Heila Information systems development project and it's problems : A study of the personnel management systems development and inauguration work at the University of Helsinki from the customer's point of view

Tutkimuksen tehtävänä oli selvittää Helsingin yliopiston Heila-tietojärjestelmän kehitysprojektin kulkua vuosina 1994-1999. Toisena tutkimustehtävänä oli selvittää minkälaisia ongelmia projektissa oli esiintynyt. Tutkimuksen aineisto oli projektin dokumentaatio, jossa pääaineistona olivat projektin johto- ja projektiryhmien kokouspöytäkirjat, tilanneraportit ja muut määrämuotoiset projektidokumentit. Lisäksi käytettävissä oli muuta aineistoa, kuten Heila-projektia käsitteleviä sähköpostiviestejä ja yleisönosaston kirjoituksia. Tutkimuksessa aineistoa kuvattiin kertomuksellisesti, projektin tapahtumat kirjattiin kertomukseksi kronologisessa järjestyksessä. Aineistoa analysoitiin toisen tutkimustehtävän mukaisesti sisällön analyysillä, ja tästä tuloksena oli projektin ongelmien luokittelu. Lopuksi tarkasteltiin projektin etenemiskertomuksen ja ongelmien luokittelun suhdetta. Kohteena ollut projekti viivästyi aikataulustaan kaikissa vaiheissa: toteutus- ja käyttöönotot viivästyivät useita kuukausia. Projektissa ilmeni resurssipulaa, välillä toimittajan ja välillä asiakkaan eli Helsingin yliopiston puolella. Lisäksi ohjelman sisältöalue oli niin monimutkainen, että se aiheutti vaikeuksia toteutuksessa ja käytössä. Järjestelmän suorituskyky ei vastannut sovittua, käyttöönottojen jälkeen jopa yksinkertainen tallennustoiminto saattoi kestää useita minuutteja, eikä normaaleja työtoimintoja saatu hoidettua. Helsingin yliopisto teki useita kirjallisia huomautuksia ja korvausvaatimuksia toimittajalle. Ongelmat jakautuivat toimintatapoihin liittyviin ongelmiin ja teknisiin ongelmiin. Toimintatapoihin liittyvät ongelmat sisälsivät käyttäjien huomiointiin ja projektin läpivientiin liittyviä ongelmia. Tekniset ongelmat jakautuivat kolmeen alakategoriaan: suorituskyvyn ongelmat, ohjelman ominaisuuksiin liittyvät ongelmat sekä yhteyksiin liittyvät ongelmat. Kukin alakategoria jakautui luokkiin. Projektin etenemistä arvioitiin suhteessa sen toteuttamista ohjanneeseen Helsingin yliopiston yhteistyöprojektien laatuohjeeseen, sekä Niemen (1993) malliin tietojärjestelmäprojektien läpiviennistä. Ongelmien luokittelua verrattiin Niemen (1993) arvioon projektien ongelmista. Projektin onnistumista arvioitiin Saarisen ja Sääksjärven (1992) projektin onnistumisen teorian avulla. Tulosten perusteella on mahdollista tarkastella muita projekteja, ja ongelmaluokitusten perusteella havaita potentiaaliset ongelmat. Siten voidaan parantaa työskentelyolosuhteita ja onnistumisen edellytyksiä tietojärjestelmäprojekteissa

Big data in radiation biology and epidemiology; an overview of the historical and contemporary landscape of data and biomaterial archives.

Over the past 60 years a great number of very large datasets have been generated from the experimental exposure of animals to external radiation and internal contamination. This accumulation of 'big data' has been matched by increasingly large epidemiological studies from accidental and occupational radiation exposure, and from plants, humans and other animals affected by environmental contamination. We review the creation, sustainability and reuse of this legacy data, and discuss the importance of Open data and biomaterial archives for contemporary radiobiological sciences, radioecology and epidemiology. We find evidence for the ongoing utility of legacy datasets and biological materials, but that the availability of these resources depends on uncoordinated, often institutional, initiatives to curate and archive them. The importance of open data from contemporary experiments and studies is also very clear, and yet there are few stable platforms for their preservation, sharing, and reuse. We discuss the development of the ERA and STORE data sharing platforms for the scientific community, and their contribution to FAIR sharing of data. The contribution of funding agency and journal policies to the support of data sharing is critical for the maximum utilisation and reproducibility of publicly funded research, but this needs to be matched by training in data management and cultural changes in the attitudes of investigators to ensure the sustainability of the data and biomaterial commons.Euratom contract 66228

Radiation–Induced Signaling Results in Mitochondrial Impairment in Mouse Heart at 4 Weeks after Exposure to X-Rays

BACKGROUND: Radiation therapy treatment of breast cancer, Hodgkin's disease or childhood cancers expose the heart to high local radiation doses, causing an increased risk of cardiovascular disease in the survivors decades after the treatment. The mechanisms that underlie the radiation damage remain poorly understood so far. Previous data show that impairment of mitochondrial oxidative metabolism is directly linked to the development of cardiovascular disease. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: In this study, the radiation-induced in vivo effects on cardiac mitochondrial proteome and function were investigated. C57BL/6N mice were exposed to local irradiation of the heart with doses of 0.2 Gy or 2 Gy (X-ray, 200 kV) at the age of eight weeks, the control mice were sham-irradiated. After four weeks the cardiac mitochondria were isolated and tested for proteomic and functional alterations. Two complementary proteomics approaches using both peptide and protein quantification strategies showed radiation-induced deregulation of 25 proteins in total. Three main biological categories were affected: the oxidative phophorylation, the pyruvate metabolism, and the cytoskeletal structure. The mitochondria exposed to high-dose irradiation showed functional impairment reflected as partial deactivation of Complex I (32%) and Complex III (11%), decreased succinate-driven respiratory capacity (13%), increased level of reactive oxygen species and enhanced oxidation of mitochondrial proteins. The changes in the pyruvate metabolism and structural proteins were seen with both low and high radiation doses. CONCLUSION/SIGNIFICANCE: This is the first study showing the biological alterations in the murine heart mitochondria several weeks after the exposure to low- and high-dose of ionizing radiation. Our results show that doses, equivalent to a single dose in radiotherapy, cause long-lasting changes in mitochondrial oxidative metabolism and mitochondria-associated cytoskeleton. This prompts us to propose that these first pathological changes lead to an increased risk of cardiovascular disease after radiation exposure

Low-dose radiation therapy for COVID-19 pneumopathy: what is the evidence?

Abstract In the current dismal situation of the COVID-19 pandemic, effective management of patients with pneumonia and acute respiratory distress syndrome is of vital importance. Due to the current lack of effective pharmacological concepts, this situation has caused interest in (re)considering historical reports on the treatment of patients with low-dose radiation therapy for pneumonia. Although these historical reports are of low-level evidence per se, hampering recommendations for decision-making in the clinical setting, they indicate effectiveness in the dose range between 0.3 and 1 Gy, similar to more recent dose concepts in the treatment of acute and chronic inflammatory/degenerative benign diseases with, e.g., a single dose per fraction of 0.5 Gy. This concise review aims to critically review the evidence for low-dose radiation treatment of COVID-19 pneumopathy and discuss whether it is worth investigating in the present clinical situation

Kotimaista valkuaisomavaraisuutta ja ympäristöä tukeva välikasvatusporsaiden ruokinta

Tilaseurannassa selvitettiin valkuaislähteiden soveltuvuutta välikasvatusporsaiden liemiruokintaan, niiden vaikutuksia porsaiden tuotanto-ominaisuuksiin (päiväkasvu, rehun syönti ja rehuhyötysuhde) ja hyvinvointiin (hännänpurenta ja kuolleisuus). Tutkitut kotimaiset valkuaisrehukomponentit olivat ohravalkuaisrehu (OVR) ja härkäpapu. Seurannassa oli yhteensä 560 Duroc-kolmiroturisteytysporsasta, joiden alkupaino oli keskimäärin 9.1 kg. Porsaat jaettiin kontrolli- ja koeryhmään. Havaintoyksikkönä kokeessa oli venttiili. Jokaisella venttiilillä oli 40 porsasta. Kontrollirehu sisälsi ohraa, vehnää, kauraa, kasviöljyä, soijapohjaista täydennysrehua ja ohravalkuaisrehua. Koerehussa soijan sijaan käytettiin härkäpapua sekä härkäpapuruokinnan koostumusta täydentävää rehua. Porsailla oli kolmivaiheinen vapaa liemiruokinta ja rehunkulutusta seurattiin tilan ruokintalaitteella. Porsaat punnittiin kokeen alussa, ruokintajaksojen vaihtuessa ja kokeen lopussa. Porsaat kasvoivat keskimäärin 480 g päivässä eikä päiväkasvussa ollut tilastollisesti merkitseviä eroja ryhmien välillä. Rehunkulutus koko kokeen aikana eläintä kohti oli 342 MJ NEk ja 30.4 kg ka, eikä ryhmien välillä ollut merkitseviä eroja. Myöskään rehuhyötysuhteissa ei ryhmien välillä tullut merkitseviä eroja. Välikasvattamossa olennaista on, että porsaat kasvavat nopeasti, tasaisesti ja rehutehokkaasti välityspainoonsa. Molemmissa ruokintaryhmissä yli 75% porsaista myytiin eteenpäin 49 vuorokauden sisällä vieroituksesta. Kontrolliryhmästä suurin osa porsaista myytiin 46‒47 päivän kuluttua (54%) ja koeryhmästä 39‒40 päivän kuluttua vieroituksesta (47%). Koeryhmän porsaita jäi kuitenkin koeseurannan puitteissa merkittävästi enemmän jäljelle (21 vs 12%) suhteessa myytyjen porsaiden määrään. Tilaseurannan tulokset viittaavat siihen, että härkäpavulla ja siihen sopivilla täydennyksillä voitaisiin korvata rehun soija vilja-OVR‒pohjaisella ruokinnalla. Kontrolli- ja koeryhmän porsaiden välillä ei ollut merkittävää eroa tuotantotuloksissa. Tutkimustietoon perustuvien johtopäätösten saamiseksi vaaditaan kuitenkin jatkotutkimuksia suuremmalla havaintomäärällä tai tarkentamalla koeasetelmaa esimerkiksi porsaskohtaisin lisäpunnituksin. &nbsp

Micro-RNA and Proteomic Profiles of Plasma-Derived Exosomes from Irradiated Mice Reveal Molecular Changes Preventing Apoptosis in Neonatal Cerebellum

Cell communication via exosomes is capable of influencing cell fate in stress situations such as exposure to ionizing radiation. In vitro and in vivo studies have shown that exosomes might play a role in out-of-target radiation effects by carrying molecular signaling mediators of radiation damage, as well as opposite protective functions resulting in resistance to radiotherapy. However, a global understanding of exosomes and their radiation-induced regulation, especially within the context of an intact mammalian organism, has been lacking. In this in vivo study, we demonstrate that, compared to sham-irradiated (SI) mice, a distinct pattern of proteins and miRNAs is found packaged into circulating plasma exosomes after whole-body and partial-body irradiation (WBI and PBI) with 2 Gy X-rays. A high number of deregulated proteins (59% of WBI and 67% of PBI) was found in the exosomes of irradiated mice. In total, 57 and 13 miRNAs were deregulated in WBI and PBI groups, respectively, suggesting that the miRNA cargo is influenced by the tissue volume exposed to radiation. In addition, five miRNAs (miR-99b-3p, miR-200a-3p, miR-200a, miR-182-5p, miR-182) were commonly overexpressed in the exosomes from the WBI and PBI groups. In this study, particular emphasis was also given to the determination of the in vivo effect of exosome transfer by intracranial injection in the highly radiosensitive neonatal cerebellum at postnatal day 3. In accordance with a major overall anti-apoptotic function of the commonly deregulated miRNAs, here, we report that exosomes from the plasma of irradiated mice, especially in the case of WBI, prevent radiation-induced apoptosis, thus holding promise for exosome-based future therapeutic applications against radiation injury

Brain Radiation Information Data Exchange (BRIDE): Integration of experimental data from low-dose ionising radiation research for pathway discovery

Background: The underlying molecular processes representing stress responses to low-dose ionising radiation (LDIR) in mammals are just beginning to be understood. In particular, LDIR effects on the brain and their possible association with neurodegenerative disease are currently being explored using omics technologies. Results: We describe a light-weight approach for the storage, analysis and distribution of relevant LDIR omics datasets. The data integration platform, called BRIDE, contains information from the literature as well as experimental information from transcriptomics and proteomics studies. It deploys a hybrid, distributed solution using both local storage and cloud technology. Conclusions: BRIDE can act as a knowledge broker for LDIR researchers, to facilitate molecular research on the systems biology of LDIR response in mammals. Its flexible design can capture a range of experimental information for genomics, epigenomics, transcriptomics, and proteomics. The data collection is available at:

Early Detection of Peripheral Blood Cell Signature in Children Developing Beta-Cell Autoimmunity at a Young Age

The appearance of Type 1 diabetes (T1D)-associated autoantibodies is the first and only measurable parameter to predict progression toward T1D in genetically susceptible individuals. However, autoantibodies indicate an active autoimmune reaction, wherein the immune tolerance is already broken. Therefore, there is a clear and urgent need for new biomarkers that predict the onset of the autoimmune reaction preceding autoantibody positivity or reflect progressive beta-cell destruction. Here we report the mRNA-sequencing-based analysis of 306 samples including fractionated samples of CD4+ and CD8+ T cells as well as CD4-CD8- cells fractions and unfractionated PBMC samples longitudinally collected from seven children that developed beta-cell autoimmunity (Cases) at a young age and their matched controls. We identified transcripts, including interleukin-32 (IL32) that were upregulated before T1D-associated autoantibodies appeared. Single-cell RNA-seq studies revealed that high IL32 in Case samples were contributed mainly by activated T cells and NK cells. Further, we showed that IL32 expression can be induced by a virus and cytokines in pancreatic islets and beta-cells, respectively. The results provide a basis for early detection of aberrations in the immune system function before T1D and suggest a potential role for IL32 in the pathogenesis of T1D.</p