Bilateralism, Independence and Coordination

Bilateralism is a theory of meaning according to which assertion and denial are independent speech acts. Bilateralism also proposes two coordination principles for assertion and denial. I argue that if assertion and denial are independent speech acts, they cannot be coordinated by the bilateralist principles

Coupling metabolic footprinting and flux balance analysis to predict how single gene knockouts perturb microbial metabolism

Tese de mestrado. Biologia (Bioinformática e Biologia Computacional). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2012The model organisms Caenorhabditis elegans and E. coli form one of the simplest gut microbe host interaction models. Interventions in the microbe that increase the host longevity including inhibition of folate synthesis have been reported previously. To find novel single gene knockouts with an effect on lifespan, a screen of the Keio collection of E. coli was undertaken, and some of the genes found are directly involved in metabolism. The next step in those specific cases is to understand how these mutations perturb metabolism systematically, so that hypotheses can be generated. For that, I employed dynamic Flux Balance Analysis (dFBA), a constraint-based modeling technique capable of simulating the dynamics of metabolism in a batch culture and making predictions about changes in intracellular flux distribution. Since the specificities of the C. elegans lifespan experiments demand us to culture microbes in conditions differing from most of the published literature on E. coli physiology, novel data must be acquired to characterize and make dFBA simulations as realistic as possible. To do this exchange fluxes were measured using quantitative H NMR Time-Resolved Metabolic Footprinting. Furthermore, I also investigate the combination of TReF and dFBA as a tool in microbial metabolism studies. These approaches were tested by comparing wild type E. coli with one of the knockout strains found, ΔmetL, a knockout of the metL gene which encodes a byfunctional enzyme involved in aspartate and threonine metabolism. I found that the strain exhibits a slower growth rate than the wild type. Model simulation results revealed that reduced homoserine and methionine synthesis, as well as impaired sulfur and folate metabolism are the main effects of this knockout and the reasons for the growth deficiency. These results indicate that there are common mechanisms of the lifespan extension between ΔmetL and inhibition of folate biosynthesis and that the flux balance analysis/metabolic footprinting approach can help us understand the nature of these mechanisms.Os organismos modelo Caenorhabditis elegans e E. coli formam um dos modelos mais simples de interacções entre micróbio do tracto digestivo e hospedeiro. Intervenções no micróbio capazes de aumentar a longevidade do hospedeiro, incluindo inibição de síntese de folatos, foram reportadas previamente. Para encontrar novas delecções génicas do micróbio capazes de aumentar a longevidade do hospedeiro, a colecção Keio de deleções génicas de E. coli foi rastreada. Alguns dos genes encontrados participam em processos metabólicos, e nesses casos, o próximpo passo é perceber como as deleções perturbam o metabolismo sistémicamente, para gerar hipóteses. Para isso, utilizo dynamic Flux Balance Analysis (dFBA), uma técnica de modelação metabólica capaz de fazer previsões sobre alterações na distribuição intracelular de fluxos. As especificidades das experiências de tempo de vida em C.elegans obrigam-nos a trabalhar em condições diferentes das usadas na maioria da literatura publicada em fisiologia de E. coli, e para dar o máximo realismo às simulações de dFBA novos dados foram adquiridos, utilizando H NMR Time-Resolved Metabolic Footprinting para medir fluxos de troca de metabolitos entre microorganismo e meio de cultura. A combinação de TReF e dFBA como ferramenta de estudo do metabolism microbiano é também investigada. Estas abordagens foram testadas ao comparar E. coli wild-type com uma das estirpes encontradas no rastreio, ΔmetL, knockout do gene metL, que codifica um enzima bifunctional participante no metabolismo de aspartato e treonina, e que exibe uma taxa de crescimento reduzida comparativamente ao wild-type. Os resultados das simulações revelaram que os principais efeitos da deleção deste gene, e as razões para a menor taxa de crescimento observada, são a produção reduzida de homoserina e metionina e os efeitos que provoca no metabolismo de folatos e enxofre. Estes resultados indicam que há mecanismos comuns na extensão da longevidade causada por esta deleção e inibição de síntese de folatos, e que a combinação metabolic footprinting/flux balance analysis pode ajudar-nos a compreender a natureza desses mecanismos

Abstracta

A noção de objecto abstracto desempenha um papel central em diferentes debates filosóficos contemporâneos, da metafísica à estética, passando pela filosofia da linguagem. A sua origem está contudo relacionada com a filosofia da matemática e em particular, com o trabalho de Frege nos fundamentos da aritmética. O nosso primeiro objectivo será assim o de explicar o contributo desta noção para o entendimento Fregeano da realidade matemática. Veremos também que, em virtude de certas dificuldades inerentes ao projeto Fregeano, a dada altura a natureza do universo matemático passou a ser entendida nos termos da chamada teoria dos conjuntos. Com este material à nossa disposição, podemos então discutir o papel desempenhado pela noção de objecto abstracto em certos debates filosóficos contemporâneos. Em particular, procuraremos ilustrar o interesse actual da noção, discutindo a distinção abstracto/concreto

Influência do caudal de ventilação no desempenho económico de um sistema AVAC de um edifício administrativo

Este estudo pretende analisar a influência do caudal de ar novo insuflado num edifício administrativo no desempenho energético do seu sistema AVAC. O RSECE determina os caudais mínimos de AN para renovação do ar interior e qualidade do ar aceitável em espaços em que não haja fontes atípicas de poluentes e sem fumadores. Existe uma tendência para se projectar sistemas AVAC insuflando o caudal mínimo de AN, para assim se poupar no consumo de energia. No entanto, em determinadas situações, com esse procedimento está-se a fazer precisamente o contrário. Nessas situações não se está a aproveitar a oportunidade de aumentar a QAI e, simultaneamente, reduzir o consumo de energia. Neste estudo calculou-se o consumo energético do sistema AVAC do edifício, inicialmente insuflando o caudal mínimo de AN, e depois repetiu-se o cálculo várias vezes aumentando esse mesmo caudal progressivamente. Este cálculo foi feito para dois tipos de sistemas de ar, CAV e VAV, e para três localizações diferentes do mesmo edifício. Foi também estudada a possibilidade do sistema funcionar em regime de “free cooling”, e também foram feitos cálculos para diferentes temperaturas de insuflação em situação de arrefecimento. Concluiu-se que, para as localizações do edifício em que este apresenta necessidades de arrefecimento anuais superiores às de aquecimento, o caudal de AN responsável pelo menor consumo energético do seu sistema AVAC é superior ao mínimo imposto pelo RSECE. Observou-se também que, quando se insufla no edifício o caudal mínimo de AN e o sistema está preparado para funcionar em regime de “free cooling”, conseguem-se poupanças no consumo energético anual do sistema bastante relevantes, independentemente do balanço entre as necessidades de aquecimento e arrefecimento anuais que o edifício apresenta. Em relação aos dois sistemas de ar estudados concluiu-se que, em qualquer das situações estudadas, o sistema VAV apresenta consumos energéticos inferiores

10-year Portuguese football strategic plan: sustainable growth

This analysis serves as a complement to the 10-year Portuguese Football Strategic Plan conducted jointly with Federação Portuguesa de Futebol and Deloitte. After measuring the impact of fan engagement, women’s football, academic football, broadcasting rights, and international exposure, this report was directed towards the emerging rise of the gaming and eSports industry. This analysis aims to understand what has already been implemented across different sports concerning technology and how Portuguese football can incorporate different innovations. The goal is to increase both the number of fans and their experience when consuming football in Portugal

Gallo Worldwide: sustainability of competitive position in Brazil

Case StudyThis project presents a case study of the competitive situation of Gallo Worldwide in Brazil. The Brazilian market for olive oil is experiencing an exponential growth. The awareness of olive oil has been growing among consumers. Gallo Worldwide has already taken advantage of these opportunities and developed a solid competitive position in the Brazilian market. In fact, Gallo Worldwide is currently the leading player in the olive oil Brazilian market. However, the market and the structure of the industry may change and in the future affect Gallo’s competitive situation. Thus, what should Gallo do to sustain its competitive advantage? In this work project the value creating potential of Gallo in Brazil and the sustainability of its competitive situation will be analyzed. These issues are addressed by first presenting a case study and then a case analysis. Since the intention is to examine the real situation of a company, it is believed that a case study would be the most appropriate research method. The case study focuses not only on the attractiveness of the Brazilian market but also on the evaluation of the competitive advantage or disadvantage of Gallo. The case discussion introduces the relevant conceptual frameworks and applies them to the analysis of the case. Our analysis confirms that Gallo has a competitive advantage in Brazil. Furthermore, this advantage may be sustainable or not depending on Gallo’s ability to deal with eventual industry structural changes, which may flip Gallo’s resources and hence its competitive advantage

Synchronization of a binary mixture of coupled Brownian oscillators

Tese de mestrado em Física (Física Estatística e Matéria Condensada), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020Fenómenos de sincronização estão presentes em muitos sistemas naturais e artificiais, e são o fenómeno chave no estudo de alguns destes sistemas. E possível observar fenómenos de sincronização em ecologia, por exemplo nas oscilações de presa e predador; na etologia com a sincronização de coros de sapos e do piscar de pirilampos; na fisiologia, na sincronização de ritmos biológicos, como o ciclo circadiano e alguns ciclos hormonais; na matéria condensada, na sincronização de osciladores de spin Hall; e em tantos outros sistemas. A compreensão de fenómenos de sincronização, e o estudo de modelos de sincronização são, portanto, campos bastante ativos atualmente. Estabelecemos um modelo de trabalho para estudar o fenómeno de sincronização. Primeiro estudamos o modelo de Kuramoto, um modelo usado para estudar sincronização desde 1975. Este modelo consiste num sistema de equações diferencias, não lineares e autónomas, que regem a evolução da fase de cada oscilador que modelam. Kuramoto introduziu alguns resultados analíticos sobre o modelo e desde então ele tem sido cada vez mais usado e novas técnicas foram desenvolvidas. A outra base do nosso modelo de trabalho são as partículas brownianas, ou seja, partículas que por estarem imersas num fluído têm um movimento aleatório dentro dele. O estudo das partículas Brownianas também já tem muita história existindo uma grande quantidade de resultados teóricos e experimentais sobre elas. Usamos alguns dos resultados teóricos mais conhecidos para validarmos o código que usamos para este trabalho. Neste trabalho utilizamos o LAMMPS, uma biblioteca em C++ para desenvolver algoritmos de dinâmica molecular e modelos coarse-grained. e tivemos que implementar de raiz a interação de Kuramoto para as nossas partículas. Esta biblioteca permite realizar simulações moleculares em paralelo e o nosso código passou em todos os testes teoricos. O nosso objectivo era estudar como se dava a sincronização de uma mistura de osciladores, que interagiam com os seus vizinhos e que se deslocavam no espaço como partículas Brownianas. Assim, modificamos o modelo de Kuramoto para aplicá-lo a uma mistura binária de partículas Brownianas. A interação de sincronização dessa mistura binária pode ser modelada de várias maneiras e estudamos dois modelos diferentes. No Modelo I, dividimos os osciladores em dois grupos onde partículas semelhantes tinham uma constante de acoplamento positiva, o que leva a que a fase desses osciladores evolua para que fiquem com uma diferença de fase de 0. Se os osciladores fossem de dois tipos diferentes as partículas tinham uma constante de acoplamento negativa, o que conduz a uma diferença de fase de π. Chamamos a este modelo o modelo de osciladores repulsivos visto que os osciladores de tipos diferentes tendem a ficar com a fase desfasada por π. Estávamos interessados em controlar a sincronização e em saber se era possível acelerá-la, retardá-la ou até mesmo impedi-la. Para isso estudamos neste modelo o papel de diferentes constantes de acoplamento, de diferentes percentagens para a mistura de osciladores, de diferentes densidades do sistema de osciladores, e verificamos que apesar de ser impossível impedi-la é possível acelerá-la e retardá-la. O Modelo II consiste numa mistura de osciladores onde um tipo de oscilador possui uma constante de acoplamento negativa em todas as suas interações, sendo estes denominados osciladores “contrariados”, ˜ e o outro tipo possui acoplamento positivo com osciladores semelhantes e acoplamento negativo com o outro tipo. Com este modelo foi possível impedir a sincronização de partículas e estudamos o efeito da quantidade de osciladores contrariados e também o papel da constante de acoplamento negativo. Este resultado é interessante devido às possíveis aplicações em situações onde a sincronização é um fenómeno indesejado, como a sincronização do disparo dos neurónios num paciente com epilepsia ou Parkinson. Estendemos ainda ambas as modificações ao modelo de Kuramoto para partículas brownianas ativas, de forma semelhante ao modelo contínuo de Vicsek, para conectar este modelo a alguns fenómenos que podem ser observados na natureza. O modelo de Vicsek foi extensamente usado na caracterização de fenómenos de deslocação colectivos. Com ele é possível explicar e prever as trajetórias observadas nos voos de conjuntos de pássaros ou no deslocamento de cardumes. O uso do modelo de Kuramoto como interação entre as partículas ativas permitiu observar alguns dos fenómenos previstos por Vicsek, como os engarrafamentos, onde as colisões das partículas geram aglomerados, e permitiu nos colocar questões sobre possíveis trabalhos próximos. Foi possível observar que a velocidade de propulsão das partículas contribui para o processo de sincronização, confirmando a importância da capacidade de mistura entre os osciladores para que a sincronização se processe mais rápido.Synchronization phenomena have been studied for a long time and are present in many natural and artificial systems. They are the key phenomena in areas like biology, neurosciences and condensed matter physics. In our work we try to understand the synchronization behaviour of a binary mixture of moving oscillators. We established a working framework to model synchronization phenomena, implementing the Kuramoto model and with this framework we confirmed some of the theoretical results of this theory. We used a computational library to perform Langevin dynamics and then modified the Kuramoto model to apply it to a binary mixture of Brownian particles. The synchronization interaction of this binary mixture can be modeled in numerous ways, thus we studied two different models. In Model I we split our oscillators into two groups where similar particles had a positive coupling constant, which lead them to phase lock with phase difference 0, and two different particles had a negative coupling constant, which lead them to phase lock with a phase difference of π. Model II consists of a mixture of oscillators where one type of oscillators has a negative coupling constant in all its interactions, these being called contrarian oscillators, and the other type has a positive coupling with similar oscillators and a negative coupling with the other type. We also applied model I to active Brownian particles, in a similar way to the continuous Vicsek model, to connect this model to some phenomena that can be observed in nature. We explored a broad range of parameters for these models. We looked at different splits of the mixture, from 5% to 95%, at different coupling constant ranges, but we considered that all oscillators have the same internal phase frequency and that the range of interaction is constant. Model I enhances synchronization for particles of both groups, allowing control over the synchronization behaviour by changing the interaction strength and the mixture split percentage. Model II can enhance synchronization for the contrarians, which would not synchronize if they were left alone, and can suppress synchronization for both oscillator groups if their interaction is strong enough. The ability for the oscillators to move and exchange neighbours increases the synchronization speed, as was observed when active Brownian particles were used