The how and why of lncRNA function: An innate immune perspective.

Next-generation sequencing has provided a more complete picture of the composition of the human transcriptome indicating that much of the "blueprint" is a vastness of poorly understood non-protein-coding transcripts. This includes a newly identified class of genes called long noncoding RNAs (lncRNAs). The lack of sequence conservation for lncRNAs across species meant that their biological importance was initially met with some skepticism. LncRNAs mediate their functions through interactions with proteins, RNA, DNA, or a combination of these. Their functions can often be dictated by their localization, sequence, and/or secondary structure. Here we provide a review of the approaches typically adopted to study the complexity of these genes with an emphasis on recent discoveries within the innate immune field. Finally, we discuss the challenges, as well as the emergence of new technologies that will continue to move this field forward and provide greater insight into the biological importance of this class of genes. This article is part of a Special Issue entitled: ncRNA in control of gene expression edited by Kotb Abdelmohsen

BlackRose : un modelo de razonamiento con incertidumbre en juegos de estrategia

Este proyecto le dedica básicamente su atención al caso de la IA, aspecto invisible para la cuasi totalidad de jugadores, pese al sacrificio que supone lograr una IA trabajada y depurada. Analizando la IA ofrecida en videojuegos actuales, se puede comprobar que los adversarios siguen rutinas prefijadas y no suelen aprender de la estrategia aplicada por el usuario. Además, hay casos dónde se recurre a las trampas para lograr aumentar la dificultad del videojuego (inteligencia de los oponentes), como tener una puntería casi perfecta en los juegos de acción en primera persona, ver toda la situación actual en los juegos de estrategia en tiempo real y conducir quebrantando las leyes de la física en los juegos de carreras. Los juegos que ofrecen un mayor nivel de IA [8], son los juegos de estrategia en tiempo real; aunque también es cierto que el dominio en el que se desarrollan, se considera o puede considerarse, más sencillo que el de otros géneros, como la acción en primera persona. A día de hoy, existen muchas técnicas de IA que se podrían aplicar a los videojuegos, pero por unas u otras razones, no se utilizan. Esto es una de las motivaciones de este proyecto, el cual va a implementar técnicas no comerciales en un juego de estrategia en tiempo real (ORTS). Se pretende así estudiar el rendimiento de una de estas técnicas con el objetivo de determinar su eficiencia en los juegos comerciales.Ingeniería en Informátic

Propuesta de política pública para una movilidad urbana sustentable para el área metropolitana de Guadalajara

Trabajo que presenta la Propuesta de Política Pública para una Movilidad Urbana Sustentable para el Área Metropolitana de Guadalajara (AMG). Esta propuesta surge luego de entender que un crecimiento permanente de la población en ciudades de gran tamaño, como Guadalajara, reduce la calidad de vida de sus habitantes, si se tiene entendido que toda la población requiere de un espacio adecuado para poder vivir cómodamente y trasladarse en su ciudad. Pero el crecimiento al que se ha referido, como el que tiene el AMG, trae reducción de espacios, por ejemplo, dado el incremento vehicular, lo que ha ocasionado un impacto negativo en la vida de su población

Portfolio approaches for problem solving

Durante los últimos anos el concepto portfolio ha sido recuperado de la Teoría Moderna del Portfolio con el objetivo de rrejorar el rendimiento de los solucionadores actuales. El conrepto de portfolio aplicado a la resolución de problemas ha demostrado ser muy efectivo aprovechando las virtudes complerrentarias de los diferentes solucionadores. Sin embargo, todavía no se han estudiado en profundidad sus limites y posibilidades. Esta Tesis trata el problema de la configuración automática de portfolios secuenciales para resolver problemas combinatorios. Esto comprende, entre otros, tres retos principales: cómo seleccionar los solucionadores que conformarán el portfolio; cómo definir el tiempo asignado a cada solucionador que forma parte del portfolio; y cómo decidir el orden en el cual los solucionadores debetian ser ejecutados. La mayotia de aproximaciones que estudian ¡iortfolios son totalrrente empíricas. Por lo tanto, nosotros proponemos GOP, un nuevo método teónicamente fundamentado, basado en Programación Entera Mixta Este método obtiene de forma automática la configuración óptima del portfolio (es decir, el conjunto de solucionadores que componen el portfolio y el tiempo asignado a cada uno de ellos) para una métrica específica y un determinado conjunto de entrenamiento. La configuración obtenida sólo es óptima para el conjunto de entreruuniento. Sin embargo, experirrentos con datos de la Competición Internacional de Planificación y la Competición de SAT muestran que GOP supera de forma significativa al resto de aproximaciones bajo las mismas condiciones de experimentación. De hecho, MIPSAT, el portfolio secuencial que ha sido automáticamente configurado con GOP, ganó la rredalla de plata en la categoría open de la Competición de SAT del ano 2013. Además, MIPLAN, el sistema de planificación capaz de generar de forma automática una configuración de portfolio para un determinado dominio de planificación utilizando GOP, ganó la categotia de aprendizaje de la Competición Internacional de Planificación del ano 2014. El conjunto de entrenamiento utilizado para obtener portfolios secuenciales afecta a la calidad del portfolio generado y al tiempo necesario para configurarlo. Por lo tanto, en esta To sis analizarnos el impacto de la composición y del tamano del conjunto de entrenamiento en el proreso de configu­ración del portfolio. Específicamente, nosotros utilizarnos GOP para realizar un análisis a posteriori con el objetivo de seleccionar los problemas de entrenamiento que proporcionan la información más relevante para la técnica de configuración de pol1tfolios. Los resultados de la experimentación re­alizada sugieren que el mejor conjunto de entrenamiento deberla estar compuesto por un pequeno número de problemas, los cuales sólo unos pocos solucionadores debetian ser capaces de resolver. Esta Tesis también aborda el problema relacionado con el orden de los solucionadores en los portfolios secuenciales. En la literatura no aparecen trabajos que estudien la relación entre el orden de los solucionadores en el portfolio y su rendimcento a lo largo del tiempo. Nosotros proponemos ordenar los solucionadores en los portfolios secuenciales de forma que el portfolio ordenado re­sultante maximice la probabilidad de obtener el mejor rendimiento en cualquier instante de tiempo. Además, hemos presentado un algoritmo greedy y otro óptimo para resolver este problema. Nuestros resultados demuestran que la aproximación greedy obtiene de forma eficiente soluciones muy cercanas a la óptima. Además, esta aproximación generaliza rnejor que el algoritmo óptimo, el cual padece sobre-aprendizaje. En resumen, esta Tosis estudia varios problemas relacionados con el diseno automático de portfolios secuenciales. Nosotros hemos disenado un nuevo método para configurar portfolios y hemos tratado el problema del orden en el que los solucionadores de los portfolios secuen­ciales deberían ser ejecutados. Los experimentos realizados muestran que 105 portfolios obtenidos son extraordinariamente competitivos y con mucha frecuencia superan al resto de aproximaciones.In recent years the notion of portfolio has been revived from the Modern Portfolio Theory literature with the aim of improving the performance of moder solvers. This notion of portfolio applied to problem solving has shown to be very effective by exploiting the complementary strengths of different solvers. However, a deeper understanding of the limits and possibilities of portfolios is still missing. In this Thesis, we deal with the problem of automatically configuring sequential portfolios for solving combinatoria! problems. It comprises, among others, three main challenges: how to select the solvers to be part in the portfolio; how to define the runtime allotted to each componen! solver; and how to decide the order in which the component solvers should be executed. Most approaches to the study of portfolios are purely empírica!. Thus, we propose a new theoretically-grounded method based on Mixed-Integer Programming named GOP. It automatically derives the optimal portfolio configuration (i.e., th,e set of component solvers and the time allotted to each one) for a specific metric and a given trainin.g set. Optimality is only guaranteed for the given training set. However, experimental results both with data from the Intemational Planning Com­petition and the SAT Competition show that GOP significanlly outperforms others under the same conditions. Indeed, MIPSAT, the sequential SAT portfolio automatically configured with GOP, won the silver medal in the Open track of the SAT Competition 2013. In addition, MIPLAN, the planning system which is able to automatically genera.te a portfolio configuration for a specific planning domain using GOP, won the leaming track ofthe Entemational Planning Competition 2014. The training benchmark used to derive sequential portfolios affects the quality of the resulting portfolio and the time required to compute it. Hence, we analyze in this Thesis the impact of the composition and the size of the training benchmark in the portfolio configuration process. Specifically, we use GOP to perform a posterwri analysis with the goal of selecting the training instances which provide the most relevan! information to the portfolio configuration technique. Empírical results suggest that the best training benchmark should be composed of a small number of instances that only a few solvers are able to solve. This Thesis also addresses the problem related to the order of the component solvers in a sequential portfolio. In the literature, not much work has been devoted to a better understanding of the relationship between the order of the component solvers and the performance of the resulting portfolio over time. We propose to sort the component solvers in a sequential portfolio, such that the resulting ordered portfolio maximizes the probability of providing the largest performance at any point in time. We also introduce a greedy and optima! algorithms to solve this problem. Moreover, we show that the greedy approach efficiently obtains near-optimal performance over time. Also, it general aes much better than an optima! approach which has been observed to suffer from overfitting. In summary, this Thesis studies different issues related to the automated design of sequential portfolios. We design a new portfolio configuration method and address the problem of the order in which the sequential portfolios should be executed. Experimental results show that the resulting portfolios are highly competitive and often outperform other state-of-the-art approaches.Programa Oficial de Doctorado en Ciencia y Tecnología InformáticaPresidente: María Araceli Sanchís de Miguel.- Secretario: Sergio Jiménez Celorrio.- Vocal: Eva Onaindía de la Rivaherrer

Characterization of the engineering properties of Mexico City clay

Thesis (M.S.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Civil and Environmental Engineering, 1994.Includes bibliographical references (leaves 287-292).by Sergio Covarrubias Fernández.M.S

CRISPR/Cas-based screening of long non-coding RNAs (lncRNAs) in macrophages with an NF-κB reporter.

The innate immune system protects against infections by initiating an inducible inflammatory response. NF-κB is one of the critical transcription factors controlling this complex response, but some aspects of its regulation remain unclear. For example, although long non-coding RNAs (lncRNAs) have been shown to critically regulate gene expression, only a fraction of these have been functionally characterized, and the extent to which lncRNAs control NF-κB expression is unknown. Here, we describe the generation of a GFP-based NF-κB reporter system in immortalized murine bone marrow-derived macrophages (iBMDM). Activation of this reporter, using Toll-like receptor ligands, resulted in GFP expression, which could be monitored by flow cytometry. We also established a CRISPR/Cas9 gene deletion system in this NF-κB reporter line, enabling us to screen for genes that regulate NF-κB signaling. Our deletion-based approach identified two long intergenic non-coding(linc)RNAs, lincRNA-Cox2 and lincRNA-AK170409, that control NF-κB signaling. We demonstrate a potential novel role for lincRNA-Cox2 in promoting IκBα degradation in the cytoplasm. For lincRNA-AK170409, we provide evidence that this nuclearly-localized lincRNA regulates a number of inflammation-related genes. In conclusion, we have established an NF-κB-GFP iBMDM reporter cell line and a line that stably expresses Cas9. Our approach enabled the identification of lincRNA-Cox2 and lincRNA-AK170409 as NF-κB regulators, and this tool will be useful for identifying additional genes involved in regulating this transcription factor critical for immune function

Matas de microalgas termófilas que crecen sobre la estructura de madera de una torre de enfriamiento de una central termoeléctrica en el centro de México

"The aims of this research are to identify and describe a periphyton community of thermophilic microalgae in order to expand our knowledge on biodiversity of a particular environment. Conspicuous biomass of thermophilic microalgae (48 °C) inhabits the cooling towers of the thermoelectric power plant of Villa de Reyes (Central Mexico). Aggregate samples or microalgal mats were taken in three different areas of the top of a cooling tower, for identification. According to the sequencing analysis of 16S and 18S rDNA genes, the community is dominated by 3 species of Cyanoprokaryota: Chlorogloeopsis fritschii, Arthronema africanum and Chroococcidiopsis sp., previously reported as thermophiles. Also, 2 species of the Chlorophyte or green algae Scenedesmus. Finally, 12 species of diatoms comprise the microalgal community; diatoms were only microscopically identified within the mats, suggesting that the mats constitute a suitable microenvironment in thermal ambiences. The identified species are of particular interest because their habitat represents an extreme and an artificial biotope. To the best of our knowledge, this is the first report of thermophilic communities of microalgae in Mexico from a power plant; also, this is the first report of A. africanum for the country.""Esta investigación tiene por objetivo identificar y describir la comunidad perifítica de microalgas termófilas, para expandir nuestro conocimiento de la biodiversidad en ambientes particulares, como las microalgas termófilas (48 °C) que crecen de manera conspicua en la zona superior de la torre de enfriamiento de la central termoeléctrica de Villa de Reyes (centro de México). Se tomaron muestras de agregados o tapetes microalgales en 3 zonas distintas de la parte superior de una torre de enfriamiento, para su identificación. Una vez realizada la amplificación, la clonación y el análisis de los genes que codifican para las subunidades 16S y 18S del rDNA, se observó el predominio de 3 especies de Cyanoprokaryota: Chlorogloeopsis fritschii, Arthronema africanum y Chroococcidiopsis sp., especies descritas como termófilas en trabajos previos. Además, se identificaron 2 especies de Chlorophyta (algas verdes) del género Scenedesmus y 12 especies de diatomeas; la identificación de diatomeas se realizó a partir de observaciones por microscopia electrónica de barrido. Característicamente, las diatomeas solo se observaron dentro los densos tapetes algales que se conforman, sugiriendo que estos tapetes constituyen un microambiente conveniente en ambientes térmicos. Las especies identificadas son de particular interés, ya que su hábitat representa un biotopo extremo y artificial. Por lo que sabemos, este trabajo constituye el primer registro de microalgas termófilas que habitan en torres de enfriamiento y Arthronema africanum se documenta por primera vez para México.

Polimorfizmy genu receptora witaminy D (TaqI oraz ApaI) oraz cyrkulacja osteokalcyny u pacjentów chorujących na cukrzycę typu 2 i osób zdrowych

  Introduction: Vitamin D receptor (VDR) is encoded by the VDR gene. Several studies have supported that this gene is associated with diabetes. Heterodimer VDR/RXR functions as an enhancer of the BGLAP gene and increases the basal transcription rate of osteocalcin (OC) during osteoblast differentiation. OC is a regulator of glucose metabolism in mice. Moreover, OC level is decreased in patients with type 2 diabetes (T2D). Although inversely correlated with serum glucose insulin and glycated haemoglobin, it is unclear whether OC reduction is caused by diabetes or plays a role in the pathogenesis and/or progression of the disease. In this study we analysed the association between TaqI and ApaI VDR gene polymorphisms and OC serum concentration in T2D subjects. Material and methods: Patients underwent clinical and nutritional assessment. Genomic DNA was extracted from leucocytes using a standard salting-out procedure. The polymorphisms were genotyped by PCR-RFLP method. ELISA was used to measure OC and insulin concentrations. Results: Association between TT genotype of TaqI polymorphism and low levels of OC was observed only in the population with overweight and obesity. No association between TaqI and ApaI polymorphisms and T2D was observed (p > 0.05). Furthermore, in T2D subjects, no correlation between ApaI and TaqI genotypes and age, sex, Body Mass Index (BMI), glucose, or OC was observed. Conclusions: The TT genotype of TaqI VDR gene polymorphism was correlated with low levels of OC in overweight and obese subjects. However, TaqI and ApaI VDR gene polymorphisms were not associated with T2D. (Endokrynol Pol 2015; 66 (4): 329–333)    Wstęp: Receptor witaminy D (VDR) kodowany jest przez gen VDR. Kilka badań potwierdziło, że gen ten jest związany z cukrzycą. Heterodimer VDR/RXR funkcjonuje jako stymulator genu BGLAP i zwiększa podstawowy wskaźnik transkrypcji osteokalcyny (OC) podczas różnicowania osteoblastów. Osteokalcyna jest regulatorem metabolizmu glukozy u myszy. Ponadto, stężenie OC jest obniżone u pacjentów z cukrzycą typu 2 (T2D). Pomimo odwrotnej korelacji między stężeniem OC a stężeniem glukozy i insuliny w surowicy, a także hemoglobiną glikowaną, nie jest wiadome czy obniżenie stężenia OC jest wywołane przez cukrzycę lub odgrywa rolę w patogenezie i/lub progresji choroby. W niniejszym badaniu autorzy przeanalizowali związek pomiędzy polimorfizmami genów VDR TaqI oraz ApaI, a także stężenie OC w surowicy u pacjentów z T2D. Materiał i metody: Pacjentów poddano ocenie klinicznej i żywieniowej. Genomowe DNA pobrano z leukocytów dzięki standardowej procedurze wysalania. Polimorfizmy genotypowano metodą PCR-RFLP. Testem ELISA zmierzono stężenia OC oraz insuliny. Wyniki: Związek pomiędzy genotypem TT polimorfizmu TaqI a niskim stężeniem OC zaobserwowano jedynie u populacji z nadwagą i otyłością. Nie wykazano związku pomiędzy polimorfizmami TaqI i ApaI oraz T2D (p > 0,05). Co więcej, u pacjentów z T2D nie wykazano korelacji pomiędzy genotypami ApaI i TaqI oraz wiekiem, płcią, wskaźnikiem masy ciała (BMI), glukozą lub OC. Wnioski: Genotyp TT polimorfizmu genu VDR TaqI jest skorelowany z niskim stężeniem OC u pacjentów z nadwagą i otyłością. Jednakże, polimorfizmy genu VDR TaqI i ApaI nie są związane z T2D. (Endokrynol Pol 2015; 66 (4): 329–333)

Opioids: Pharmacology and Epidemiology

Los opioides desde hace muchos años son los analgésicos más utilizados y efectivos para el tratamiento del dolor. Este trabajo da a conocer la clasificación farmacológica, usos terapéuticos, riesgos a la salud y reacciones adversas de los opioides como fármacos, planteando el paradigma del usar este tipo de fármacos para el control del dolor, sin embargo se han convertido en un problema de salud en distintos países ya que en ciertas circunstancias tienen un alto potencial de causar adicción. Además de su uso contra el dolor, los opioides son utilizados como antidiarreicos, antitusivos y para el tratamiento de diversas sintomatologías. A pesar de los efectos adversos, el mal uso y abuso de los opioides; se consideran imprescindibles en la terapia contra el dolor. Actualmente las investigaciones farmacéuticas trabajan en la búsqueda constante de nuevos fármacos con efectos menos severos y con potencia analgésicaOpioids have been used for many years as the most effective analgesics for pain management. This work discloses the pharmacological classification, therapeutic uses, health risks and adverse reactions of opioids as medicines, setting out the paradigm of using this type of drug to control pain. However, they have become a health problem in distinct countries, as they have a high addictive potential under certain circumstances. In addition to their use against pain, opioids are also employed as antidiarrheal, antitussive and for the treatment of diverse symptomatology. Despite the adverse effects, misuse and abuse of opioids, they are still considered as indispensable in pain therapy. Currently pharmaceutical research is working on the constant development for new drugs with less severe effects and a high analgesic potency