Towards the understanding of the cocoa transcriptome: Production and analysis of an exhaustive dataset of ESTs of Theobroma cacao L. generated from various tissues and under various conditions

Theobroma cacao L., is a tree originated from the tropical rainforest of South America. It is one of the major cash crops for many tropical countries. T. cacao is mainly produced on smallholdings, providing resources for 14 million farmers. Disease resistance and T. cacao quality improvement are two important challenges for all actors of cocoa and chocolate production. T. cacao is seriously affected by pests and fungal diseases, responsible for more than 40% yield losses and quality improvement, nutritional and organoleptic, is also important for consumers. An international collaboration was formed to develop an EST genomic resource database for cacao. Fifty-six cDNA libraries were constructed from different organs, different genotypes and different environmental conditions. A total of 149,650 valid EST sequences were generated corresponding to 48,594 unigenes, 12,692 contigs and 35,902 singletons. A total of 29,849 unigenes shared significant homology with public sequences from other species. Gene Ontology (GO) annotation was applied to distribute the ESTs among the main GO categories. A specific information system (ESTtik) was constructed to process, store and manage this EST collection allowing the user to query a database. To check the representativeness of our EST collection, we looked for the genes known to be involved in two different metabolic pathways extensively studied in other plant species and important for T. cacao qualities: the flavonoid and the terpene pathways. Most of the enzymes described in other crops for these two metabolic pathways were found in our EST collection. A large collection of new genetic markers was provided by this ESTs collection. This EST collection displays a good representation of the T. cacao transcriptome, suitable for analysis of biochemical pathways based on oligonucleotide microarrays derived from these ESTs. It will provide numerous genetic markers that will allow the construction of a high density gene map of T. cacao. This EST collection represents a unique and important molecular resource for T. cacao study and improvement, facilitating the discovery of candidate genes for important T. cacao trait variation. (Résumé d'auteur

Clinical impact of recurrently mutated genes on lymphoma diagnostics

Similar to the inherent clinical heterogeneity of most, if not all, lymphoma entities, the genetic landscape of these tumors is markedly complex in the majority of cases, with a rapidly growing list of recurrently mutated genes discovered in recent years by next-generation sequencing technology. Whilst a few genes have been implied to have diagnostic, prognostic and even predictive impact, most gene mutations still require rigorous validation in larger, preferably prospective patient series, to scrutinize their potential role in lymphoma diagnostics and patient management. In selected entities, a predominantly mutated gene is identified in almost all cases (e.g. Waldenström's macroglobulinemia/lymphoplasmacytic lymphoma and hairy-cell leukemia), while for the vast majority of lymphomas a quite diverse mutation pattern is observed, with a limited number of frequently mutated genes followed by a seemingly endless tail of genes with mutations at a low frequency. Herein, the European Expert Group on NGS-based Diagnostics in Lymphomas (EGNL) summarizes the current status of this ever-evolving field, and, based on the present evidence level, segregates mutations into the following categories: i) immediate impact on treatment decisions, ii) diagnostic impact, iii) prognostic impact, iv) potential clinical impact in the near future, or v) should only be considered for research purposes. In the coming years, coordinated efforts aiming to apply targeted next-generation sequencing in large patient series will be needed in order to elucidate if a particular gene mutation will have an immediate impact on the lymphoma classification, and ultimately aid clinical decision making

Från insikt till handling : Prövning av Luhmanns systemteori på Miljödiplom i Jönköpings kommun

Uppsatsens syfte är att göra en teoriprövande fallstudie av hur Miljödiplom fungerar i Jönköpings kommun sett utifrån Luhmanns systemteorier om kommunikation. Miljödiplom ett alternativt miljöledningssystem skapat av Göteborgs Stad som riktar sig till små och medelstora företag då det ställer mindre krav på dokumentation och resurser, jämfört med ISO och EMAS, utan att göra avkall på kvalitet. Den metod som valts är teoriprövande fallstudie där de teorier som vi prövar därför är en del av metoden vi använder oss av. Niklas Luhmann (1927 – 1998) var utbildad jurist men studerade även sociologi, vilket han även doktorerade i, bland annat på Harvard University under Talcott Parsons. Luhmanns arbete har resulterat i en allmän social systemteori som innebär att den gör anspråk på att behandla ett allomfattande system där det finns generella delar och principer som är likadana för alla system. Genom att pröva Luhmanns systemteori på fallet Miljödiplom har vi försökt att ge en alternativ förklaring till de studerade företagens agerande vid deras miljöarbete. Med hjälp av Luhmanns teori kan vi förklara varför och hur små- och medelstora företag arbetar med Miljödiplom, utifrån de studerade företagen, då hans teori syftar till att förklara hur sociala system fungerar. Detta ger oss en frihet att agera därefter. Ett alltmer komplext samhälle har gett upphov till alltmer komplexa företag som måste utveckla sin kunskap för att vara fortsatt konkurrenskraftiga. Miljödiplom är ett verktyg för små- och medelstora företag att hantera den ökande komplexiteten utan att åsidosätta sin verksamhets mål

Från insikt till handling : Prövning av Luhmanns systemteori på Miljödiplom i Jönköpings kommun

Uppsatsens syfte är att göra en teoriprövande fallstudie av hur Miljödiplom fungerar i Jönköpings kommun sett utifrån Luhmanns systemteorier om kommunikation. Miljödiplom ett alternativt miljöledningssystem skapat av Göteborgs Stad som riktar sig till små och medelstora företag då det ställer mindre krav på dokumentation och resurser, jämfört med ISO och EMAS, utan att göra avkall på kvalitet. Den metod som valts är teoriprövande fallstudie där de teorier som vi prövar därför är en del av metoden vi använder oss av. Niklas Luhmann (1927 – 1998) var utbildad jurist men studerade även sociologi, vilket han även doktorerade i, bland annat på Harvard University under Talcott Parsons. Luhmanns arbete har resulterat i en allmän social systemteori som innebär att den gör anspråk på att behandla ett allomfattande system där det finns generella delar och principer som är likadana för alla system. Genom att pröva Luhmanns systemteori på fallet Miljödiplom har vi försökt att ge en alternativ förklaring till de studerade företagens agerande vid deras miljöarbete. Med hjälp av Luhmanns teori kan vi förklara varför och hur små- och medelstora företag arbetar med Miljödiplom, utifrån de studerade företagen, då hans teori syftar till att förklara hur sociala system fungerar. Detta ger oss en frihet att agera därefter. Ett alltmer komplext samhälle har gett upphov till alltmer komplexa företag som måste utveckla sin kunskap för att vara fortsatt konkurrenskraftiga. Miljödiplom är ett verktyg för små- och medelstora företag att hantera den ökande komplexiteten utan att åsidosätta sin verksamhets mål