Sistema de informação laboratorial para o COVID-19

COVID-19, a respiratory disease caused by SARS-CoV-2, first appeared in Wuhan, China, on 31 December 2019. It has since spread worldwide and developed into an ongoing pandemic. Currently, COVID-19 does not have a cure, and prevention is the only way to fight against it. During waves of higher infection cases, tracking the infected population becomes a difficult but crucial task. Only a COVID-19 test can diagnose a person, and RT-PCR tests are the most effective. PORTIC, the research centre for P.Porto, started using its laboratory for RT-PCR tests to diagnose COVID-19 for the P.Porto community and some health centres that belong to ARSN. During this process, the laboratory needs to manage all of the sample and testing information and report the test results. This information management became a burden, and the staff would lose most of the time with administrative tasks. This dissertation’s main objective is to develop a laboratory information system for PORTIC. This system must satisfy the elicited and specified requirements. For that purpose, multiple architectures were analysed, concluding that the clean architecture is the best option for this system. The system supports data importation from multiple external sources, report generation and exportation and the entire sample flow. Its development followed a scrum methodology where each requirement was validated through user acceptance tests at the end of each iteration. To evaluate the system’s success, the laboratory answered a questionnaire to determine the perceived usefulness and ease of use. This concluded that the system was successful since the questionnaire determined that it was extremely useful and easy to use. The developed system is an innovation on COVID-19 testing since there are no real options in the market, and different laboratories can reuse the system to tackle COVID-19 testing.A COVID-19, uma doença respiratória causada pelo SARS-CoV-2, apareceu pela primeira vez em Wuhan, China no dia 31 de dezembro de 2019. Desde então, esta doença espalhou-se por todo o mundo, devenvolvendo-se numa pandemia em curso. Atualmente, não existe cura para a COVID-19, sendo que a única maneira de resistir à doença é através da prevenção. Durante as ondas de grandes números de infeções, rastrear a população infetada transformase numa tarefa árdua mas fundamental. A única maneira de diagnósticar a doença é através de um teste de COVID-19, sendo que os testes de RT-PCR são os mais eficazes. O PORTIC, centro de pesquisa do P.Porto, começou a realizar testes de RT-PCR, no seu laboratório, para diagnosticar COVID-19 à comunidade do P.Porto e para alguns centros de saúde que pertencem à ARSN. Durante este processo, o laboratório precisa de gerir toda a informação sobre as amostras e os testes, assim como reportar os resultados dos testes. Esta gestão de informação tornou-se num incómodo e os funcionários passaram a perder a maior parte do seu tempo com tarefas administrativas. O objetivo principal desta dissertação é o desenvolvimento de um sistema de informação de laboratório para o PORTIC. Este sistema deverá cumprir os requisitos elicitados e especificados. Para esse propósito, foram analisadas diferentes arquiteturas, chegando-se à conclusão de que a clean architecture é a opção mais viável para este sistema. O sistema suporta importação de dados de múltiplas fontes externas, geração e exportação de relatórios e todo o fluxo de amostras. O desenvolvimento do sistema seguiu uma metodologia scrum onde cada requisito foi validado através de testes de aceitação do utilizador no final de cada iteração. Para avaliar o sucesso do sistema, o laboratório respondeu a um questionário para determinar a utilidade e facilidade de utilização percecionada. Isto concluiu que o sistema foi bem sucedido dado que o questionário determinou que foi extremamente útil e fácil de utilizar. O sistema desenvolvido é uma inovação em testes de COVID-19 pois não existem opções no mercado e outros laboratórios podem reutilizar o sistema para endereçar os testes de COVID-19

Aspectos da História Natural de Tropidurus hispidus (Squamata: Iguania: Tropiduridae) em área de Mata Atlântica, nordeste do Brasil

Seasonality, pattern of activity, habitat composition and temperature are factors that exert strong influence on the lives of lizards. Aspects of the natural history (daily and seasonal activity and habitat and microhabitat use) of Tropidurus hispidus were studied in the Serra de Itabaiana National Park, northeastern Brazil. Lizards were caught by noosing between April 2008 and March 2009. Specimens of Tropidurus hispidus were observed throughout the year with higher records in the warmer months (April 2008 and March 2009). They were principally observed in sunny days and were mainly exposed to direct sunlight. The specimens were usually motionless on rocky surfaces but ran after the observer’s approach, hiding in various substrates such as rocks, soil, and bromeliads, among others. Lizards were active throughout the day, with a peak between 8h e 11h. Our results show that the behavior of T. hispidus is affected by seasonality variations, resulting in different patterns of behavior throughout the year.Keywords: Seasonality, microhabitat, niche, lizards.A sazonalidade, o padrão de atividade, a composição de hábitats e a temperatura são fatores que exercem forte influência sobre a vida dos lagartos. Aspectos da história natural (atividade diária e sazonal e uso de hábitat e micro-hábitats) de Tropidurus hispidus foram estudados no Parque Nacional Serra de Itabaiana, nordeste do Brasil. Os lagartos foram capturados com laços entre abril de 2008 e março de 2009. Espécimes de Tropidurus hispidus foram observados ao longo de todo o ano, com maior número de registros nos meses mais quentes (abril de 2008 e março de 2009), principalmente em dias ensolarados, quando encontravam-se expostos à luz direta do sol. Os espécimes estavam normalmente parados sobre a superfície de rochas, mas fugiam após a aproximação do observador, escondendo-se em vários substratos, tais como rochas, solo e bromélias, dentre outros. Os lagartos estiveram ativos durante todo o dia, com um pico entre 8h e 11h. Nossos resultados mostram que o comportamento de T. hispidus é afetado pela sazonalidade, resultando em diferentes padrões de comportamento ao longo do ano.Palavras-chave: Sazonalidade, micro-hábitat, nicho, lagartos

Liver abscess in a patient with fever of undetermined origin- case report

Abscesso hepático é o tipo mais comum de abscesso visceral. Sua prevalência é estimada em 2,3 casos por 100.000 pessoas anualmente e é maior entre homens do que mulheres. O abscesso hepático pode vir acompanhado por sinais e sintomas comuns a outras doenças como febre, emagrecimento e dor no hipocôndrio direito. Dessa forma, o diagnóstico essencialmente clínico é difícil de ser estabelecido. O artigo objetiva discutir o abscesso hepático em paciente com febre de origem indeterminada (FOI), através do relato de caso de um paciente de 43 anos que, dentre outros sintomas, apresentava tosse. O quadro clínico associado a aspectos epidemiológicos, levantaram a suspeita inicial de afecções respiratórias, o que postergou o diagnóstico de abscesso hepático.Liver abscess is the most common type of visceral abscess. The prevalence is estimated at 2.3 cases per 100,000 people annually and is higher among men than women. Liver abscess may be accompanied by signs and symptoms common to other diseases such as fever, weight loss and pain in the right hypochondrium. Thus, the essentially clinical diagnosis is difficult to establish. The article aims to discuss liver abscess in a patient with fever of unknown cause, through the case report of a 43-year-old patient who, among other symptoms, had cough. The clinical condition associated with epidemiological aspects raised the initial suspicion of respiratory disorders, which delayed the diagnosis of liver abscess

Angiotensin II Promotes Skeletal Muscle Angiogenesis Induced by Volume-Dependent Aerobic Exercise Training: Effects on miRNAs-27a/b and Oxidant–Antioxidant Balance

Aerobic exercise training (ET) produces beneficial adaptations in skeletal muscles, including angiogenesis. The renin–angiotensin system (RAS) is highly involved in angiogenesis stimuli. However, the molecular mechanisms underlying capillary growth in skeletal muscle induced by aerobic ET are not completely understood. This study aimed to investigate the effects of volume-dependent aerobic ET on skeletal muscle angiogenesis involving the expression of miRNAs-27a and 27b on RAS and oxidant–antioxidant balance. Eight-week-old female Wistar rats were divided into three groups: sedentary control (SC), trained protocol 1 (P1), and trained protocol 2 (P2). P1 consisted of 60 min/day of swimming, 5×/week, for 10 weeks. P2 consisted of the same protocol as P1 until the 8th week, but in the 9th week, rats trained 2×/day, and in the 10th week, trained 3×/day. Angiogenesis and molecular analyses were performed in soleus muscle samples. Furthermore, to establish ET-induced angiogenesis through RAS, animals were treated with an AT1 receptor blocker (losartan). Aerobic ET promoted higher VO2 peak and exercise tolerance values. In contrast, miRNA-27a and -27b levels were reduced in both trained groups, compared with the SC group. This was in parallel with an increase in the ACE1/Ang II/VEGF axis, which led to a higher capillary-to-fiber ratio. Moreover, aerobic ET induced an antioxidant profile increasing skeletal muscle SOD2 and catalase gene expression, which was accompanied by high nitrite levels and reduced nitrotyrosine concentrations in the circulation. Additionally, losartan treatment partially re-established the miRNAs expression and the capillary-to-fiber ratio in the trained groups. In summary, aerobic ET promoted angiogenesis through the miRNA-27a/b–ACE1/Ang II/VEGF axis and improved the redox balance. Losartan treatment demonstrates the participation of RAS in ET-induced vascular growth. miRNAs and RAS components are promising potential targets to modulate angiogenesis for combating vascular diseases, as well as potential biomarkers to monitor training interventions and physical performance

A relação entre a execução inadequada de exercícios físicos e tendinite: uma revisão de literatura

Exercícios físicos são seguros e benéficos para a saúde. No entanto, se não forem realizados da maneira correta e com o acompanhamento devido, podem trazer consigo lesões. As lesões tendíneas estão entre as mais comuns dentro da prática de esportes e que, dentre outros aspectos clínicos, pode englobar a tendinite, ou seja, a inflamação dos tendões. O presente estudo tem como objetivo avaliar a relação entre a execução inadequada de exercícios físicos e a ocorrência de tendinite. Trata-se de uma revisão integrativa, com uso dos descritores DeCs (Descritores em Saúde) e o Medical Subject Headings (MeSH), nos idiomas português e inglês, com os seguintes termos: “Relação” (relationship), “Execução inadequada” (Inadequate execution), “Tendinite” (Tendinitis). Desta busca, foram encontrados 15 artigos, posteriormente submetidos aos critérios de seleção. A seleção resultou em 6 artigos que foram submetidos à análise seletiva, exploratória e interpretativa no contexto do presente estudo. A partir da revisão bibliográfica dos estudos analisados, conclui-se que fatores neuromusculares e biomecânicos, histórico de roturas, posições anatômicas e história familiar estão presentes nos quadros de tendinite associada à prática ineficaz de exercícios físicos. Importante observar a sobrecarga na força dos movimentos e no tempo de prática. Este estudo também contribuiu para avaliar algumas estratégias de manejo a esse tipo de lesão, a citar a biomecânica e o treinamento de resistência, que parece oferecer resultados promissores no contexto de lesões decorrentes da prática ineficaz de exercícios físicos

Uma revisão integrativa sobre a Colangite Biliar Primária

A colangite biliar primária, um novo nome para a cirrose biliar primária, é uma doença colestática de etiologia autoimune e representa a primeira causa de colestase intra-hepática. Caracteriza-se pela destruição de pequenos dutos biliares ligados à infiltração de linfócitos, com prevalência de 10 a 40 por 100.000 habitantes no mundo. Este estudo teve como objetivo refletir sobre novas informações a respeito da colangite biliar primária. Para isso, foi realizada uma revisão integrativa de literatura, selecionando artigos publicados nas bases de dados Medical Literature Analysis and Retrieval System Online e Literatura Latino-americana e do Caribe em Ciências da Saúde. A partir da análise qualitativa dos dados, obteve-se como conclusão as seguintes descobertas: A PBC é um problema de saúde raro e mal diagnosticado; não há conhecimento ainda sobre as razões da predominância dessa da CBP em mulheres, resposta à terapêutica, distribuição geográfica e mortalidade entre sexos; os casos dessa doença são assintomáticos; a qualidade de vida dos pacientes é comprometida com o agravamento dos casos, onde apresentam inicialmente sinais de prurido (20 a 70% dos casos) e fadiga (entre 50% a 78% dos pacientes); exames de biópsica hepática podem ser tranquilamente substituídos por testes não-invasivos, em análises de rotina de bioquímica hepática; a possiblidade de diagnosticar a PBC pode ser diagnosticada partindo de fatores biológicos exclusivos que indicam a presença de anticorpos anti-mitocondriais e uma elevação da fosfatase alcalina. No entanto é quase possível que o PBC seja soronegativo; a etiologia da CBP não sendo encontra clara, sendo o tratamento difícil; em caso de tratamento, utiliza-se mais ursodesoxicólico, ácido biliar hidrofílico natural que bloqueia a síntese hepática do colesterol, estimulando a síntese de ácidos biliares e restaurando o equilíbrio entre esses

Síndrome de Chiari e Hidrossiringomielia com comprometimento neurológico: um relato de caso

A Malformação de Chiari (MC) pertence a um amplo grupo de raras deformidades estruturais da junção craniocerebelomedular. O tipo I da doença caracteriza-se pela herniação tonsilar ou amigdaliana cerebelar devido à anomalia da base do crânio e da parte superior da coluna cervical, além de a porção medial do lobo inferior do cerebelo pelo canal cervical também se protuberar através do forame magno, impedindo que o líquor flua normalmente através do canal. A real prevalência da doença é desconhecida, pois muitos pacientes com herniação cerebelar são assintomáticos e o problema agrava-se na fase adulta, com queixas de cefaleia intensa e, por vezes, parestesia. O objetivo deste estudo é relatar um caso de síndrome de Chiari (SC) em uma paciente de 53 anos, ao abordar sua apresentação clínica, diagnóstico e tratamento. Paciente do sexo feminino, 53 anos, foi admitida em um hospital da rede pública de referência se queixando de cefaleia occipital intensa e cervicalgia com irradiação da dor para os membros superiores, acompanhada de parestesia nos quatro segmentos. Relatou já sentir dor há 2 anos, mas apresentou piora do quadro clínico há 8 meses. Foi, também, observada incontinência urinária devido à dissinergia detrusora-esfincteriana por provável bexiga neurogênica. Foi, então, realizado exame de imagem de ressonância magnética (RNM) do crânio e da coluna cervical, com obtenção de sequências ponderadas em T1, T2 e STIR, nos planos sagital e transverso com contraste, o qual evidenciou leve alargamento medular, além de sinais de hidrossiringomielia difusa, com hipossinal na sequência T2 intramedular na altura de D1-D2 (coluna dorsal). Foi notada discreta herniação das tonsilas cerebelares junta ao forame magno, típica da SC, sendo, por fim, confirmado o diagnóstico. A paciente, no entanto, não apresentava hidrocefalia, mesmo com a interrupção do fluxo do líquido cefalorraquidiano (LCR) para o canal vertebral. Ela encaixou- se nos parâmetros de indicação cirúrgica, sendo realizada craniotomia occipital, com acesso ao plexo coroide do quarto ventrículo do tronco encefálico com o intuito de elevar as tonsilas cerebelares baixas, herniadas no canal espinhal cervical e bloqueando o fluxo do LCR. Após a descompressão craniocervical, o curso do líquor foi restaurado e a paciente foi, por fim, encaminhada à sala de recuperação pós-operatória. A SC é uma rara doença que apresenta quadro clínico e alterações radiológicas complexas e extensas e, por vezes, o diagnóstico é retardado devido à inespecificidade dos sintomas confundidos com cervicalgias e cefaleias comuns. A hipótese diagnóstica deve ser embasada nas queixas do paciente, na anamnese minuciosa, exame clínico e nos exames de imagens, sendo a prevalência desta patologia de difícil definição e com faixas etárias distintas

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear un derstanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5–7 vast areas of the tropics remain understudied.8–11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world’s most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepre sented in biodiversity databases.13–15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may elim inate pieces of the Amazon’s biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological com munities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple or ganism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region’s vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most ne glected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lostinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio