ARES+MOOG - a practical overview of an EW method to derive stellar parameters

The goal of this document is to describe the important practical aspects in the use of an Equivalent Width (EW) method for the derivation of spectroscopic stellar parameters. A general description of the fundamental steps composing any EW method is given, together with possible differences that may be found in different methods used in the literature. Then ARES+MOOG is then used as an example where each step of the method is described in detail. A special focus is given for the specific steps of this method, namely the use of a differential analysis to define the atomic data for the adopted line list, the automatic EW determinations, and the way to find the best parameters at the end of the procedure. Finally, a practical tutorial is given, where we focus on simple exercises useful to illustrate and explain the dependence of the abundances with the assumed stellar parameters. The interdependences are described and a clear procedure is given to find the "final" stellar parameters.Comment: 15 pages, 4 figures, accepted for publication as a chapter in "Determination of Atmospheric Parameters of B, A, F and G Type Stars", Springer (2014), eds. E. Niemczura, B. Smalley, W. Pyc

Role of Neonatal Hearing Screening Programme in the Auditory Rehabilitation of Children

Objectivos: Determinar a influência da implementação do rastreio auditivo neonatal universal na referenciação de crianças com hipoacúsia a uma consulta de reabilitação auditiva. Métodos: Contexto – consulta de reabilitação auditiva num centro de referenciação terciário em Lisboa; Desenho do estudo – estudo de coorte retrospectivo baseado nos dados de processos clínicos de crianças com surdez. População – todos os processos de crianças nascidas a partir de 1998 (437 no total) foram analisados, resultando na selecção de 322 crianças que cumpriam os critérios de inclusão. Resultados: A idade média de referenciação à consulta tem vindo a diminuir de 55 meses (1998-2000) para 12 meses (2007-2009). Em 3/4 dos doentes o motivo de referenciação é hipoacúsia ou alterações nos programas de rastreio auditivo neonatal. Conclusão: O rastreio auditivo neonatal tem permitido iniciara reabilitação auditiva de crianças com hipoacúsia mais cedo. É importante manter este programa a funcionar para garantir a reabilitação precoce de crianças com perda auditiva.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Renal oncocytoma: Is URO-CT useful in histological diagnosis?

Introdução: Ao longo dos últimos anos, a crescente utilização de exames imagiológicos, nomeadamente ecografia e tomografia computorizada (TC), traduziu-se num aumento do diagnóstico incidental de tumores renais, sobretudo pequenas massas renais (<4 cm). O conhecimento de que até 30% destas massas podem ser benignas, entre elas os oncocitomas, levou á procura de métodos de diagnóstico mais eficazes, de forma a evitar situações de sobretratamento e de forma a tornaram-se decisões terapêuticas mais fundamentadas. Objectivos: Analisar retrospectivamente uma série de tumores renais histologicamente comprovados, nomeadamente oncocitomas e carcinomas de células renais (CCR), e verificar se existem diferenças morfológicas e/ou nos padrões de captação de contraste através da URO-TC. Material e métodos: Identificámos todos os tumores renais entre 2004-2015 com o diagnóstico histológico de oncocitoma e de CCR. Estes resultados foram obtidos por biopsia do tumor renal, tumorectomia/nefrectomia parcial ou nefrectomia radical. Registámos e comparámos as características morfológicas e os padrões de captação de contraste na fase nefrográfica com medição de unidades de Hounsfield (HU) dos oncocitomas e dos CCR (células claras), selecionados de acordo com a dimensão (aprox. idêntica á dos oncocitomas) e obtidos na sequência de tumorectomia renal ou nefrectomia radical. Resultados: Identificaram-se 16 CCR e 31 oncocitomas, dos quais 15 foram excluídos por não termos acesso ás imagens de TC no sistema informático. A dimensão média dos oncocitomas foi 3,7 cm (1,8 – 14) e a dos CCR 3,5 cm (1,9 – 8,4). A atenuação de contraste média dos oncocitomas e dos CCR na fase sem contraste foi de 33 HU e 32 HU, respectivamente. Na fase nefrográfica, a captação média de contraste para os oncocitomas foi de 47,5 HU e 47,4 HU para os CCR. Na fase nefrográfica, a diferença de atenuação entre os oncocitomas e o parênquima renal normal foi 43,5 HU e a diferença de atenuação entre os CCR e o parênquima renal normal foi 59,7 HU. Estes resultados foram estatisticamente significativos (p<0,05). Não se identificaram outras alterações na fase excretora da TC, nem diferenças relevantes de carácter morfológico, nomeadamente nos contornos das lesões, presença de calcificações, ou de cicatriz central. Conclusões: Na avaliação imagiológica por URO-TC, nomeadamente na fase nefrográfica, parece existir uma tendência para maior isodensidade dos oncocitomas em relação ao parênquima renal normal. Este achado poderá contribuir para uma melhor decisão terapêutica, na medida em que nos pode direccionar para uma biópsia de confirmação em detrimento da excisão cirúrgica.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Tuberous sclerosis with pulmonary lymphangioleiomyomatosis and renal angiomyolipomas. Computed tomographic findings: a case report

The authors describe a case of a 31-year-old female with tuberous sclerosis, a genetic, rare, variably expressed disease. Clinical symptoms were chest pain, and progressive dyspnea. Computed tomography scan of the chest showed bilateral, diffuse, small thin-walled cysts scattered throughout the lungs characteristic for pulmonary lymphangioleiomyomatosis. Computed tomography scan of the abdomen revealed enlarged, heterogeneous kidneys, with low density tumors corresponding to angiomyolipomas. Pulmonary lymphangioleiomyomatosis and bilateral renal angiomyolipomas are some presentations of tuberous sclerosis and the coexistence of both conditions may cause devastating morbidity and mortality

Retrospective Diagnosis of Congenital Cytomegalovirus Infection in a Cohort of Children with Neurosensorial Hearing Impairment

Objectivos: Determinar a prevalência da infecção congénita por Citomegalovírus (CMV) como causa de hipoacusia infantil. Métodos: Realizou-se um estudo de coorte retrospectivo através da revisão de dados nos processos clínicos. Seleccionaram-se as crianças com hipoacusia neuro-sensorial bilateral moderada ou mais grave e que não tinham diagnóstico estabelecido. Os cartões de Guthrie armazenados num laboratório de referência nacional foram analisados com uma técnica baseada em extracção de ácido desoxirribonucleico (ADN) induzida por calor, seguida de pesquisa de ADN do CMV através de amplificação por polymerase chain reactionResultados: Dos 83 cartões de Guthrie testados, 8 (9,6%) foram positivos. Na nossa coorte, 11 doentes têm infecção congénita por CMV confirmada, correspondendo a 8,1% dos casos com diagnóstico confirmado mas apenas 3,4% dos casos no global. Conclusão: A infecção congénita por CMV é uma causa significativa de hipoacusia infantil na nossa população. O diagnóstico retrospectivo é possível com recurso aos cartõesde Guthrie.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

The role of multiple marks in epigenetic silencing and the emergence of a stable bivalent chromatin state

We introduce and analyze a minimal model of epigenetic silencing in budding yeast, built upon known biomolecular interactions in the system. Doing so, we identify the epigenetic marks essential for the bistability of epigenetic states. The model explicitly incorporates two key chromatin marks, namely H4K16 acetylation and H3K79 methylation, and explores whether the presence of multiple marks lead to a qualitatively different systems behavior. We find that having both modifications is important for the robustness of epigenetic silencing. Besides the silenced and transcriptionally active fate of chromatin, our model leads to a novel state with bivalent (i.e., both active and silencing) marks under certain perturbations (knock-out mutations, inhibition or enhancement of enzymatic activity). The bivalent state appears under several perturbations and is shown to result in patchy silencing. We also show that the titration effect, owing to a limited supply of silencing proteins, can result in counter-intuitive responses. The design principles of the silencing system is systematically investigated and disparate experimental observations are assessed within a single theoretical framework. Specifically, we discuss the behavior of Sir protein recruitment, spreading and stability of silenced regions in commonly-studied mutants (e.g., sas2, dot1) illuminating the controversial role of Dot1 in the systems biology of yeast silencing.Comment: Supplementary Material, 14 page

Planck intermediate results. XLI. A map of lensing-induced B-modes

The secondary cosmic microwave background (CMB) $B$-modes stem from the post-decoupling distortion of the polarization $E$-modes due to the gravitational lensing effect of large-scale structures. These lensing-induced $B$-modes constitute both a valuable probe of the dark matter distribution and an important contaminant for the extraction of the primary CMB $B$-modes from inflation. Planck provides accurate nearly all-sky measurements of both the polarization $E$-modes and the integrated mass distribution via the reconstruction of the CMB lensing potential. By combining these two data products, we have produced an all-sky template map of the lensing-induced $B$-modes using a real-space algorithm that minimizes the impact of sky masks. The cross-correlation of this template with an observed (primordial and secondary) $B$-mode map can be used to measure the lensing $B$-mode power spectrum at multipoles up to $2000$. In particular, when cross-correlating with the $B$-mode contribution directly derived from the Planck polarization maps, we obtain lensing-induced $B$-mode power spectrum measurement at a significance level of $12\,\sigma$, which agrees with the theoretical expectation derived from the Planck best-fit $\Lambda$CDM model. This unique nearly all-sky secondary $B$-mode template, which includes the lensing-induced information from intermediate to small ($10\lesssim \ell\lesssim 1000$) angular scales, is delivered as part of the Planck 2015 public data release. It will be particularly useful for experiments searching for primordial $B$-modes, such as BICEP2/Keck Array or LiteBIRD, since it will enable an estimate to be made of the lensing-induced contribution to the measured total CMB $B$-modes.Comment: 20 pages, 12 figures; Accepted for publication in A&A; The B-mode map is part of the PR2-2015 Cosmology Products; available as Lensing Products in the Planck Legacy Archive http://pla.esac.esa.int/pla/#cosmology; and described in the 'Explanatory Supplement' https://wiki.cosmos.esa.int/planckpla2015/index.php/Specially_processed_maps#2015_Lensing-induced_B-mode_ma