Deletion series in the P1 protein of the Sweet potato mild mottle virus identifies the shortest fully functional RNA silencing suppressor domain

RNA silencing is a part of the plant innate immune system that could effectively cope with intruders, like viruses. However, viruses evolved proteins that can suppress RNA silencing thus supporting virus spreading in the host. To counteract RNA silencing, suppressor proteins attack different players of RNA silencing pathway. The P1 protein of the Sweet potato mild mottle virus binds and inactivates small RNA loaded RISC complexes. Using a deletion series in the P1 protein we aimed to identify the possible smallest working version of P1. Our results revealed that the minimal RNA silencing suppressor domain of P1 is as small as 210 amino acids in size

Geochemical modeling possibilities of CO₂ and brine inflow to freshwater aquifers

In worst-case leakage scenarios of CO2 geological storage, CO2 or brine may contaminate shallower drinking water aquifers. This work applies an advanced geochemical modeling methodology to predict and understand the effects of the aforementioned contamination scenarios. Several possibilities, such as equilibrium batch, kinetic batch, and 1D kinetic reactive transport simulations, were tested. These have all been implemented in the widely applied PHREEQC code. The production of figures and animations has been automated by R programming. The different modeling levels provide complementary information to each other. Both scenarios (CO2 or brine leakage) indicate the increase of ion concentrations in the freshwater, which might exceed drinking water limit values. The dissolution of CO2 changes the pH and induces mineral dissolution and precipitation in the aquifer and therefore changes in solution composition. Brine replacement of freshwater due to the pressure increase in the geological system induces mineral reactions as well

Propionic Acid Produced by Propionibacterium acnes Strains Contri-butes to Their Pathogenicity

K

Propionsav szerepének vizsgálata a Propionibacterium acnes patogenicitásában

A Propionibacterium acnes (P. acnes) a bőr természetes mikroflórájának tagja, de speciális körülmények között opportunista patogénként hozzájárul gyulladásos bőrbetegségek kialakulásához. Munkacsoportunk korábbi eredményei alapján ismert, hogy különböző filogenetikai alcsoportokba tartozó P. acnes izolátumok (889, 6609, ATCC 11828) HPV-KER keratinocita sejtek sejtbiológiai sajátságaira gyakorolt hatása törzs- és dózis-specifikus sajátságokat mutat. Magas dózisban alkalmazott P. acnes 889 és ATCC 11828 kezelések hatására morfológiai változások és membránkárosodás figyelhetőek meg, melyek a HPV-KER sejtek fokozott pusztulását eredményezik. A fentebb említett megfigyelések mellet további összefüggést találtunk a sejtek morfológiai változásai, valamint a HPV-KER sejtek tenyésztő folyadékának elsavasodása között. Annak eldöntésére, hogy a megfigyelt hatások hátterében milyen tényezők szerepelhetnek, a HPV-KER sejteket eltérő mennyiségű propionsavval (PA) kezeltük. A PA kezelt sejtek mikroszkópos vizsgálata során hasonló morfológiai változásokat figyeltünk meg, mint korábban a P.acnes kezelt sejtek esetében. Ezen eredmények alapján feltételeztük, hogy a PA tehető felelőssé a megfigyelt membránkárosító hatásért. Hogy bizonyítsuk ezen feltevésünket, frissen szeparált humán eritrocitákat kezeltünk P. acnes 6609-es törzzsel PA hiányában illetve jelenlétében, és mértük a felülúszóban található szabad hemoglobin (HgB) mennyiségét. PA kezelés hatására dózisfüggően emelkedett a szabad HgB mennyisége, mely intenzívebb volt P. acnes 6609 kezelés mellett. Ezen törzs esetében nem volt megfigyelhető hasonló hatás a korábbi vizsgálataink során. Mindezen eredményeink arra utalnak, hogy dózis-, és törzs-specifikus különbségek figyelhetők meg egyes P. acnes klinikai izolátumok keratinociták sejtbiológiai folyamataira gyakorolt hatásában. A megfigyelt hatás hátterében a P. acnes törzsek eltérő metabolitikus aktivitása állhat, és a baktérium által termelt PA aktív szerepet tölthet be a P. acnes baktérium által kifejtett citotoxicitásban

A new fluorescent dye accumulation assay for parallel measurements of the ABCG2, ABCB1 and ABCC1 multidrug transporter functions

ABC multidrug transporters are key players in cancer multidrug resistance and in general xenobiotic elimination, thus their functional assays provide important tools for research and diagnostic applications. In this study we have examined the potential interactions of three key human ABC multidrug transporters with PhenGreen diacetate (PGD), a cell permeable fluorescent metal ion indicator. The non-fluorescent, hydrophobic PGD rapidly enters the cells and, after cleavage by cellular esterases, in the absence of quenching metal ions, PhenGreen (PG) becomes highly fluorescent. We found that in cells expressing functional ABCG2, ABCB1, or ABCC1 transporters, cellular PG fluorescence is strongly reduced. This fluorescence signal in the presence of specific transporter inhibitors is increased to the fluorescence levels in the control cells. Thus the PG accumulation assay is a new, unique tool for the parallel determination of the function of the ABCG2, ABCB1, and ABCC1 multidrug transporters. Since PG has very low cellular toxicity, the PG accumulation assay also allows the selection, separation and culturing of selected cell populations expressing either of these transporters