Untangling the positive genetic correlation between rainbow trout growth and survival

Peer reviewe

Kirjolohen käyttäytymisen havainnointi akustisella telemetriajärjestelmällä : Käyttökokeet kalankasvatuslaitoksella Saaristomerellä 2021

Suomessa on kasvava kiinnostus ja sijainninohjauksesta tuleva paine siirtää kalankasvatusta kohti uusia yhä avoimempia tuotantoalueita sekä ottamaan käyttöön uusia viljelytekniikoita. Kuitenkin vain vähän tiedetään viljellyn kirjolohen käyttäytymisestä ja tarpeista, jotka voivat olla ristiriidassa uusien alueiden ja tuotantotekniikoiden kanssa. Tästä johtuen kalojen käyttäytymisen tutkiminen vaihtelevissa ympäristöoloissa on tärkeää ennen uusien tuotanto-olosuhteiden tai -tekniikoiden käyttöönottoa, jotta voidaan varmistua, että uudet menetelmät tai tuotantoalueet eivät vaaranna kalaterveyttä. Tässä raportissa esitellään Kustavin Korrassa sijainneella upotettavalla kalankasvatuslaitoksella akustisella telemetrialaitteistolla vuonna 2021 kerättyä aineistoa. Aineistoa kirjolohen käyttäytymisen tutkimista varten kertyi tuotantomittakaavan laitoksella yhtäjaksoisesti heinä-joulukuun välisenä aikana yhteensä lähes 3 miljoonaa havaintoa. Aluksi raportti käy läpi biosensoreiden ja akustisen telemetrian käytön vesiviljelytutkimuksessa laajan kirjallisuuskatsauksen kautta. Raportin toisessa osassa esitetään kattavasti tutkimuksessa käytössä ollutta telemetrialaitteistoa, ympäristömittauslaitteet sekä käydään seikkaperäisesti läpi kerätty aineisto ja sen purkaminen ymmärrettävään muotoon. Raportin lopuksi esitetään tuloksia Korrassa valinneista ympäristöoloista sekä kalojen syvyys, lämpötila ja aktiivisuusdataan perustuvaa telemetria-aineistoa. Aineiston perusteella pyrittiin luomaan käsitys kalojen peruskäytöksestä kasvatuskauden aikana, kun ympäristöolot ja kasvatustoiminta on normaalia. Tätä perustasoa vasten voidaan jatkossa verrata kalojen käyttäytymisen muutoksia sään ääri-ilmiöiden (poikkeuksellisen kova virtaus, korkea/alhainen veden lämpötila, korkea aallokko) tai uusien tuotantotekniikoiden (verkkoaltaan upottaminen tai käytös puolisuljetussa merilaitoksessa) aikana. Viljellyn kirjolohen uintikäyttäytymistä ja -syvyyttä ohjaavat vahvasti valo-hämäräsykli sekä ruokinnat. Kalat uivat hämärään aikaan lähempänä pintaa kuin vuorokauden valoisana ajankohtana. Päivän syvempää uintia rikkovat ruokintajaksot, jonka ajaksi kalat nostavat aktiivisuustasoaan ja tulevat ruokailemaan lähelle pintaa. Ruokinnan päätyttyä aktiivisuus laskee lähelle aiempaa ja kalat palaavat uimaan syvempään veteen. Yksilöiden välillä on vaihtelua sekä uintisyvyydessä että syvyyden vaihtelussa

Kirjolohen yhdistetty kiertovesi- ja merikasvatus

Kalojen kiertovesikasvatus tarjoaa uusia mahdollisuuksia tuotantokierron tehostamiseen ja yhdistetyn kiertovesi- ja merikasvatuksen avulla voidaan lyhentää perinteisen tuotannon kestoa. Yhdistetyn tuotannon avulla avomerikasvatukseen voitaisiin tuottaa kalaa, jolle riittää yksi kasvukausi meressä. Kasvututkimuksessa selvitimme sitä miten läpi talven kiertovedessä kasvatetut täysnaarasparvea olevat kirjolohet menestyivät seuraavan kasvukauden aikana merikasvatuksessa ja voidaanko merikasvatuksen tulokseen vaikuttaa talvikasvatuksen aikana annettujen käsittelyjen avulla. Kiertovesivaiheessa alkupainoltaan 62 grammaiset kesän vanhat yksilömerkityt kirjolohet (täysnaarasparvi LUKEn jalostusohjelman kasvulinja), pidettiin kiertovedessä joulukuusta 2016 huhtikuuhun 2017 12–14 asteen lämpötilassa ja altaat valaistiin ympäri vuorokauden. Kalat jaettiin kolmeen ryhmää, joista yhtä ruokittiin ruokahalun mukaan (Ad lib.), yhtä 75 % ruokahalun mukaisesta tasosta (Ad lib. 75 %) ja yhtä ruokahalun mukaisesti ja ennen mereen siirtoa tämä ryhmä pidettiin 23 vrk luonnon lämpötilassa ja valaistuksessa (Ad lib talvi). Merikasvatusvaiheeessa kaikki ryhmät pidettiin ensin samassa sisäaltaassa, sitten verkkoaltaassa. Molemmissa kalat ruokittiin kylläiseksi. Kiertovesivaiheessa parhaiten kasvoi odotetusti Ad lib. ruokittu kalaryhmä ja sen loppupaino mereensiirtovaiheessa oli 420 g ja muiden ryhmien painot olivat tätä pienemmät (Ad lib talvi, 315 g ja Ad lib 75 %, 280 g). Myös Ad lib. ryhmän kalojen kuntokerroin (1,5) oli suurin ja muissa ryhmissä tätä pienempi (1,4). Kiertovesikasvatuksen aikaisessa rehukertoimessa ei ollut eroja ryhmien välillä (0,88–0,93). Merivaiheessa alkupainoltaan suurimmat Ad lib ryhmän kalat olivat keskipainoltaan isoimpia myös kasvatuksen päättyessä (Ad lib. 1 727 g, Ad lib talvi 1 540 g ja Ad lib 75 % 1 621 g). Kalojen suhteellinen kasvukertoimen (Thermal growth coefficient TGC × 1 000) perusteella nopeinta kasvu oli kiertovesivaiheessa rajoitetusti ruokitulla ja tätä hitaampaa ruokahalun mukaan ruokitulla ryhmällä. Ero suhteellisessa kasvussa johtui kalojen kompensoivasta kasvusta. Kuitenkaan, ennen mereen siirtoa rajoitetusti ruokittujen tai talvijakson saaneiden kalojen kompensoiva kasvu ei ollut riittävän voimakasta, jotta mereensiirtovaiheen painoerot olisivat tasoittuneet kasvatuksen aikana. Kiertovesikasvatusta seuranneen merikasvatuksen alkuvaiheessa (huhti-toukokuu) kalojen kasvu ei ollut erityisen hidasta vaan samalla tasolla kuin mitä kirjolohelle laadittu kasvumalli ennusti vastaavissa lämpötiloissa. Kuitenkin kasvatuksen edetessä (kesä–marraskuu) kalat kasvoivat hitaammin mitä kasvumallin perusteella oli odotettavissa. Kiertovesikasvatuksen aikana ruokinnan rajoittaminen tehosti kalojen kasvua merivaiheessa enemmän kuin kiertovesikasvatuksen päätteeksi annettua talvijakso. Tuloksen perusteella kylmän veden ja lyhyen päivän talvijakso ei ole välttämätön. Tässä kokeessa kalat olivat vain osan kasvatuskierrosta (4 kk) kiertovedessä ja sitä ennen ne kasvatettiin luonnonolosuhteissa aina marraskuuhun asti, joten kalat olivat saaneet signaalin alenevasta veden lämpötilasta ja lyhenevästä päivän pituudesta ennen kiertovesivaihetta. Tämän vuoksi on mahdollista, että kalat, jotka kasvatetaan pelkästään kiertovedessä ennen mereen siirtoa voivat hyötyä siirtoa edeltävästä talvijaksosta. Merikasvatuksen päättyessä kalat eivät olleet sukukypsiä vaikkakin suurimmat yksilöt olivat noin 3 kg painoisia. Tämä johtui todennäköisesti kalojen nuoresta iästä (18 kk) kasvatuksen päättyessä. Tulosten perusteella yhdistetty kiertovesi ja merikasvatus avulla voidaan tuottaa nopealla tuotantokierrolla isokokoista ja sukukypsymätöntä kirjolohta ruokakalamarkkinoille.201

Use of self-expandable metallic stents for endoscopic biliary decompression decreases stent complications in pancreatic cancer patients receiving chemotherapy

Background Both plastic stents and self-expandable metallic stents (SEMSes) are used for endoscopic biliary decompression (BD) among patients with pancreatic cancer (PAC). Cholangitis or stent occlusion often interrupts or ends chemotherapy. We investigated cholangitis, stent occlusion, and chemotherapy interruption rates for SEMSes and plastic stents among patients receiving chemotherapy for PAC. Materials and methods We retrospectively analyzed data for 293 PAC patients who received a biliary stent at Helsinki University Hospital during 2000-2017. Patients received chemotherapy as palliative treatment (PT: n = 187) or neoadjuvant treatment (NAT: n = 106). Among participants, 229 had a plastic stent (PT: n = 138, NAT: n = 91) and 64 had a SEMS (PT: n = 49, NAT: n = 15). Results Overall, 15.6% (n = 10) of patients with SEMSes (PT: 20.4%, n = 10, NAT: 0%) and 53.0% (n = 121) of patients with plastic stents (PT: 69.3%, n = 95, NAT: 28.5%, n = 26) experienced one or more stent complications (p <0.001). Cholangitis developed in 6.3% (n = 8) of PT patients with SEMSes. No patients with SEMSes receiving NAT (n = 15) experienced cholangitis. However, 31.9% (PT: 42.8%, n = 59, p = 0.001; NAT: 15.4%, n = 14, p = 0.211) of patients with plastic stents developed cholangitis. Among all patients receiving NAT or PT, cholangitis interrupted chemotherapy 6 times (9.4%) in SEMS patients and 61 times (26.6%) in plastic stent patients (p = 0.004). Stent occlusion without cholangitis interrupted NAT or PT 2 times (2.1%) in SEMS patients and 31 times (13.5%) in plastic stent patients (p = 0.023). Conclusions SEMS is recommended for BD among patients with PAC receiving chemotherapy. Among both PT and NAT patients, patients with SEMS experience a lower stent failure rate, lower rate of cholangitis, and fewer chemotherapy interruptions than patients with plastic stents.Peer reviewe

Thermal sensitivity of growth indicates heritable variation in 1-year-old rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

201

Genetic (co)variance of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) body weight and its uniformity across production environments

201

Kalankasvatuksen olosuhdekatsaus 2019

Kalankasvatuksen olosuhdekatsauksen laatiminen on osittain rahoitettu Euroopan meri-ja kalatalousrahaston (EMKR) avustuksella. Katsaus tuottaa tietoa EMKR:n Suomen toimintaohjelman arviointia ja ennakointia varten

Esiselvitys 3D-kameratekniikan ja koneoppimisen hyödyntämisestä suomalaisessa kalan- kasvatuksessa

Tehokas kalankasvatus edellyttää tarkkaa ajantasaista tietoa kalojen lukumäärästä, aktiivisuudesta, terveydentilasta ja kasvusta (biomassasta). Tämä mahdollistaa erilaisten toimenpiteiden, kuten ruokinnan, lajittelun, kasvatustiheyksien ja lopulta perkuuajankohdan optimaalisen hallinnan. Videovalvonnan ja -ohjauksen käyttö on lisääntynyt merkittävästi kalankasvatuksen seurannassa ja tuotannonohjauksessa. Myös tietokoneavusteiset kuva-tai videoanalyysit ovat kehittyneet viimeisten kolmen vuosikymmenen aikana, ja ne ovat avainroolissa kasvatettavien kalastojen automaattisessa, ilman ihmistä tapahtuvassa mittaamisessa ja analysoinnissa. Tärkeimmät käytännön sovellukset liittyvät kasvatettavan kalaston ruokinnan ja biomassan seuraamiseen mutta myös kalaterveyteen ja välineiden kunnossapitoon. Kalankasvatusmarkkinoille on kehitetty jonkin aikaa muun muassa 3D-videoseurantaan perustuvia biomassalaskureita, mutta toistaiseksi niiden tarkkuus ei ole ollut välttämättä riittävä. Suomen sameissa rannikkovesissä laskureista ei ole raportoituja käyttökokemuksia, eivätkä sovellukset huomioi kotimaassa kasvatettavia kalalajeja. Laskurit ovat myös verrattain kalliita, jolloin kilpailukykyisten sovellusten kehittäminen voisi lisätä niiden käyttöä ja hyötyjä. Tähän hankeraporttiin koottiin esiselvitys: • Tämänhetkisistä seurantasovelluksista kalankasvatuksessa • Kolmiulotteisen (3D) kuvamateriaalin soveltuvuudesta ja jatkokehitysmahdollisuuksista kasvatettavien kalojen seurannassa kotimaiset erityisolosuhdevaatimukset ja tekoälyn omat reunaehdot huomioiden. Kuvauskokeiluissa ruokailevista kaloista (kirjolohi ja siika) saatiin liikedataa, josta pystyttiin toteamaan niiden aktiviteetin muutoksia. Datamäärät jäivät kuitenkin pieneksi varsinaista mallintamista ajatellen. Myös kuhakasvatusta kuvattiin, mutta samean veden ja kuhan passiivisen ruokailukäyttäytymisen takia niiden liikeaktiivisuutta ei havaittu. Kalojen pituudesta saatiin luotettavia metrisiä mittaustuloksia 3D-kameradatan avulla, joskaan näytemäärä ei ollut tässäkään tapauksessa suuri suoraan biomassan arviointiin. Tulosten perusteella 3D-kuvasta saatuja pituusmittoja voitaisiin käyttää kalojen kasvun tarkempaan arviointiin ilman invasiivisia (stressaavia) välimittauksia. Hanke on toteutettu yritysyhteistyönä Luken koordinoimassa ja Euroopan meri-ja kalatalousrahaston rahoittamassa vesiviljelyn innovaatio-ohjelmassa vuonna 2018.201

Single-operator peroral pancreatoscopy in the preoperative diagnostics of suspected main duct intraductal papillary mucinous neoplasms : efficacy and novel insights on complications

Background Distinguishing intraductal papillary mucinous neoplasms (IPMNs) from other pancreatic cystic lesions is essential since IPMNs carry the risk of becoming malignant. Differentiating the main pancreatic duct involving IPMNs (MD-IPMNs) through conventional imaging is deficient. Single-operator peroral pancreatoscopy (SOPP) represents a promising method offering additional information on suspected lesions in the pancreatic main duct (MD). We aimed to determine the role of SOPP in the preoperative diagnostics of suspected MD-IPMNs and identify factors contributing to SOPP-related complications. Materials and Methods In this primarily retrospective study, SOPPs were performed at three high-volume centers on suspected MD-IPMNs. Primary outcome was the clinical impact of SOPP to subsequent patient care. Additionally, we documented post-SOPP complications and analyzed several assumed patient- and procedure-related risk factors. Results One hundred and one (101) SOPPs were performed. Subsequent clinical management was affected due to the findings in 86 (85%) cases. Surgery was planned for 29 (29%) patients. A condition other than IPMN explaining MD dilatation was found in 28 (28%) cases. In 35 (35%) cases, follow-up with MRI was continued. Post-SOPP pancreatitis occurred in 20 (20%) patients and one of them was fatal. A decrease in odds of post-SOPP pancreatitis was seen as the MD diameter increases (OR 0.714 for 1.0 mm increase in MD diameter, CI 95% 0.514-0.993, p = 0.045). Furthermore, a correlation between lower MD diameter values and higher severity post-SOPP pancreatitis was seen (T-JT = 599, SE = 116.6, z = - 2.31; p = 0.020). History of pancreatitis after endoscopic retrograde cholangiopancreatography was a confirmed risk factor for post-SOPP pancreatitis. Conclusions between complications and other risk factors could not be drawn. Conclusion SOPP aids clinical decision-making in suspected MD-IPMNs. Risk for post-SOPP pancreatitis is not negligible compared to non-invasive imaging methods. The risk for pancreatitis decreases as the diameter of the MD increases.Peer reviewe

Kalankasvatuksen olosuhdekatsaus 2020

Kalankasvatuksen olosuhdekatsauksen laatiminen on osittain rahoitettu Euroopan meri-ja kalatalousrahaston (EMKR) avustuksella. Katsaus tuottaa tietoa EMKR:n Suomen toimintaohjelman arviointia ja ennakointia varten