Elucidating Ubiquitin Chain Formation Catalyzed by E2 Enzymes through use of a Di-Ubiquitin Probe

Ubiquitin plays a major role in many cellular processes including protein degradation. Ubiquitin attaches to a lysine group of a substrate molecule through its carboxyl terminal end, resulting in monoubiquitination and the subsequent post-translational modification of the protein. Substrate modifications are far more complex due to seven ubiquitin lysine residues which serve as acceptors for the conjugation with other ubiquitin molecules. The focus of this thesis is centered on the elucidation of ubiquitin chain formation through catalysis of E2 cascade enzymes. Here, we incorporate (Nε-L-Thiaprolyl-L-lysine) site specifically at the K11 position of ubiquitin. The incorporated protein is deprotected forming an acceptor ubiquitin molecule, which we utilize for ligation with a donor molecule to construct a di-ubiquitin probe and conjugate with a specific E2 enzyme. Future studies are aimed at retrieving a three-dimensional structure for this DiUb-E2 conjugate to understand the mechanisms of multiple proteins involved in ubiquitin chain synthesis

Liderazgo gerencial y la felicidad en el trabajo en la empresa Arequipa Expreso Marvisur E.I.R.L. Arequipa - 2021

Este trabajo de investigación planteó como objetivo principal determinar la relación existente entre el liderazgo gerencial y el nivel de felicidad en el trabajo de las personas que se desempeñan en diferentes cargos en la empresa Arequipa Expreso Marvisur EIRL del año 2021. La metodología empleada tuvo como punto de partida un tipo de investigación aplicada, perteneciendo a un diseño no experimental; del mismo modo se tipificó el estudio como uno correlacional y de corte transeccional. Respecto al muestreo, este fue desarrollado de forma no probabilística, teniendo a 74 como población y solo un 54% de muestra. El instrumento seleccionado para la recolección de datos fue la encuesta, esta fue realizada primero en una empresa similar considerada como prueba piloto y que luego fue aplicada a los trabajadores de la empresa en estudio de forma directa y en un solo momento. Por otro lado, los resultados conseguidos indican que existe una correlación positiva considerable entre las dos variables estudiadas ya que la medida Rho de Spearman fue de 0.700, esto significa que un mejor liderazgo en la empresa, se traduce en una mejor percepción de felicidad en los trabadores de la misma

Estabilización de la subrasante adicionando ceniza de carrizo y cloruro de sodio en la Av. El Olivar, Huarmey - 2022

El objetivo general de este estudio fue evaluar los efectos de la ceniza de carrizo y el cloruro de sodio en la estabilización del suelo en la Av. El Olivar, Huarmey-2022; realizando pruebas de granulometría, límites de Atterberg, Proctor modificado y CBR. Formulación de la metodología: El diseño del estudio fue experimental, su tipo de estudio fue descriptivo. Estos resultados son basados en los objetivos específicos al incorporar ceniza de carrizo al 5%, 10%, 15% y cloruro de sodio al 3%, 5%, 7%. Primer objetivo, disminuye el IP adicionando CC al 5%, 10%, 15% y NaCl al 3%, 5%, 7%, no se obtuvo resultados para IP. Segundo objetivo, determinar la MDS del patrón, con 5% de CC aumentó de 2,167 g/cm3 a 2,18 g/cm3 y 7% de NaCl aumentó de 2,167 g/cm3 a 2,18 g/cm3. Tercer objetivo, se determina el CBR al 95%, con la MDS de la muestra el 15% aumento de 29% a 42.5% en CC y con el 7% aumento el 29% a 39% en NaCl. En conclusión, la formulación de ceniza de carrizo y el cloruro de sodio, mejoró las propiedades de la subrasante

Dissecting Ubiquitin Chain Editing Mechanisms of Deubiquitinating Enzymes Enabled by Linkage-Specific di-Ubiquitin Probes

Ubiquitination is a multifaceted post translational modification (PTM) that plays a substantial role in the regulation of protein homeostasis for numerous biological processes, including proteasomal degradation, DNA repair, and signal transduction. The 76-amino acid protein ubiquitin (UB) covalently modifies a substrate through attachment of its C-terminal end to any lysine (Lys) residue on the substrate, forming an isopeptide bond. Furthermore, UB contains seven Lys residues: K6, K11, K27, K29, K33, K48, and K63, in addition to the M1 residue, which all serve as acceptor sites for conjugation to another UB monomer. Consequently, a substrate can be modified by an indefinite number of intricate UB patterns that exposes it to a multitude of cellular functions. Substrate ubiquitination is controlled by a network of governing enzymes that act coherently to write, edit, and code UB signals. How these enzymes function together to modify a ubiquitinated substrate is still poorly understood. Among them, are a group of deubiquitinating enzymes (DUBs) as editors that catalyze the cleavage of isopeptide bond linkages between UB monomers or UB and substrate to modify a protein’s cellular function. However, DUB enzymes have different catalytic activities and binding modes toward UB, which makes it rather difficult to understand their involvement in UB regulation. DUB dysregulation often leads to cancer or neurodegenerative diseases, such as Parkinson’s disease. As a result, numerous tools have been developed to elucidate complicated UB editing mechanisms exploited by DUBs, which rely profoundly on structural and analytical studies. One method, site-specific mutagenesis through unnatural amino acid (UAA) incorporation, has provided proteins with unique properties that enable them to be utilized as chemical probes for observing protein interactions. This thesis covers the design of activity-based diUB probes that were efficiently constructed though synthetic applications of UAA incorporation to profile the activity of linkage-specific DUBs. Here, a lysine derivative Nε-L-Thiaprolyl-L-lysine (ThzK), is site-specifically incorporated into the K48 and K63 UB sites using an orthogonal pyrrolysl-tRNA synthetase and tRNAPyl pair. The incorporated protein is deprotected to generate a reactive N-terminal cysteine (Cys) for further chemical ligation with a C-terminal thioester, forming a polyUB chain linked through a native peptide bond with thiol functionality. The thiol group is converted into dehydroalanine (Dha) by an elimination reaction, which serves as an electrophilic trap towards catalytic DUBs that could potentially recognize specificity of the probe both in vitro and in vivo. Proteomic methods can subsequently be employed to identify DUB binding components toward linkage-specific diUB probes in hopes of revealing their differential catalytic activities and homeostatic involvement in the UB transfer pathway, which can potentially help in therapeutic development against diseases

Selección de personal de tutoría en la mejora de procesos de los colegios Saco Oliveros, Lima, 2019–2020

El presente informe de investigación tiene como finalidad determinar la influencia de la selección de personal de tutoría en la mejora de procesos de los colegios Saco Oliveros, Lima 2019 – 2020. El método de la investigación empleado en este caso es el hipotético deductivo, el tipo de investigación es aplicada, el diseño no experimental de corte transversal, con un nivel explicativo causal y enfoque cuantitativo. Para ello se tomó como muestra a 50 empleados dentro de la institución de estudio donde se utilizó como técnica de recolección de datos la encuesta conformada por 20 ítems respectivamente. Para obtener la confiabilidad del instrumento de medición entre ambas variables se utilizó el alfa de Cronbach, donde se obtuvo un coeficiente de 0,797, de igual manera se realizaron e interpretaron los gráficos estadísticos por variables y dimensiones respectivamente mediante el programa SPSS. Por último, para la prueba de hipótesis se utilizó la prueba de rho Spearman donde se concluyó la influencia de la variable independiente selección de personal sobre la variable dependiente mejora de procesos de los colegio saco oliveros Lima 2019 - 2020

Influencia del nivel nutricional en el rendimiento escolar de los niños y niñas de 5 años de la Institución Educativa inicial N° 1177 Ccollpa del Distrito de Llusco, Provincia Chumbivilca – 2015

TesisEl presente trabajo de investigación tuvo como propósito fundamental de determinar la influencia del nivel nutricional y rendimiento escolar. Si bien, el estado nutricional es uno de los principales factores para un óptimo desarrollo intelectual, especialmente en la etapa escolar, es evidente que cualquier alteración trae consecuencias funestas en el niño cuando ésta llega a ser crónica, repercutiendo en su capacidad intelectual. La base teórica indica que el estado nutricional adecuado es importante para el desarrollo intelectual, sobre todo en la etapa escolar, ya que ambas etapas presentan notables cambios físicos y psicológicos. Según datos obtenidos, la población escolar y adolescente conforman el 40% de la población peruana, observándose un alto índice de desnutrición en menores de 5 años; lo cual indica que el estado nutricional inadecuado es un problema que tiene sus inicios en la niñez y afecta el órgano principal del desarrollo intelectual, el cerebro; por lo tanto origina dificultades en la etapa escolar. Para su mejor comprensión la presente investigación está dividida en tres capítulos los cuales pasaremos a describir. El Capítulo I: Comprende todo lo referente al marco teórico, donde incluiremos conceptos sobre el nivel nutricional, rendimiento escolar, entre los más resaltantes. El Capítulo II: Presenta a detalle las técnicas e instrumentos utilizados como son la escala de evaluación antropométrica según los patrones de crecimiento infantil de la OMS y el análisis documental del consolidado de Registro de Evaluación, además de Método, se plasma el tipo, nivel y diseño, área de estudio, población y muestra, técnicas e instrumentos de recolección de datos, procesamiento, presentación, análisis e interpretación de los datos. El Capítulo III: Abarca la propuesta que modestamente presento, el cual consiste en un programa denominado Mejorando el nivel nutricional con productos nativos. Finalmente se muestran las conclusiones y sugerencias, así como la bibliografía utilizada y, en los anexos se exhiben los documentos probatorios de la investigación

Algumas extensões em modelos com erros de medição

In this dissertation, we approach three different contributions in measurement error model (MEM). Initially, we carry out maximum penalized likelihood inference in MEMs under the normality assumption. The methodology is based on the method proposed by Firth (1993), which can be used to improve some asymptotic properties of the maximum likelihood estimators. In the second contribution, we develop two new estimation methods based on generalized fiducial inference for the precision parameters and the variability product under the Grubbs model considering the two-instrument case. One method is based on a fiducial generalized pivotal quantity and the other one is built on the method of the generalized fiducial distribution. Comparisons with two existing approaches are reported. Finally, we propose to study inference in a heteroscedastic MEM with known error variances. Instead of the normal distribution for the random components, we develop a model that assumes a skew-t distribution for the true covariate and a centered Students t distribution for the error terms. The proposed model enables to accommodate skewness and heavy-tailedness in the data, while the degrees of freedom of the distributions can be different. We use the maximum likelihood method to estimate the model parameters and compute them via an EM-type algorithm. All proposed methodologies are assessed numerically through simulation studies and illustrated with real datasets extracted from the literature.Neste trabalho abordamos três contribuições diferentes em modelos com erros de medição (MEM). Inicialmente estudamos inferência pelo método de máxima verossimilhança penalizada em MEM sob a suposição de normalidade. A metodologia baseia-se no método proposto por Firth (1993), o qual pode ser usado para melhorar algumas propriedades assintóticas de os estimadores de máxima verossimilhança. Em seguida, propomos construir dois novos métodos de estimação baseados na inferência fiducial generalizada para os parâmetros de precisão e a variabilidade produto no modelo de Grubbs para o caso de dois instrumentos. O primeiro método é baseado em uma quantidade pivotal generalizada fiducial e o outro é baseado no método da distribuição fiducial generalizada. Comparações com duas abordagens existentes são reportadas. Finalmente, propomos estudar inferência em um MEM heterocedástico em que as variâncias dos erros são consideradas conhecidas. Nós desenvolvemos um modelo que assume uma distribuição t-assimétrica para a covariável verdadeira e uma distribuição t de Student centrada para os termos dos erros. O modelo proposto permite acomodar assimetria e cauda pesada nos dados, enquanto os graus de liberdade das distribuições podem ser diferentes. Usamos o método de máxima verossimilhança para estimar os parâmetros do modelo e calculá-los através de um algoritmo tipo EM. Todas as metodologias propostas são avaliadas numericamente em estudos de simulação e são ilustradas com conjuntos de dados reais extraídos da literatur

Algumas extensões em modelos com erros de medição

In this dissertation, we approach three different contributions in measurement error model (MEM). Initially, we carry out maximum penalized likelihood inference in MEMs under the normality assumption. The methodology is based on the method proposed by Firth (1993), which can be used to improve some asymptotic properties of the maximum likelihood estimators. In the second contribution, we develop two new estimation methods based on generalized fiducial inference for the precision parameters and the variability product under the Grubbs model considering the two-instrument case. One method is based on a fiducial generalized pivotal quantity and the other one is built on the method of the generalized fiducial distribution. Comparisons with two existing approaches are reported. Finally, we propose to study inference in a heteroscedastic MEM with known error variances. Instead of the normal distribution for the random components, we develop a model that assumes a skew-t distribution for the true covariate and a centered Students t distribution for the error terms. The proposed model enables to accommodate skewness and heavy-tailedness in the data, while the degrees of freedom of the distributions can be different. We use the maximum likelihood method to estimate the model parameters and compute them via an EM-type algorithm. All proposed methodologies are assessed numerically through simulation studies and illustrated with real datasets extracted from the literature.Neste trabalho abordamos três contribuições diferentes em modelos com erros de medição (MEM). Inicialmente estudamos inferência pelo método de máxima verossimilhança penalizada em MEM sob a suposição de normalidade. A metodologia baseia-se no método proposto por Firth (1993), o qual pode ser usado para melhorar algumas propriedades assintóticas de os estimadores de máxima verossimilhança. Em seguida, propomos construir dois novos métodos de estimação baseados na inferência fiducial generalizada para os parâmetros de precisão e a variabilidade produto no modelo de Grubbs para o caso de dois instrumentos. O primeiro método é baseado em uma quantidade pivotal generalizada fiducial e o outro é baseado no método da distribuição fiducial generalizada. Comparações com duas abordagens existentes são reportadas. Finalmente, propomos estudar inferência em um MEM heterocedástico em que as variâncias dos erros são consideradas conhecidas. Nós desenvolvemos um modelo que assume uma distribuição t-assimétrica para a covariável verdadeira e uma distribuição t de Student centrada para os termos dos erros. O modelo proposto permite acomodar assimetria e cauda pesada nos dados, enquanto os graus de liberdade das distribuições podem ser diferentes. Usamos o método de máxima verossimilhança para estimar os parâmetros do modelo e calculá-los através de um algoritmo tipo EM. Todas as metodologias propostas são avaliadas numericamente em estudos de simulação e são ilustradas com conjuntos de dados reais extraídos da literatur

Inferência em modelos de regressão com erros de medição sob enfoque estrutural para observações replicadas

The usual regression model fits data under the assumption that the explanatory variable is measured without error. However, in many situations the explanatory variable is observed with measurement errors. In these cases, measurement error models are recommended. We study a structural measurement error model for replicated observations. Estimation of parameters of the proposed models was obtained by the maximum likelihood and maximum pseudolikelihood methods. The behavior of the estimators was assessed in a simulation study with different numbers of replicates. Moreover, we proposed the likelihood ratio test, Wald test, score test, gradient test, Neyman's C test and pseudolikelihood ratio test in order to test hypotheses of interest related to the parameters. The proposed test statistics are assessed through a simulation study. Finally, the model was fitted to a real data set comprising measurements of concentrations of chemical elements in samples of Egyptian pottery. The computational implementation was developed in R language.Financiadora de Estudos e ProjetosUm dos procedimentos usuais para estudar uma relação entre variáveis é análise de regressão. O modelo de regressão usual ajusta os dados sob a suposição de que as variáveis explicativas são medidas sem erros. Porém, em diversas situações as variáveis explicativas apresentam erros de medição. Nestes casos são utilizados os modelos com erros de medição. Neste trabalho estudamos um modelo estrutural com erros de medição para observações replicadas. A estimação dos parâmetros dos modelos propostos foi efetuada pelos métodos de máxima verossimilhança e de máxima pseudoverossimilhança. O comportamento dos estimadores de alguns parâmetros foi analisado por meio de simulações para diferentes números de réplicas. Além disso, são propostos o teste da razão de verossimilhanças, o teste de Wald, o teste escore, o teste gradiente, o teste C de Neyman e o teste da razão de pseudoverossimilhanças com o objetivo de testar algumas hipóteses de interesse relacionadas aos parâmetros. As estatísticas propostas são avaliadas por meio de simulações. Finalmente, o modelo foi ajustado a um conjunto de dados reais referentes a medições de concentrações de elementos químicos em amostras de cerâmicas egípcias. A implementação computacional foi desenvolvida em linguagem R

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