Translation conditional models for protein coding sequences

A coding sequence is defined as a DNA sequence coding the primary structure of a protein (a polypeptide). Such a sequence must satisfy a specific constraint, which consists in coding a functional protein, As the genetic code is degenerated, there exists, for a given polypeptide, a set of synonymous sequences which would code the same polypeptide, Translation conditional models are being defined on such sets. The aim of this paper is to give a common formalism, Besides the codon bias model, a few other conditional models will be defined. Statistical estimators and comparison methods will be briefly presented. These models can be used for gene classification, or to find out, in a real sequence, remarkable features. An example will be presented on Escherichia coli genes

Challenges in first-principles NPT molecular dynamics of soft porous crystals: A case study on MIL-53(Ga)

Soft porous crystals present a challenge to molecular dynamics simulations with flexible size and shape of the simulation cell (i.e., in the NPT ensemble), since their framework responds very sensitively to small external stimuli. Hence, all interactions have to be described very accurately in order to obtain correct equilibrium structures. Here, we report a methodological study on the nanoporous metal-organic framework MIL-53(Ga), which undergoes a large-amplitude transition between a narrow- and a large-pore phase upon a change in temperature. Since this system has not been investigated by density functional theory (DFT)-based NPT simulations so far, we carefully check the convergence of the stress tensor with respect to computational parameters. Furthermore, we demonstrate the importance of dispersion interactions and test two different ways of incorporating them into the DFT framework. As a result, we propose two computational schemes which describe accurately the narrow- and the large-pore phase of the material, respectively. These schemes can be used in future work on the delicate interplay between adsorption in the nanopores and structural flexibility of the host material

Multiscale composite optimization with design guidelines

http://www.emse.fr/~leriche/Full_Paper_Irisarri_Le_Riche_final.pdfInternational audienceComposites show two distinctive features that affect the way in which they are optimized. Firstly, manufacturing strongly interacts with structural performance. Secondly, composites can be described at different scales. This article summarizes contributions that address both features. It is shown how design guidelines can be accounted for in laminate blended design through stacking sequence tables and specialized evolutionary algorithms. It is also explained how the optimization can be made more efficient by simultaneously working at the ply and laminate levels

Optimisation des empilements dans les structures composites stratifiées avec arrêts de plis

http://www.emse.fr/~leriche/JNC18_IRISARRI_Article_8.pdfCet article introduit le concept de table de drapage pour la conception optimale de structures composites stratifiées avec arrêts de plis. La table de drapage décrit la série des arrêts de plis assurant la transition entre un empilement maître épais et un empilement plus fin. Une structure stratifiée d'épaisseur variable est représentée par une table de drapage combinée à une distribution d'épaisseur sur les régions de la structure. Un algorithme évolutionnaire est spécialisé pour l'optimisation des tables de drapage. L'optimisation de la série des arrêts de plis à l'aide de l'algorithme proposé permet de satisfaire des règles de conception qui n'avaient pu être introduites dans les études publiées à ce jour. Un large ensemble de règles de conception, représentatif des exigences industrielles actuelles, est introduit. La méthode est appliquée à un cas -test de la littérature, composé de 18 panneaux, avec des résultats convaincants. En particulier, ces résultats montrent que les règles de conception peuvent être appliquées sans pénaliser significativement le comportement en raideur et la masse de la structure

Conception de structures composites par optimisation locale du matériau

http://www.emse.fr/~leriche/JNC18_LASSEIGNE_Article_8.pdfCet article présente l'étude de conception optimale d'une structure existante destinée au secteur spatial: un pied d'antenne satellite reliant la base d'une antenne de télécommunications au plateau d'un satellite. A partir des données disponibles, un modèle éléments finis (EF) du pied d'antenne est réalisé pour le calcul de pré-dimensionnement. Issus du cahier des charges de la pièce, les objectifs de raideur et de masse, ainsi que les contraintes à la rupture sous un cas de charge dimensionnant, permettent de formuler un problème d'optimisation multicritère sous contraintes. Des contraintes de conception sont ajoutées au modèle afin de réduire l'espace de conception à des structures composites stratifiées fabricables. Le problème concerne deux composites à matrice organique (CMO) stratifiés, le premier conçu à partir de tissus 2D et le deuxième à partir de plis pré-imprégnés unidirectionnels. La résolution du problème est effectuée par un algorithme évolutionnaire (AE) spécialisé dans l'optimisation des tables de drapage. Les résultats obtenus montrent qu'il est possible d'améliorer significativement les performances de la structure

Une méthode Semi-déterministe pour Modéliser les Évanouissements Rapides de Signaux Satellites en Environnements Urbains et Suburbains

International audienceLes communications satellites en milieux urbains se font principalement par des liaisons radios pour lesquelles les ondes électromagnétiques interagissent avec l'environnement, induisant ainsi un phénomène de multitrajets et donc des évanouissements rapides. Afin de modéliser les fluctuations rapides des signaux satellites reçus en tenant compte des spécificités du site de réception, cet article propose une nouvelle approche. Elle permet de définir le paramètre principal de la loi de Nakagami-m en fonction de la caractéristique majeure des multitrajets à savoir les interactions électromagnétiques (réflexions, diffractions). Le logiciel Ergospace basé sur un tracé de rayons sert de support à cette étude

La révision de texte : une comparaison entre réviseurs débutants et expérimentés

Une comparaison de révisions effectuées par des sujets débutants en révision de textes (35 élèves de cinquième secondaire) et des sujets expérimentés (huit enseignants en français) est réalisée à l'aide de quatre textes narratifs hétérographes comprenant des problèmes de trois niveaux de profondeur inspirés du modèle de Faigley et Witte (1981). Les résultats obtenus grâce à cette méthodologie montrent que la révision des débutants se distingue de celle des expérimentés non seulement en ce qui a trait au nombre de corrections effectuées et à l'influence du degré de difficulté des problèmes sur le taux de correction, mais qu'elle se distingue aussi par des différences relatives à l'adéquation du niveau des corrections à celui des problèmes ainsi qu'aux opérations employées pour chacun de ces niveaux.This article compares text revisions made by inexperienced subjects (35 students at the Secondary V level) and expert subjects (8 teachers of French). The four narrative texts presented included various problems related to three levels of text structure (from surface structure to macrostructure) based on the Faigley and Witte (1981) model. The results obtained show that inexperienced subjects' revisions differ from those that are expert not only by the number of corrections made and the impact of the level of problem difficulty on the rate of corrections. These groups were also differentiated by the level of corrections made to problems and by the processes used at each of these levels.Una comparacion de revisiones efectuadas por sujetos novatos en révision de textos (35 estudiantes de quinto ano de secundaria) y por sujetos con experiencia (ocho maestros de francés) se realize utilizando cuatro textos narrativos heterograficos que incluyeron problemas de très nivelés de profundidad inspirados en el modelo de Faigley y Witte (1981). Los resultados obtenidos con esta metodologia muestran que la revision hecha por novatos se distingue no solo por el numéro de correcciones efectuadas y por la influencia del grado de dificultad de los problemas sobre la tasa de correccion, sino también por la adecuacion del nivel de correcciones tanto con el de los problemas como con las operaciones empleadas en cada uno de estos nivelés.Es wurden von Aniangern (35 Schiilern der Mittelschule) und von Experten (8 Franzosischlehrern) unternommene Korrekturen an Hand von vier von anderen geschriebenen Erzâhlungen miteinander verglichen. Die Texte enthielten Schwierigkeiten auf den ersten drei Stufen nach Faigley und Witte (1981). Die Ergebnisse zeigen, dass sich die Korrekturen der Anfânger von denen der Experten nicht nur durch die Anzahl der Verbesserungen und durch die Auswirkung des Schwierigkeitsgrades unterscheiden. Die Unterschiede liegen auch in der relativen Entsprechung zwischen der Stufe der Schwierigkeiten und der der Verbesserungen und in den fur die jeweilige Stufe vorgenommenen Eingriffen

Confidence in College Athletics

I researched the processes used by intercollegiate athletes to maintain confidence throughout their sports career, including how they prepared for games/competitions, how they dealt with pressures, and how other factors affected their performance and thought process during games. For this research, I created and administered an online survey to 70 college athletes across four sports. I found that many things gave the athletes confidence in themselves to play their sport such as family and preparation. However, some things also lowered the respondents’ confidence levels such as failing and negativity. Results imply that athletes, for the most part, seem confident and optimistic. The majority of participants had past struggles with confidence, but were able to overcome them with the support of teammates, coaches, family, and friends

Controlled Emissivity Coatings to Delay Ignition of Polyethylene

International audienceSemi-opaque to opaque films containing small amounts of various aluminium particles to decrease emissivity were easily prepared and coated onto low-density polyethylene (LDPE) sheets. The thermal-radiative properties (reflectivity, transmissivity and absorptivity) of the films were measured and related to the aluminum particles' content, size and nature. Time-to-ignition of samples was assessed using a cone calorimeter at different heat flux values (35, 50 and 75 kW/m 2). The coatings allowed significant ignition delay and, in some cases, changed the material behaviour from thermally thin to thick behaviour. These effects are related both to their emissivity and transmissivity. A lower emissivity, which decreases during the degradation, and a lower transmissivity are the key points to ensure an optimal reaction-to-fire