46/XX chromosome constitution of a true hermaphrodite

No Abstract

Expression of cancer-associated genes in prostate tumors

Background: Prostate cancer is one of the most common male cancers in Western countries and takes the third place in morbidity in Ukraine. It is a highly heterogeneous disease. Aim: To analyze relative expression levels of the TGFB1, IL1B, FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU, and EPDR1 genes in malignant and non-malignant prostate tissues. Materials and Methods: Total RNA was isolated from 16 prostate adenomas, 37 prostate adenocarcinomas, and 29 conventionally normal prostate tissues. To analyze relative gene expression levels the quantitative real-time polymerase chain reaction was performed. Results: The significant alterations in the relative expression levels were found in all analyzed sample groups for 4 genes: FOS, EFNA5, IL1B, and TGFB1. We have found that FOS and EFNA5 were more frequently overexpressed in carcinomas with Gleason score ≤ 7, compared with adenomas. On contrary, PLAU expression levels were decreased more frequently in prostate cancers, compared with conventionally normal tissues. Noteworthy, we found positive correlation between IL1B expression level and PSA (for patients with slight PSA increase, no more than 20.0 ng/ml). Conclusion: The EFNA5, FOS, IL1B, PLAU, and TGFB1 genes that showed significant expression alterations in prostate tumors, compared with conventionally normal prostate tissue, may play role in prostate cancer development and should be further investigated

Expression of cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels

Aim. To analyze an expression pattern of the cancer-associated genes in prostate tumors at mRNA and protein levels and find putative association between the expression of these genes and the genes, controlling epithelial to mesenchymal cell transition (EMT), the markers of prostate cancer and stromal elements. Methods. Relative expression of genes was assessed by a quantitative PCR in 29 prostate cancer tissue samples (T) of different Gleason score (GS) and tumor stage, 29 paired conventionally normal prostate tissue (CNT) samples and in 14 samples of prostate adenomas (A). Immunohistochemistry (IHC) was used to assess protein expression. Results. We found significant differences (p<0.05) in RE of three genes (FOS, PLAU, EPDR1) between the T, N and A groups. FOS was induced in T and CNT, compared with A whereas PLAU and EPDR1 were decreased. Noteworthy, RE of the five genes (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU and EPDR1) changed significantly, depending on GS (p<0.05) in T, compared to the A and/or CNT groups. Moreover, according to the K-means clustering, RE of the FOS, PLAU and EDPR1 genes varied in the tumor groups, consisting of cancers with different GS. The FOS protein signal was higher in adenocarcinomas, compared to hyperplasia. The same trend was demonstrated by q-PCR. FOS expression increased upon the tumor development i.e. was higher in the tumors at stage 3-4. PLAU expression was decreasing meanwhile, as was shown by q-PCR and IHC. Conclusions. IHC data allowed us to understand the high levels of RE dispersion. Mainly, it is due to the expression in other cell types, and not in the prostate gland cells. For the meaningful clustering, prognosis and also for the creation of specific biomarker panels, these two methods should be adequately merged.Мета. Проаналізувати патерни експресії пухлино-асоційованих генів на рівнях мРНК та протеїнів та вивчити можливу асоціацію між експресією цих генів та генів, що контролюють епітеліально-мезенхимальний перехід, маркерів раку передміхурової залози та стромальних елементів. Методи. Відносні рівні експресії (ВЕ) генів були встановлені за допомогою кількісної ПЛР (кПЛР) у 29 зразках аденокарцином передміхурової залози (П) з різними ступенями Глісона (СГ) та стадіями захворювання, 29 парних умовно-нормальних тканин передміхурової залози (Н) та 14 зразках аденом (А). Імуногістохімія (ІГХ) була використана для встановлення рівнів експресії протеїнів. Результати. Виявлено значні відмінності ВЕ (p<0.05) для трьох генів (FOS, PLAU, EPDR1) між групами П, Н та А. FOS має підвищені рівні ВЕ у групах П та Н у порівнянні з А, тоді як PLAU та EPDR1 навпаки знижені рівні ВЕ у цих групах. Примітно, що п’ять генів (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU та EPDR1) мають зміни ВЕ в залежності від СГ у П у порівнянні з А та/або Н. Крім того, згідно кластеризації за методом К-центрів FOS, PLAU та EDPR1 мають різноманітні рінві ВЕ у групах аденокарцином з різними СГ. Білок FOS має підвищений сигнал у аденокарциномах у порівнянні з аденомами. Ті ж зміни продемонстровані й кПЛР. Експресія FOS підвищується при розвитку пухлин, тобто, вона є вищою у пухлинах з 3-4 стадією. Експресія PLAU навпаки знижується, як було показано кПЛР та ІГХ методами. Висновки. Дані IГХ дозволили зрозуміти високий рівень дисперсії ВЕ. В основному це пов'язано з експресією генів у інших типах клітин, а не тільки в клітинах передміхурової залози. Для успішної кластеризації, потенційного прогнозу та створення специфічних панелей біомаркерів ці два методи повинні бути адекватно об'єднані.Цель. Проанализировать паттерны экспрессии опухоль-ассоциированных генов на уровнях мРНК и белка и исследовать возможную ассоциацию между экспрессией этих генов и генов, которые контролируют эпителиально-мезенхимальных переход, маркеров рака простаты и стромальных элементов. Методы. Уровни относительной экспрессии (ОЭ) генов были установлены с помощью количественной ПЦР (кПЦР) в 29 образцах аденокарцином простаты (О) с различными степенями Глиссона (СГ) и стадиями заболевания, 29 парных условно-нормальных тканей простаты (Н) и 14 образцах аденом (А). Иммуногистохимия (ИГХ) была использована для установления уровней экспрессии белков. Результаты. Обнаружены значимые отличия ОЭ (p<0.05) для трех генов (FOS, PLAU, EPDR1) между группами О, Н и А. Для гена FOS выявлены повышенные урони ОЭ в группах О и Н по сравнению с А, тогда как для PLAU и EPDR1 наоборот обнаружены сниженные урони ОЭ в этих группах. Следует отметить, что пять генов (FOS, EFNA5, TAGLN, PLAU та EPDR1) имеют отличия ОЭ в зависимости от СГ в О по сравнению с А и/или Н. Кроме того, согласно данным кластеризации по методу К-центров FOS, PLAU та EDPR1 имеют различные ОЭ в группах аденокарцином с разными СГ. Белок FOS имеет повышение сигнала в аденокарциномах по сравнению с аденомами. Такие же изменения показал и кПЦР анализ. Экспрессия FOS повышается в процессе развития опухолей простаты, то есть она выше в опухолях 3-4 стадии. Экспрессия PLAU наоборот снижается, как было показано кПЦР и ИГХ методами. Выводы. Данные ИГХ позволили понять причину высокой дисперсии ОЭ. В основном это связано с наличием экспрессии генов в разных типах клеток, а не только в клетках простаты. Для успешной кластеризации, потенциального прогноза и создания специфических панелей биомаркеров эти два метода должны быть адекватно объединены для анализа

Detection of prostate specific ETS fusion transcripts in cancer samples

Aim. To detect ETS fusion transcripts in Ukrainian population and to analyze a possible relationship between the ETS fusion transcripts and clinical characteristics of prostate cancer. Methods. Quantitative PCR (q-PCR) was used to analyze the expression of six fusion transcripts at the mRNA level. The amplified products were analyzed by gel electrophoresis and direct sequencing. We analyzed 37 fresh frozen samples of prostate cancer tissues, 37 paired conventionally normal prostate tissue samples and 20 samples of adenomas. Results. Six ETS fusion transcripts of TMPRSS2 with ERG, ETV1, ETV4, ETV5 were analyzed. Only one out of six fusion ETS transcripts was detected in a cohort of 37 Ukrainian patients with prostate adenocarcinoma. The frequency of detection of the TMPRSS2-ERG fusion transcript in prostate cancer tissues was 56.8 %. The TMPRSS2-ERG expression was also detected in 16 normal prostate tissue samples (43.2 %) and in 4 prostate adenoma samples (20 %). No correlation was found between the frequency of the TMPRSS2-ERG in carcinoma samples and clinical characteristics of the samples. However, an analysis of relative gene expression in all the investigated groups has shown the altered TMPRSS2-ERG expression in some groups with different Gleason scores of prostate adenocarcinoma compared to adenomas and normal tissue samples. The most elevatedTMPRSS2-ERG expression was found in the prostate adenocarcinoma group with the Gleason score > 7. Conclusions. We detected the TMPRSS2-ERG fusion transcript (EF194202.1) in prostate tumor samples as adenocarcinoma (the frequency was 56.8 %) with different Gleason score and some paired normal prostate tissues as adenoma samples in our group of Ukrainian population. The obtained results show that the TMPRSS2-ERG fusion transcript is present at early stages of cancer development. In the further studies we plan to test whether the TMPRSS2-ERG fusion transcript can be used as a diagnostic marker of prostate cancer development.Мета. Виявити типи злитих транскриптів в українській популяції та проаналізувати можливий зв›язок між наявніс-тю злитих транскриптів ETS та клінічними характеристиками раку передміхурової залози. Методи. Кількісний ПЛР (q-PCR) використовували для аналізу експресії 6 злитих транскриптів на рівні мРНК. Ампліфіковані продукти перевіряли за допомогою гель-електрофорезу та секвенуванням. Нами було проаналізовано 37 свіжо заморожених зразків тканин раку передміхурової залози, 37 парних до них умовно нормальних зразків тканини передміху-рової залози та 20 зразків аденоми. Результати. Нами було проаналізовано 6 злитих транскриптів ETS: злиття TMPRSS2 з ERG, ETV1, ETV4, ETV5. У вибірці із 37 пацієнтів з аденокарциномою передміхурової залози було виявлено лише один з шести злитих транскриптів. Частота детекції злитого транскрипту TMPRSS2-ERG в тканинах раку передміхурової залози становила 56,8 %. Експресія TMPRSS2-ERGтакож була виявлена у 16 зразках умовно нормальних тканин передміхурової залози (43,2 %) та у 4 зразках аденоми передміхурової залози (20 %). Не було виявлено кореляції між частотою TMPRSS2-ERG та клінічними характеристиками пухлин у зразках карцином. Проте аналіз відносної експресії генів у всіх досліджених групах показав змінену експресію TMPRSS2-ERG у деяких групах з різними показниками ступеня Глісона в зразках аденокарцином порівняно з аденомами та зразками умовно нормальних тканин. Найбільш висока експресія TMPRSS2-ERG була виявлена в групі аденокарцином передміхурової залози з оцінками ступеня Глісона > 7. Висновки. У нашій досліджуваній групі населення України нами було детектовано злитий транскрипт TMPRSS2-ERG (EF194202.1) у пухлинних зразках передміхурової зало-зи як аденокарцином (частота 56,8 %) з різним ступенем Глісона та парним до них умовно нормальних тканинах передміхурової залози, так і в зразках аденом. Отримані результати показують, що злитий транскрипт TMPRSS2-ERG присутній вже на ранніх стадіях розвитку ракового захворювання. У подальших дослідженнях ми плануємо перевірити, чи може злитий транскрипт TMPRSS2-ERG бути використаний як діагностичний маркер утворення злитих транскриптів та можливого розвиток раку передміхурової залози.Цель. Выявить типы слитых транскриптов в украинской популяции и проанализировать возможную связь между наличием слитых транскриптов ETS и клиническими характеристиками рака простаты. Методы. Количественный ПЦР (q-PCR) использовали для анализа экспрессии 6 слитых транскриптов на уровне мРНК. Амплифицированные продукты проверяли с помощью гель-электрофореза и секвенированием. Нами были проанализированы 37 свежо замороженных образцов тканей рака простаты, 37 парных к ним условно нормальных образцов ткани простаты и 20 образцов аденомы. Результаты. Нами были проанализированы 6 слитых транскриптов ETS: слияние TMPRSS2 с ERG, ETV1, ETV4, ETV5. В выборке из 37 пациентов с аденокарциномой простаты было выявлено лишь один из шести слитых транскриптов. Частота детекции слитного транскрипта TMPRSS2-ERG в тканях рака простаты составляла 56,8 %. Экспрессия TMPRSS2-ERG также была обнаружена в 16 образцах условно нормальных тканей простаты (43,2 %) и в 4 образцах аденомы простаты (20 %). Не было обнаружено корреляции между частотой TMPRSS2-ERG и клиническими характеристиками опухолей в образцах карцином. Однако анализ относительной экспрессии генов во всех исследованных группах показал измененную экспрессию TMPRSS2-ERG в некоторых группах с различными показателями степени Глисона в образцах аденокарцином по сравнению с аденомы и образцами условно нормальных тканей. Наиболее высокая экспрессия TMPRSS2-ERG была обнаружена в группе аденокарцином простаты по оценкам степени Глисона > 7. Выводы. В нашей исследуемой группе населения Украины нами было детектируемого слитый транскрипт TMPRSS2-ERG (EF194202.1) в опухолевых образцах простаты как аденокарцином (частота 56,8 %) с разной степенью Глисона и парным к ним условно нормальных тканях простаты, так и в образцах аденом. Полученные результаты показывают, что слитый транскрипт TMPRSS2-ERG присутствует уже на ранних стадиях развития ракового заболевания. В дальнейших исследованиях мы планируем проверить, может ли слитый транскрипт TMPRSS2-ERG быть использован как диагностический маркер образования слитых транскриптов и возможного развитие рака простаты

Expression of epithelial-mesenchymal transition-related genes in prostate tumours

Aim. To detect expression of EMT-related genes in prostate tumor samples and analyze a possible correlation between gene expression level and clinical characteristics of prostate cancer in different groups. Methods. Expression of 19 genes was analyzed in 37 frozen samples of prostate cancer tissues at different tumor stages and Gleason scores, 37 paired conventionally normal prostate tissues and 20 samples of prostate adenomas, using quantitative PCR. Results. We have found that nine genes were expressed differently in benign and malignant prostate tumors, namely AR (1 isof), AR (2 isof), PTEN, VIM, MMP9, KRT18, PCA3, HOTAIR and SCHLAP1. When different tumor stages were compared, we could identify six differentially expressed genes: KRT18, MMP9, VIM, PCA3, HOTAIR and SCHLAP1; when samples of tumors with different Gleason score were compared, we found that eight genes were expressed differently: AR (1isof), CDH1, KRT18, MMP9, OCLN, PCA3, HOTAIR and SCHLAP1. The data had a high level of heterogeneity pottentially due to various molecular subtypes of prostate cancer, i.e. a luminal subtype with ahigh expression of CDH1, OCLN, AR(1 isof), KRT18, NKX3-1 and PSA; the stem-like subtype with a high expression of mesenchymal markers CDH2, FN1 and VIM and low expression of the epithelial markers. It is noteworthy that lncRNAs were specifically expressed in these two molecular subtypes. Conclusions. EMT-related genes were differentially expressed in benign and malignant prostate tumors. High heterogeneity of expression levels, especially in adenocarcinoma groups, might suggest the existence of at least two different molecular subtypes, luminal and stem-like. Further experiments are necessary for specification of the molecular subtypes of prostate adenocarcinoma.Мета. Встановити відносну експресію у ЕМП-пов’язаних генах у зразках пухлин передміхурової залози та проаналізувати можливу кореляцію та зв'язок між рівнем експресії генів у різних групах пухлин та клінічними характеристиками раку передміхурової залози. Методи. Відносні рівні експресії 19 генів у 37 заморожених зразках тканин раку передміхурової залози з різними показниками Глісона та стадіями пухлин, 37 парних умовно-нормальних зразків тканини передміхурової залози та 20 зразків аденоми простати було детектовано кількісною ПЛР (QPCR). Результати. Було виявлено 9 диференційно експресованих генів у доброякісних та злоякісних пухлинах простати: (AR (1 isof), AR (2 isof), PTEN, VIM, MMP9, KRT18, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1). На різних стадіях раку виявлено 6 диференційно експресованих генів (KRT18, MMP9, VIM, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1), а за різними оцінками Глісона виявлено 8 диференційно експресованих генів (AR (1 isof), CDH1, KRT18, MMP9, OCLN, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1). Спостерігався значний рівень дисперсії даних. Це можна пояснити наявністю різних молекулярних підтипів раку передміхурової залози: люмінальний підтип (висока експресія CDH1, OCLN, AR (1 isof), KRT18, NKX3-1, PSA) і стовбуровий (базальний) підтип (висока експресія мезенхимальних маркерів CDH2, FN1, VIM і низька експресія епітеліальних маркерів). Досліджені некодуючі РНК були специфічно експресованіі у двох молекулярних підтипах. Висновки. пов'язані з ЕМП гени диференційно експресуються у доброякісних та злоякісних пухлинах передміхурової залози. Висока дисперсія даних експресії, особливо в групах аденокарциноми, може бути свідченням принаймні двох різних молекулярних підтипів: люмінального і стовбурового (базального). Нами продемонструвано, що умовно-нормальні тканини передміхурової залози не є адекватним контролем. Для уточнення молекулярних підтипів аденокарциноми передміхурової залози необхідні додаткові дослідження.Цель. Установить уровни относительной экспрессии генов, связанных с ЭМП, в образцах опухолей предстательной железы и проанализировать возможную корреляцию и взаимосвязь между уровнем экспрессии генов в разных группах опухолей и клиническими характеристиками рака простаты. Методы. Относительные уровни экспрессии 19 генов в 37 замороженных образцах тканей рака предстательной железы с разными показателями Глисона и стадиями рака, 37 парных образцов условно-нормальной ткани простаты и 20 образцов аденомы предстательной железы были проанализированы с помощью количественной ПЦР (QPCR). Результаты. Было выявлено 9 дифференциально экспрессированных генов в доброкачественных и злокачественных опухолях предстательной железы: (AR (1 isof), AR (2 isof), PTEN, VIM, MMP9, KRT18, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1). На разных стадиях рака были идентифицированы 6 дифференциально экспрессированных генов (KRT18, MMP9, VIM, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1), тогда как с разными показателями по шкале Глисона было найдено 8 дифференциально экспрессированных генов (AR (1isof), CDH1, KRT18, MMP9, OCLN, PCA3, HOTAIR, SCHLAP1). Наблюдалась очень высокая дисперсия данных. Это может быть объяснено наличием различных молекулярных подтипов рака предстательной железы: люминального подтипа (высокая экспрессия CDH1, OCLN, AR (1 изоф), KRT18, NKX3-1, PSA) и стволового (базального) подтипа (высокая экспрессия мезенхимальных маркеров CDH2, FN1, VIM и низкая экспрессия эпителиальных маркеров). Исследованные некодирующие РНК специфически экспрессировались в двух молекулярных подтипах. Выводы. Гены, связанные с ЭМП, были дифференциально экспрессированы в доброкачественных и злокачественных опухолях предстательной железы. Высокая дисперсия данных экспрессии, особенно в группе аденокарцином, может свидетельствовать, по меньшей мере, о двух разных молекулярных подтипах: люминальном и базальном. Мы продемонстрировали, что условно-нормальные ткани простаты не являются адекватным контролем. Для уточнения молекулярных подтипов аденокарциномы предстательной железы необходимы дополнительные исследования

Horizontal Branch Stars: The Interplay between Observations and Theory, and Insights into the Formation of the Galaxy

We review HB stars in a broad astrophysical context, including both variable and non-variable stars. A reassessment of the Oosterhoff dichotomy is presented, which provides unprecedented detail regarding its origin and systematics. We show that the Oosterhoff dichotomy and the distribution of globular clusters (GCs) in the HB morphology-metallicity plane both exclude, with high statistical significance, the possibility that the Galactic halo may have formed from the accretion of dwarf galaxies resembling present-day Milky Way satellites such as Fornax, Sagittarius, and the LMC. A rediscussion of the second-parameter problem is presented. A technique is proposed to estimate the HB types of extragalactic GCs on the basis of integrated far-UV photometry. The relationship between the absolute V magnitude of the HB at the RR Lyrae level and metallicity, as obtained on the basis of trigonometric parallax measurements for the star RR Lyrae, is also revisited, giving a distance modulus to the LMC of (m-M)_0 = 18.44+/-0.11. RR Lyrae period change rates are studied. Finally, the conductive opacities used in evolutionary calculations of low-mass stars are investigated. [ABRIDGED]Comment: 56 pages, 22 figures. Invited review, to appear in Astrophysics and Space Scienc

A search for the decay B+→K+ννˉB^+ \to K^+ \nu \bar{\nu}

We search for the rare flavor-changing neutral-current decay $B^+ \to K^+ \nu \bar{\nu}$ in a data sample of 82 fb$^{-1}$ collected with the {\sl BABAR} detector at the PEP-II B-factory. Signal events are selected by examining the properties of the system recoiling against either a reconstructed hadronic or semileptonic charged-B decay. Using these two independent samples we obtain a combined limit of ${\mathcal B}(B^+ \to K^+ \nu \bar{\nu})<5.2 \times 10^{-5}$ at the 90% confidence level. In addition, by selecting for pions rather than kaons, we obtain a limit of ${\mathcal B}(B^+ \to \pi^+ \nu \bar{\nu})<1.0 \times 10^{-4}$ using only the hadronic B reconstruction method.Comment: 7 pages, 8 postscript figures, submitted to Phys. Rev. Let

High-reflectivity broadband distributed Bragg reflector lattice matched to ZnTe

We report on the realization of a high quality distributed Bragg reflector with both high and low refractive index layers lattice matched to ZnTe. Our structure is grown by molecular beam epitaxy and is based on binary compounds only. The high refractive index layer is made of ZnTe, while the low index material is made of a short period triple superlattice containing MgSe, MgTe, and ZnTe. The high refractive index step of Delta_n=0.5 in the structure results in a broad stopband and the reflectivity coefficient exceeding 99% for only 15 Bragg pairs.Comment: 4 pages, 3 figure