Improving Transactional Memory Performance for Irregular Applications

Postprint de autor publicado posteriormente con este DOI:http://dx.doi.org/10.1016/j.procs.2015.05.398Transactional memory (TM) offers optimistic concurrency support in modern multicore archi- tectures, helping the programmers to extract parallelism in irregular applications when data dependence information is not available before runtime. In fact, recent research focus on ex- ploiting thread-level parallelism using TM approaches. However, the proposed techniques are of general use, valid for any type of application. This work presents ReduxSTM, a software TM system specially designed to extract maxi- mum parallelism from irregular applications. Commit management and conflict detection are tailored to take advantage of both, sequential transaction ordering to assure correct results, and privatization of reduction patterns, a very frequent memory access pattern in irregular applications. Both techniques are used to avoid unnecessary transaction aborts. A function in 300.twolf package from SPEC CPU2000 was taken as a motivating irregular program. This code was parallelized using ReduxSTM and an ordered version of TinySTM, a state-of-the-art TM system. Experimental evaluation shows that ReduxTM exploits more parallelism from the sequential program and obtains better performance than the other system.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Mejorando el rendimiento de la memoria transaccional para aplicaciones irregulares

La Memoria Transaccional (TM) ofrece un modelo de ejecución concurrente optimista en arquitecturas multinúcleo, permitiendo a los programadores extraer paralelismo cuando la información de las dependencias de datos no está disponible hasta la ejecución ́del programa. Existe investigación reciente enfocada a explotar paralelismo a nivel de hilo usando TM. Sin embargo estas propuestas son de uso general, válidas para cualquier tipo de aplicación. Este trabajo presenta ReduxSTM, un TM software especialmente diseñado para mejorar la extracción de paralelismo en aplicaciones irregulares. La gestión de las versiones y la detección de conflictos se han diseñado para aprovechar tanto la ordenación secuencial de las transacciones, necesaria para asegurar la corrección de los resultados, como la privatización de patrones de reducción, un patrón de acceso a memoria muy frecuente en aplicaciones irregulares. La información adicional que proporcionan estas propiedades en tiempo de ejecución se utiliza para evitar abortos transaccionales innecesarios. Se ha elegido una función del benchmark 300.twolf de la suite SPEC CPU2000 como ejemplo de programa irregular con reducciones. Este código se ha paralelizado mediante TM utilizando ReduxSTM y una versión ordenada de TinySTM. Los resultados muestran que ReduxSTM es capaz de explotar más paralelismo

An Experience of e-assessment in an Introductory Course on Computer Organization

This work describes how the CTPracticalsMoodle module can be used for e-assessment in an introductory course on computer organization, where the practical content consists of the design and simulation of a basic CPU implemented using Logisim, a schematic-based educational tool for the design and simulation of digital circuits. A previous work extended this module to support the verification of codes written in Matlab. This work shows how this feature can be exploited to invoke external tools, i.e. Logisim, not only for the automatic verification of the student submissions, but also for a detailed analysis of the results that improves the assessment. The paper will also present some customization of Logisim that was necessary to improve its batch mode simulation in order to add some useful options that make it generate a richer output format.Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech.Proyectos de Innovación Educativa PIE08-062 y PIE10-140. Universidad de Málaga

The corn smut (‘Huitlacoche’) as a new latform for oral vaccines

"The development of new alternative platforms for subunit vaccine production is a priority in the biomedical field. In this study, Ustilago maydis, the causal agent of common corn smut or 'huitlacoche' has been genetically engineered to assess expression and immunogenicity of the B subunit of the cholera toxin (CTB), a relevant immunomodulatory agent in vaccinology. An oligomeric CTB recombinant protein was expressed in corn smut galls at levels of up to 1.3 mg g(-1) dry weight (0.8% of the total soluble protein). Mice orally immunized with 'huitlacoche'-derived CTB showed significant humoral responses that were well-correlated with protection against challenge with the cholera toxin (CT). These findings demonstrate the feasibility of using edible corn smut as a safe, effective, and low-cost platform for production and delivery of a subunit oral vaccine. The implications of this platform in the area of molecular pharming are discussed.

Desarrollo educativo al servicio del desarrollo social

La publicación recoge las aportaciones y los trabajos realizados con motivo del "Proyecto de apoyo y fortalecimiento educacional en gestión directiva y competencias profesionales docentes", promovido por varias instituciones, coordinado por el Equipo de Desarrollo Organizacional (EDO) de la Universidad Autónoma de Barcelona; y subvencionado por la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID). La finalidad del proyecto, en el que se enmarcan las aportaciones de la publicación, es construir una red de cooperación y apoyo con y entre los centros educativos dependientes de la municipalidad de Coyhaique (Chile), para impulsar la mejora educativa y con ella el desarrollo social y cultural del territorio. La temática enlaza con la labor promotora del desarrollo y el liderazgo que las universidades han de realizar en su contexto referencial; además, de potenciar el rol y el compromiso del profesorado en esos procesos. Durante los dos años y medio transcurridos en la materialización del proyecto, la labor realizada en 12 escuelas dependientes del Departamento de Educación de la municipalidad de Coyhaique ha sido intensa por la cantidad de acciones y actividades desarrolladas, fructífera en relación al proceso de desarrollo de colaboración interuniversitaria de la Universidad de Talca y la Universidad Autónoma de Barcelona y muy satisfactoria en relación a los procesos iniciados y a los indicadores de éxito ya alcanzados. La aportación recoge reflexiones sobre la temática y realizaciones de los doce centros. La proyección última es la de mejorar la capacidad de los centros para promover los cambios que posibiliten aumentar su calidad educativa e, indirectamente, mejorar el desarrollo social a partir de una mejor cualificación de sus recursos humanos y de una mayor implicación social de los promotores del mismo

Hepatic levels of S-adenosylmethionine regulate the adaptive response to fasting

26 p.-6 fig.-1 tab.-1 graph. abst.There has been an intense focus to uncover the molecular mechanisms by which fasting triggers the adaptive cellular responses in the major organs of the body. Here, we show that in mice, hepatic S-adenosylmethionine (SAMe)—the principal methyl donor—acts as a metabolic sensor of nutrition to fine-tune the catabolic-fasting response by modulating phosphatidylethanolamine N-methyltransferase (PEMT) activity, endoplasmic reticulum-mitochondria contacts, β-oxidation, and ATP production in the liver, together with FGF21-mediated lipolysis and thermogenesis in adipose tissues. Notably, we show that glucagon induces the expression of the hepatic SAMe-synthesizing enzyme methionine adenosyltransferase α1 (MAT1A), which translocates to mitochondria-associated membranes. This leads to the production of this metabolite at these sites, which acts as a brake to prevent excessive β-oxidation and mitochondrial ATP synthesis and thereby endoplasmic reticulum stress and liver injury. This work provides important insights into the previously undescribed function of SAMe as a new arm of the metabolic adaptation to fasting.M.V.-R. is supported by Proyecto PID2020-119486RB-100 (funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033), Gilead Sciences International Research Scholars Program in Liver Disease, Acción Estratégica Ciberehd Emergentes 2018 (ISCIII), Fundación BBVA, HORIZON-TMA-MSCA-Doctoral Networks 2021 (101073094), and Redes de Investigación 2022 (RED2022-134485-T). M.L.M.-C. is supported by La CAIXA Foundation (LCF/PR/HP17/52190004), Proyecto PID2020-117116RB-I00 (funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033), Ayudas Fundación BBVA a equipos de investigación científica (Umbrella 2018), and AECC Scientific Foundation (Rare Cancers 2017). A.W. is supported by RTI2018-097503-B-I00 and PID2021-127169OB-I00, (funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033) and by “ERDF A way of making Europe,” Xunta de Galicia (Ayudas PRO-ERC), Fundación Mutua Madrileña, and European Community’s H2020 Framework Programme (ERC Consolidator grant no. 865157 and MSCA Doctoral Networks 2021 no. 101073094). C.M. is supported by CIBERNED. P.A. is supported by Ayudas para apoyar grupos de investigación del sistema Universitario Vasco (IT1476-22), PID2021-124425OB-I00 (funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and “ERDF A way of making Europe,” MCI/UE/ISCiii [PMP21/00080], and UPV/EHU [COLAB20/01]). M.F. and M.G.B. are supported by PID2019-105739GB-I00 and PID2020-115472GB-I00, respectively (funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033). M.G.B. is supported by Xunta de Galicia (ED431C 2019/013). C.A., T.L.-D., and J.B.-V. are recipients of pre-doctoral fellowships from Xunta de Galicia (ED481A-2020/046, ED481A-2018/042, and ED481A 2021/244, respectively). T.C.D. is supported by Fundación Científica AECC. A.T.-R. is a recipient of a pre-doctoral fellowship from Fundación Científica AECC. S.V.A. and C.R. are recipients of Margarita Salas postdoc grants under the “Plan de Recuperación Transformación” program funded by the Spanish Ministry of Universities with European Union’s NextGeneration EU funds (2021/PER/00020 and MU-21-UP2021-03071902373A, respectively). T.C.D., A.S.-R., and M.T.-C. are recipients of Ayuda RYC2020-029316-I, PRE2019/088960, and BES-2016/078493, respectively, supported by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and by El FSE invierte en tu futuro. S.L.-O. is a recipient of a pre-doctoral fellowship from the Departamento de Educación del Gobierno Vasco (PRE_2018_1_0372). P.A.-G. is recipient of a FPU pre-doctoral fellowship from the Ministry of Education (FPU19/02704). CIC bioGUNE is supported by Ayuda CEX2021-001136-S financiada por MCIN/AEI/10.13039/501100011033. A.B.-C. was funded by predoctoral contract PFIS (FI19/00240) from Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) co-funded by Fondo Social Europeo (FSE), and A.D.-L. was funded by contract Juan Rodés (JR17/00016) from ISCIII. A.B.-C. is a Miguel Servet researcher (CPII22/00008) from ISCIII.Peer reviewe

Gestión del conocimiento. Perspectiva multidisciplinaria. Volumen 10

El libro “Gestión del Conocimiento. Perspectiva Multidisciplinaria”, Volumen 10, de la Colección Unión Global, es resultado de investigaciones. Los capítulos del libro, son resultados de investigaciones desarrolladas por sus autores. El libro es una publicación internacional, seriada, continua, arbitrada de acceso abierto a todas las áreas del conocimiento, que cuenta con el esfuerzo de investigadores de varios países del mundo, orientada a contribuir con procesos de gestión del conocimiento científico, tecnológico y humanístico que consoliden la transformación del conocimiento en diferentes escenarios, tanto organizacionales como universitarios, para el desarrollo de habilidades cognitivas del quehacer diario. La gestión del conocimiento es un camino para consolidar una plataforma en las empresas públicas o privadas, entidades educativas, organizaciones no gubernamentales, ya sea generando políticas para todas las jerarquías o un modelo de gestión para la administración, donde es fundamental articular el conocimiento, los trabajadores, directivos, el espacio de trabajo, hacia la creación de ambientes propicios para el desarrollo integral de las instituciones

Diseño del compilador de la máquina virtual inmortal iVM

Conservar la información digital durante mucho tiempo es difı́cil, incluso cuando se utiliza un medio de almacenamiento pasivo duradero, como una pelı́cula fotográfica almacenada en las condiciones adecuadas. En dicho soporte, se pueden combinar descripciones analógicas, legibles por humanos, con información digital codificada. Sin embargo, después de cientos de años, es posible que los formatos utilizados para representar y codificar esta información se hayan olvidado, y es posible que cualquier código fuente sobreviviente no se pueda compilar y ejecutar simplemente. Explicar cómo interpretar los datos almacenados en un formato complejo corre el riesgo de cometer errores hoy y futuros malentendidos. El proyecto de máquina virtual inmortal (Immortal Virtual Machine, iVM) introduce una máquina abstracta con una descripción normal muy sencilla. Si junto con la información digital, se preservan la propia descripción de la máquina, y los binarios necesarios para decodificar la información codificados para la máquina abstracta, las generaciones futuras podrán decodificar y presentar la información simplemente implementando esta máquina. Este artı́culo pone el foco en el desarrollo del compilador de C para la máquina virtual, que ha sido desarrollado sobre la infraestructura de compilación GCC.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech