Indexing population size of elusive species from sign surveys: an evaluation using non-invasive genetics of Cabrera voles

Tese de mestrado em Biologia da Conservação, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2017O conhecimento do tamanho e abundância de populações selvagens é fundamental para a gestão de recursos naturais. Uma das formas de estimar o tamanho de uma população é o de capturar, marcar, libertar e, mais tarde, recapturar indivíduos. Os estudos de captura-marcação-recaptura (CR) permitem ainda obter parâmetros demográficos como a taxas de sobrevivência, migração, e crescimento populacional. Mas, a obtenção de informação relativa à distribuição e tamanho das populações de espécies elusivas e/ou com problemas de conservação, é, muitas vezes, difícil recorrendo aos métodos tradicionais de armadilhagem, quer por poder haver uma resposta negativa dos animais às armadilhas, quer devido ao risco de causar danos aos animais. Para além disso, os métodos tradicionais implicam grandes quantidades de recursos materiais e humanos, sendo muito exigentes em termos de tempo, e estando maioritariamente reservados a pessoal treinado. Estas limitações muitas vezes superam os benefícios da obtenção de informação, o que constitui um desafio em estudos de ecologia e conservação. A alternativa mais comum aos métodos de captura-recaptura é o uso de métodos indiretos baseados em indícios de presença cujos resultados permitem inferir abundâncias relativas. No entanto, os índices de abundância populacional não devem ser utilizados na gestão das populações, sem uma validação prévia que avalie se as variações no índice refletem as variações de tamanho das populações. Contudo, dada a dificuldade de se conhecer o verdadeiro tamanho de uma população selvagem, a validação de índices de abundância torna-se geralmente uma tarefa difícil. Assim, uma tentativa para estimar verdadeiras abundâncias ou densidades a partir de um índice, só será suportada se houver estudos a priori onde se comparam os valores desse índice com valores de densidades reais, através de modelação estatística. Os recentes desenvolvimentos em técnicas de genética não-invasiva que permitem a captura do DNA de um individuo, em vez do individuo propriamente dito, representam uma melhoria significativa para estudos de abundância, uma vez que permitem que seja recolhida uma maior quantidade de informação. Os benefícios da CR genética incluem a diminuição do risco e perturbação para o animal, uma vez que este nunca está fisicamente preso e pode deixar várias amostras contendo material genético em múltiplas localizações durante o tempo de amostragem, baixando também o enviesamento causado pela resposta às armadilhas. A monitorização de tendências populacionais através de métodos de genética não-invasiva pode ser também uma mais valia para identificar declínios e ameaças de extinção e também para avaliar a eficácia das medidas de conservação aplicadas a uma população. O genótipo de cada indivíduo pode ser obtido de amostras não-invasivas de várias fontes. Cada genótipo específico é tratado como sendo uma “marca”, enquanto uma “recaptura” acontece de cada vez que o mesmo genótipo é encontrado em duas amostras diferentes. As fezes são o material mais utilizado em estudos de genética não-invasiva, uma vez que para a maioria das espécies, são relativamente fáceis de encontrar, e conseguem providenciar uma grande quantidade de informações relevantes (ex. perfil genético dos indivíduos, dieta, regulação hormonal, presença de DNA de parasitas, etc.). Em estudos de genética não-invasiva, é possível a utilização de diferentes marcadores para obtenção de diferentes tipos de informação. Os marcadores mitocondriais permitem a identificação da espécie enquanto que marcadores nucleares, como os microssatélites, permitem a construção do perfil genético dos indivíduos, bem como a identificação do sexo. Neste estudo utilizamos o rato de Cabrera como espécie modelo para testar a definição de índices de tamanho populacional a partir de indícios de presença, validados com estimativas obtidas a partir de amostragem genética não-invasiva. Pretendemos também perceber qual o tipo de indícios mais adequados à construção dos índices, bem como qual o esforço de amostragem mínimo necessário para a obtenção de um índice que reflita a variação no tamanho da população. O rato de Cabrera (Microtus cabrerae, Thomas 1906) é uma espécie de arvicolídeo de tamanho médio, endémico da região Iberoccitana e, atualmente, restrito à Península Ibérica, onde a sua distribuição se encontra largamente fragmentada, situação que se tem vindo a agravar nas últimas décadas. Uma vez que, para esta espécie, é difícil a obtenção de dados de abundância por armadilhagem, devido à sua resposta negativa às armadilhas, a maioria dos estudos até agora realizados têm sido baseados em regurgitações de rapinas e indícios de presença específicos, os quais são por vezes usados na construção de índices de abundância. Os indícios de presença típicos incluem túneis, fragmentos de erva cortada, e os dejetos verde escuros com 4 a 8 mm de comprimento que são frequentemente encontrados acumulados em latrinas, as quais podem ser utilizadas por um ou vários indivíduos. Estes estudos têm, até agora, permitido a obtenção de informação importante sobre abundâncias locais e dinâmicas populacionais, os quais permitiram delinear propostas de medidas de conservação a nível local e regional. O trabalho de campo foi realizado no SW de Portugal, integrando parcialmente o Parque Natural da Costa Vicentina e Sudoeste Alentejano. Foi feita uma identificação prévia dos habitats adequados à espécie, e uma procura por indícios de presença pela mesma. Em 8 dos habitats em que a presença da espécie foi confirmada, foram identificadas e contadas latrinas e recolhidas amostras de dejetos frescos usando esforço total de prospeção constante (ca. 60min/0.1ha), ao longo de quatro dias consecutivos, tendo-se recolhido um total de 601 amostras. As amostras foram extraídas e genotipadas segundo o protocolo proposto por Ferreira et al. (submetido) em condições de esterilização para minimizar os riscos de contaminação. Foram selecionadas para análise todas as amostras com pelo menos 3 dejetos, que se encontrassem a uma distância mínima de 2 metros da recolha mais próxima, totalizando 509 amostras. Estas amostras foram genotipadas para um total de 9 microssatelites, que permitem a identificação individual, e sexadas. Com os valores obtidos pelas análises de genética não-invasiva construíram-se duas curvas de rarefação, segundo os pressupostos descritos por Kohn (1999) e Eggert (2003) e com uma randomização de 100 vezes para cada habitat. Adicionalmente, como forma de verificação de concordância entre estimadores, correram-se modelos CR no Capwire (para R). Do número total de amostras recolhidas e extraídas, obtiveram-se genótipos consensuais para 129, correspondendo a um sucesso de genotipagem de cerca de 25%, semelhante ao verificado para outras espécies de pequenas dimensões ou que habitam em zonas húmidas, em que a quantidade e qualidade de DNA presente nas fezes é reduzida. As restantes amostras foram excluídas por apresentarem baixa qualidade ou estarem contaminadas. Com recurso às curvas de rarefação, foi possível obter estimativas estáveis e com valores de erro relativamente baixas. Optou-se por utilizar os resultados da curva de Eggert como referência do tamanho real das populações, uma vez que este estimador é considerado melhor que o método de Kohn quando os tamanhos populacionais são baixos, e que os modelos do Capwire só produziram resultados para 3 patches, provavelmente devido ao reduzido tamanho das populações presentes nos restantes (20 dejetos), latrinas pequenas (< 20 dejetos) e número total de latrinas. Os PSI foram correlacionados com os tamanhos populacionais de referência, através de Modelos Generalizados de Efeitos Mistos (GLMM), incluindo como fatores aleatórios o mês de amostragem e os 4 dias consecutivos de amostragem em cada habitat (pseudo-réplicas), de modo a identificar qual o PSI que melhor se correlaciona com os tamanhos populacionais de referência. Os resultados dos GLMM foram significativos apenas para o PSI que considera as contagens de latrinas pequenas com esforços de amostragem maiores, o qual se correlaciona positivamente com as estimativas de referência de tamanhos populacionais. Os resultados deste trabalho, mostraram que é possível obter um índice de tamanho populacional de forma expedita e pouco dispendiosa, com um esforço de amostragem razoável. De qualquer forma, será pertinente aumentar o número de habitats estudado de forma a validar este resultado. Com base no modelo estatisticamente suportado, a contagem de latrinas pequenas, com o esforço de amostragem maior, poderá servir para fazer inferências sobre o tamanho das populações. Como latrinas maiores possivelmente são mais usadas em épocas de acasalamento, i.e., quando indivíduos se encontram mais ativos, desaconselha-se a utilização das mesmas como índice de tamanho populacional. De ressalvar que, para além da importância de se confirmar estes resultados incluindo um maior número de habitats, estudos futuros deverão considerar a inclusão de outros indícios de presença (túneis, restos de erva cortada), assim como de esforços de amostragem maiores, de forma a quantificar mais precisamente o esforço ideal à amostragem de cada habitat. Assim, consideramos que este estudo representa o início de um caminho que poderá conduzir a novas e melhores formas de estudar as flutuações das populações do rato de Cabrera para que, no futuro, possam ser aplicados mais e melhores planos de gestão da espécie.Understanding the factors that affect the abundance of animals in wild populations is crucial in ecological research and species conservation. However, obtaining the necessary data on elusive and endangered species is usually a challenge. Live-trapping has been used for a long time for obtaining population size estimates on several mammal species, particularly small mammals. However, live-trapping is often difficult to implement in the field and often provides insufficient data to infer population size, particularly for species that occur at low densities, or that have a negative response to trapping, or that have very extensive habitats. Recently, genetic non-invasive sampling (gNIS) has been used as an alternative to live-trapping for obtaining more data on several population parameters, including population density and abundance. By genotyping samples from wild animals without capturing or disturbing them (e.g. faeces), gNIS allows the obtainment of unique genetic fingerprint of the individuals in a population. However, when looking for an expedite and cost-effective method to sample populations, most researchers rely on population size indexes (PSI), which are usually based on counts of species presence signs, that are assumed to have a positive relation to true population size. Despite, their utility to infer population abundance, PSI’s are seldom tested against known numbers. This may result in important bias, which in turn may affect the effectiveness of conservation or management measures based solely on PSI’s index values. This study addresses the issue of obtaining expedite and cost-effective methods of surveying an elusive small mammal by generating PSI’s, and validating them against population sizes obtained via capture-recapture (CR) data from gNIS. For this, we used the Cabrera vole (Microtus cabrerae) in SW Portugal farmland as a model species. The Cabrera vole is a “Near-Threatened” Iberian endemism, restricted to relatively small habitat patches dominated by wet herbaceous vegetation. These habitats have decreased dramatically during the past, mainly due to agricultural intensification. Between November-16 and March-17, we selected 8 occupied habitat patches, and in each one we searched and counted vole latrines, and collected fresh faeces samples for genotyping, based on 9 microsatellite loci and 1 mitochondrial loci. From the vole latrine counts we generated 9 PSI indexes based on varying sampling efforts and type presence sign considered. We then used GLMM to assess the relationship between each of the 9 PSI’s and the estimates of population size, obtained from Eggert’s rarefaction curve applied to the gNIS data. Results indicated that, despite the relatively low genotyping success (ca. 25%), population size estimates based on gNIS were robust, and correlated significantly with the PSI based on counts of small latrines (<20 faeces) under higher sampling efforts (≥60 min/0.1ha). Our study suggests that it is possible to use PSIs for monitoring Cabrera vole’s populations, which may thus provide an opportunity for monitoring the species over large spatial and temporal scales

Analytical characteristics of olive oils produced by two different extraction techniques in the portuguese olive variety Galega Vulgar

A metal hammer-decanter (HD) olive processing line was compared to a traditional metal hammer-press (HP) line, a discontinuous method which, when properly used, yields high-quality virgin olive oils. Galega olives (traditional Portuguese variety) were used. Olives were picked at a predetermined maturation stage and plagues and oil content were evaluated before processing. Years, extraction technology, data replicates, and years*extraction, were taken into account and compared using statistical treatment. In spite of significant differences among the results obtained, only acidity was statistically significant and sufficient for classifying the produced olive oil into a lampante categoryinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

À Vista da Costa: A Paisagem Cultural Marítima de Cascais

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em ArqueologiaO conceito de paisagem Cultural Marítima é, na arqueologia subaquática portuguesa, de discussão muito recente. Com esta dissertação pretendemos analisar o impacto que este tipo de abordagem tem numa costa que é fortemente recortada e num litoral que é morfologicamente complexo, pois têm influência do Oceano Atlântico e do Estuário do Rio Tejo. O litoral de Cascais, localizado junto a Lisboa, é o espaço que pretendemos confrontar com este paradigma epistemológico. Fortes, fortalezas, faróis, portos, fundeadouros e naufrágios fazem parte de um leque que perspectiva uma utilização de longue durée onde as influências mediterrânicas estão presentes, mas com a singularidade de serem compreendidas e aplicadas pelo Homem atlântico. As relações e as redes entre o homem e os vestígios do passado náutico, directos e indirectos, serão observados numa diacronia centrada na época moderna, mas sem esquecer as influências históricas anteriores e os condicionamentos na época posterior. Esta análise, baseada na proposta teórica e metodológica de Chister Westerdahl, Ben Ford e Brad Duncan, faz uso do trabalho desenvolvido no âmbito do ProCasc – Projecto de Carta Arqueológica Subaquática de Cascais, da responsabilidade da Câmara Municipal de Cascais e do Centro de História de Além-Mar da Faculdade Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa e Universidade dos Açores)

Desafios do TER no Alto Alentejo

info:eu-repo/semantics/draf

O tratamento das neoplasias malignas recorrendo às células progenitoras hematopoiéticas

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Superior de Ciências da Saúde Egas MonizPresentemente, as doenças hemato-oncológicas estão na ordem do dia e são das que mais têm preocupado os profissionais de saúde, como tal têm sido contínuos os esforços para obterem a melhor forma as combater. As células estaminais provenientes do sangue do cordão umbilical têm sido uma das fontes usadas para o tratamento destas doenças. A primeira transplantação recorrendo a estas células, nos anos 80, promoveu a utilização desta terapia e depois desse, múltiplos transplantes foram efetuados, afirmando que a terapia recorrendo às células progenitoras hematopoiéticas deveria ser uma hipótese a considerar para o tratamento destas patologias. Inúmeras pesquisas com células estaminais do sangue do cordão umbilical evidenciam resultados promissores que em breve irão induzir um aumento do seu uso a várias doenças, nomeadamente doenças com natureza degenerativa. A evidência de que a criopreservação não modifica a viabilidade destas células possibilita que sejam conservadas por longos períodos de tempo e apenas sejam usadas quando é essencial. Com a compreensão da capacidade regenerativa das células estaminais do sangue do cordão umbilical aparecem em Portugal e a nível mundial bancos de recolha e criopreservação tanto públicos como privados. É extremamente necessária, a contínua investigação numa área tão importante como a das neoplasias. Cada vez existem mais informações sobre as suas causas, sobre a forma como se propaga e como progride. Estão a ser analisadas novas formas de prevenir, descobrir e tratar as neoplasias, como é o caso da transplantação com células hematopoiéticas progenitoras, sempre de modo a melhorar a qualidade de vida das pessoas afetadas por estas patologias

Inovação do modelo de negócio em startups de base tecnológica sob a análise das capacidades dinâmicas

Mestrado em Gestão/MBAEste trabalho analisa as capacidades dinâmicas em startups europeias, a partir da análise de seus modelos de negócio e das suas capacidades de inovação. Capacidades dinâmicas são as capacidades da empresa de detetar, apreender e reconfigurar competências organizacionais internas e externas em resposta às mudanças do ambiente (Teece, 2007). Para o efeito, este trabalho descreve os resultados de uma pesquisa, do tipo exploratória e descritiva, de aproximação longitudinal. Mais especificamente, desenvolveu-se um estudo de casos múltiplos em duas startups localizadas em Portugal, com recolha de dados primários por meio de entrevistas semiestruturadas a diretores e a fundadores das empresas, verificação da existência de capacidades dinâmicas com base nos conceitos da framework do modelo de negócio integrado de Wirtz (Wirtz et al., 2016), e dos microfundamentos sugeridos por Teece (2007). Foram também utilizados dados secundários disponibilizados pelas empresas entrevistadas, reportagens e vídeos disponíveis na impressa e outras media digitais. Os dados foram analisados com auxílio do software Atlas ti v.8. Os resultados deste estudo sugerem; (a) sob a perspetiva das capacidades dinâmicas, as empresas desenvolveram os seus microfundamentos, (b) notou-se que a inovação no modelo de negócio redundou da construção de microfundamentos, como; Investimentos em aprendizagem, Resiliência, Conhecimento e informação significativo, Apreensão de mecanismos para deteção constante do mercado (c) a consolidação das capacidades dinâmicas, em ambos os casos, possibilitou que as startups capturassem mudanças e oportunidades ambientais, adaptando-as aos seus modelos de negócio e à inovação iminente.This work analyses the dynamic capabilities in European startups, based on the analysis of their business models and their innovation capabilities. Dynamic capabilities are the company's capabilities to detect (sense), apprehend (seize), and reconfigure internal and external organizational competencies in response to changes in the environment (Teece, 2007). For this purpose, this work describes the results of a qualitative, exploratory and descriptive research with longitudinal approximation. More specifically, a case study was developed, of two startups located in Portugal, with the collection of primary data through semi-structured interviews with company directors and founders, verification of the existence of dynamic capabilities based on the concepts of Wirtz?s business model integrated framework (Wirtz et al., 2016), and the microfoundations suggested by Teece (2007). We used secondary data provided by the interviewed companies, reports, videos, and other news available in print and other digital media. The data were analysed using the Atlas ti v.8 software. The results of this study suggest; (a) from the perspective of dynamic capabilities, companies developed their microfoundations, (b) it was noted that innovation in the business model resulted in the construction of microfoundations, such as; Investments in learning, Resilience, Knowledge and significant previous information, Seizure of mechanisms for constant market detection (c) the consolidation of dynamic capabilities, in both cases, enabled startups to capture changes and environmental opportunities, adapting them to their business models and transform into imminent innovation.info:eu-repo/semantics/publishedVersio