Regulation of multiple insulin-like growth factor binding protein genes by 1α,25-dihydroxyvitamin D(3)

Recently, insulin-like growth factor binding proteins (IGFBPs) have been found to be primary mediators of the anti-proliferative actions of the nuclear hormone 1α,25-dihydroxyvitamin D(3) [1α,25(OH)(2)D(3)], but dependent on cellular context IGFBPs can also have a mitogenic effect. In this study, we performed expression profiling of all six human IGFBP genes in prostate and bone cancer cells and demonstrated that IGFBP1, 3 and 5 are primary 1α,25(OH)(2)D(3) target genes. In silico screening of the 174 kb of genomic sequence surrounding all six IGFBP genes identified 15 candidate vitamin D response elements (VDREs) close to or in IGFBP1, 2, 3 and 5 but not in the IGFBP4 and 6 genes. The putative VDREs were evaluated in vitro by gelshift assays and in living cells by reporter gene and chromatin immuno-precipitation (ChIP) assays. Of these 10 VDREs appear to be functional. ChIP assays demonstrated for each of these an individual, stimulation time-dependent association profile not only with the vitamin D receptor, but also with first heterodimeric partner the retinoid X receptor, other regulatory complex components and phosphorylated RNA polymerase II. Some of the VDREs are located distantly from the transcription start sites of IGFBP1, 3 and 5, but all 10 VDREs seem to contribute to the regulation of the genes by 1α,25(OH)(2)D(3). In conclusion, IGFBP1, 3 and 5 are primary 1α,25(OH)(2)D(3) target genes that in intact cells are each under the control of multiple VDREs

Good News About Endometriosis and Preterm Delivery

Non peer reviewe

HLA allele-specific expression : Methods, disease associations, and relevance in hematopoietic stem cell transplantation

Varying HLA allele-specific expression levels are associated with human diseases, such as graft versus host disease (GvHD) in hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), cytotoxic T cell response and viral load in HIV infection, and the risk of Crohn's disease. Only recently, RNA-based next generation sequencing (NGS) methodologies with accompanying bioinformatics tools have emerged to quantify HLA allele-specific expression replacing the quantitative PCR (qPCR) -based methods. These novel NGS approaches enable the systematic analysis of the HLA allele-specific expression changes between individuals and between normal and disease phenotypes. Additionally, analyzing HLA allele-specific expression and allele-specific expression loss provide important information for predicting efficacies of novel immune cell therapies. Here, we review available RNA sequencing-based approaches and computational tools for NGS to quantify HLA allele-specific expression. Moreover, we explore recent studies reporting disease associations with differential HLA expression. Finally, we discuss the role of allele-specific expression in HSCT and how considering the expression quantification in recipient-donor matching could improve the outcome of HSCT.Peer reviewe

"Ei ollu ikinä tylsää ku oli Pirpanan tyypit ja kaverit" - Perheiden kokemuksia päiväryhmätoiminnasta

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää perheiden kokemuksia Päiväryhmä Pirpanan toiminnasta. Selvityksessä pyrittiin tarkastelemaan perheiden odotuksia päiväryhmätoimintaa kohtaan, heidän toiminnasta saamaansa tukea ja sen pidempiaikaisia vaikutuksia sekä toimintaan kohdistuvia kehittämisideoita. Tavoitteena oli tuoda perheiden kokemuksia näkyviksi Päiväryhmä Pirpanan kehittämistyön tueksi. Opinnäytetyön teoriaosuudessa käsiteltiin varhaista vuorovaikutusta, kiintymyssuhdetta, vertaistukea ja perheiden arjenhallintaa sekä vanhempien osallisuutta perheessään ja perheiden palveluissa. Lisäksi esiteltiin Päiväryhmä Pirpanan sekä koko Etelä-Karjalan perhetyön kehittämisyhdistys ry:n toimintaa sekä Ensi- ja turvakotien liittoa, paikallisyhdistysten keskusjärjestöä. Selvityksessä käytettiin kvalitatiivista eli laadullista lähestymistapaa. Aineisto kerättiin käyttäen puolistrukturoitua yksilöteemahaastattelua. Selvityksessä haastateltiin neljää lapsensa kanssa päiväryhmätoimintaan osallistunutta äitiä. Haastateltaviksi haettiin myös isiä siinä kuitenkaan onnistumatta. Haastattelujen tuottama aineisto litteroitiin ja analysoitiin käyttämällä induktiivista eli aineistolähtöistä sisällön analyysia. Selvityksen tulokset ilmaisivat pitkälti asiakkaiden tyytyväisyyttä päiväryhmätoimintaa kohtaan. Esille nousivat sosiaalisiin kontakteihin ja arjenhallintaan sekä toiminnan sisältöihin kohdistuvat odotukset sekä erilaiset pelot ja ennakkoluulot. Perheiden saamana tukena ja sen pidempiaikaisina vaikutuksina näyttäytyivät läheisyys ja huolien jakaminen, lapsen hyvinvointi sekä arjen taidot ja työkalut. Kehittämisideoiksi selvitys tarjosi intensiivijakson kehittämisen, aktiviteettien lisäämisen, äidin asiantuntijuuden huomioimisen, ryhmäkauden jälkeisen toiminnan kehittämisen sekä saavutettavuuden parantamisen. Päiväryhmätoiminnassa nykyisellään toimivina käytäntöinä näyttäytyivät ryhmäkauden rakenne, toiminnan käytänteet sekä tietyiltä osin isien huomioiminen toiminnassa.The purpose of this study was to find out about the families´ experiences of the Group Family Day Care Pirpana and the activities they offer. The study aimed to examine the families’ expectations of group family day care, and the support they got from activities they did. Furthermore, the objective was to study the long-term effects of these activities and find out possible development ideas. The goal was to bring families’ experiences forth in support of the development work of Pirpana. The theoretical part of the thesis discusses early interaction, attachment, peer support and families´ everyday management as well as the parents’ involvement in the family and families’ services. In addition, the study presented Group Family Day Care Pirpana and the Lappeenranta member association of The Federation of Mother and Child Homes and Shelters. The study used a qualitative approach. The data was collected by using semi-structured individual interviews. In the inquiry there were four mothers, who were a part of the group session in Pirpana. The interviewers also sought to interview fathers, but they were unsuccessful. The material produced by the interviews were transcribed and analyzed using the inductive approach. The results of the survey largely expressed the customers’ satisfaction with the daily group activities. The customers’ expectations were towards social contacts and everyday management, for the operational content in Pirpana and for the fears and prejudices they had towards the group. The benefits that the families got were improved intimacy, improved verbal communication between the mother and the child and more everyday life skills and tools. As for development ideas there were ideas of developing the intensive periods, adding more activities, the acknowledgement of motherly expertise, and the improvement of the post-group period, as well as the improvement of accessibility. There were certain things in the existing operations of Pirpana that were reported to work fine in the survey which were the structure of the group session and for some parts the acknowledgement of the fathers in the activities

BIOPOLTTOAINEET JA NIIDEN YMPÄRISTÖVAIKUTUKSET

Euroopan unioni on asettanut tavoitteet uusiutuvan energian käytön lisäämiseksi 10 %:iin liikenteen energian kulutuksesta kaikissa jäsenmaissa vuoteen 2020 mennessä. Tämän tavoitteen saavuttamisessa tärkeässä osassa ovat biopolttoaineet. Opinnäytetyön tavoitteena oli tutkia kirjallisuuslähteiden avulla potentiaalisia biopolttoaineita ja niiden ympäristövaikutuksia. Työssä selvitettiin perustietoja käyttökelpoisimmista biopolttoaineista, kuten toisen sukupolven biodiesel ja biokaasu. Myös ensimmäisen sukupolven biodieselin valmistuksessa sivutuotteena muodostuvan glyserolin jatkojalostusmahdollisuuksia tutkittiin. Biopolttoaineiden ympäristövaikutuksista selviteltiin erilaisia näkökohtia sekä valmistuksen että loppukäytön osalta. Biopolttoaineiden ympäristövaikutuksista on vaikea antaa yksiselitteistä tietoa, sillä paljon riippuu käytetystä raaka-aineista. Tutkimuksen perusteella vaikuttaisi siltä, että liikenteen biopolttoaineista toisen sukupolven biodiesel, biokaasu ja ohraetanoli sekä rypsibiodiesel (RME) silloin, kun oljet hyötykäytetään energiantuotannossa, ovat kasvihuonekaasupäästöjen kannalta parempia kuin fossiiliset liikennepolttoaineet. Muiden ilmapäästöjen osalta ei bio- ja fossiilisilla liikennepolttoaineilla ole suuria eroja.The use of biofuels in transportation is increasing and promoted in many areas with the aims of reducing greenhouse gas emissions in the transport sector, securing the energy supply. However, a number of recent studies have concluded that large-scale production of biofuels may cause significant environmental and social problems. The purpose of the study was to examine potential biofuels and their environmental impacts. In the thesis the basic information about most suitable biofuels, such as second generation biodiesel and biogas, was analysed. Also new uses of glycerol, the byproduct of the first generation biodiesel, were studied. Environmental impacts of the biofuels were examined from different points of view. It is hard to give any simple results about the environmental impacts of biofuels. Based on the thesis the second generation biodiesel, biogas, barley ethanol and rape seed biodiesel are as good or even better than the fossilfuels if their greenhouse gas emissions are considered. Considering other air pollutants there seems to be no big difference between biofuels and fossil fuels

MUOTOILUKONSEPTI OHJAUSPYÖRÄN KÄYTTÖLIITTYMÄKSI: Tapaustutkimus: ajoneuvon hallintalaitteiden integroiminen osaksi ohjauspyörää

Tämän Pro gradu -tutkielman aihe on ajoneuvon ohjauspyörään sijoitettavien hallintalaitteiden käyttöliittymäsuunnittelu ja suunnittelun pohjalta toteutettu ohjauspyörän muotoilukonsepti, joka hyödyntää Injection Molded Structural Electronics -teknologiaa. Tutkimus selvittää, mitä asioita tulee ottaa huomioon ja toteuttaa uutta ohjauspyörän käyttöliittymää suunniteltaessa, jotta suunnittelun kohteesta muodostuu käytettävyydeltään ja hyväksyttävyydeltään toimiva kokonaisuus. Työn tilaajana toimi TactoTek Oy. Tutkimus on laadullista tutkimusta ja kuuluu suunnittelutieteisiin. Tutkimuksen teoreettinen tausta on ajoneuvon ergonomiasuunnittelun tutkimuksissa ja standardeissa sekä käytettävyyden ja käyttäjäkokemuksen tutkimuksissa, joihin myös tutkimuksen aineisto pääasiassa perustui. Tämän lisäksi työssä perehdyttiin painettua elektroniikkaa hyödyntäviin teknologioihin ja niiden ominaisuuksiin. Lisäksi aineistoa kerättiin tutkimuksen aikana käytettävyystestausten avulla. Työn tuloksena syntyi ohjauspyörän muotoilukonsepti, joka esittelee yhden mahdollisen tavan integroida vaihteiden ja suuntavilkkujen hallintalaitteet osaksi ohjauspyörää. Lisäksi saatiin hyödyllistä tietoa painettua elektroniikkaa ja Injection Molded Structural Electronics -teknologiaa hyödyntävien ajoneuvoteollisuuden laitteiden käyttöliittymäsuunnittelun tueksi

Visuaalisten ilmaisujen muoto, muodostustapa ja diegeettisyys japanilaisessa animaatiossa : tapaus Kareshi kanojo no jijõ

Kullakin esittelemistäni jäsentelytavoista on omat erityiset piirteensä, ja niitä tarkastelemalla voidaan analysoida teoksen ilmaisun eri aspekteja ja tapoja, joilla niitä on hyödynnetty välittämään joko erilaisia teoksen sisällön elementtejä tai esteettisiä vaikutelmia. Esittämäni kategoriat ovat sumeita ja monilta osin niiden keinot ja funktiot sulautuvat toisiinsa ja vaikuttavat toisiinsa mitä moninaisimmilla tavoilla, erityisesti niillä tarkoituksellisesti kokeilevissa teoksissa kuten Kare Kano. 6.1 Muoto Ilmaisun muoto käsittää ne tavat, joilla ilmaisujatkumoa on manipuloitu ilmaisun tuottamiseksi: se sisältää merkin omaan olemukseen liittyvät esteettiset piirteet. Kun tutkitaan merkin muotoa, tutkitaan kuinka ilmaisun fyysiseen olemukseen liittyvät piirteet muodostavat vaikutelmia tai merkityksiä. Kare Kanon tyyliä hallitsee geneerinen animeilmaisu, ja suurin osa tyylillisestä vaihtelusta tapahtuu manga- ja animekerronnan enemmän tai vähemmän vakiintuneiden säännönmukaisuuksien puitteissa. Tyylistä havaitaan, että sarja usein pyrkii enemmänkin simuloimaan ja kehittelemään shōjo-mangan ilmaisukeinoja kuin luomaan täysin originaaleja tyyliratkaisuja. Materiaalisuuden puolella nähdään enemmän innovaatiota, ja sarjassa käytettyjen ilmaisujen tuottamiseen on käytetty useita erilaisia kuvan tuottamisen keinoja. Erilaiset materiaaliset efektit ovat usein keskeisessä osassa sarjan ilmeessä; tässä nähtäneen Japanin esteettiseen perinteeseen kuuluva taideteoksen materiaalisten aspektien kunnioitus. Ajoittain Kare Kanossa käytetyt keinot menevät itsetietoisuuden, ironian ja jopa subversiivisuuden puolelle. Sarjan edetessä sille alkaa vakiintua tietynlainen kevyesti koodattu ilmaisujen repertuaari ja konventioita, joiden perusteella eri ilmaisuja tyypillisesti käytetään, mutta keinojen variointi ja yhdistely pitää ilmaisun verrattain tuoreena. Eksplisiittistä materiaalisuutta käytetään rikkomaan diegeettistä illuusiota niin, että katsoja herää tiedostamaan esityksen toteutustavan ja nauttimaan materiaalien omista esteettisistä ominaisuuksista. Parhaimmillaan hienovaraisesti käytettynä tämä kokemus sulautuu saumattomasti ilmaisun varsinaisiin denotaatioihin ja konnotaatioihin, muodostaen niiden kanssa tasapainoisen kokonaisuuden. 6.2 Muodostustapa Kun tutkitaan merkin muodostustapaa, tutkitaan keinoja, joilla ilmaisu on korreloitu sisältöön, tapoja, joilla näitä eri keinoja on käytetty eri tilanteissa sekä niiden vahvuuksia ja heikkouksia viestittäessä eri tyyppisiä sisältöjä. Keskeisin akseli on esittävyyden ja ei-esittävyyden vaihtelu, jota Econ typologia laajentaa ja hienovaraistaa. Difficilis-merkkien tyypillisin käyttötarkoitus on viestiä diegeettisiä asioita: hahmojen toimintaa ja reaktioita sekä miljöön fyysisiä ja jossain määrin myös affektiivisia ominaisuuksia. Facilis-ilmaisuilla puolestaan viestitään tyypillisesti abstrakteja ja symbolisia asioita. Esittävyys korreloi osittain muodon kanssa niin, että vahvan materiaalisuuden tai hyvin ekspressiivisen tyylin koetaan heikentävän esittävyyttä. Kare Kanossa käytetään hyvin laajaa skaalaa erilaisia esittämisen keinoja, mikä vaatii katsojaa vaihtelemaan ja uudelleenarvioimaan tulkinnallisia strategioitaan. Yleisesti ottaen sarjassa nähdään kuitenkin taipumus suosia konventionaalisia (facilis-) ilmaisuja tai toisaalta esittävyyden ja konventionaalisuuden raja-aluetta. Yksittäiset kuvat tai tyylittelykeinot ammennetaan usein lähes suoraan geneeristen manga- ja animeilmaisujen varastosta. Kare Kanossa innovaatio toteutuu paljolti ilmaisujen rinnastuksessa, syntagmaattisella tasolla. Kare Kanon esittäminen siis lähestyy kielellistä tapaa tuottaa merkityksiä valmiiden ilmaisujen rinnastuksista enemmänkin kuin esittävää tapaa, jossa ilmaisut tulkitaan havainnon prosessien kautta. Jotkin konventionalisoituneimmat merkit voivat jopa muodostaa toisten ilmaisujen kanssa piktogrammien kaltaisia “yhdistelmämerkkejä”. Tässä kenties nähdään Japanin kirjoitusjärjestelmän vaikutus manga- ja animeilmaisuun. Kare Kanossa käytetään myös paljon keinoja, jotka pyrkivät rikkomaan esittävyyden ja ei-esittävyyden rajapintaa ja tuomaan esittävät ilmaisut konventioiden alaisuuteen, vapaasta kehittelystä säännönmukaisuuksien alle, havainnon simuloinnista kulttuurisesti määritettyjen skeemojen alle. Tämä toteutuu tyylittelyn avulla niin, että johonkin esittävään ilmaisuun yhdistetään abstrakti sisältö, ja toiston tai muun säännönmukaisuuden kautta luodaan niiden välille alustava konventio. 6.3. Diegeettisyys IIlmaisun diegeettisyys määrittää sen suhdetta kerrontaan: tukeutuuko se todellisen maailman tulkintaa ja jäsentelyä myötäileviin prosesseihin vai abstraktimpiin ilmaisukeinoihin, tai onko se jopa kokonaan juonen ulkopuolinen, kerrontaa kontekstoiva ja jäsentävä elementti; näin tarkasteltuna diegeettinen ilmaisu on esittämistä ja semidiegeettinen kertomista. Ekstradiegeettisyys puolestaan muistuttaa kerronnan vastinetta muodolle sikäli, että se kuvaa ilmaisun niitä elementtejä, jotka eivät sisälly sen denotatiiviseen sisältöön, mutta ovat välttämättömiä joidenkin narratiivisen rakenteiden muodostumiselle. Koska diegeettiset merkit (jo määritelmällisestikin) esittävät tarinan maailman konkreettisia asioita, on selvää, että juonen tapahtumien edistäminen tapahtuu enimmäkseen niiden kautta: ne esittävät hahmoja, tapahtumia ja miljöötä. Semidiegeettiset ilmaisut puolestaan viittaavat narratiiviseen sisältöönsä epäsuorasti ja viestivät juoneen liittyviä abstrakteja asioita, kuten hahmojen psykologiaan tai subjektiuteen liittyviä asioita tai muita sellaisia sisältöjä, joiden esittävä toistaminen valitulla medialla olisi vaikeaa tai mahdotonta. Epäsuoruus tekee merkeistä moniselitteisempiä, mikä “virittää” ne toimimaan erilaisilla metaforisilla ja symbolisilla tavoilla. Ekstradiegeettiset ilmaisut taas toimivat puhtaasti kerrontaa kehystävinä ja jäsentävinä elementteinä. Kare Kanon kerronnalle on tyypillistä nimenomaan semidiegeettisten ilmaisujen suuri määrä. Sarja on romanttinen komedia, joten tunteiden ja ihmissuhteiden tapaiset abstraktit asiat ovat siinä hyvin keskeisiä, eikä sarjaa tehtäessä ilmeisestikään ole haluttu rajoittaa kerronnan mahdollisuuksia niihin elementteihin, joilla olisi fyysinen vastine tosimaailmassa. Sarjan ekstradiegeettinen kehystys tukee sen kokeellista linjaa sisältämällä itse joitain epäkonventionaalisia esitystapoja. This study concerns the different ways that meaning can be formulated in visual signs and texts in animation, particularily in Japanese animation (anime). I examine three basic aspects of signs: 1. the stylistic and material qualities of the sign expressions themselves, regardless of the possible denotative contents assigned to them (form) ; 2. the relationship between the expression and the content of a sign, particularily the axis of representationality as seen through the typology of sign formation by Umberto Eco in his Theory of Semiotics (formulation) and 3. the relationship between a sign and the narrative context within which it is placed, or its ’diegetic’ status as the concept is used in theories of cinematic narration (diegeticity). I study the ways that these aspects participate in the formation of meaning or affect the interpretation of the perceived content of the signs. I apply this theoretical framework to the Japanese animation series His and Her Circumstances (Kareshi kanojo no jijō, abbreviated as ’Kare Kano’ ), which is known for its extravagant narrative style and frequent use of expressive devices borrowed from japanese comics (manga). This study demonstrates that the different qualities of the expressions are used to communicate either aspects of the plot (such as actions or events, qualities of the characters or the concrete or abstract aspects of the milieu) or function as syntactic or narrative devices. The usage of these qualities can be shown to refl ect aspects of Japanese culture; particularily artistic traditions and some social concepts. Form in Kare Kano reflects on the other hand the strongly conventional styles of anime and manga or, when the material qualities of the expressions are emphasized, the subjectivity of the presented images. In formulation, representational images generally present concrete aspects of the plot, such as characters, actions and milieu. Nonrepresentational images are often used to communicate abstractions like the characters’ emotional or psychological states. A range of stylizations are used to communicate social and psychological phenomena, including some that are specific to the Japanese culture, such as the division between the public face (taemae) and the private feelings (honne). Many of the nonrepresentative signs have their origin in the symbolic vocabulary of manga. The progress of the plot is upheld through diegetic imagery, with extradiegetic expressions performing mostly syntactic functions. It was interesting to note the wide range of expressions that challenge this division by referring to diegetic elements of the story with signs that are themselves unquestionably nondiegetic: I have called this category of signs ’semidiegetic’. Their relationship with the narration can be formulated in several different ways that suggest subtly different interpretations of the signs. Overall, they compose of a rich array of symbolic and metaphoric narrative devices

Single Cell Trapping by Superhydrophobic/Superhydrophilic Microarrays

Single cell trapping is demonstrated on superhydrophobic-superhydrophilic patterned microarrays. Superhydrophilic spots that are twice the size of the cells to be trapped are found to be optimal for obtaining single cell trapping. The single cell trapping is based on size exclusivity instead of heavy dilution of the cell suspension and relying on Poisson statistics. The superhydrophobic areas of the array are found to be very resistant toward unwanted adhesion of the cells and thus cleaning steps are not needed after deposition. Based on these properties, 20 mu m superhydrophilic spots are utilized for trapping two types of immune cells, primary peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and THP-1 cells. The cells are trapped from a 10 mu l cell suspension droplet dragged across the surface with different velocities. Single cell trapping efficiencies in the range of 10-30% are shown based on the cell type, the spot type, the seeding velocity and the cell suspension concentration.Peer reviewe