Gene annotation in Heliconius numata colouring the black box

Tese de mestrado, Biologia (Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2010O presente projecto teve por objectivo a identificação e anotação de genes que se sabe estarem ligados num arranjo de genes inquebrável por recombinação e que controla a padronização das asas da borboleta Heliconius numata. Este complexo é homologo posicional de complexos em outras espécies de Heliconius, nomeadamente o complexo Yb/Sb em H. melpomene e Cr em H. erato. Este “supergene” é visto como um hotspot de desenvolvimento (sensu Richardson & Brakefield 2003) que controla divergência fenotípica entre espécies próximas e convergência fenotípica entre espécies mais distantes. Em H. numata o supergene sofreu rearranjos genómicos que se pensa estarem correlacionados com a preservação das combinações alélicas necessárias para manter os fenótipos discretos característicos das relações miméticas locais (mimicry rings) que estes organismos estabelecem na natureza. Estes rearranjos podem estar a modificar ou perturbar expressão genica e é, portanto, de extrema importância identificar tais genes bem como compreender a sua estrutura, nomeadamente no que diz respeito a eventuais eventos de clivagem alternativa que possam estar correlacionados com as diferentes raças locais observáveis na natureza. Usando uma combinação de ferramentas bioinformáticas e sequências de transcriptoma de raças com fenótipos diferentes, modelos de genes serão estabelecidos para desenhar primers específicos de modo a amplificar os genes modelizados e testar hipóteses relativamente a diferenças na sua estrutura e distribuição na região de interesse.The present project aims at the identification and annotation of the specific genes known to be in a cluster of tighly linked genes known to control wing patterning in H. numata. This cluster is positionally homologous with cluster in other species of Heliconius, namely Yb/Sb in H. melpomene and Cr in H. erato. This “supergene” is seen as a developmental hotspot (sensu Richardson and Brakefield 2003) controlling both phenotypic divergence between closely related species and convergence between more distantly related species. In H. numata the supergene suffered genomic rearrangements that are thought to be preserving the necessary combination of loci to attain the concrete phenotypes typical in mimicry relations these butterflies establish in nature. These rearrangements may be disturbing or modifying gene expression. Therefore, it is extremely valuable to identify the genes in the genomic region of interest, and address eventual alternative splicing events that could be associated with the different locally adapted races. Using a combination of bioinformatics’ tools and transcriptome sequences from two phenotypically different races, I generated gene models in order to design primers and amplify these genes, testing hypothesis regarding splice variants and validating the models

Imunossensores de fibra ótica baseados em SPR para a deteção de cortisol

Stress is a normal physiological and behavioral response to a stimulus that somehow disturbs the maintenance of homeostasis, leading to changes in cortisol (stress hormone) levels. When stress is persistent and uncontrolled, it can severely affect several areas, such as human health and some applications in marine biology, including aquaculture production. Currently, the detection of cortisol is performed in laboratories using conventional techniques which have several disadvantages, one of them being the long waiting time for a response. Therefore, it is essential to develop biosensors that detect cortisol directly in point of care (POC). Biosensors are miniaturized analytical devices capable of detecting and quantifying specific biomarkers. In addition, they allow real-time monitoring, overcoming the disadvantages of conventional techniques. Silica optical fibers (SOF) and polymeric optical fibers (POF) coated with gold (Au) were used in this work to develop immunosensors for cortisol detection. Throughout the entire experimental process, simulation of the response to the refractive index (RI) of the optical fibers coated with Au was also carried out to compare the experimental results with those obtained from the simulation. In the laboratory, Au-coated fibers were initially characterized at RI with eight glucose concentrations ranging from 1.333 to 1.386 RI units (RIU). The obtained sensitivity with Au-SOF was 1646.67 ± 91.66 nm/RIU, being lower than the simulated (2138.95 ± 142.65 nm/RIU), and for Au-POF the sensitivity presented a value of 1566.81 ± 96.87 nm/RIU, was not possible to obtain results by the simulation. Subsequently, the fibers were functionalized with anti-cortisol antibody (AB) and passivated with bovine serum albumin (BSA), using cysteamine which has a thiol group and an amine group to allow binding to Au and AB, respectively. After this procedure, both immunosensors were tested for a range of cortisol concentrations from 0.01 to 100 ng/ml, in which the SOF immunosensors had a mean total resonance wavelength shift of 3.70 ± 0.39 nm, and a limit of detection (LOD) of 1.46 ng/mL, whereas for POF immunosensors it was not possible to trace a calibration line. Control tests on sensors functionalized with anti-cortisol AB were also performed using glucose (50 mg/dL and 500 mg/dL) and cholesterol (170 mg/dL and 240 mg/dL). The functionalization and detection test of immunosensors were accompanied by morphological and chemical characterization. Finally, a preliminary test of a SOF immunosensor regeneration showed promising results. In the future, it will be necessary to perform regeneration and reuse tests to validate the applied procedure.O stress é uma resposta fisiológica e comportamental normal a um estímulo que, de alguma forma, perturba a manutenção da homeostase, levando à alteração dos níveis de cortisol (hormona do stress). Quando o stress é perseverante e descontrolado pode afetar gravemente várias áreas, como a saúde humana e algumas aplicações na biologia marinha, incluindo a produção de aquacultura. Atualmente, a deteção de cortisol é realizada em laboratórios por técnicas convencionais que apresentam várias desvantagens, sendo uma delas o elevado tempo de espera pela resposta. Deste modo, é imprescindível o desenvolvimento de biossensores que detetem o cortisol diretamente no local de interesse (POC, do inglês point of care). Os biossensores são dispositivos analíticos miniaturizados capazes de detetar e quantificar biomarcadores específicos. Ademais, permitem a monitorização em tempo real superando as desvantagens das técnicas convencionais. Fibras ótica de sílica (SOF, do inglês silica optical fibers) e fibras ótica poliméricas (POF, do inglês polymeric optical fibers) revestidas com ouro (Au) foram utilizadas neste trabalho para desenvolver imunossensores para a deteção de cortisol. Ao longo de todo o processo experimental, foi também efetuada a simulação da resposta ao índice de refração (RI, do inglês refractive index) das fibras óticas revestidas com Au de forma a poder comparar os resultados experimentais com os obtidos a partir da simulação. Em laboratório, as fibras revestidas com Au foram inicialmente caracterizadas ao RI com oito concentrações de glicose com RI de 1,333 a 1,386 unidades de RI (RIU, do inglês refractive index unit). A sensibilidade obtida com a Au-SOF foi 1646,67 ± 91,66 nm/RIU, sendo inferior à simulada (2138,95 ± 142,65 nm/RIU), e para a Au-POF a sensibilidade apresentou um valor de 1566,81 ± 96,87 nm/RIU, não sendo possível obter resultados pela simulação. Posteriormente, as fibras foram funcionalizadas com o anticorpo (AB, do inglês antibody) anti-cortisol e passivadas com albumina do soro bovino (BSA, do inglês bovine serum albumin), utilizando a cisteamina que apresenta um grupo tiol e um grupo amina para permitir a ligação ao Au e ao AB, respetivamente. Após este procedimento, ambos os imunossensores foram testados para uma gama de concentrações de cortisol de 0,01 a 100 ng/mL, no qual os imunossensores de SOF apresentaram um desvio total médio do comprimento de onda de ressonância de 3,70 ± 0,39 nm e um limite de deteção (LOD, do inglês limit of detection) de 1,46 ng/mL, enquanto que para os imunossensores de POF não foi possível traçar uma reta de calibração. Testes de controlo em sensores funcionalizados com AB anti-cortisol foram também realizados utilizando glicose (50 mg/dL e 500 mg/dL) e colesterol (170 mg/dL e 240 mg/dL). A funcionalização e o teste de deteção dos imunossensores foram acompanhados de caraterização morfológica e química. No final, um teste preliminar de regeneração de um imunossensor de SOF mostrou resultados promissores. Futuramente, será necessário realizar ensaios de regeneração e reutilização para validação do procedimento aplicado.Mestrado em Engenharia Biomédic

Principais não conformidades verificadas nas inspeções sanitárias na agricultura familiar e na produção rural de Minas Gerais

Introduction: The need to strengthen the initiatives of the productive model of family farming and rural producers in harmony with the procedures for the formalization and  production of safe food requires that Health Surveillance departments better assess the  risk related to these activities. Objective: To analyze the panorama of inadequacies to good manufacturing practices detected in the health inspections of rural producers or family farmers in the State of Minas Gerais. Method: Cross-sectional study based on the information obtained in the spreadsheet of risk notifications and risk situations (Planilha de notificações de riscos e situações de riscos) from the Health Department of Minas Gerais (Brazil). This spreadsheet collect data from all health inspections in food producing establishments of rural producers and family farmers, was carried out from January of 2017 to December of 2019, at 853 municipalities in the State. Results: 3,442 health inspection risk notifications were analyzed, showing that the highest percentages of non-compliance with hygienic-sanitary requirements were the absence of formal training for handlers, in 26.00% of inspections; the use of non-potable water detected in 16.50% and non-compliance  with good practices by handlers, mentioned in 14.20%. On the contrary, the inadequacies of time and temperature in transportation (4.70%), the use of feedstock without registration (5.10%), and the inadequate exposure (6.20%) of the final products represented the non-conformities less referred to in the reports. Conclusions: The main non-conformities observed in inspections of small rural enterprises in Minas Gerais indicate that structural issues are a higher priority regarding health requirements to the detriment of educational and basic sanitation processes. These constraints on compliance with regulations expose the main vulnerabilities that  hinder productive inclusion. These findings may serve as a reference for the sector’s development initiatives.Introdução: A necessidade do fortalecimento das iniciativas do modelo produtivo de agricultura familiar e do produtor rural em harmonia com os procedimentos de formalização  e da produção de alimentos seguros requer da Vigilância Sanitária melhor apreciação do risco relacionado à essas atividades. Objetivo: Analisar o panorama das inadequações às boas práticas de fabricação detectadas nas inspeções sanitárias de produtores rurais ou de agricultores familiares, do estado de Minas Gerais. Método: Estudo transversal elaborado a partir das informações obtidas na “Planilha de notificações de riscos e situações de riscos”, da Superintendência de Vigilância Sanitária de Minas Gerais, resultado de todas as inspeções realizadas entre 2017 e 2019 nos estabelecimentos produtores de alimentos dos produtores rurais e agricultores familiares, dos 853 municípios do estado de Minas Gerais. Resultados: Foram analisadas 3.442 notificações de risco de inspeções sanitárias,  sendo possível verificar que os maiores percentuais de não atendimento aos requisitos higiênico-sanitários foram a ausência da capacitação formal dos manipuladores, em 26,00% das inspeções; o uso de água não potável, detectada em 16,50% e a não obediência às boas práticas, pelos manipuladores, citada em 14,20%. Ao contrário, as inadequações de tempo e temperatura no transporte (4,70%), o uso de matérias-primas sem registros (5,10%) e a exposição inadequada (6,20%) dos produtos finais representaram as não conformidades menos referidas nos laudos. Conclusões: As principais não conformidades verificadas nas inspeções da produção de alimentos pelos pequenos empreendimentos rurais de Minas Gerais demonstraram uma polarização no atendimento às exigências sanitárias, com a priorização de adequações à estruturação física, em detrimento aos processos educativos e de saneamento básico. Tais limitações no cumprimento das determinações normativas ressaltaram as fragilidades basilares que dificultam a inclusão produtiva, devendo servir de referência para as iniciativas de desenvolvimento do setor

A política em face ao nacional-socialismo: um confronto entre Arendt e a teoria crítica de Adorno e Horkheimer

Pretende-se analisar a compreensão de Hannah Arendt e dos teóricos críticos Max Horkheimer e Theodor Adorno sobre o papel da política na ascensão do nacional-socialismo, em seus escritos das décadas de 1930 a 1950. É proposto um estudo comparativo de suas divergências quanto à importância explicativa da política e de suas motivações para a crítica à política moderna. Serão discutidos os diferentes caminhos explicativos, os sentidos atribuídos à autoridade e à ideologia e a particularidade da discussão arendtiana sobre o terror totalitário. Partindo destas análises da política moderna, esta investigação tem por objetivo, em primeiro lugar, demonstrar o caráter estrutural do seu confronto, na concepção de poder inerente à teorização da política, tendo-se em vista o peso da liberdade e da dominação subjetiva e, em seguida, pensar o caráter profícuo de alguns aspectos de suas teorizações à luz da experiência contemporânea

Endangered mussels as antimicrobial-resistant E. coli and other species (Enterobacteriaceae family) reservoirs

Freshwater unionoids are one of the most threatened animal groups worldwide, suffering dramatic regressions globally. The freshwater pearl mussel Margaritifera margaritifera, currently listed as critically endangered in Europe, and Potomida littoralis, listed as endangered, are both present in the River Tua basin (Portugal). The inappropriate use of antibiotics has led to the emergence and spread of resistant bacteria, recognized today as a serious public health problem. Based in the concept of “One health”, the objective of this study was to examine the antibacterial resistance rates in Escherichia coli and other Enterobacteriaceae isolates obtained from both bivalves collected in the River Tua Basin during the summer of 2018. Activity of 22 antibiotics was studied using disc diffusion (Kirby–Bauer) method. Multidrug resistant in E. coli and Enterobacteriaceae isolates was observed only from P. littoralis. Overall, results show that M. margaritifera inhabits more pristine sectors of river not subject to the development of multidrug resistance, unlike P. littoralis which, although does not tolerate high levels of contamination, is naturally found in lower stretches is subject to greater pressure and, as such, a greater probability of the appearance of multi-resistant organisms. The presence of E. coli in freshwater bivalves can represents serious public health problems once bacteria are one the most important biological contaminants in foodborne diseases. Given the conservation status of both studied species their protection against this silent/invisible enemy should be a priority, although work done with UnionidMussels fromNorthern Portugal showed that they had a great antimicrobial and antibiofilm activity.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Insegurança alimentar em idosos a viver na comunidade em Portugal

RESUMO: Introdução: A insegurança alimentar é um problema de saúde pública, especialmente nas populações mais idosas. O objetivo deste trabalho é caracterizar a situação de insegurança alimentar numa amostra representativa da população idosa (65 ou mais anos) a viver na comunidade em Portugal. Material e Métodos: Este trabalho foi baseado numa amostra de carater nacional recolhida no âmbito do projeto EpiDoC 3 - Promoting Food Security (2015 – 2016), o qual constitui a terceira avaliação do Estudo epidemiológico de coorte de Doenças Crónicas EpiDoC. A insegurança alimentar foi avaliada pela aplicação de uma escala psicométrica, adaptada da Escala de Insegurança Alimentar Brasileira. As variáveis sociodemográficas, comportamentos alimentares, doenças crónicas, gestão de doenças crónicas e o peso e altura, foram autorreportados. A qualidade de vida relacionada com a saúde foi avaliada segundo o Questionário Europeu de Qualidade de Vida, (versão validada para a população portuguesa). Foram aplicados modelos de regressão logística para determinar os odds ratios brutos e ajustadaos (idade, sexo, educação e região NUT II), sendo a variável dependente o nível de segurança alimentar. Resultados: A prevalência de insegurança alimentar encontrada nos agregados familiares dos idosos foi de 23%. Idosos que pertenciam ao grupo etário entre os 70-74 anos (OR = 1,405;95% IC: 1,392-1,417), ao sexo feminino (OR = 1,545; 95% IC: 1,534-1,556), com menor nível de educação (0 anos vs 5-9 anos: OR = 3,355; 95% IC: 3,306-3,404), com rendimentos ≤ 500€ (OR = 4,150; 95% IC: 4,091-4,210), reportaram ser muito difícil viver com o atual rendimento (OR = 16,665; 95% IC: 16,482-16,851), que faziam menos refeições (2 vs 5 refeições/dia: OR =2,304; 95% IC: 2,260-2,350), que davem menos importância a ter uma alimentação saudável (“Nem importante, nem sem importância” OR = 3,463 95% IC: (3,279-3,657), evitavam a compra de alimentos caros (OR = 6,737 95% IC: 6,684-6,790); tinham doenças crónicas como diabetes mellitus (OR = 1.832; 95% IC 1.818-1.846), doença pulmonar (OR = 1.628; 95% IC 1.606-1.651), doença cardíaca (OR = 1.329; 95% IC 1.319-1.340), obesidade (OR = 2.609; 95% IC 2.477-2.748); que reduziram as visitas médicas (OR = 4.381; 95% IC 4.334-4.428) e a toma de medicação (OR = 5.477; 95% IC 5.422-5.532) devido a dificuldade económicas, e que apresentaram menor qualidade de vida (OR = 0.212; 95% IC 0.210-0.214) tiveram uma maior possibilidade de pertencer a agregados familiares em insegurança alimentar. Discussão de Resultados: Os resultados do presente trabalho evidenciam que a insegurança alimentar está significativamente associada a fatores socioeconómicos, ao menor consumo de alimentos essenciais, ao evitar da aquisição de alimentos, a uma maior prevalência de doenças crónicas, a maiores dificuldades na gestão de doenças crónicas e a uma menor qualidade de vida nos idosos.ABSTACT: Introduction: Food insecurity is a public health issue, especially in older populations. The aim of this study is to characterize the food insecurity situation in representative sample of the elderly population (65 or over) living in the community in Portugal. Methods: Data were collected from the EpiDoC3 cohort - Promoting Food Security Study (2015–2016), the third evaluation wave of the Epidemiology of Chronic Diseases Cohort Study, representative of the Portuguese adult population. Food insecurity was assessed with a psychometric scale adapted from the Brazilian Food Insecurity Scale. Data on sociodemographic variables, eating behaviors, chronic diseases, management of chronic diseases, weight and height, were self-reported. Health related quality of life was assessed using the European quality of life questionnaire (validated version for Portuguese population). Logistic regression models were conducted to determine crude and adjusted odds ratios (for age group, gender, region and education) being the dependent variable the perceived level of food security. Results: Among older adults, 23% were living in a food insecurity household. The odds of living in food insecurity households was higher for individuals among 70-74 years (OR = 1.405; 95% CI 1.392-1.417), females (OR = 1.545; 95% CI 1.534-1.556), those with lower education (OR = 3.355; 95% CI 3.306-3.404), low income (OR = 4,150; 95% CI 4.091-4.210) reporting very difficult living with the current income (OR = 16.665; 95% CI 16.482-16.851), who ate less meals (2 meals / day vs 5 meals / day: OR = 2.304; 95% CI: 2.260-2.350), less importance were given to healthy eating ("Neither important nor unimportant" OR = 3.463 95% CI: (3,279-3,657), avoided the purchase of expensive foods (OR = 6.737 95% CI: 6.684-6.790); who had chronic diseases such as diabetes mellitus (OR=1.832; 95% CI 1.818-1.846), pulmonary diseases (OR=1.628; 95% CI 1.606-1.651), dardiac disease (OR=1.329; 95% CI 1.319-1.340), obesity (OR=2.609; 95% CI 2.477-2.748); those which reduced medical visits (OR = 4.381; 95% IC 4.334-4.428), those who stop taking medication due to economic difficulties (OR =5.477; 95% IC 5.422-5.532) and those who had a lower health related quality of life (OR = 0.212; 95% IC 0.210-0.214). Discussion of results: The results of the present study show that food insecurity is significantly associated with socioeconomic factors, a lower consumption of essential foods, avoidance of food purchases, a higher prevalence of chronic diseases, a poorer management of chronic diseases and lower quality of life in the elderly

Heritage Environmental History : diagnostics for creating conservation unit and guidelines for the public use of the Botanical Garden of Ouro Preto-MG.

No final do s?culo XVIII, na antiga Vila Rica (MG), foi definido um espa?o, que em 1840, passou a abrigar uma escola de ensino pr?tico de agricultura, transformando-se no Jardim Bot?nico de Ouro Preto-MG. Atualmente o local est? sendo pleiteando para a cria??o de uma Unidade de Conserva??o (UC) Estadual. O presente trabalho foi realizado como parte dos estudos para avaliar a possibilidade de cria??o de uma nova UC nesta ?rea em conson?ncia com a Lei Federal n?. 9.985, de 18/07/2000. Para tanto, foram realizadas as seguintes etapas: revis?o bibliogr?fica; levantamentos de dados secund?rios e prim?rios provenientes de cinco visitas in loco, realizadas em novembro de 2014; an?lise de 40 entrevistas, realizadas com representantes institucionais, moradores e lideran?as comunit?rias formais e informais, de Ouro Preto. Como resultado obteve-se uma an?lise preliminar dos impactos e oportunidades oferecidas na cria??o da UC e o apontamento de sugest?es para o estabelecimento da mesma. O estudo prop?s ainda algumas orienta??es para o manejo da UC, atrav?s do desenvolvimento dos atrativos tur?sticos de base comunit?ria, que contam com elementos de refer?ncia hist?rica, cultural e ecotur?stica, propiciando a preserva??o do meio ambiente e o resgate da mem?ria cultural e da identidade regional.In the late eighteenth century, in the old Vila Rica (MG), it was defined space, which in 1840 began to house a practical teaching agriculture school, becoming the Botanical Gardens Ouro Preto-MG. Currently the site is being pleading for the creation of a Conservation Unit (CU) State. This study was conducted as part of studies to assess the possibility of creating a new UC in this area in line with the Federal Law no. 9985 of 18/07/2000. Therefore, the following steps were taken: a literature review; secondary and primary data surveys from five site visits, held in November 2014; analysis of 40 interviews conducted with institutional representatives, residents and formal and informal community leaders, Ouro Preto. As a result we obtained a preliminary analysis of the impacts and opportunities in the creation of UC and pointing suggestions for the establishment of it. The study also proposed some guidelines for the management of UC through the development of community-based tourist attractions, which have historical reference elements, cultural and eco-tourism, promoting the preservation of the environment and the rescue of cultural memory and regional identity

NECESSIDADE, DETERMINAÇÃO E LIBERDADE NA CRIAÇÃO DO MUNDO DE ACORDO COM A FILOSOFIA DE LEIBNIZ

Neste artigo, pretende-se fazer uma breve exposição dos conceitos de necessidade física e metafísica em relação à criação do mundo, conforme presentes na filosofia leibniziana. Esta exposição discorrerá sobre seu vínculo com o princípio de razão suficiente e com as perfeições física (ou metafísica) e moral do mundo criado. Para tal, será explicitado por que a necessidade física do mundo deve derivar da necessidade metafísica e quais as decorrências disto. A questão da liberdade divina também será problematizada, na medida em que tal questão surge da própria apresentação de uma certa determinação presente na vontade divina

A importância da formação continuada para atuação do pedagogo na sala de recursos multifuncionais

This work has as theme the importance of continuing education for the pedagogue in the multifunctional resource room, with students target audience of Special Education. The study was realized through of the bibliographical research as well as field research, whose objective was to investigate about the need for the continued education of the pedagogue, for the teaching practices in inclusive classrooms and multifunctional resource rooms are realized effectively. From the methodological point of view, this is a qualitative research, in which a questionnaire was applied, in order to understand the importance of further training by the teachers. Therefore, eight teachers from public school of the municipal education of João Pessoa participated in the study. From this study it is possible to see how the continuous formation of the teachers is indispensable for that they can work with students of the Special Education, because it is necessary that the teacher been continually elaborating new techniques and acquiring the specialized knowledge so that the students with deficiency are truly included.O presente trabalho tem como tema “A importância da formação continuada para atuação do pedagogo na sala de recursos multifuncionais”, com estudantes da Educação Especial como público-alvo. O estudo foi realizado através de uma pesquisa bibliográfica, bem como pesquisa de campo cujo objetivo foi investigar sobre a necessidade da formação continuada do pedagogo, para que as práticas de ensino em salas de aula inclusivas e salas de recursos multifuncionais sejam realizadas de maneira eficaz. Do ponto de vista metodológico trata-se de uma pesquisa de caráter qualitativo, na qual foi aplicado um questionário, a fim de compreender dos professores, sobre a importância da formação continuada de forma mais aprofundada. Sendo assim, participaram da pesquisa 8 (oito) professoras da rede pública de ensino municipal de João Pessoa-PB. A partir desse estudo, percebe-se o quanto a formação continuada dos docentes é indispensável para que possam trabalhar com estudantes da Educação Especial, pois é preciso que o professor esteja continuamente elaborando novas técnicas e adquirindo os conhecimentos especializados a fim de que os alunos com deficiência sejam, verdadeiramente, incluídos