A ubiquitous gammaproteobacterial clade dominates expression of sulfur oxidation genes across the mesopelagic ocean

21 pages, 6 figures, supplementary information https://doi.org/10.1038/s41564-023-01374-2.-- Data availability: The sequence data generated in this study have been deposited in the EMBL Nucleotide Sequence Database (ENA) database under Bioproject PRJEB35712 (metagenomic and metatranscriptomic raw reads, metagenomic and metatranscriptomic assemblies, metagenomic assembled genomes and single-cell amplified genomes) and in the NCBI Sequence Read Archive (SRA) under Bioproject PRJNA593264 (16S rRNA amplicon reads).-- Code availability: Scripts available at Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7721930.2023)The deep ocean (>200 m depth) is the largest habitat on Earth. Recent evidence suggests sulfur oxidation could be a major energy source for deep ocean microbes. However, the global relevance and the identity of the major players in sulfur oxidation in the oxygenated deep-water column remain elusive. Here we combined single-cell genomics, community metagenomics, metatranscriptomics and single-cell activity measurements on samples collected beneath the Ross Ice Shelf in Antarctica to characterize a ubiquitous mixotrophic bacterial group (UBA868) that dominates expression of RuBisCO genes and of key sulfur oxidation genes. Further analyses of the gene libraries from the ‘Tara Oceans’ and ‘Malaspina’ expeditions confirmed the ubiquitous distribution and global relevance of this enigmatic group in the expression of sulfur oxidation and dissolved inorganic carbon fixation genes across the global mesopelagic ocean. Our study also underscores the unrecognized importance of mixotrophic microbes in the biogeochemical cycles of the deep oceanThis research was facilitated by the New Zealand Antarctic Research Institute (NZARI)-funded Aotearoa New Zealand Ross Ice Shelf Program. Samples for MICRO-CARD-FISH were collected on several research cruises led by M. Simon (Sonne 248 cruise), B. Quéguiner and I. Obernosterer (MobyDick) and L. J. A. Gerringa (Geotraces-1). F.B. was supported by the Austrian Science Fund (FWF) projects OCEANIDES (P34304-B), ENIGMA (TAI534), EXEBIO (P35248) and OCEANBIOPLAST (P35619-B). G.J.H. was supported by the FWF project ARTEMIS (P28781-B21) and I486-B09 and by the ERC under the European Community’s 7th Framework Programme (FP7/2007-2013)/ERC grant agreement no. 268595 (MEDEA project). R.L. was supported by INTERACTOMICS, CTM2015-69936-P, and J.M.G. by project PID2019-110011RB-C32 (Spanish Ministry of Science and Innovation, Spanish State Research Agency, doi: 10.13039/501100011033)With the institutional support of the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2019-000928-S)Peer reviewe

Enjeux liés à l’intégration des activités équines au sein des territoires pastoraux du Parc national des Cévennes.

National audienceCet article aborde la question de la reconnaissance et de l’accompagnement des activités équines dans les évolutions agricole et rurale actuelles des territoires pastoraux

Quelle place pour les activités équines en territoire pastoral ? Exemple du Parc national des Cévennes

National audienceLe rôle grandissant qu'ont aujourd'hui les équins dans l’occupation et l’entretien de l’espace a, jusqu’à présent, fait l’objet de très peu d’études, en particulier pour les territoires pastoraux. Ce travail de recherche avait pour objectif de caractériser l’emprise des équins sur les parcours et d’identifier les enjeux de leur présence dans les territoires pastoraux, à travers l’exemple du Parc national des Cévennes. Des données qualitatives et quantitatives ont été collectées par le biais de recensements et d’entretiens, puis traitées qualitativement ou par une approche cartographique. Les activités équines se développent au sein du Parc de façon relativement récente et avec des spécialisations géographiques liées à la présence et à l’évolution des activités pastorales traditionnelles. Ce travail pose la question de la reconnaissance et de l’accompagnement des activités équines dans les évolutions agricole et rurale actuelles des territoires pastoraux. En effet, une meilleure intégration et coordination des activités équines au sein des réseaux agricoles et touristiques contribuerait à répondre aux forts enjeux écologiques, culturels et socio-économiques supportés par les territoires pastoraux en déprise

Législatives 2022 : bilan sévère pour les dissidents

Les candidats sans coalition ont pu, par la dispersion des voix, empêcher leur camp de se qualifier au second tour du scrutin

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Utilisation du cheval attelé en territoire

National audienceVous êtes élu ou décideur d'une collectivité territoriale, vous êtes prestataire de services utilisant des équidés ou vous souhaitez le devenir, vous êtes enseignant... retrouvez dans ce « guide pratique » un panorama sur l'utilisation du cheval attelé en territoire. Les Haras nationaux mettent à disposition des porteurs de projets les données capitalisées sur le cheval territorial. Ainsi, dans l'ouvrage, les deux premiers chapitres apportent l'ensemble des données connues à ce jour sur le cheval territorial ; il s'agit de définir les différentes activités et d'en présenter les principaux avantages/inconvénients puis de dresser un état des lieux de l'existant en termes de pratiques, de volumes, de coûts... Dans ce secteur relativement récent où le poids des expériences est fort dans la prise de décision, plusieurs exemples sont proposés dans le troisième chapitre. Enfin, une dizaine de fiches pratiques est proposée en quatrième partie afin de vous accompagner dans la mise en œuvre de votre projet. Mettant fortement l'accent sur les données récentes, les expériences et les indications techniques, cet ouvrage ne remplacera pas un accompagnement professionnel de qualité ; néanmoins il vous aidera à vous poser les bonnes questions, au bon moment

Chirality sensing and discrimination of lysine derivatives in water with a dyn[4]arene

International audienceThe asymmetric deformation of a dyn[4]arene upon the binding of various lysine derivatives leads to distinct induced circular dichroism outputs in buffered water, which can be exploited not only for the determination of their enantiomeric excesses, but also for their classification by linear discriminant analysis