe (10. Jahrgangsstufe) widerspiegelt

Kann man Philosophie Kindern nahe bringen? : eine Untersuchung am Beispiel von "Sofies Welt" von Jostein Gaarder

Welchen Stellenwert hat philosophische Literatur für Kinder und Jugendliche zu Beginn der Informationsgesellschaft und zum Ende dieses Jahrtausends? Macht es nicht wesentlich mehr Sinn, eine Computerzeitschrift zu abonnieren ? Oder kommt der Philosophie im Zeitalter der Bits und Bytes doch noch eine Bedeutung zu? In unserer immer komplexer werdenden Gesellschaft muß die Entwicklung eines stabilen Ichs ein grundlegendes Erziehungsziel sein. Die Identitätsfindung hat aber ganz unmittelbar etwas damit zu tun, was man als "philosophische Fragestellungen" bezeichnen kann. Soziale und politische Mündigkeit sind nicht losgelöst zu sehen von den Fragen : Wer bin ich ? Welche Werte habe ich? Angesichts der Informationsflut in unserer Mediengesellschaft wird es immer schwieriger, seinen eigenen Standpunkt zu finden. In diesem Zusammenhang ist nicht nur der Zugang zu Information wichtig, sondern auch die Fähigkeit, diese Informationen kritisch zu hinterfragen. Um scheinbar Selbstverständliches und Alltägliches einordnen und seine Bedeutung kritisch bewerten zu können, muß man die Fähigkeit zur Reflexion und Selbstreflexion erworben haben. Damit bewegt man sich aber schon auf dem Gebiet der Philosophie. In der vorliegenden Arbeit wird versucht, in einem theoretischen Teil eine Übersicht über die Geschichte und die verschiedenen Richtungen der Kinderphilosophie zu geben. Anhand eines ausgewählten Beispiels ("Sofies Welt" von Jostein Gaarder) soll dann in einem zweiten Teil ein Bezug zwischen einem literarischen Bestseller aus dem bibliothekarischen Grundbestand und kinderphilosophischen Aspekten hergestellt werden. In einem dritten, praxisnahen Teil möchte ich untersuchen, in welchem Grad der große Verkaufserfolg dieses Buches sich als Bekanntheitsgrad in einer bestimmten Altersgruppe (10. Jahrgangsstufe) widerspiegelt

Förderung der Selbstwirksamkeitserwartung in der Studieneingangsphase mittels Mentoring

Mit dieser Studie wird die Wirksamkeit eines Mentoringkonzepts im Vergleich zu einem dozentenzentrierten Lehrformat im Hinblick auf die Weiterentwicklung von überfachlichen Kompetenzen, die psychische Belastung und den Wissenszuwachs von Studienanfängerinnen und -anfängern untersucht. Dabei zeigt sich, dass bei vergleichbarem Wissenszuwachs das klassische Format zwar von den Studierenden besser beurteilt wird, aber nur im Mentorenformat eine höhere Einschätzung der Selbstwirksamkeitserwartung als aktive Lernende und verringerte Wahrnehmung der psychischen Belastung beobachtet werden kann. 14.02.2014 | Sonja Öhlschlegel-Haubrock, Jutta Rach & Juliane Wolf (Münster

Stability of gene rankings from RNAi screens

Motivation: Genome-wide RNA interference (RNAi) experiments are becoming a widely used approach for identifying intracellular molecular pathways of specific functions. However, detecting all relevant genes involved in a biological process is challenging, because typically only few samples per gene knock-down are available and readouts tend to be very noisy. We investigate the reliability of top scoring hit lists obtained from RNAi screens, compare the performance of different ranking methods, and propose a new ranking method to improve the reproducibility of gene selection. Results: The performance of different ranking methods is assessed by the size of the stable sets they produce, i.e. the subsets of genes which are estimated to be re-selected with high probability in independent validation experiments. Using stability selection, we also define a new ranking method, called stability ranking, to improve the stability of any given base ranking method. Ranking methods based on mean, median, t-test and rank-sum test, and their stability-augmented counterparts are compared in simulation studies and on three microscopy image RNAi datasets. We find that the rank-sum test offers the most favorable trade-off between ranking stability and accuracy and that stability ranking improves the reproducibility of all and the accuracy of several ranking methods. Availability: Stability ranking is freely available as the R/Bioconductor package staRank at http://www.cbg.ethz.ch/software/staRank. Contact: [email protected] Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics onlin

MetFrag relaunched: incorporating strategies beyond in silico fragmentation

Background: The in silico fragmenter MetFrag, launched in 2010, was one of the first approaches combining compound database searching and fragmentation prediction for small molecule identification from tandem mass spectrometry data. Since then many new approaches have evolved, as has MetFrag itself. This article details the latest developments to MetFrag and its use in small molecule identification since the original publication.Results: MetFrag has gone through algorithmic and scoring refinements. New features include the retrieval of reference, data source and patent information via ChemSpider and PubChem web services, as well as InChIKey filtering to reduce candidate redundancy due to stereoisomerism. Candidates can be filtered or scored differently based on criteria like occurence of certain elements and/or substructures prior to fragmentation, or presence in so-called “suspect lists”. Retention time information can now be calculated either within MetFrag with a sufficient amount of user-provided retention times, or incorporated separately as “user-defined scores” to be included in candidate ranking. The changes to MetFrag were evaluated on the original dataset as well as a dataset of 473 merged high resolution tandem mass spectra (HR-MS/MS) and compared with another open source in silico fragmenter, CFM-ID. Using HR-MS/MS information only, MetFrag2.2 and CFM-ID had 30 and 43 Top 1 ranks, respectively, using PubChem as a database. Including reference and retention information in MetFrag2.2 improved this to 420 and 336 Top 1 ranks with ChemSpider and PubChem (89 and 71 %), respectively, and even up to 343 Top 1 ranks (PubChem) when combining with CFM-ID. The optimal parameters and weights were verified using three additional datasets of 824 merged HR-MS/MS spectra in total. Further examples are given to demonstrate flexibility of the enhanced features.Conclusions: In many cases additional information is available from the experimental context to add to small molecule identification, which is especially useful where the mass spectrum alone is not sufficient for candidate selection from a large number of candidates. The results achieved with MetFrag2.2 clearly show the benefit of considering this additional information. The new functions greatly enhance the chance of identification success and have been incorporated into a command line interface in a flexible way designed to be integrated into high throughput workflows. Feedback on the command line version of MetFrag2.2 available at http://c-ruttkies.github.io/MetFrag/ is welcome

The Challenges of Developing an Instrument to Assess Health Provider Motivation at Primary Care Level in Rural Burkina Faso, Ghana and Tanzania.

The quality of health care depends on the competence and motivation of the health workers that provide it. In the West, several tools exist to measure worker motivation, and some have been applied to the health sector. However, none have been validated for use in sub-Saharan Africa. The complexity of such tools has also led to concerns about their application at primary care level. To develop a common instrument to monitor any changes in maternal and neonatal health (MNH) care provider motivation resulting from the introduction of pilot interventions in rural, primary level facilities in Ghana, Burkina Faso, and Tanzania. Initially, a conceptual framework was developed. Based upon this, a literature review and preliminary qualitative research, an English-language instrument was developed and validated in an iterative process with experts from the three countries involved. The instrument was then piloted in Ghana. Reliability testing and exploratory factor analysis were used to produce a final, parsimonious version. This paper describes the actual process of developing the instrument. Consequently, the concepts and items that did not perform well psychometrically at pre-test are first presented and discussed. The final version of the instrument, which comprises 42 items for self-assessment and eight for peer-assessment, is then shown. This is followed by a presentation and discussion of the findings from first use of the instrument with MNH providers from 12 rural, primary level facilities in each of the three countries. It is possible to undertake work of this nature at primary health care level, particularly if the instruments are kept as straightforward as possible and well introduced. However, their development requires very lengthy preparatory periods. The effort needed to adapt such instruments for use in different countries within the region of sub-Saharan Africa should not be underestimated

„Informationsdreieck?“: Zum Verhältnis zwischen Lehrkräften, Familie und Schulbegleitungen

Der Zusammenarbeit zwischen Familie und Schule wird einerseits eine hohe Bedeutung für den Schulerfolg, andererseits aber auch für die Reproduktion sozialer Ungleichheit zugemessen. Im Kontext inklusiver Schulentwicklungsprozesse wird die Entwicklung einer heterogenitätssensiblen Elternarbeit im Anschluss an Konzepte wie die Erziehungs- und Bildungspartnerschaften gefordert. Der Beitrag stellt empirisches Material als Anlass zur expliziten Auseinandersetzung mit Erwartungen, Vorbehalten und Positionen von Seminarteilnehmer*innen im Kontext von Aus-, Weiter- und Fortbildungsveranstaltungen zu Elternarbeit bereit. Dabei wird auch die Akteursgruppe der Schulbegleitungen berücksichtigt, die häufig zwischen Schule und Familie steht

High-throughput optimisation of light-driven microalgae biotechnologies

Microalgae biotechnologies are rapidly developing into new commercial settings. Several high value products already exist on the market, and systems development is focused on cost reduction to open up future economic opportunities for food, fuel and freshwater production. Light is a key environmental driver for photosynthesis and optimising light capture is therefore critical for low cost, high efficiency systems. Here a novel high-throughput screen that simulates fluctuating light regimes in mass cultures is presented. The data was used to model photosynthetic efficiency (PE, mol photon m) and chlorophyll fluorescence of two green algae, Chlamydomonas reinhardtii and Chlorella sp. Response surface methodology defined the effect of three key variables: density factor (D, 'culture density'), cycle time (t, 'mixing rate'), and maximum incident irradiance (I). Both species exhibited a large rise in PE with decreasing I and a minimal effect of t (between 3-20 s). However, the optimal D of 0.4 for Chlamydomonas and 0.8 for Chlorella suggested strong preferences for dilute and dense cultures respectively. Chlorella had a two-fold higher optimised PE than Chlamydomonas, despite its higher light sensitivity. These results demonstrate species-specific light preferences within the green algae clade. Our high-throughput screen enables rapid strain selection and process optimisation