Survey of arctic bird migration and staging areas at the White Sea, in the autumns of 1999 and 2004

Finnish Environment Institute organized two ornithological expeditions to the White Sea, between 21st September and 10th October 1999, and between 21st September and 10th October 2004. The main aim of these expeditions was to map the most important staging areas for the migrating arctic birds at the White Sea. Several internationally important staging areas were found at the White Sea. Transect line counts at sea showed that the densities of birds outside these areas were smaller. During the expeditions a lot of data collected about the migration, daily rhythm, directions and routes of the migration, intensity, timing and the age and sex of the birds. Clear differences between species were noticed in the dynamics, directions of routes and intensity. Some of the species migrate on a wide front and others follow the coastal lines. The expedition was carried out by vessel. Compared to aerial surveys, which are also used for mapping of staging areas, vessel is cheaper. Vessel surveys allow more time for observing for instance birds which are sensitive or few in numbers. On the other hand a vessel is slow and shallow areas, which are important staging areas for waterfowl, are inaccessible. Aerial surveys make it possible to cover large areas and to find the most important staging areas for arctic waterfowl

A 10-Minute “Mix and Read” Antibody Assay for SARS-CoV-2

Accurate and rapid diagnostic tools are needed for management of the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. Antibody tests enable detection of individuals past the initial phase of infection and help examine vaccine responses. The major targets of human antibody response in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are the spike glycoprotein (SP) and nucleocapsid protein (NP). We have developed a rapid homogenous approach for antibody detection termed LFRET (protein L-based time-resolved Förster resonance energy transfer immunoassay). In LFRET, fluorophore-labeled protein L and antigen are brought to close proximity by antigen-specific patient immunoglobulins of any isotype, resulting in TR-FRET signal. We set up LFRET assays for antibodies against SP and NP and evaluated their diagnostic performance using a panel of 77 serum/plasma samples from 44 individuals with COVID-19 and 52 negative controls. Moreover, using a previously described SP and a novel NP construct, we set up enzyme linked immunosorbent assays (ELISAs) for antibodies against SARS-CoV-2 SP and NP. We then compared the LFRET assays with these ELISAs and with a SARS-CoV-2 microneutralization test (MNT). We found the LFRET assays to parallel ELISAs in sensitivity (90–95% vs. 90–100%) and specificity (100% vs. 94–100%). In identifying individuals with or without a detectable neutralizing antibody response, LFRET outperformed ELISA in specificity (91–96% vs. 82–87%), while demonstrating an equal sensitivity (98%). In conclusion, this study demonstrates the applicability of LFRET, a 10-min “mix and read” assay, to detection of SARS-CoV-2 antibodies

A 10-Minute “Mix and Read” Antibody Assay for SARS-CoV-2

Accurate and rapid diagnostic tools are needed for management of the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. Antibody tests enable detection of individuals past the initial phase of infection and help examine vaccine responses. The major targets of human antibody response in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are the spike glycoprotein (SP) and nucleocapsid protein (NP). We have developed a rapid homogenous approach for antibody detection termed LFRET (protein L-based time-resolved Förster resonance energy transfer immunoassay). In LFRET, fluorophore-labeled protein L and antigen are brought to close proximity by antigen-specific patient immunoglobulins of any isotype, resulting in TR-FRET signal. We set up LFRET assays for antibodies against SP and NP and evaluated their diagnostic performance using a panel of 77 serum/plasma samples from 44 individuals with COVID-19 and 52 negative controls. Moreover, using a previously described SP and a novel NP construct, we set up enzyme linked immunosorbent assays (ELISAs) for antibodies against SARS-CoV-2 SP and NP. We then compared the LFRET assays with these ELISAs and with a SARS-CoV-2 microneutralization test (MNT). We found the LFRET assays to parallel ELISAs in sensitivity (90–95% vs. 90–100%) and specificity (100% vs. 94–100%). In identifying individuals with or without a detectable neutralizing antibody response, LFRET outperformed ELISA in specificity (91–96% vs. 82–87%), while demonstrating an equal sensitivity (98%). In conclusion, this study demonstrates the applicability of LFRET, a 10-min “mix and read” assay, to detection of SARS-CoV-2 antibodies

A Generic, Scalable, and Rapid Time-Resolved Förster Resonance Energy Transfer-Based Assay for Antigen Detection—SARS-CoV-2 as a Proof of Concept

Peer reviewe

Heterozygous TLR3 Mutation in Patients with Hantavirus Encephalitis

Puumala hantavirus (PUUV) hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) is common in Northern Europe; this infection is usually self-limited and severe complications are uncommon. PUUV and other hantaviruses, however, can rarely cause encephalitis. The pathogenesis of these rare and severe events is unknown. In this study, we explored the possibility that genetic defects in innate anti-viral immunity, as analogous to Toll-like receptor 3 (TLR3) mutations seen in HSV-1 encephalitis, may explain PUUV encephalitis. We completed exome sequencing of seven adult patients with encephalitis or encephalomyelitis during acute PUUV infection. We found heterozygosity for the TLR3 p.L742F novel variant in two of the seven unrelated patients (29%,p = 0.0195). TLR3-deficient P2.1 fibrosarcoma cell line and SV40-immortalized fibroblasts (SV40-fibroblasts) from patient skin expressing mutant or wild-type TLR3 were tested functionally. The TLR3 p.L742F allele displayed low poly(I:C)-stimulated cytokine induction when expressed in P2.1 cells. SV40-fibroblasts from three healthy controls produced increasing levels of IFN-lambda and IL-6 after 24 h of stimulation with increasing concentrations of poly(I:C), whereas the production of the cytokines was impaired in TLR3 L742F/WT patient SV40-fibroblasts. Heterozygous TLR3 mutation may underlie not only HSV-1 encephalitis but also PUUV hantavirus encephalitis. Such possibility should be further explored in encephalitis caused by these and other hantaviruses.Peer reviewe

Heterozygous TLR3 Mutation in Patients with Hantavirus Encephalitis

Puumala hantavirus (PUUV) hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) is common in Northern Europe; this infection is usually self-limited and severe complications are uncommon. PUUV and other hantaviruses, however, can rarely cause encephalitis. The pathogenesis of these rare and severe events is unknown. In this study, we explored the possibility that genetic defects in innate anti-viral immunity, as analogous to Toll-like receptor 3 (TLR3) mutations seen in HSV-1 encephalitis, may explain PUUV encephalitis. We completed exome sequencing of seven adult patients with encephalitis or encephalomyelitis during acute PUUV infection. We found heterozygosity for the TLR3 p.L742F novel variant in two of the seven unrelated patients (29%,p = 0.0195). TLR3-deficient P2.1 fibrosarcoma cell line and SV40-immortalized fibroblasts (SV40-fibroblasts) from patient skin expressing mutant or wild-type TLR3 were tested functionally. The TLR3 p.L742F allele displayed low poly(I:C)-stimulated cytokine induction when expressed in P2.1 cells. SV40-fibroblasts from three healthy controls produced increasing levels of IFN-lambda and IL-6 after 24 h of stimulation with increasing concentrations of poly(I:C), whereas the production of the cytokines was impaired in TLR3 L742F/WT patient SV40-fibroblasts. Heterozygous TLR3 mutation may underlie not only HSV-1 encephalitis but also PUUV hantavirus encephalitis. Such possibility should be further explored in encephalitis caused by these and other hantaviruses

Seurantakäsikirja Suomen merenhoitosuunnitelman seurantaohjelmaan vuosille 2020–2026

Tämä merenhoidon seurantakäsikirja käsittää merenhoitosuunnitelman seurantaohjelman kuvauksen kokonaisuudessaan. Se päivittää vuoden 2014–2020 seurantaohjelman ja sitä sovelletaan vuoden 2020 heinäkuusta vuoden 2026 heinäkuuhun. Seurantaohjelma on osa merenhoidon suunnittelua, jota tehdään vesienhoidon ja merenhoidon järjestämisestä annetun lain (272/2011) ja merenhoidon järjestämisestä annetun valtioneuvoston asetuksen (980/2011) toteuttamiseksi. Tämä laki ja asetus on annettu meristrategiadirektiivin (Euroopan parlamentin ja neuvoston direktiivi 2008/56/EY yhteisön meriympäristöpolitiikan puitteista) kansallista toimeenpanoa varten. Suomessa meristrategiadirektiivin mukaista meristrategiaa kutsutaan merenhoitosuunnitelmaksi. Suomen seurantaohjelma koostuu 13:sta ohjelmasta, joiden alla on yhteensä 44 alaohjelmaa. Tähän päivitettyyn seurantaohjelmaan lisättiin kuusi uutta alaohjelmaa ja useita alaohjelmia muokattiin joko muuttuneiden vaatimusten, kehittyneempien menetelmien tai muuttuneen toimintaympäristön takia. Merenhoidon uusia vaatimuksia ovat meristrategiadirektiivin liitteen 3 päivitys (EU/2017/845), Euroopan komission päätös EU/2017/848 merivesien hyvän ekologisen tilan vertailuperusteista ja menetelmästandardeista sekä seurantaa ja arviointia varten tarkoitetut täsmennykset standardoiduista menetelmistä. Seurantakäsikirja koostuu kolmesta osasta: seurantaohjelman tausta, varsinainen seurantaohjelma, ja kolmas osa, joka käsittelee seurannan kehitystarpeita, kustannuksia ja riittävyyttä. Seurantaohjelma kattaa ekosysteemilähestymistavan mukaisesti erilaisia muuttujia, jotka kuvaavat toisaalta veden ominaisuuksia ja laatua ja toisaalta ekosysteemin osia ja niiden tilaa sekä niihin kohdistuvia ihmisestä johtuvia paineita. Seurannan alaohjelmissa on kuvattu mitattavat meriympäristön ominaisuudet tai paineet, niiden seurantatiheys, indikaattorit, joihin seurantatietoa käytetään, seurannalla kootun tiedon hallinta ja yhteydet meristrategiadirektiivin hyvän tilan laadullisiin kuvaajiin ja kriteereihin

Valtionpäämiehen vastuu sotarikoksesta : tapausesimerkkinä Charles Taylor

Tämä tutkimus sijoittuu sotilasjohtamisen alalle. Siinä on hyödynnetty oikeustieteen lähestymistapoja ja tutkimusmenetelmiä. Tieteenfilosofisesti tutkimus noudattaa eurooppalaisen oikeuspositivismin periaatteita. Tutkimuskohteena oli Liberian entisen presidentin Charles Taylorin sotarikosoikeudenkäynti Sierra Leonen erityistuomioistuimessa. Tavoitteena oli muodostaa oikeustapausta tarkastelemalla perusteltu näkemys siitä, miten kansainvälisen oikeuden oikeussäännöt nykyään vaikuttavat valtionpäämiehen vastuuseen sotarikostapauksissa. Keskeisin tutkimusongelma ja päätutkimuskysymys oli mikä on valtionpäämiehen vastuu sotarikoksista nykyisen oikeuskäytännön mukaan (tapausesimerkkinä tapaus Charles Taylor)? Tämä on ensimmäinen suomalainen sotatieteellinen tutkimus, joka käsittelee valtionpäämiehen vastuuta sotarikoksista. Tutkittava tapaus valikoitui sen merkittävyyden perusteella. Taylorin oikeudenkäynti on toisen maailmansodan jälkeen ensimmäinen, jossa valtion päämies joutui rikosoikeudelliseen vastuuseen sotarikoksista. Tapausta voidaan pitää ennakkotapauksena ja prosessiesimerkkinä kansainvälisen rikosoikeuden soveltamisesta valtionpäämiestä koskevassa sotarikoskysymyksessä. Tapaus oli erittäin mielekäs tutkimuskohde, koska kyseinen oikeustapaus on saatu päätökseen. Nyt voitiin ensimmäistä kertaa analysoida valtionpäämieheen liittyvää kansainvälisoikeudellista prosessia kokonaisuutena. Tuomioistuimen päätöksen perusteella voidaan todeta, millä perusteilla valtionpäämiehen asemassa oleva henkilö voidaan tuomita sotarikoksista. Tutkimusmenetelmänä käytettiin aineistolähtöistä sisällönanalyysia, koska aiheesta oli suuri määrä kirjallista aineistoa. Analyysissa päädyttiin induktiiviseen eli aineistolähtöiseen päättelylogiikkaan, ja tutkimusstrategiaksi muodostui tapaustutkimus, koska tutkimuksen kohde oli selkeästi rajattu. Tutkimuksen primääriaineiston muodostivat erilaiset asiakirjat. Keskeisimmät tutkittavat dokumentit olivat Sierra Leonen erityistuomioistuimen oikeudenkäyntiasiakirjat ja oikeuslähteinä käytetyt viralliset dokumentit kuten valtiosopimukset ja tuomioistuinten peruskirjat. Tietoa taustoitettiin ja syvennettiin kirjallisuudella ja lehdistön tiedoilla. Tutkimuksessa selvitettiin ja kuvailtiin Charles Taylorin oikeusprosessi ja sen historialliset taustat. Pääpaino oli oikeustapauksen analyysissä. Tutkimusraporttiin liitettiin käsitteenmäärittelyosuus, jossa kuvaillaan niitä periaatteita ja oikeussääntöjä, joiden perusteella johtopäätöksiä tutkimuksessa tehtiin. Tutkimuksen johtopäätökset vastaavat tutkimuskysymyksiin. Keskeisimmät havainnot ja johtopäätökset ovat: 1. Valtionpäämiehen vastuu sotarikoksista perustuu kansainvälisen oikeuden oikeuslähteisiin. Taylorin vastuu rikoksiin voidaan osoittaa ja johtaa kaikista kansainvälisen oikeuden oikeuslähteistä. 2. Valtionpäämiehen status ei suojannut Charles Tayloria rikosoikeudelliselta vastuulta, koska rikokset, joista häntä syytettiin, olivat niin vakavia. Kansallisilla ja kansainvälisillä rikostuomioistuimilla on oikeus syyttää henkilöitä sotarikoksista ja rikoksista ihmisyyttä vastaan heidän valtiollisesta statuksestaan riippumatta. Esimerkiksi valtion immuniteetti tai valtionpäämiehen diplomaattinen asema eivät anna suojaa rikosoikeudelliselta vastuulta silloin, kun tutkitaan vakavia kansainvälisiä rikoksia. Tällaisiksi rikoksiksi luetaan esimerkiksi joukkotuhonta, sotarikokset ja rikokset ihmisyyttä vastaan. 3. Esimiehen vastuu seuraa komentoketjussa aina sen korkeimmalle huipulle saakka poikkeuksetta. Komentoketjun huipulla olevalla henkilöllä, esimerkiksi valtionpäämiehellä, ei ole rikosoikeudellista immuniteettia, mikäli häntä epäillään teoista, jotka täyttävät sotarikoksen tai rikoksien ihmisyyttä vastaan määritelmät. 4. Todisteet eivät riittäneet Taylorin tuomitsemiseksi suoraan esimiehen vastuun perusteella. Syyttäjä ei pystynyt näyttämään toteen, että Taylorilla olisi ollut suora esimiesasema Sierra Leonessa rikoksia tehneisiin henkilöihin tai järjestöihin. Tuomioistuin kuitenkin totesi Taylorin olleen rikosoikeudellisessa vastuussa, koska hänen katsottiin avustaneen (aiding and abetting) rikosten tekemistä ja osallistuneen niiden suunnitteluun (planning). 5. Taylorin tapaus vahvistaa kansainvälisen oikeuden periaatetta siitä, että esimiehen rikosoikeudellinen vastuu seuraa häntä myös tilanteissa, joissa hän ei itse ole varsinaisesti tehnyt rikoksia mutta on hyväksynnällään, ohjeillaan, asennoitumisellaan tai laiminlyönneillään edesauttanut niiden tekemistä. Henkilöllä ei tarvitse olla suoraa komentosuhdetta rikoksentekijöihin. Riittää, että hänellä on heihin vaikutusvaltaa. 6. Taylorin tuomio on merkittävä ennakkotapaus. Sillä on todennäköisesti tulevaisuudessa merkitystä vastaavia tapauksia selvitettäessä. Se antaa suuntaviivoja ja esimerkin siitä, miten valtionpäämiestä koskeva kansainvälinen rikosoikeudellinen prosessi voidaan toteuttaa onnistuneesti. Sillä voidaan toivoa myös olevan pelotearvoa. Se osoittaa, että vakavimpia rikoksia tehneet valtionpäämiehet eivät voi paeta vastuutaan asemaansa perustuvan rikosoikeudellisen immuniteetin tai diplomaattisen suojan perusteella