Analytical Validation of Variants to Aid in Genotype-Guided Therapy for Oncology

The Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) of 1988 requires that pharmacogenetic genotyping methods need to be established according to technical standards and laboratory practice guidelines before testing can be offered to patients. Testing methods for variants in ABCB1, CBR3, COMT, CYP3A7, C8ORF34, FCGR2A, FCGR3A, HAS3, NT5C2, NUDT15, SBF2, SEMA3C, SLC16A5, SLC28A3, SOD2, TLR4, and TPMT were validated in a CLIA-accredited laboratory. As no known reference materials were available, DNA samples that were from Coriell Cell Repositories (Camden, NJ) were used for the analytical validation studies. Pharmacogenetic testing methods developed here were shown to be accurate and 100% analytically sensitive and specific. Other CLIA-accredited laboratories interested in offering pharmacogenetic testing for these genetic variants, related to genotype-guided therapy for oncology, could use these publicly available samples as reference materials when developing and validating new genetic tests or refining current assays

Functionalisation of bolaamphiphiles with mononuclear bis(2,2'-bipyridyl)ruthenium(II) complexes for application in self assembled monolayers

A novel ruthenium(II) polypyridyl complex connected competently to a bolaamphiphile, containing amide linkages to provide rigidity via hydrogen bonding in the monolayer, has been prepared. The ruthenium(II) complexes of this ligand and of the intermediates in the synthesis were prepared by modification of the coordinated ligands, demonstrating the synthetic versatility and robustness of this family of complexes. All ruthenium complexes were characterised by electrochemical and spectroscopic techniques and were found to have similar properties to the parent complex [Ru(bipy)[3]][2][+], and remain versatile photosensitisers, with well-defined properties, despite extensive substitution of the bipy ligand

Observing cosmic string loops with gravitational lensing surveys

We show that the existence of cosmic strings can be strongly constrained by the next generation of gravitational lensing surveys at radio frequencies. We focus on cosmic string loops, which simulations suggest would be far more numerous than long (horizon-sized) strings. Using simple models of the loop population and minimal assumptions about the lensing cross section per loop, we estimate the optical depth to lensing and show that extant radio surveys such as CLASS have already ruled out a portion of the cosmic string model parameter space. Future radio interferometers, such as LOFAR and especially SKA, may constrain $G\mu/c^2 < 10^{-9}$ in some regions of parameter space, outperforming current constraints from pulsar timing and the CMB by up to two orders of magnitude. This method relies on direct detections of cosmic strings, and so is less sensitive to the theoretical uncertainties in string network evolution that weaken other constraints.Comment: 20 pages, 3 figures. v3: Some clarification of text, revised figure, appendix added. Submitted to Phys. Rev.

Dipole-phonon quantum logic with alkaline-earth monoxide and monosulfide cations

Dipole-phonon quantum logic (DPQL) leverages the interaction between polar molecular ions and the motional modes of a trapped-ion Coulomb crystal to provide a potentially scalable route to quantum information science. Here, we study a class of candidate molecular ions for DPQL, the cationic alkaline-earth monoxides and monosulfides, which possess suitable structure for DPQL and can be produced in existing atomic ion experiments with little additional complexity. We present calculations of DPQL operations for one of these molecules, CaO$^+$, and discuss progress towards experimental realization. We also further develop the theory of DPQL to include state preparation and measurement and entanglement of multiple molecular ions.Comment: 10 pages, 6 figure

O DESENHO E ESCULTURA DENTAL DESENVOLVENDO AS HABILIDADES DÍGITO-MOTORAS DOS ACADÊMICOS DE ODONTOLOGIA DA UNOESC.

O ensino de desenho e escultura dentária tem o intuito de desenvolver as habilidades motoras e a acuidade visual para reconhecer e reproduzir estruturas de dentes permanentes e decíduos, estando integrado no 3º semestre do curso de odontologia, apresentando-se na grade curricular como Morfo-fisiologia II. O objetivo deste trabalho é evidenciar a importância do componente curricular para desenvolvimento das habilidades dígito-motoras dos acadêmicos da 3º fase e a fixação de conceitos teóricos da anatomia dental. Os desenhos dos elementos dentais auxiliam no discernimento da individualidade anatômica das faces dos dentes maxilares e mandibulares, sendo as esculturas dentais introduzidas com a finalidade de desenvolver e aprimorar as destrezas manuais e a acuidade visual, além do contato inicial com instrumental odontológico, assim as esculturas em blocos de cera, ceroplastia em macromodelos, manequins e dentes naturais, treinam e sedimentam a percepção dos detalhes morfofuncionais de cada dente. Além disso são benefícios da escultura dental: a destreza manual, a redução do tempo de trabalho, a ergonomia e a funcionalidade da reabilitação. Tais conhecimentos adquiridos serão empregados nas demais disciplinas do curso, preparando o aluno para reproduzir as estruturas dentárias em cada situação específica durante as clínicas. Os conhecimentos e competências aperfeiçoadas durante o semestre, desperta o aluno para uma atuação mais consciente, recriando forma e função dos dentes, isolados ou em grupos, alcançando uma boa oclusão mastigatória, harmonia e estética entre as arcadas

Contribuição do Componente Curricular Desenho e Escultura Dental no desenvolvimento das habilidades dígito-motoras dos acadêmicos de Odontologia da Unoesc

O componente curricular desenho e escultura dental é integrado no terceiro semestre, apresentando-se na grade curricular como Morfo-fisiologia II, do Curso de Odontologia da Universidade do Oeste de Santa Catarina (Unoesc). O ensino de escultura dentária vem sendo aplicado por meio de técnicas para esculpir em blocos de cera e ceroplastia em macromodelos de dentes permanentes e decíduos, dentes de manequins e em dentes naturais. Desse modo é exigido dos estudantes treinamento manual e percepção dos detalhes anatômicos de cada dente. O objetivo com este trabalho é evidenciar a importância do componente curricular para o desenvolvimento das habilidades dígito-motoras dos acadêmicos da 3ª fase de Odontologia e a fixação de conceitos teóricos da anatomia dental, deveras importantes para a prática clínica. O levantamento de literatura foi realizado por meio de pesquisas em livros de anatomia dental, bem como de um artigo encontrado na base de dados BVS e de uma tese da Universidade Federal de Pelotas. O desenho dos elementos dentais auxilia no discernimento da individualidade anatômica das faces dos dentes maxilares e mandibulares, sendo as esculturas dentais introduzidas com a finalidade de desenvolver e aprimorar as destrezas manuais e a acuidade visual de cada aluno, além do contato inicial com o instrumental odontológico. Tais conhecimentos adquiridos serão empregados nos demais componentes curriculares do Curso de Odontologia, como Dentística, Endodontia, Cirurgia, entre outros, preparando o aluno para confeccionar as unidades dentais necessárias em cada situação específica durante as clínicas. Os conhecimentos e competências aperfeiçoados durante o semestre despertam o aluno para uma atuação mais consciente e eficiente, recriando a forma e a função dos dentes, isolados ou em grupos, alcançando uma boa oclusão mastigatória, harmonia e estética entre as arcadas. Desse modo o treinamento em escultura faz com que o aluno crie o hábito de realizar procedimentos de forma cada vez mais natural.Palavras-chave: Odontologia. Escultura. Desenho. Morfofisiologia

Single haplotype assembly of the human genome from a hydatidiform mole

A complete reference assembly is essential for accurately interpreting individual genomes and associating variation with phenotypes. While the current human reference genome sequence is of very high quality, gaps and misassemblies remain due to biological and technical complexities. Large repetitive sequences and complex allelic diversity are the two main drivers of assembly error. Although increasing the length of sequence reads and library fragments can improve assembly, even the longest available reads do not resolve all regions. In order to overcome the issue of allelic diversity, we used genomic DNA from an essentially haploid hydatidiform mole, CHM1. We utilized several resources from this DNA including a set of end-sequenced and indexed BAC clones and 100× Illumina whole-genome shotgun (WGS) sequence coverage. We used the WGS sequence and the GRCh37 reference assembly to create an assembly of the CHM1 genome. We subsequently incorporated 382 finished BAC clone sequences to generate a draft assembly, CHM1_1.1 (NCBI AssemblyDB GCA_000306695.2). Analysis of gene, repetitive element, and segmental duplication content show this assembly to be of excellent quality and contiguity. However, comparison to assembly-independent resources, such as BAC clone end sequences and PacBio long reads, indicate misassembled regions. Most of these regions are enriched for structural variation and segmental duplication, and can be resolved in the future. This publicly available assembly will be integrated into the Genome Reference Consortium curation framework for further improvement, with the ultimate goal being a completely finished gap-free assembly

TNFAIP3 Maintains Intestinal Barrier Function and Supports Epithelial Cell Tight Junctions

Tight junctions between intestinal epithelial cells mediate the permeability of the intestinal barrier, and loss of intestinal barrier function mediated by TNF signaling is associated with the inflammatory pathophysiology observed in Crohn's disease and celiac disease. Thus, factors that modulate intestinal epithelial cell response to TNF may be critical for the maintenance of barrier function. TNF alpha-induced protein 3 (TNFAIP3) is a cytosolic protein that acts in a negative feedback loop to regulate cell signaling induced by Toll-like receptor ligands and TNF, suggesting that TNFAIP3 may play a role in regulating the intestinal barrier. To investigate the specific role of TNFAIP3 in intestinal barrier function we assessed barrier permeability in TNFAIP3−/− mice and LPS-treated villin-TNFAIP3 transgenic mice. TNFAIP3−/− mice had greater intestinal permeability compared to wild-type littermates, while villin-TNFAIP3 transgenic mice were protected from increases in permeability seen within LPS-treated wild-type littermates, indicating that barrier permeability is controlled by TNFAIP3. In cultured human intestinal epithelial cell lines, TNFAIP3 expression regulated both TNF-induced and myosin light chain kinase-regulated tight junction dynamics but did not affect myosin light chain kinase activity. Immunohistochemistry of mouse intestine revealed that TNFAIP3 expression inhibits LPS-induced loss of the tight junction protein occludin from the apical border of the intestinal epithelium. We also found that TNFAIP3 deubiquitinates polyubiquitinated occludin. These in vivo and in vitro studies support the role of TNFAIP3 in promoting intestinal epithelial barrier integrity and demonstrate its novel ability to maintain intestinal homeostasis through tight junction protein regulation.</p

Cuidados odontológicos em pacientes renais crônicos

 A insuficiência renal crônica (IRC) é caracterizada pela incapacidade de o rim manter níveis normais dos metabólitos e da pressão arterial no organismo, bem como o equilíbrio hidroeletrolítico, limitando a metabolização de alguns fármacos. Os objetivos com este trabalho são comparar o funcionamento do rim sadio e do mórbido e apresentar os cuidados que o cirurgião-dentista (CD) deve ter ao tratar o paciente renal crônico. Trata-se de uma revisão de literatura, cujo levantamento bibliográfico dos dados foi obtido por meio de livros de farmacologia e fisiologia e cinco artigos científicos da base SciELO. Os pacientes com IRC apresentam alterações orgânicas que devem ser consideradas durante o atendimento odontológico, como as alterações plaquetárias, que levam ao aumento do tempo de sangramento. Além disso, apresentam sintomas orais, como palidez da mucosa oral, úlceras, hálito amoniacal, alterações do paladar, gengivite e parotidites. Os pacientes com IRC que já se encontram em programa de diálise interativa devem ser submetidos a cirurgias orais no dia seguinte ao tratamento de hemodiálise, visto que a heparina permite que o sangue passe pelo hemodializador sem coagular. Desse modo, o paciente renal encontra-se em melhor estado fisiológico, descartando o risco de hemorragia. Enfatiza-se a importância da manutenção da saúde bucal nos portadores de IRC, eliminando qualquer foco de infecção oral, já que são potenciais candidatos a transplante renal, o qual será realizado somente se o paciente estiver saudável, pois infecções podem ser fatais ou provocar a falência do órgão doado. Cabe ao CD conhecer as diferentes alterações dessa patologia e saber que esses pacientes exigem cuidados peculiares, como ajuste na dosagem ou contraindicação de fármacos empregados na odontologia, como anestésicos locais, tetraciclinas e aminoglicosídeos, além de motivá-los a manter uma boa saúde bucal ao longo de sua vida.Palavras-chave: Insuficiência renal crônica. Odontologia. Saúde bucal.