Assessment of the INLA approach on gerarchic bayesian models for the spatial disease distribution: a real data application

The use of approximate methods as the INLA (Integrated Nested Laplace Approximation) approach is being widely used in Bayesian inference, especially in spatial risk model estimation where the Besag-York-Mollie (BYM) model ` has found a proper use. INLA appears time saving compared to Monte Carlo simulations based on Markov Chains (MCMC), but it produces some differences in estimates [1, 2]. Data from the Veneto Cancer Registry has been considered with the scope to compare cancer incidence estimates with INLA method and with two other procedures based on MCMC simulation, WinBUGS and CARBayes, under R environment. It is noteworthy that INLA returns estimates comparable to both MCMC procedures, but it appears sensitive to the a-priori distribution. INLA is fast and efficient in particular with samples of moderate-high size. However, care must to be paid to the choice of the parameter relating to the a-priori distribution

Aislamientos nativos de Trichoderma harzianum inducen resistencia a Zymoseptoria tritici en plantas de trigo

Trichoderma harzianum inducting resistance to Zymoseptoria tritici. Septoria tritici blotch is endemic in the wheat growing cultivated areas of Argentina, which impacts in the crop yield. One management strategy is to use biocontrol agents. The objective of this work was to determine the effectiveness of Trichoderma spp. isolated from soils of different growing regions, as antagonist and characterize the T. harzianum effect throughout the proteolytic activity of the serine protease in the wheat plant. To determine the antagonistic capacities of Trichoderma spp. against Zimoseptoria tritici, wheat plants were grown from seeds coated with each of the ninety isolated Trichoderma. Antagonism was assessed 21 days after inoculation by the capacity of each Trichoderma spp. isolate to restrict the progress of the disease. To measure the increasing proteolytic activity, ten isolated T. harzianum characterized by their inhibitory effect over the pathogen, were chosen. Four isolates of the antagonist (strain 2 and 8, from Los Hornos and 129 and 141 from Manfredi localities) simultaneously decreased the pycnidial coverage percentage with a noted increasing of the serine-protease activity in the susceptible wheat cultivar. This behavior is associated to a biochemical mechanism of defense with an early systemic effect.La Septoriosis del trigo es endémica en las regiones productoras de Argentina, impactando en su rendimiento. Una alternativa de manejo, es el uso de agentes de biocontrol. Se propuso: determinar la efectividad de los aislamientos de Trichoderma obtenidos a partir de suelos de diferentes localidades de la región triguera argentina, sobre el control de la enfermedad y caracterizar la actividad de la serín proteasa (con capacidad antifúngica) del fluido intercelular de trigo generada por los mejores aislamientos. Para determinar la capacidad biocontroladora de los 90 aislamientos de Trichoderma, se sembraron semillas recubiertas con cada uno de los antagonistas y posteriormente las plántulas se inocularon con Zymoseptoria tritici. Se evaluó la capacidad de cada aislamiento del biocontrolador para restringir el progreso de la septoriosis 21 días después de la inoculación. A las plantas tratadas con las 10 mejores cepas de T. harzianum, se les midió el incremento de la actividad proteolítica. Cuatro de los aislamientos (2 y 8, de Los Hornos y 129 y 141 de Manfredi) disminuyeron el porcentaje de cobertura picnidial y se destacaron por el aumento de la actividad proteolítica en un cultivar susceptible. Éste comportamiento se asocia a un mecanismo bioquímico de defensa con un efecto sistémico temprano.Fil: Stocco, Marina Celeste. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas. Centro En Investigación de Fitopatología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mansilla, Andrea Yamila. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Biológicas; ArgentinaFil: Mónaco, Cecilia I.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas. Centro En Investigación de Fitopatología; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; ArgentinaFil: Segarra, Carmen Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Biológicas; ArgentinaFil: Lampugnani, Gladys. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales; ArgentinaFil: Abramoff, Cecilia. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales; ArgentinaFil: Marchetti, Maria Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Biológicas; ArgentinaFil: Kripelz, Natalia. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas. Centro En Investigación de Fitopatología; ArgentinaFil: Cordo, Cristina C.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas. Centro En Investigación de Fitopatología; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; ArgentinaFil: Consolo, Verónica Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones En Biodiversidad y Biotecnología; Argentin

Aislamientos nativos de <i>Trichoderma harzianum</i> inducen resistencia a <i>Zymoseptoria tritici</i> en plantas de trigo

Aislamientos nativos de Trichoderma harzianum inducen resistencia a Zymoseptoria tritici en plantas de trigo. La Septoriosis del trigo es endémica en las regiones productoras de Argentina, impactando en su rendimiento. Una alternativa de manejo, es el uso de agentes de biocontrol. Se propuso: determinar la efectividad de los aislamientos de Trichoderma obtenidos a partir de suelos de diferentes localidades de la región triguera argentina, sobre el control de la enfermedad y caracterizar la actividad de la serín proteasa (con capacidad antifúngica) del fluido intercelular de trigo generada por los mejores aislamientos. Para determinar la capacidad biocontroladora de los 90 aislamientos de Trichoderma, se sembraron semillas recubiertas con cada uno de los antagonistas y posteriormente las plántulas se inocularon con Zymoseptoria tritici. Se evaluó la capacidad de cada aislamiento del biocontrolador para restringir el progreso de la septoriosis 21 días después de la inoculación. A las plantas tratadas con las 10 mejores cepas de T. harzianum, se les midió el incremento de la actividad proteolítica. Cuatro de los aislamientos (2 y 8, de Los Hornos y 129 y 141 de Manfredi) disminuyeron el porcentaje de cobertura picnidial y se destacaron por el aumento de la actividad proteolítica en un cultivar susceptible. Éste comportamiento se asocia a un mecanismo bioquímico de defensa con un efecto sistémico temprano.Trichoderma harzianum inducting resistance to Zymoseptoria tritici. Septoria tritici blotch is endemic in the wheat growing cultivated areas of Argentina, which impacts in the crop yield. One management strategy is to use biocontrol agents. The objective of this work was to determine the effectiveness of Trichoderma spp. isolated from soils of different growing regions, as antagonist and characterize the T. harzianum effect throughout the proteolytic activity of the serine protease in the wheat plant. To determine the antagonistic capacities of Trichoderma spp. against Zimoseptoria tritici, wheat plants were grown from seeds coated with each of the ninety isolated Trichoderma. Antagonism was assessed 21 days after inoculation by the capacity of each Trichoderma spp. isolate to restrict the progress of the disease. To measure the increasing proteolytic activity, ten isolated T. harzianum characterized by their inhibitory effect over the pathogen, were chosen. Four isolates of the antagonist (strain 2 and 8, from Los Hornos and 129 and 141 from Manfredi localities) simultaneously decreased the pycnidial coverage percentage with a noted increasing of the serine-protease activity in the susceptible wheat cultivar. This behavior is associated to a biochemical mechanism of defense with an early systemic effect.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Aislamientos nativos de <i>Trichoderma harzianum</i> inducen resistencia a <i>Zymoseptoria tritici</i> en plantas de trigo

Aislamientos nativos de Trichoderma harzianum inducen resistencia a Zymoseptoria tritici en plantas de trigo. La Septoriosis del trigo es endémica en las regiones productoras de Argentina, impactando en su rendimiento. Una alternativa de manejo, es el uso de agentes de biocontrol. Se propuso: determinar la efectividad de los aislamientos de Trichoderma obtenidos a partir de suelos de diferentes localidades de la región triguera argentina, sobre el control de la enfermedad y caracterizar la actividad de la serín proteasa (con capacidad antifúngica) del fluido intercelular de trigo generada por los mejores aislamientos. Para determinar la capacidad biocontroladora de los 90 aislamientos de Trichoderma, se sembraron semillas recubiertas con cada uno de los antagonistas y posteriormente las plántulas se inocularon con Zymoseptoria tritici. Se evaluó la capacidad de cada aislamiento del biocontrolador para restringir el progreso de la septoriosis 21 días después de la inoculación. A las plantas tratadas con las 10 mejores cepas de T. harzianum, se les midió el incremento de la actividad proteolítica. Cuatro de los aislamientos (2 y 8, de Los Hornos y 129 y 141 de Manfredi) disminuyeron el porcentaje de cobertura picnidial y se destacaron por el aumento de la actividad proteolítica en un cultivar susceptible. Éste comportamiento se asocia a un mecanismo bioquímico de defensa con un efecto sistémico temprano.Trichoderma harzianum inducting resistance to Zymoseptoria tritici. Septoria tritici blotch is endemic in the wheat growing cultivated areas of Argentina, which impacts in the crop yield. One management strategy is to use biocontrol agents. The objective of this work was to determine the effectiveness of Trichoderma spp. isolated from soils of different growing regions, as antagonist and characterize the T. harzianum effect throughout the proteolytic activity of the serine protease in the wheat plant. To determine the antagonistic capacities of Trichoderma spp. against Zimoseptoria tritici, wheat plants were grown from seeds coated with each of the ninety isolated Trichoderma. Antagonism was assessed 21 days after inoculation by the capacity of each Trichoderma spp. isolate to restrict the progress of the disease. To measure the increasing proteolytic activity, ten isolated T. harzianum characterized by their inhibitory effect over the pathogen, were chosen. Four isolates of the antagonist (strain 2 and 8, from Los Hornos and 129 and 141 from Manfredi localities) simultaneously decreased the pycnidial coverage percentage with a noted increasing of the serine-protease activity in the susceptible wheat cultivar. This behavior is associated to a biochemical mechanism of defense with an early systemic effect.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Banco micológico de especies de Trichoderma

Hasta el momento nuestro país no cuenta con un Banco Micológico de cepas de Trichoderma spp, inalterables en sus propiedades antagónicas y con extensa diversidad biológica. El objetivo de este trabajo fue lograr una colección de especies del género Trichoderma de distinto origen geográfico y actividad biocontroladora comprobada sobre Septoria tritici en plantas de trigo. Se continúa con la caracterización bioquímica y molecular de esta colección, que permitirá ampliar la red de trabajos sobre sus capacidades biocontroladoras a nivel experimental. Se aislaron cepas de Trichoderma sp. a partir de suelo de diferentes localidades de la región triguera Argentina: Los Hornos, Bragado (II Sur); Lobería, (IV); Manfredi (V Norte); Bordenave (V Sur); Paraná (III) utilizando la técnica del suelo diluido con medio de cultivo selectivo para Trichoderma. Sobre un total de 180 cepas, se evaluó su capacidad biocontroladora sobre S. tritici, bajo condiciones de invernáculo. Se seleccionaron las cepas con mejor aptitud biocontroladora (por reducir los parámetros de severidad: porcentaje de área necrosada y de cobertura picnidial en hoja). Se observó que la reducción de la cobertura picnidial fue el parámetro que masbr homogéneamente se repite en todas las cepas, alcanzando entreun 45 a 90% de reducción. Mientras que para el porcentaje de área necrosada el límite de reducción seleccionado fue mayor del 50%. En el Banco se encuentran disponibles 24 cepas de Trichoderma spp

Aislamientos nativos de <i>Trichoderma harzianum</i> inducen resistencia a <i>Zymoseptoria tritici</i> en plantas de trigo

Aislamientos nativos de Trichoderma harzianum inducen resistencia a Zymoseptoria tritici en plantas de trigo. La Septoriosis del trigo es endémica en las regiones productoras de Argentina, impactando en su rendimiento. Una alternativa de manejo, es el uso de agentes de biocontrol. Se propuso: determinar la efectividad de los aislamientos de Trichoderma obtenidos a partir de suelos de diferentes localidades de la región triguera argentina, sobre el control de la enfermedad y caracterizar la actividad de la serín proteasa (con capacidad antifúngica) del fluido intercelular de trigo generada por los mejores aislamientos. Para determinar la capacidad biocontroladora de los 90 aislamientos de Trichoderma, se sembraron semillas recubiertas con cada uno de los antagonistas y posteriormente las plántulas se inocularon con Zymoseptoria tritici. Se evaluó la capacidad de cada aislamiento del biocontrolador para restringir el progreso de la septoriosis 21 días después de la inoculación. A las plantas tratadas con las 10 mejores cepas de T. harzianum, se les midió el incremento de la actividad proteolítica. Cuatro de los aislamientos (2 y 8, de Los Hornos y 129 y 141 de Manfredi) disminuyeron el porcentaje de cobertura picnidial y se destacaron por el aumento de la actividad proteolítica en un cultivar susceptible. Éste comportamiento se asocia a un mecanismo bioquímico de defensa con un efecto sistémico temprano.Trichoderma harzianum inducting resistance to Zymoseptoria tritici. Septoria tritici blotch is endemic in the wheat growing cultivated areas of Argentina, which impacts in the crop yield. One management strategy is to use biocontrol agents. The objective of this work was to determine the effectiveness of Trichoderma spp. isolated from soils of different growing regions, as antagonist and characterize the T. harzianum effect throughout the proteolytic activity of the serine protease in the wheat plant. To determine the antagonistic capacities of Trichoderma spp. against Zimoseptoria tritici, wheat plants were grown from seeds coated with each of the ninety isolated Trichoderma. Antagonism was assessed 21 days after inoculation by the capacity of each Trichoderma spp. isolate to restrict the progress of the disease. To measure the increasing proteolytic activity, ten isolated T. harzianum characterized by their inhibitory effect over the pathogen, were chosen. Four isolates of the antagonist (strain 2 and 8, from Los Hornos and 129 and 141 from Manfredi localities) simultaneously decreased the pycnidial coverage percentage with a noted increasing of the serine-protease activity in the susceptible wheat cultivar. This behavior is associated to a biochemical mechanism of defense with an early systemic effect.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Biocontrol of postharvest Alternaria decay in table grapes from Argentina

Postharvest diseases cause considerable losses of fruit during transportation and storage. Synthetic fungicides are primarily used to control them; however, the recent trend is to shif toward safer and more eco-friendly alternatives for the control of postharvest decays. In Argentina, Alternaria genus was cited as a postharvest pathogen in table grapes for the first time during 2010-2012 seasons. The aim of this study was to identify by morphological and molecular techniques Alternaria spp. strains isolated from table grapes cv. Red Globe in different phenological stages of vine and postharvest storage in Mendoza region. In addition, we intended to propose an alternative postharvest management to the use of sulphur dioxide (SO2) generators (traditional method). We searched for a lower environmental impact substitute; using the yeast strain Metschnikowia pulcherrima RCM2 and chitosan coatings as possible control agents. The results showed that the pathogen was present in all the stages studied and it was determined that the 100% of the strains belonged to the species-group Alternaria alternata. On the other hand, chitosan coatings showed to be a good alternative method to SO2 generators. This is the first study, to our knowledge, about Alternaria spp. incidence during the phenological cycle and postharvest storage of table grapes cv. Red Globe; and also the first study about the evaluation of alternative strategies to the use of SO2 for the control of this disease during the prolonged cold storage.EEA MendozaFil: Stocco, Antonella Fabia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza. Laboratorio de Postcosecha; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Diaz, Mariano Emanuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza. Laboratorio de Postcosecha; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rodriguez Romera, Mariela Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza; ArgentinaFil: Mercado, Laura Analia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza; ArgentinaFil: Rivero, Maria Laura. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza; ArgentinaFil: Ponsone, María Lorena. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mendoza. Laboratorio de Postcosecha; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentin

Assessment of the INLA approach on gerarchic bayesian models for the spatial disease distribution: a real data application

The use of approximate methods as the INLA (Integrated Nested Laplace Approximation) approach is being widely used in Bayesian inference, especially in spatial risk model estimation where the Besag-York-Molli`e (BYM) model has found a proper use. INLA appears time saving compared to Monte Carlo simulations based on Markov Chains (MCMC), but it produces some differences in estimates [1, 2]. Data from the Veneto Cancer Registry has been considered with the scope to compare cancer incidence estimates with INLA method and with two other procedures based on MCMC simulation, WinBUGS and CARBayes, under R environment. It is noteworthy that INLA returns estimates comparable to both MCMC procedures, but it appears sensitive to the a-priori distribution. INLA is fast and efficient in particular with samples of moderate-high size. However, care must to be paid to the choice of the parameter relating to the a-priori distribution

Adherence to Mediterranean Diet, Physical Activity and Survival after Prostate Cancer Diagnosis

Despite the considerable number of studies investigating the Mediterranean diet in prostate cancer (PCa) etiology, very few focused on cancer survival. We assessed the pre-diagnostic diet and physical activity in a cohort of 777 men with PCa diagnosed between 1995 and 2002 in north-eastern Italy; adherence to the Mediterranean diet was evaluated through the Mediterranean Diet Score (MDS). Hazard ratios (HR) of death with confidence intervals (CI) were estimated using the Cox model, adjusting for potential confounders. During 10 years of follow-up, 208 patients (26.8%) died, 75 (9.7%) due to PCa. Patients reporting MDS &ge; 5 showed a higher overall survival than those with MDS &lt; 5 (HR = 0.74; 95% CI: 0.56&ndash;0.99). Although high physical activity was not significantly associated with overall survival (HR = 0.79; 95% CI: 0.59&ndash;1.07), the HR for all-cause death was the lowest (HR = 0.58; 95% CI: 0.38&ndash;0.90) for men reporting MDS &ge; 5 and high physical activity compared to those reporting MDS &lt; 5 and low/moderate physical activity. No association emerged for PCa specific survival. Study findings support the beneficial impact of pre-diagnostic adherence to the Mediterranean diet and physical activity on overall survival; they are mainly driven by risk reduction in non-prostate cancer mortality, which however accounts for about 80% of death in men with PCa