Bayesian phylogenetic modelling of lateral gene transfers

PhD ThesisPhylogenetic trees represent the evolutionary relationships between a set of species. Inferring these trees from data is particularly challenging sometimes since the transfer of genetic material can occur not only from parents to their o spring but also between organisms via lateral gene transfers (LGTs). Thus, the presence of LGTs means that genes in a genome can each have di erent evolutionary histories, represented by di erent gene trees. A few statistical approaches have been introduced to explore non-vertical evolution through collections of Markov-dependent gene trees. In 2005 Suchard described a Bayesian hierarchical model for joint inference of gene trees and an underlying species tree, where a layer in the model linked gene trees to the species tree via a sequence of unknown lateral gene transfers. In his model LGT was modeled via a random walk in the tree space derived from the subtree prune and regraft (SPR) operator on unrooted trees. However, the use of SPR moves to represent LGT in an unrooted tree is problematic, since the transference of DNA between two organisms implies the contemporaneity of both organisms and therefore it can allow unrealistic LGTs. This thesis describes a related hierarchical Bayesian phylogenetic model for reconstructing phylogenetic trees which imposes a temporal constraint on LGTs, namely that they can only occur between species which exist concurrently. This is achieved by taking into account possible time orderings of divergence events in trees, without explicitly modelling divergence times. An extended version of the SPR operator is introduced as a more adequate mechanism to represent the LGT e ect in a tree. The extended SPR operation respects the time ordering. It additionaly di ers from regular SPR as it maintains a 1-to-1 correspondence between points on the species tree and points on each gene tree. Each point on a gene tree represents the existence of a population containing that gene at some point in time. Hierarchical phylogenetic models were used in the reconstruction of each gene tree from its corresponding gene alignment, enabling the pooling of information across genes. In addition to Suchard's approach, we assume variation in the rate of evolution between di erent sites. The species tree is assumed to be xed. A Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithm was developed to t the model in a Bayesian framework. A novel MCMC proposal mechanism for jointly proposing the gene tree topology and branch lengths, LGT distance and LGT history has been developed as well as a novel graphical tool to represent LGT history, the LGT Biplot. Our model was applied to simulated and experimental datasets. More speci cally we analysed LGT/reassortment presence in the evolution of 2009 Swine-Origin In uenza Type A virus. Future improvements of our model and algorithm should include joint inference of the species tree, improving the computational e ciency of the MCMC algorithm and better consideration of other factors that can cause discordance of gene trees and species trees such as gene loss

The burden of diarrhoeal diseases in the Democratic Republic of Congo : A time-series analysis of the global burden of disease study estimates (1990-2019)

This study was not funded. GMO received a scholarship from Chevening to study towards a Masters in Public Health at the University of Aberdeen.Peer reviewedPublisher PD

An open-source solution

Correia, R., Vieira, J., & Aparicio, M. (2019). Community radio stations sustainability model: An open-source solution. Radio Journal, 17(1), 29-45. https://doi.org/10.1386/rjao.17.1.29_1Community radio stations are important social-inclusion structures, empowering communities through media access and production, reinforcing their ties with the wider civil society. The free and open-source software movement has been established since the 1980s, founded on the freedom to use, to study, to share and to improve a software’s source code. It focuses on sharing knowledge, enabling action within a community towards a common goal. With millions of projects and market dominance in specific areas of IT, open source is one of the most successful community movements of our time. In this article, we argue that theoretical frameworks and other insights drawn from the open-source movement can be valuable tools for understanding and critically analysing the designated community radio sphere in terms of technology, content creation and community management to provide a sustainable broadcast practice, expanding already-existing inclusive environments and potentiating empowerment through participation.publishe

Analysing N-of-1 observational data in health psychology and behavioural medicine : A 10-step SPSS tutorial for beginners

The SPSS dataset and syntax are available within the supplementary materials.Peer reviewedPublisher PD

Recruitment and Pay at the Establishment Level: Gender Segregation and the Wage Gap in Portugal

This paper aims at quantifying the trend in worker segregation at the establishment level and its impact on wages in Portugal over a fifteen year period. We concentrate on the gender dimension, to answer the questions: have changes in recruitment policies at the establishment level resulted in higher gender segregation in the labour market? What is the impact of segregation on wages? Is that impact different for men and women? A large linked employer-employee data set is used. Systematic and random components of segregation are computed. We use standard wage decomposition techniques to evaluate the impact of the composition of the labour force at the establishment level on wages. Results reveal a high degree of systematic gender segregation. A higher proportion of females in the establishment lowers females' wages while, on the contrary, it raises males' wages. Between mid-80s and late-90s, the contribution of the gender composition of the workforce within the establishment to the wage gap increased, though fluctuating within that period. The evidence gathered lends support to the taste-based model of employer behaviour

Melhoria da qualidade numa empresa produtora de fio sintético

Mestrado em Engenharia e Gestão IndustrialO projeto apresentado surge como resposta à necessidade de redução de desperdício e melhoria da qualidade numa empresa têxtil produtora de fios, cordas, redes e cabos de matérias-primas sintéticas e naturais. O foco do trabalho aborda a secção de fio sintético, mais precisamente o fio agrícola. Sendo o fabrico de fio um processo produtivo pouco explorado cientificamente, pretende-se assim aumentar o conhecimento neste ramo, explorando a bibliografia relacionada existente e mais concretamente os processos de extrusão e torção. Numa primeira fase, analisou-se uma das problemáticas da empresa, a variabilidade do processo e os efeitos que geram na qualidade do produto. Na fase seguinte, numa perspetiva de redução de desperdícios utilizaram-se métodos de melhoria contínua como o ciclo PDCA e as sete ferramentas básicas da qualidade. Depois de identificadas as principais causas para a ocorrência dos defeitos, foi possível definir e implementar um plano de ação. Os objetivos foram alcançados, dado que, o conjunto de ferramentas utilizadas neste projeto foi benéfico para a empresa.The presented project arises to respond to the need for waste reduction and quality improvement in a textile company that produces yarns, ropes, nets and cable made from synthetic and natural raw materials. The focus covers the synthethic yarn production, more precisely baler twine. The yarn manufacturing process is scientifically underexplored, so this work tries to increase the existing knowledge in this production process by exploiting the existing literature and specifically the study of extrusion and twisting processes. Initially, the objective is to study one of the company’s problems, the process variability and the effects generated in the final product’s quality. In the next stage, using well-known methods of continuous improvement like PDCA and the 7 Basic Tools of Quality, the author tries to create ways to reduce waste in the production process. After identifying the main causes for the occurrence of defects, it was able to define and implement an action plan. The objectives were achieved, the tools described in this project led to benefic results to the company

Estratégias de Ensino-Aprendizagem da Matemática no 1.º Ano do 1.º Ciclo do Ensino Básico recorrendo a Materiais Manipuláveis Estruturados para o Trabalho de Operações com Números Naturais

A elaboração do presente relatório surge no âmbito da unidade curricular de Seminário II, unidade integrante do mestrado em Educação Pré-Escolar e Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico, da Escola Superior de Educação de Santa Maria do Instituto Superior Politécnico Gaya. O seu propósito é a realização de um projeto de investigação integrado em contexto de prática pedagógica, relacionado com o ensino, a aprendizagem e o desenvolvimento dos alunos, com o intuito de refletir de forma crítica e contextualizada sobre as Estratégias de Ensino-Aprendizagem da Matemática no 1.º Ano do 1.º Ciclo do Ensino Básico recorrendo a Materiais Manipuláveis Estruturados para o Trabalho de Operações com Números Naturais. A escolha do tema poderia incidir sobre qualquer uma das áreas do Currículo do 1.º Ciclo do Ensino Básico, no entanto, optamos por explorar a área da Matemática. Dado o nosso interesse pela área, e a vontade de aplicar e adequar (“novas”) estratégias de ensino, de forma a ir de encontro aos interesses e necessidades do grupo, assim como à importância da Matemática, como ciência, e à sua presença no quotidiano de qualquer cidadão. Esta opção foi consolidada ao ser verificado que uma das dificuldades apresentadas pelo grupo era relativa à Matemática, (quando iniciámos o estágio, mais precisamente durante as aulas em que foram lecionados os algarismos 7, 8 e 9). Neste contexto foi observado que uma percentagem significativa dos alunos da turma (do 1º ano), cerca de 47%, demonstrava dificuldades na resolução de operações aritméticas (adição e subtração) com algarismos de valor superior a 51. No entanto, tivemos algum receio que as estratégias utilizadas pudessem influenciar de forma negativa quem já conseguia resolver as operações sem limitações, visto que a utilização dos MME poderia, a nosso ver, levar a um retrocesso no seu processo de ensino-aprendizagem. Outro anseio sentido durante o desenvolvimento do projeto, foi a generalização, visto que não podemos tomar como absolutas as conclusões obtidas, 1 Nomeadamente na realização de contagens, os alunos debatiam-se com a passagem da utilização de apenas uma mão para duas, não contavam os dedos todos, isto é, na ação de “levantar” os dedos na adição e “baixar” os dedos na subtração, alguns dedos não eram contados. Esta questão poderia estar, no nosso ponto de vista, a influenciar os resultados obtidos nas operações realizadas. Estratégias de Ensino-Aprendizagem da Matemática no 1.º Ano do 1.º Ciclo do Ensino Básico recorrendo a Materiais Manipuláveis Estruturados para o Trabalho de Operações com Números Naturais 2 referem-se a um grupo em particular, são relativas às dificuldades que tinham, e a sua resposta aos MME não significa que noutros contextos a resposta será a mesma. Optamos então por mostrar as vantagens da utilização dos MME, não impondo a sua utilização, mas levando à perceção das suas mais-valias, por exemplo, a sua utilização como auxiliares na resolução das operações ou na verificação dos resultados obtidos. Foi nosso intuito refletir sobre que recursos poderiam ser utilizados para ajudar os alunos a ultrapassarem os obstáculos observados, de forma ao processo de ensino-aprendizagem não se limitar ao manual escolar, característica do ensino tradicional, mas sim atribuir-lhe um carácter mais lúdico. Neste contexto emergiu a definição de uma questão que refletisse o objeto do estudo, que se relaciona com a eficiência do recurso a MME durante o processo de ensino-aprendizagem da adição e da subtração numa turma do 1.º ano. Para trabalhar a temática, foi escolhida a metodologia de investigação-ação, pelo seu carácter dinâmico, prático, e reflexivo, aspetos que, simultaneamente, auxiliam a que seja possível agir e num mesmo momento reformular e reorientar o estudo, sendo que iremos recorrer aos MME, Ábaco e Barras de Cuisenaire, como principal estratégia para testar a utilização de estratégias de ensino-aprendizagem das operações com números naturais, objetivo geral do projeto.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Segurança da Informação na Escola Pública

A função da escola é promover a aprendizagem nos jovens e estimular o acesso ao conhecimento. A utilização das TI proporciona um acesso mais rápido ao conhecimento mas, sem os mecanismos necessários, pode originar perdas e comprometer a segurança da informação. A ausência de legislação e de regulamentação que ajude na manutenção da rede informática da escola, coloca-as numa posição muito vulnerável, obrigando-as a agir individualmente de modo a suprimir esta carência. A solução passa não só pela consciencialização dos utilizadores para a necessidade de segurança, mas também pela criação de mecanismos que permitam acrescentar segurança à rede e à própria informação. Os projetos desenvolvidos pelo programa Safer Internet e pela ISECOM atuam junto da comunidade escolar, sensibilizando os utilizadores para a necessidade de segurança na Internet e nas comunicações. Por sua vez, a adoção de práticas seguras é um processo mais demorado mas exequível através da implementação de uma política de segurança da informação adaptada à realidade da escola, de acordo com a norma ISO 27001. Da recolha de opinião aos intervenientes do sistema resultaram dois documentos com a política de segurança da informação, um direcionado às escolas e outro aos utilizadores. Crê-se que a adoção destas recomendações pelas escolas pode trazer benefícios ao nível da segurança da informação.The school mission is to promote learning and access to knowledge to young people. Using the Information Technologies can provide faster access to knowledge, but without the necessary mechanisms it can also lead to loss and compromise the information security. The absence of laws and regulations that help maintaining the schools network and allow them to work can be harmful, because it forces them to act individually in order to remove this necessity. The solution not only requires the users' awareness of the security needs, but it also demands the creation of mechanisms that can add security to the network and to the information itself. The projects which were developed by the Safer Internet Programme and by the ISECOM are working along with the school community, making users aware of the need of the Internet and the importance of communication security. Although being a long process, the adoption of safe practices is also achievable through the implementation of an information security policy adapted to the school reality, according to ISO 27001. By collecting opinion from the system stakeholders, it was possible to create two documents with a information security policy, one directed to schools and the other addressed to users. It is believed that the adoption of these recommendations by schools can allow benefits in terms of information security