Substitutional disorder in the substituted nixantphos ligand C39H32Br0.27Cl0.73NOP2

The structure of 10-(3-bromo/chloro­prop­yl)-4,6-bis­(diphenyl­phosphino)-10H-phenoxazine, C39H32Br0.27Cl0.73NOP2, shows chloro/bromo substitutional disorder in a 3:1 ratio. For application as a ligand in catalysis, the intra­molecular P⋯P distance of 4.263 (2) Å is relevant. The phenoxazine ring system is essentially planar

Immuno flow cytometry in marine phytoplankton research

The developments in the combination of flow cytometry and immunology as a tool to identify, count and examine marine phytoplankton cells are reviewed. The concepts of immunology and flow cytometry are described. A distinction is made between quantitative and qualitative immunofluorescence. Quantitative immunofluorescence, the identification and enumeration of phytoplankton cells, is the research area that has advanced rapidly in the past decade, and is reviewed extensively. Key steps of quantitative immunofluorescence, fixation and immunolabel intensity, are discussed in more detail. Qualitative immunofluorescence is a new, hardly explored but highly interesting development in which qualitative -physiological- variables related to e.g. nutrient limitation or primary production are measured in individual cells instead of phytoplankton populations as a whole. Several combinations of immunological probes, both for species identification and for physiological measurements, are proposed. A special case of qualitative immunofluorescence is the measurement of phytoplankton toxins in single cells from natural populations. It is anticipated that the future use of semiconductor nanocrystals or quantum dots as fluorophores will greatly enhance signal detection in flow cytometry, and hence in both quantitative and qualitative immunofluorescence applications

A case-study in multidisciplinary modeling of dynamic embedded systems

In this paper a case-study in multidisciplinarymodeling of dynamic embedded systems is described. This case-study represents our initial step towards the development of a design methodology for this type of systems, which is the aim of the research project "Boderc". The objectives and compositionof the project are given, together with a motivation why such a method is needed. After this, the modeling of parts of the paper path of a high-volume black and white multi-functional copier is described. The goals and the results of the case-study are discussed in detail. Next, the way the knowledge from differentdisciplines is linked is shown, and the possible couplings between models are explained. In order to judge the predicting capabilities of the models, experiments for validation have been carried out. The obtained measurements show that the created models form a fair description of the system behavior

A highly selective, label-free, homogenous luminescent switch-on probe for the detection of nanomolar transcription factor NF-kappaB

Transcription factors are involved in a number of important cellular processes. The transcription factor NF-κB has been linked with a number of cancers, autoimmune and inflammatory diseases. As a result, monitoring transcription factors potentially represents a means for the early detection and prevention of diseases. Most methods for transcription factor detection tend to be tedious and laborious and involve complicated sample preparation, and are not practical for routine detection. We describe herein the first label-free luminescence switch-on detection method for transcription factor activity using Exonuclease III and a luminescent ruthenium complex, [Ru(phen)2(dppz)]2+. As a proof of concept for this novel assay, we have designed a double-stranded DNA sequence bearing two NF-κB binding sites. The results show that the luminescence response was proportional to the concentration of the NF-κB subunit p50 present in the sample within a wide concentration range, with a nanomolar detection limit. In the presence of a known NF-κB inhibitor, oridonin, a reduction in the luminescence response of the ruthenium complex was observed. The reduced luminescence response of the ruthenium complex in the presence of small molecule inhibitors allows the assay to be applied to the high-throughput screening of chemical libraries to identify new antagonists of transcription factor DNA binding activity. This will allow the rapid and low cost identification and development of novel scaffolds for the treatment of diseases caused by the deregulation of transcription factor activity

Influence of Various Polymorphic Variants of Cytochrome P450 Oxidoreductase (POR) on Drug Metabolic Activity of CYP3A4 and CYP2B6

Cytochrome P450 oxidoreductase (POR) is known as the sole electron donor in the metabolism of drugs by cytochrome P450 (CYP) enzymes in human. However, little is known about the effect of polymorphic variants of POR on drug metabolic activities of CYP3A4 and CYP2B6. In order to better understand the mechanism of the activity of CYPs affected by polymorphic variants of POR, six full-length mutants of POR (e.g., Y181D, A287P, K49N, A115V, S244C and G413S) were designed and then co-expressed with CYP3A4 and CYP2B6 in the baculovirus-Sf9 insect cells to determine their kinetic parameters. Surprisingly, both mutants, Y181D and A287P in POR completely inhibited the CYP3A4 activity with testosterone, while the catalytic activity of CYP2B6 with bupropion was reduced to approximately ∼70% of wild-type activity by Y181D and A287P mutations. In addition, the mutant K49N of POR increased the CLint (Vmax/Km) of CYP3A4 up to more than 31% of wild-type, while it reduced the catalytic efficiency of CYP2B6 to 74% of wild-type. Moreover, CLint values of CYP3A4-POR (A115V, G413S) were increased up to 36% and 65% of wild-type respectively. However, there were no appreciable effects observed by the remaining two mutants of POR (i.e., A115V and G413S) on activities of CYP2B6. In conclusion, the extent to which the catalytic activities of CYP were altered did not only depend on the specific POR mutations but also on the isoforms of different CYP redox partners. Thereby, we proposed that the POR-mutant patients should be carefully monitored for the activity of CYP3A4 and CYP2B6 on the prescribed medication

Rh-POP Pincer Xantphos Complexes for C-S and C-H Activation. Implications for Carbothiolation Catalysis

The neutral Rh­(I)–Xantphos complex [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­Cl]_<i>n</i>, <b>4</b>, and cationic Rh­(III) [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(H)₂]­[BAr^F₄], <b>2a</b>, and [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos-3,5-C₆H₃(CF₃)₂)­(H)₂]­[BAr^F₄], <b>2b</b>, are described [Ar^F = 3,5-(CF₃)₂C₆H₃; Xantphos = 4,5-bis­(diphenylphosphino)-9,9-dimethylxanthene; Xantphos-3,5-C₆H₃(CF₃)₂ = 9,9-dimethylxanthene-4,5-bis­(bis­(3,5-bis­(trifluoromethyl)­phenyl)­phosphine]. A solid-state structure of <b>2b</b> isolated from C₆H₅Cl solution shows a κ¹-chlorobenzene adduct, [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos-3,5-C₆H₃(CF₃)₂)­(H)₂(κ¹-ClC₆H₅)]­[BAr^F₄], <b>3</b>. Addition of H₂ to <b>4</b> affords, crystallographically characterized, [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(H)₂Cl], <b>5</b>. Addition of diphenyl acetylene to <b>2a</b> results in the formation of the C–H activated metallacyclopentadiene [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(ClCH₂Cl)­(σ,σ-(C₆H₄)­C­(H)CPh)]­[BAr^F₄], <b>7</b>, a rare example of a crystallographically characterized Rh–dichloromethane complex, alongside the Rh­(I) complex <i>mer</i>-[Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(η²-PhCCPh)]­[BAr^F₄], <b>6</b>. Halide abstraction from [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­Cl]_<i>n</i> in the presence of diphenylacetylene affords <b>6</b> as the only product, which in the solid state shows that the alkyne binds perpendicular to the κ³-POP Xantphos ligand plane. This complex acts as a latent source of the [Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)]⁺ fragment and facilitates <i>ortho</i>-directed C–S activation in a number of 2-arylsulfides to give <i>mer</i>-[Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(σ,κ¹-Ar)­(SMe)]­[BAr^F₄] (Ar = C₆H₄COMe, <b>8</b>; C₆H₄(CO)­OMe, <b>9</b>; C₆H₄NO₂, <b>10</b>; C₆H₄CNCH₂CH₂O, <b>11</b>; C₆H₄C₅H₄N, <b>12</b>). Similar C–S bond cleavage is observed with allyl sulfide, to give <i>fac</i>-[Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(η³-C₃H₅)­(SPh)]­[BAr^F₄], <b>13</b>. These products of C–S activation have been crystallographically characterized. For <b>8</b> in situ monitoring of the reaction by NMR spectroscopy reveals the initial formation of <i>fac</i>-κ³-<b>8</b>, which then proceeds to isomerize to the <i>mer</i>-isomer. With the <i>para</i>-ketone aryl sulfide, 4-SMeC ₆H₄COMe, C–H activation <i>ortho</i> to the ketone occurs to give <i>mer</i>-[Rh­(κ³-_P,O,P-Xantphos)­(σ,κ¹-4-(COMe)­C₆H₃SMe)­(H)]­[BAr^F₄], <b>14</b>. The temporal evolution of carbothiolation catalysis using <i>mer</i>-κ³-<b>8</b>, and phenyl acetylene and 2-(methylthio)­acetophenone substrates shows initial fast catalysis and then a considerably slower evolution of the product. We suggest that the initially formed <i>fac</i>-isomer of the C–S activation product is considerably more active than the <i>mer</i>-isomer (i.e., <i>mer</i>-<b>8</b>), the latter of which is formed rapidly by isomerization, and this accounts for the observed difference in rates. A likely mechanism is proposed based upon these data

High-performance liquid chromatographic determination of the imino acids (opines) meso-alanopine and D-strombine in muscle extract of invertebrates

A sensitive HPLC method is presented for the determination of the imino acids alanopine and strombine, anaerobic metabolites that are formed in muscle tissue of several species of invertebrates. The separation of alanopine and strombine was achieved using the Alltech OA 2000 cation-exchange column. The analysis of the two opines does not require any complicated derivatization and can be performed in a pH neutralized sulphuric acid solution. The sensitivity of this method is in the range of 100 pmol to at least 10 nmol for both investigated opines. For the first time opines were demonstrated in the bivalves Macoma balthica and Cerastoderma edule. [KEYWORDS: imino acid; opines; alanopine; strombine Marine-invertebrates; mytilus-edulis; separation; mollusks; hypoxia; anoxia

Evaluatie van flowcytometrie fytoplanktonmonitoring 2000

De fytoplanktonmonitoring in de Nederlandse kustwateren wordt sinds jaren in het kader van het Rijkswaterstaat MWTL-programma uitgevoerd met behulp van microscopie. Hiernaast wordt flowcytometrie de laatste jaren tevens ingezet op een beperkter aantal locaties. De daadwerkelijke integratie met de tijdrovende microscopische analyse en een gedeeltelijke vervanging daarvan, is nog niet gerealiseerd. De verbeterde flowcytometrische apparatuur (kwaliteitsborging, robuust systeem, in staat zijn digitale foto\u92s te maken, vergaande automatisering) bij de laboratoria van het RIKZ en de nieuwe analysestrategie (groottefracties, visuele informatievoorziening, snelle rapportage), hebben geleid tot nieuwe informatie. Op grond van de in dit verslag behandelde bevindingen, kan de discussie gevoerd worden welke rol flowcytometrie in fytoplanktonmonitoring zal betekenen. De bevindingen op de meest frequent bemonsterde locatie Noordwijk 10 zijn geëvalueerd. Van de overige vijf locaties zijn de resultaten in de vorm van visuele presentaties in het bijlagenverslag weergegeven. Uit de gestapelde staafdiagrammen van Noordwijk 10 blijkt dat de bijdragen aan de totaalconcentratie fytoplanktondeeltjes bepaalde trends laat zien. Over het gehele jaar domineren de deeltjes kleiner dan 5 ?m in aantal, maar is hun bijdrage in de chlorofyl-a concentratie klein. In het voorjaar, als ook middeneind juli en begin augustus zijn duidelijke bloeien (aantallen deeltjes) waarneembaar van grotere grootteklasses. Het biomassaverloop verschilt van het totaal(aantal)concentratieverloop. Begin mei en midden juni, midden juli en begin augustus worden de hoogste biomassa\u92s gevonden, terwijl de totaalconcentratie alleen midden juli opvallend hoog is. Verder valt op dat een groot deel van de deeltjes kleiner dan 5 ?m tevens fycoerithrine-pigment bevatten. Uit de vergelijking van flowcytometrische resultaten met referentietechnieken waarbij chlorofyl-a, zwevend stof en particulair organisch koolstof van dezelfde locaties bepaald zijn, blijkt met name voor chlorofyl-a (voor alle locaties) en POC (voor 4 locaties) een redelijke tot goede correlatie met de flowcytometrische LinFGR/ml parameter. Voor zwevend stof werd nauwelijks correlatie gevonden met een flowcytometrische parameter. De vergelijking met microscopische resultaten leverden goede overeenkomsten tussen beide technieken voor de gevonden totaal-fytoplanktonconcentraties, indien bij flowcytometrie de groep deeltjes kleiner dan 5 ?m werd weggelaten. Hierin blijkt een essentieel verschil tussen beide technieken. Flowcytometrie meet dankzij de hoge gevoeligheid ook picoplankton (1-5 ?m) dat veelal gemist wordt bij microscopie. Uit de microscopische waarnemingen blijkt dat de soorten die meer dan 2% bijdragen aan de totaalconcentratie gemiddeld 92% van de totaalconcentratie verklaren. Het aantal soorten dat hiervoor nodig is ligt gemiddeld op 7,5 (±2,5) per monster gebaseerd op de uitgebreide microscopische analyseresultaten van Noordwijk 10 over het eerste half jaar 2000. Uit de flowcytometrische clusteranalyse worden in dezelfde periode gemiddeld 8,4 (±1,9) clusters van deeltjes gevonden. Een vergelijking tussen soorten gevonden met microscopie en imaging in flow flowcytometrie is voor het jaar 2000 een leerproces gebleken. In het begin werden te kleine en niet determineerbare deeltjes teveel gefotografeerd, waardoor de grotere deeltjes, die juist met microscopie bepaald werden, statistisch gemist werden. Het instellen van de digitale camera vereiste tevens enige ervaring die aan het eind van het jaar 2000 goede foto\u92s ging opleveren. De oogst duidelijke foto\u92s van grotere deeltjes was daardoor relatief laag. Concentreren of fractionering van grotere deeltjes (m.b.v. een planktonnet van 10 ?m) is noodzakelijk gebleken. De duidelijke foto\u92s van grotere deeltjes waren goed vergelijkbaar met de microscopisch waargenomen soorten. Vanaf januari 2001 worden goede en grote aantallen digitale foto\u92s per monster genomen, dankzij de in 2000 opgebouwde ervaring. Uit de relatie tussen verschillende variabelen (nutriënten, chlorofyl, koolstof etc.) en flowcytometrische variabelen blijken met behulp van principaal componenten analyse drie grootteklasses te clusteren. Kleinere fytoplanktondeeltjes 150 ?m. De middelgrote deeltjes tonen de grootste tegengestelde relatie met N-verbindingen, de grotere deeltjes vertonen de grootste tegengestelde relatie met P-verbindingen. Feofytine toont dezelfde mate variantie met de groep grotere deeltjes, chlorofyl lijkt meer te correleren richting de groep middelgrote deeltjes. De particulaire fracties (POC, PN, PP) tonen dezelfde variatie als de groep middelgrote deeltjes. De aantallen deeltjes op grond waarvan met beide technieken tellingen gebaseerd zijn verschilt van circa 200 voor microscopie tot 10000-15000 voor flowcytometrie. Het aantal digitale foto\u92s zal vergelijkbaar zijn met microscopie. Concluderend achten de auteurs van dit verslag een integratie van flowcytometrie en imaging in flow met de microscopie waardevol en mogelijk. Aangetoond is dat de flowcytometrische verkregen informatie, die geleverd wordt betrouwbaar en objectief is. Het voordeel van het tellen in levende monsters en het maken van digitale opnames hierin is dat geen celverlies optreedt door conservering en fixatie door het uit elkaar spatten van cellen zoals per definitie zal plaatsvinden bij elke tot nog toe bekende fixatiemethode. Het nadeel van levende monsters is de snelheid waarbinnen een monster geanalyseerd moet zijn om de representativiteit van het monster te waarborgen. Uit de bevindingen blijkt dat de flowcytometrisch verkregen informatie goed overeenkomt met andere (bekendere) analytische technieken. Bij een standaard flowcytometrische analyse wordt meer informatie verkregen over kleine deeltjes, die microscopisch niet of nauwelijks zichtbaar zijn. Daarnaast onderscheidt flowcytometrie zich van microscopie doordat snel een relatie gelegd kan worden tussen aantallen, biomassa, groottefracties en soorten. De soortensamenstelling uitgedrukt als biomassa per volume (chlorofyl-a) is bij microscopische tellingen lastig. Gedetailleerde informatie over soorten of de identificatie van soorten wordt verkregen op grond digitale opnames van deeltjes (imaging in flow). Aan de foto-opnames kan kwantitatieve informatie ontleend worden over de onderlinge verhoudingen waarin soorten voorkomen in een monster. De kosten van de flowcytometrische analyse liggen zeker niet hoger dan van een microscopische telling. Tellingen bij flowcytometrie zijn echter op robuustere statistiek gebaseerd. Een nadeel van flowcytometrie is de apparaatafhankelijkheid, omdat de apparatuur commercieel niet leverbaar is. Een verbetering van de soortherkenning alleen op grond van flowcytometrische optische data (dus geen foto\u92s) wordt verwacht in 2001 door de introductie van een nieuwe vorm van signaalanalyse, die toepasbaar wordt gemaakt in het kader van de upgrade van de optical plankton analyser.BIOMON & TNW*Milila