Giving structure to the biofilm matrix:an overview of individual strategies and emerging common themes

Biofilms are communities of microbial cells that underpin diverse processes including sewage bioremediation, plant growth promotion, chronic infections and industrial biofouling. The cells resident in the biofilm are encased within a self-produced exopolymeric matrix that commonly comprises lipids, proteins that frequently exhibit amyloid-like properties, eDNA and exopolysaccharides. This matrix fulfils a variety of functions for the community, from providing structural rigidity and protection from the external environment to controlling gene regulation and nutrient adsorption. Critical to the development of novel strategies to control biofilm infections, or the capability to capitalize on the power of biofilm formation for industrial and biotechnological uses, is an in-depth knowledge of the biofilm matrix. This is with respect to the structure of the individual components, the nature of the interactions between the molecules and the three-dimensional spatial organization. We highlight recent advances in the understanding of the structural and functional role that carbohydrates and proteins play within the biofilm matrix to provide three-dimensional architectural integrity and functionality to the biofilm community. We highlight, where relevant, experimental techniques that are allowing the boundaries of our understanding of the biofilm matrix to be extended using Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Vibrio cholerae, and Bacillus subtilis as exemplars

Novel cyclic di-GMP effectors of the YajQ protein family control bacterial virulence

Bis-(3 ',5 ') cyclic di-guanylate (cyclic di-GMP) is a key bacterial second messenger that is implicated in the regulation of many critical processes that include motility, biofilm formation and virulence. Cyclic di-GMP influences diverse functions through interaction with a range of effectors. Our knowledge of these effectors and their different regulatory actions is far from complete, however. Here we have used an affinity pull-down assay using cyclic di-GMP-coupled magnetic beads to identify cyclic di-GMP binding proteins in the plant pathogen Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc). This analysis identified XC_3703, a protein of the YajQ family, as a potential cyclic di-GMP receptor. Isothermal titration calorimetry showed that the purified XC_3703 protein bound cyclic di-GMP with a high affinity (K-d similar to 2 mu M). Mutation of XC_3703 led to reduced virulence of Xcc to plants and alteration in biofilm formation. Yeast two-hybrid and far-western analyses showed that XC_3703 was able to interact with XC_2801, a transcription factor of the LysR family. Mutation of XC_2801 and XC_3703 had partially overlapping effects on the transcriptome of Xcc, and both affected virulence. Electromobility shift assays showed that XC_3703 positively affected the binding of XC_2801 to the promoters of target virulence genes, an effect that was reversed by cyclic di-GMP. Genetic and functional analysis of YajQ family members from the human pathogens Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia showed that they also specifically bound cyclic di-GMP and contributed to virulence in model systems. The findings thus identify a new class of cyclic di-GMP effector that regulates bacterial virulence

The metabolic cost of flagellar motion in Pseudomonas putida KT2440

Although the flagellar machinery of environmental bacteria endows cells with a phenomenal survival device, it also consumes much of the metabolic currency necessary for fuelling such a vigorous nanomotor. The physiological cost of flagella-related functions of the soil bacterium Pseudomonas putida KT2440 was examined and quantified through the deletion of a ∼ 70 kb DNA segment of the genome (∼ 1.1%), which includes relevant structural and regulatory genes in this micro-organism. The resulting strain lacked the protruding polar cords that define flagella in the wild-type P. putida strain and was unable of any swimming motility while showing a significant change in surface hydrophobicity. However, these deficiencies were otherwise concomitant with clear physiological advantages: rapid adaptation of the deleted strain to both glycolytic and gluconeogenic carbon sources, increased energy charge and, most remarkably, improved tolerance to oxidative stress, reflecting an increased NADPH/NADP+ ratio. These qualities improve the endurance of nonflagellated cells to the metabolic fatigue associated with rapid growth in rich medium. Thus, flagellar motility represents the archetypal tradeoff involved in acquiring environmental advantages at the cost of a considerable metabolic burden.This study was supported by the BIO and FEDER CONSOLIDER-INGENIO Program, the MICROME, STFLOW and ARISYS Contracts of the EU, the ERANET-IB program and the PROMT Project of the CAM.Peer reviewe

As Políticas de Segregação e de Apartheid do Estado de Israel e seu Reflexo nas Manifestações Artísticas Presentes no Muro da Cisjordânia

A partir do conflito entre Israel e Palestina, tem-se como objetivoidentificar as políticas segregacionistas e discriminatórias presentes noEstado de Israel contra o povo palestino, e, por meio delas, entender comoos palestinos utilizam-se de uma forma específica de resistência pacífica pormeio das manifestações artísticas expostas no Muro da Cisjordânia paraexpressar a sua reivindicação de autodeterminação. Essas políticas podemser denominadas por Apartheid, termo que se originou no governo da Áfricado Sul em 1948 até 1994, mas é empregado por teóricos para entender aquestão palestina, sendo exercido de diversas formas. O apartheid podeser evidenciado tanto nas leis e ações policiais abusivas e discriminatórias,quanto com a construção da barreira física em 2002, considerada ilegal pordiversos órgãos internacionais

Aspectos sintáticos dos adjetivos em kheuól do Uaçá

This article aims to present aspects of the syntactic distribution of the lexical category of adjectives in Kheuól do Uaçá, an indigenous language spoken by the Karipuna and Galibi-Marworno peoples on the Franco-Brazilian border in the municipality of Oiapoque, Amapá, Brazil. To establish the contrast with other lexical categories, we observed the behavior of adjectives in relation to their order of occurrence and in comparative constructions. In Kheuól, only adjectives can precede nouns in determiner phrases headed by the indefinite un 'a', verbs and participles cannot. Only verbs can be followed by plis ki 'more than' in comparatives, adjectives and participles must be preceded by pi 'more'. Although participles occur as the complement of pi (as adjectives), they cannot precede nouns in phrases headed by the indefinite un 'a' (adjectives may). We interpret, structurally, participles as deverbal adjectives. We use the term 'participle’ only as a descriptive label. We aim with this inaugural work to provide a preliminary contribution to the understanding of the defining syntactic properties of the lexical category of adjectives.Este artigo tem como objetivo apresentar aspectos da distribuição sintática da categoria lexical de adjetivos em kheuól do Uaçá, língua indígena falada pelos povos Karipuna e Galibi-Marworno na fronteira franco-brasileira no município de Oiapoque, Amapá, Brasil. Para estabelecermos o contraste com outras categorias lexicais, observamos o comportamento de adjetivos em relação à sua ordem de ocorrência e em construções comparativas. Em kheuól, somente adjetivos podem preceder nomes em sintagmas determinantes encabeçados pelo indefinido un ‘um’, verbos e particípios não podem. Somente verbos podem ser seguidos de plis ki ‘mais que’ em comparativas, adjetivos e particípios devem ser precedidos por pi ‘mais’. Apesar de particípios ocorrerem como complemento de pi (como adjetivos), não podem preceder nomes em sintagmas encabeçados pelo indefinido un ‘um’ (adjetivos podem). Interpretamos, estruturalmente, particípios como adjetivos deverbais. Usamos o termo ‘particípio’ apenas como um rótulo descritivo. Buscamos com este trabalho inaugural contribuir preliminarmente para o entendimento das propriedades sintáticas definidoras da categoria lexical de adjetivos.Este artigo tem como objetivo apresentar aspectos da distribuição sintática da categoria lexical de adjetivos em kheuól do Uaçá, língua indígena falada pelos povos Karipuna e Galibi-Marworno na fronteira franco-brasileira no município de Oiapoque, Amapá, Brasil. Para estabelecermos o contraste com outras categorias lexicais, observamos o comportamento de adjetivos em relação à sua ordem de ocorrência e em construções comparativas. Em kheuól, somente adjetivos podem preceder nomes em sintagmas determinantes encabeçados pelo indefinido un ‘um’, verbos e particípios não podem. Somente verbos podem ser seguidos de plis ki ‘mais que’ em comparativas, adjetivos e particípios devem ser precedidos por pi ‘mais’. Apesar de particípios ocorrerem como complemento de pi (como adjetivos), não podem preceder nomes em sintagmas encabeçados pelo indefinido un ‘um’ (adjetivos podem). Interpretamos, estruturalmente, particípios como adjetivos deverbais. Usamos o termo ‘particípio’ apenas como um rótulo descritivo. Buscamos com este trabalho inaugural contribuir preliminarmente para o entendimento das propriedades sintáticas definidoras da categoria lexical de adjetivos

Documentação linguística na Amazônia: abordagens e métodos

Este artigo tem por objetivo apresentar um panorama da área da Documentação Linguística a partir de experiências recentes na Amazônia brasileira. Primeiramente, traçamos um breve histórico da área. A partir disso, refletimos sobre o seu atual estado da arte e extraímos alguns conceitos básicos que devem nortear um projeto de documentação linguística de êxito (a dupla necessidade, o triplo impacto e os quatro princípios de um corpus). Adiante, apresentamos os resultados de um projeto de documentação desenvolvido com a língua Paresi-Haliti, que exemplificam esses conceitos, e descrevemos os pontos importantes de sua execução. Nesse breve estudo de caso, destacamos a abordagem participativa e autônoma, que busca envolver o máximo de agentes das comunidades afetadas como protagonistas no processo de documentação. Essa abordagem é ajustada a um fluxo de trabalho eficiente, que envolve a utilização de ferramentas digitais de documentação linguística. Para isso, projetos dessa natureza devem inserir em suas agendas o treinamento e a formação de pesquisadores indígenas em métodos e técnicas de documentação linguística, para que, assim, possam prosseguir com ações de documentação após a finalização dos projetos. Concluímos com uma reflexão sobre os principais desafios de base que envolvem a Documentação Linguística, em três eixos: (i) diretrizes éticas sobre materiais culturalmente relevantes, (ii) como torná-la, de fato, emancipadora e (iii) como tornar o processo de documentação tecnicamente eficiente

A distinção contável-massivo no Kheuól do Uaçá

Este artigo descreve os principais contrastes da distinção contável/massivo dos nomes no kheuól do Uaçá. O kheuól do Uaçá é uma língua crioula de base francesa falada por dois povos indígenas distintos, Karipuna e Galibi-Marworno, que compartilham o mesmo território (Terras Indígenas do Uaçá e Juminã) em Oiapoque, Amapá, Brasil, na fronteira com a Guiana Francesa. Ambas as variedades do kheuól do Uaçá são subdocumentadas, principalmente a Galibi-Marworno descrita neste artigo. Quase todos os nomes combinam-se com numerais (kwak ‘farinha’ é a única exceção); quase todos os quantificadores e modificadores de quantidade não mostram restrições na combinação com nomes nocionalmente contáveis e massivos (un de thoa ‘alguns, uns’ se combina somente com nomes nocionalmente contáveis); e todos os nomes podem ser pluralizados com o artigo definido plural -iela. Considerando que quase todos os nomes podem ser contados, o contraste relevante está presente na capacidade de nomes nocionalmente massivos serem abertos para denotações unbounded. Esta capacidade pode ser capturada pelo fato de nomes nocionalmente massivos recuperarem a terceira pessoa do singular i/li como anáfora para nomes sortal em contextos de nominais nus (neutros para número); por outro lado, nomes nocionalmente contáveis recuperam a terceira pessoa do plural ie como anáfora nos mesmos contextos

Surface sensing for biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa

YesAggregating and forming biofilms on biotic or abiotic surfaces are ubiquitous bacterial behaviors under various conditions. In clinical settings, persistent presence of biofilms increases the risks of healthcare-associated infections and imposes huge healthcare and economic burdens. Bacteria within biofilms are protected from external damage and attacks from the host immune system and can exchange genomic information including antibiotic-resistance genes. Dispersed bacterial cells from attached biofilms on medical devices or host tissues may also serve as the origin of further infections. Understanding how bacteria develop biofilms is pertinent to tackle biofilm-associated infections and transmission. Biofilms have been suggested as a continuum of growth modes for adapting to different environments, initiating from bacterial cells sensing their attachment to a surface and then switching cellular physiological status for mature biofilm development. It is crucial to understand bacterial gene regulatory networks and decision-making processes for biofilm formation upon initial surface attachment. Pseudomonas aeruginosa is one of the model microorganisms for studying bacterial population behaviors. Several hypotheses and studies have suggested that extracellular macromolecules and appendages play important roles in bacterial responses to the surface attachment. Here, I review recent studies on potential molecular mechanisms and signal transduction pathways for P. aeruginosa surface sensing.This work is supported by University of Bradfor

Entrevista com Glauber Romling da Silva

Glauber Romling discusses his perspective regarding the translation of indigenous languages.Glauber Romling da Silva presenta sus pespectivas en lo referente a la traducción de lenguas indígenas.Glauber Romling da Silva présente ses perspectives à propos de la traduction des langues autochtonesGlauber Romling da Silva apresenta a sua perspectiva sobre a tradução de línguas indígenas

Analise acerca de tribunais jurisdicionais a partir da teoria do trilema judicial: Um estudo de caso do Tribunal Penal Internacional e do Supremo Tribunal Federal brasileiro

This essay intends to analyze, from the application of the theory of the judicial trilemma of professors Jeffrey L. Dunoff and Mark A. Pollack, the functioning of the International Criminal Court (ICC) and the Federal Supreme Court of Brazil. This theory was developed a priori to understand the functioning of international courts, however it was extended to the study of national supreme courts, such as the Supreme Court of the United States that the authors analyze. With the purpose of extending the use of this theory in studies of international and constitutional law, the article proposes to analyze the ICC and the Brazilian supreme court. For this, the theory of the judicial trilemma is first presented, in addition to its methodological and theoretical bases, and then it deals with the two cases that this essay intends to analyze. As a secondary objective, this essay seeks to disseminate the theory of the judicial trilemma to the public in other areas of human and social sciences, not being restricted to specialists of international courts and international law.Este ensaio pretende analisar, a partir da aplicação da teoria do trilema judicial dos professores Jeffrey L. Dunoff e Mark A. Pollack, o funcionamento do Tribunal Penal Internacional (TPI) e do Supremo Tribunal Federal (STF). Essa teoria foi desenvolvida a priori para entender o funcionamento das cortes internacionais, mas que se estendeu para o estudo das cortes supremas nacionais, como a Suprema Corte dos Estados Unidos que os autores analisam. Com o propósito de estender o emprego dessa teoria nos estudos de direito internacional e constitucional, o presente ensaio propõe analisar o TPI e a suprema corte brasileira. Para isto, antes é apresentada a teoria do trilema judicial, além das suas bases metodológicas e teóricas, para depois tratar dos dois casos que este ensaio pretende analisar. Como objetivo secundário, o presente ensaio busca difundir a teoria do trilema judicial para o público de outras áreas das ciências humanas e sociais aplicadas, não se restringindo aos estudiosos de cortes internacionais e do direito internacional