Knowledge Organization Research in the last two decades: 1988-2008

We apply an automatic topic mapping system to records of publications in knowledge organization published between 1988-2008. The data was collected from journals publishing articles in the KO field from Web of Science database (WoS). The results showed that while topics in the first decade (1988-1997) were more traditional, the second decade (1998-2008) was marked by a more technological orientation and by the appearance of more specialized topics driven by the pervasiveness of the Web environment

Measuring Conduct and Cost Parameters in the Spanish Air Transport Market

This paper estimates a model of airline competition for the Spanish air transport market. I test the explanatory power of alternative oligopoly models with capacity constraints. In addition, I analyse the degree of density economies. Results show that Spanish airlines conduct follows a price-leadership scheme so that it is less competitive than the Cournot solution. I also find evidence that thin routes can be considered as natural monopolies.multiple equation models, air transportation, oligopoly

E.S.O. en femenino. Material didáctico para la igualdad en ciencias sociales. Tercer curso E.S.O.

La presente comunicación es el resultado de la preocupación por la ausencia de referencias femeninas en los libros de texto que se estudian en la Educación Secundaria de la Comunidad Valenciana, la Geografía no es ajena a esta situación y el planteamiento de las cuestiones de género quedan aparcadas, dando una visión limitada de la realidad de las relaciones de hombres y mujeres con el entorno. El trabajo que presento es para reivindicar la presencia de las mujeres, de sus logros y de su participación en el contexto de la sociedad actual. En particular, en el tercer curso de la Educación Secundaria Obligatoria, dado el carácter de la materia impartida donde la Geografía Humana tiene un peso específico importante, lo que a su vez permite desarrollar los temas desde una perspectiva de género. La idea de la creación de este material ha surgido en el seno de un grupo de trabajo de la Universidad de Alicante y se está confeccionando siguiendo unas normas de diseño que contemplan la sencillez y la practicidad de aplicación de cuestiones de género mediante unas fichas donde se incluyen actividades muy fáciles de desarrollar. Estas actividades complementan los contenidos de los libros de texto, se trata por lo tanto de implicar al profesorado en la coeducación en el aula, la educación en valores y el trabajo comunitario para despertar en el alumnado la participación activa y el espíritu crítico ante su propio desarrollo intelectual y en definitiva, también personal. Son actividades que ya se han practicado en las aulas y que ha obtenido buenos resultados, por lo que es indudable que hay que continuar trabajando por la coeducación

Estudio molecular, celular y anatomopatológico de los tumores de la cavidad oral

Oral cavity squamous cell carcinoma (OSCC) continues to be an aggressive disease and a global challenge with a 5-year survival rate of 60%. Depending on the risk factors, surgery and adjuvant radiotherapy +/- chemotherapy continue to be the main treatment modality for local or advanced disease. Therefore, new diagnostic, prognostic biomarkers and therapeutic targets for oral cavity cancer are urgently needed. It is important to point out that it has been confirmed that there is a neuroendocrine differentiation component in some tumors that are not classically considered to be of neuroendocrine origin, including squamous cell carcinoma of the lung and esophagus, and more recently in the head and neck region. In this context, somatostatin (SST) is a well-known inhibitory neuropeptide that is produced at different locations throughout the body, both central and systemic. The inhibitory actions of SST are mediated through the so-called SST receptors (SSTs), which are widely distributed in normal and tumor tissues, and regulate, among other activities, cell alteration, differentiation, and angiogenesis in many types of tumors. This property allows the SST regulatory system to be very useful clinically as it is widely used in tumor imaging [SST scintigraphy or octreotide scintigraphy (a synthetic analog of SST that preferentially binds to SST2, the receptor most widely distributed across of the organism)]. Tumor cells usually express more than one SST, with SST2 being the most frequently expressed subtype and, therefore, the most important target of treatment. Consequently, synthetic analogs of SST (SSA) represent an attractive therapeutic target to treat tumor pathologies positive for SSTs, since it has been shown that they are capable of controlling hormonal hypersecretion and tumor growth in some types of tumor pathologies. Our current understanding of the presence of SST in squamous cell carcinoma of the oral cavity is quite scarce, and in some cases controversial. Specifically, previous studies have shown that the relative immunohistochemical expression of some SST subtypes is altered in malignant lesions in the larynx compared to healthy tissue, as well as in tumor samples from the head and neck area compared to normal samples from the larynx. oropharyngeal mucosa (obtained during uvulopalatopharyngoplasty) from other patients. However, to date, no molecular analysis has been performed to quantitatively analyze, in parallel, the expression levels (copy numbers) of all subtypes of SSTs in oral carcinoma samples compared to healthy tissue (control; within same patient) by quantitative PCR. To date, the direct effects of different SSAs on cultures of primary human oral cavity carcinoma cells have also not been studied. Therefore, based on the information mentioned above, we believe that it would be necessary to interrogate the expression patterns of SST receptors and their association with clinical, pathological and survival data of oral cavity cancer. Likewise, the molecular machinery of splicing has been shown to play a fundamental role in controlling cellular functions, and in regulating gene expression levels and tissue specificity. Furthermore, the production of splicing machinery has recently emerged as an important feature of cancer, with great potential to serve as a diagnostic, prognostic, or therapeutic tool. Thus, it has been proven that a slight alteration in some of the components of the machinery (known as a spliceosome) can significantly affect the expression pattern of many key genes and the appearance of oncogenic splicing variants. Specifically, deregulation of splicing factors that make up the spliceosome leads to dysregulation of the splicing process and aberrant appearance of variants that can promote cancer initiation and affect cancer cell phenotype, including wasting, apoptosis, invasion and metastasis of many types of cancer. In recent years, several studies have focused on the analysis and impact of some splicing factors in head and neck cancer. Their results are highly variable, even contradictory in terms of the expression pattern of some splicing factors in tumor tissues compared to healthy tissue. Some of these splicing factors have an impact on antineoplastic treatments by modulating apoptosis and allowing cancer cells to be sensitized to therapeutic treatments. These factors can act as survival factors that decrease druginduced apoptosis or, on the contrary, enhance the pro-apoptotic effects of chemotherapy drugs. For all these reasons, it is necessary to carry out a study that focuses on studying the alteration of the splicing machinery in oral cavity cancer, since this could help identify new biomarkers and molecular targets that help to better understand the behavior of these tumors and to development of new therapeutic strategies. Taken all this information together, the INITIAL HYPOTHESIS of this PhD Thesis was that the dysregulation of the SST and splicing machinery systems could directly influence OSCC, and consequently, that their levels of expression in tumor tissues could provide useful information to improve diagnosis and/or prognosis of these tumors, and to identify novel therapeutic sources to treat patients with these devastating pathologies. Based on this hypothesis, the GENERAL AIM of this Doctoral Thesis was to explore the presence, potential dysregulation, and/or functional role of components of two key cellular systems involved in critical regulatory processes [i.e., somatostatin receptors (SSTs), and by the splicing machinery (spliceosome components and splicing factors)] that could be associated with the development, progression, and aggressiveness of OSCC, with the ultimate goal of discovering novel biomarkers and therapeutic tools to improve the diagnosis, prognosis, treatment and, therefore, the management of the patients with these tumors. To achieve this main aim, we have carried out different specific objectives such as: 1) to quantitatively analyze the expression profile of SSTs in a representative battery of clinically wellcharacterized OSCC tissues in comparison with adjacent healthy tissues obtained within the same patient; 2) to assess the putative in vivo association between the expression of all SSTs in the tumor of patients with OSCC and relevant clinical and histopathological data parameters; 3) to explore and compare, side-by-side, the direct antitumor effects of different SSAs (octreotide, lanreotide, and pasireotide) in primary OSCC human cell cultures; 4) to characterize the expression pattern of key splicing-related elements (spliceosome components and splicing factors) in a representative battery of clinically well-characterized OSCC tissues in comparison with adjacent healthy tissues obtained within the same patient; 5) to assess the putative in vivo association between the expression pattern of key splicing-related elements (spliceosome components and splicing factors) in the tumor of patients with OSCC and relevant clinical and histopathological data parameters; and, 6) to assess the therapeutic potential of a splicing machinery inhibitor (pladienolide B) in primary OSCC human cell cultures.El carcinoma de células escamosas de cavidad oral continúa siendo una enfermedad agresiva y un desafío mundial con una tasa de supervivencia a los 5 años del 60%. Dependiendo de los factores de riesgo, la cirugía y la radioterapia adyuvante +/- quimioterapia siguen siendo la principal modalidad de tratamiento para la enfermedad local o avanzada. Por lo tanto, se necesitan con urgencia nuevos biomarcadores de diagnóstico, pronostico y dianas terapéuticas para el cáncer de cavidad oral. Es importante señalar que se ha comprobado que existe un componente de diferenciación neuroendocrina en algunos tumores que no se consideran clásicamente de origen neuroendocrino, incluido el carcinoma de células escamosas de pulmón y esófago, y más recientemente en la región de cabeza y cuello. En este contexto, la somatostatina (SST) es un neuropéptido inhibidor bien conocido que se produce en diferentes localizaciones a través del organismo, tanto centrales como sistémicas. Las acciones inhibitorias de SST están mediadas a través de los llamados receptores de SST (SSTs), que están ampliamente distribuidos en tejidos normales y tumorales, y regulan, entre otras actividades, la proliferación celular, la diferenciación y la angiogénesis en muchos tipos de tumores. Esta propiedad permite al sistema regulador de la SST ser muy útil clínicamente ya que es ampliamente utilizado en la obtención de imágenes tumorales [gammagrafía SST o gammagrafía con octreótido (un análogo sintético de SST que se une preferentemente al SST2, receptor más ampliamente distribuido a través del organismo)]. Las células tumorales suelen expresar típicamente más de un SSTs, siendo el SST2 el subtipo expresado con mayor frecuencia y, por tanto, el objetivo más importante del tratamiento. En consecuencia, los análogos sintéticos de SST (SSA), representan un objetivo terapéutico atractivo para tratar patologías tumorales positivas para SSTs ya que se ha demostrado que son capaces de controlar la hipersecreción hormonal y el crecimiento tumoral en algunos tipos de patologías tumorales. Nuestra comprensión actual de la presencia de SST en carcinoma de células escamosas de cavidad oral es bastante escasa, y en algunos casos controvertida. Concretamente, estudios previos han demostrado que la expresión inmunohistoquímica relativa de algunos subtipos de SSTs esta alterada en lesiones malignas en la laringe en comparación con tejido sano, así como en muestras tumorales del área de la cabeza y el cuello en comparación con muestras normales de mucosa orofaríngea (obtenidas durante la uvulopalatofaringoplastia) de otros pacientes. Sin embargo, hasta la fecha, no se han realizado análisis moleculares para analizar cuantitativamente, en paralelo, los niveles de expresión (número de copias) de todos los subtipos de SSTs en muestras de carcinoma oral en comparación con tejido sano (control; dentro de mismo paciente) mediante PCR cuantitativa. Hasta la fecha, tampoco se han estudiado los efectos directos de diferentes SSA en cultivos de células humanas primarias de carcinoma de cavidad oral. Por lo tanto, en base a la información mencionada anteriormente, consideramos que sería necesario interrogar los patrones de expresión de los receptores de la SST y su asociación con los datos clínicos, anatomopatológicos y de supervivencia del cáncer de cavidad oral. Asimismo, la maquinaria molecular de splicing se ha comprobado que juega un papel fundamental para controlar las funciones celulares, y para regular los niveles de expresión génica y la especificidad tisular. Es más, la alteración de la maquinaria de splicing ha surgido recientemente como una característica importante del cáncer, con un gran potencial para servir como herramienta diagnostica, pronostica o terapéutica. Así, se ha comprobado que una ligera alteración en algunos de los componentes de la maquinaria (conocida como spliceosoma) puede afectar significativamente el patrón de expresión de multitud de genes claves y a la aparición de variantes de splicing oncogénicas. Concretamente, la desregulación de los factores de splicing que componen el spliceosoma lleva a una mala regulación del proceso de splicing y a la aparición aberrante de variantes que puede promover la iniciación del cáncer y afectar el fenotipo de las células cancerosas, incluida la proliferación, la apoptosis, la invasión y la metástasis de muchos tipos de cáncer. En los últimos anos, varios estudios se han centrado en el análisis y el impacto de algunos factores de splicing en el cáncer de cabeza y cuello. Sus resultados son muy variables, incluso contradictorios en cuanto al patrón de expresión de algunos factores de splicing en tejidos tumorales en comparación con tejido sano. Algunos de estos factores de splicing tienen un impacto en los tratamientos antineoplásicos al modular la apoptosis y permitir la sensibilización de las células cancerosas a los tratamientos terapéuticos. Estos factores pueden actuar como factores de supervivencia que disminuyen la apoptosis inducida por fármacos o, por el contrario, potencian los efectos pro-apoptoticos de los medicamentos quimioterapéuticos. Por todo ello, es necesario realizar un estudio que se centre en estudiar la alteración de la maquinaria del splicing en cáncer de cavidad oral ya que esto podría ayudar a identificar nuevos biomarcadores y dianas moleculares que ayuden a comprender mejor el comportamiento de estos tumores y al desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas. Teniendo en cuenta toda esta información, la HIPÓTESIS INICIAL de esta Tesis Doctoral es que la desregulación de los sistemas moleculares de la SST y de la maquinaria del splicing podría influir directamente la patofisiología de los tumores de cavidad oral y, en consecuencia, que sus niveles de expresión en los tejidos tumorales podrían proporcionar información útil para mejorar el diagnóstico y/o pronóstico de estos tumores, e identificar nuevas dianas terapéuticas para tratar a los pacientes con estas devastadoras patologías tumorales. En base a esta hipótesis, el OBJETIVO GENERAL de esta Tesis Doctoral ha sido explorar la presencia, la posible desregulación y/o el papel funcional de algunos de los componentes de estos dos sistemas celulares clave involucrados en procesos críticos de la regulación celular [los receptores de somatostatina (SST), y por la maquinaria de splicing (componentes de spliceosoma y factores de splicing)] y que podrían estar asociados con el desarrollo, progresión y agresividad de los tumores de cavidad oral, con el objetivo final de descubrir nuevos biomarcadores y herramientas terapéuticas para mejorar el diagnostico, pronostico, tratamiento y, por tanto, el manejo de los pacientes con estos tumores. Para lograr este objetivo principal, hemos llevado a cabo diferentes objetivos específicos, tales como: 1) analizar cuantitativamente el perfil de expresión de los SSTs en una batería representativa de pacientes con carcinoma escamoso de cavidad oral clínicamente bien caracterizados en comparación con tejidos sanos adyacentes obtenidos dentro del mismo paciente; 2) evaluar la asociación in vivo entre la expresión de todos los SSTs en carcinoma de cavidad oral con parámetros de datos clínicos e histopatológicos relevantes; 3) explorar y comparar los efectos antitumorales directos de diferentes SSA (octreótido, lanreótido y pasireótido) en cultivos celulares primarios de carcinoma escamoso de cavidad oral; 4) caracterizar el patrón de expresión de elementos clave relacionados con el splicing (componentes del splicing y factores de splicing) en una batería representativa de pacientes con carcinoma escamoso de cavidad oral clínicamente bien caracterizados en comparación con tejidos sanos adyacentes obtenidos dentro del mismo paciente; 5) evaluar la asociación in vivo entre el patrón de expresión de elementos clave relacionados con el splicing (componentes del splicing y factores de splicing) en carcinoma escamoso de cavidad oral con parámetros de datos clínicos e histopatológicos relevantes; y 6) evaluar el potencial terapéutico de un inhibidor de la maquinaria de splicing (pladienolida B) en cultivos celulares primarios de carcinoma de cavidad oral

The landscape of Information Science: 1996-2008

International audienceWe propose a methodology combining symbolic and numeric information to map the structure of research in Information Science between 1996-2008. The visualization of the resulting maps showed that while the two-camp structure of Information Science observed in previous studies is still valid, other research poles like web and user-oriented studies are building bridges between the two hitherto isolated poles

Combining Language Models with NLP and Interactive Query Expansion.

International audienceFollowing our previous participation in INEX 2008 Ad-hoc track, we continue to address both standard and focused retrieval tasks based on comprehensible language models and interactive query expansion (IQE). Query topics are expanded using an initial set of Multiword Terms (MWTs) selected from top n ranked documents. In this experiment, we extract MWTs from article titles, narrative field and automatically generated summaries. We combined the initial set of MWTs obtained in an IQE process with automatic query expansion (AQE) using language models and smoothing mechanism. We chose as baseline the Indri IR engine based on the language model using Dirichlet smoothing. We also compare the performance of bag of word approaches (TFIDF and BM25) to search strategies elaborated using language model and query expansion (QE). The experiment is carried out on all INEX 2009 Ad-hoc tasks

Text mining without document context

We consider a challenging clustering task: the clustering of muti-word terms without document co-occurrence information in order to form coherent groups of topics. For this task, we developed a methodology taking as input multi-word terms and lexico-syntactic relations between them. Our clustering algorithm, named CPCL is implemented in the TermWatch system. We compared CPCL to other existing clustering algorithms, namely hierarchical and partitioning (k-means, k-medoids). This out-of-context clustering task led us to adapt multi-word term representation for statistical methods and also to refine an existing cluster evaluation metric, the editing distance in order to evaluate the methods. Evaluation was carried out on a list of multi-word terms from the genomic field which comes with a hand built taxonomy. Results showed that while k-means and k-medoids obtained good scores on the editing distance, they were very sensitive to term length. CPCL on the other hand obtained a better cluster homogeneity score and was less sensitive to term length. Also, CPCL showed good adaptability for handling very large and sparse matrices

Price transmission analysis: A flexible methodological approach applied to European hog markets

The study of spatial price relationships contributes to explain markets performance, their degree of integration or isolation, and the speed at which information is transmitted. A great deal of methods have been used to analyze this issue, being the most important: causality tests, impulse- response functions and cointegration. Normally, these techniques have been individually applied. However, a more rich knowledge of the functioning of markets can be extracted when they are jointly applied. In this paper, we try to conjugate these three techniques in a common econometric model. First, Johansen(1988) multivariate cointegration tests are used to determine the number of long-run equilibrium relationships. Cointegration is considered not only as informative about long-run price transmission but also as an essential step in the correct specification of a vector error correction model (VECM) used in the subsequent analysis. Second, Dolado and Lutkepohl(1996) causality tests are used to investigate the lead-lag behaviour among markets. Finally, impulse-response functions are calculated from the VECM estimated in the first stage for evaluating dynamic price linkages. The method exposed is applied to study spatial pork prices relationships among seven countries in the EU from 1988 to 1995. Weekly prices at farm level published by EUROSTAT: "Agricultural Markets" are used.