Spatial continuity structures comparison in four forest formation in the State of São Paulo, Brazil

A teoria clássica de amostragem aplicada a estudos ecológicos geralmente tem o objetivo de realizar inferência sobre os parâmetros de comunidades e populações. No entanto, muitas vezes o interesse é também o reconhecimento do padrão espacial das comunidades. Neste trabalho foram ajustados modelos que permitem comparar as estruturas espaciais de quatro parcelas permanentes instaladas em diferentes formações florestais do estado de São Paulo. Nessas quatro parcelas foram obtidos dados de área basal, biomassa e densidade para sub-parcelas de 20 × 20 m considerando todas as árvores da parcela, árvores localizadas no estrato inferior e médio (estrato sub-bosque) e árvores localizadas no estrato dossel e emergente (estrato dossel). O ajuste e a comparação das estruturas de continuidade espacial das quatro formações florestais foram realizadas por meio de modelagem geoestatística e a seleção de modelos pelo critério de informação de Akaike. Verificou-se que as estruturas de continuidade espacial são distintas entre estratos nas quatro formações, sendo mais visíveis no sub-bosque. Considerando as formações, verificou-se que as estruturas espaciais são diferentes, mais notáveis para a Savana e Ombrófila.Palavras-chave:  Floresta tropical; estratos; modelagem geoestatística; máxima verossimilhança; critério de informação de Akaike. AbstractSpatial continuity structures comparison in four forest formation in the State of São Paulo, Brazil. The classical sampling theory applied to ecological studies generally aim to perform inference on the parameters of communities and populations. However, many times the interest is also the recognition of the community’s spatial pattern. In this study models were adjusted for comparing the spatial structures of four forest formations. Four permanent plots located in different forest formations in São Paulo State were used. Data of basal area, biomass and density were obtained from sub-plots of 20 × 20 m considering all the trees in the plot, trees located in the lower and intermediate strata (understory stratum) and trees located in the canopy and emerging strata (canopy layer). The adjustment and comparison of the structures of spatial continuity of the four forest formations were performed by means of a geostatistic model, and the selection of models by the Akaike information criterion. It was found that the structures of spatial continuity were distinct between the four forest formations strata, being most pronounced in the understory. Considering the forest formation it was found that the spatial structures were different, more pronounced for the Savanna and Dense Rain Forest.Keywords:Tropical forest; strata; geostatistical modeling; maximum likelihood; Akaike information criterion.The classical sampling theory applied to ecological studies generally aim to perform inference on the parameters of communities and populations. However, many times the interest is also the recognition of the community’s spatial pattern. In this study models were adjusted for comparing the spatial structures of four forest formations. Four permanent plots located in different forest formations in São Paulo State were used. Data of basal area, biomass and density were obtained from sub-plots of 20 × 20 m considering all the trees in the plot, trees located in the lower and intermediate strata (understory stratum) and trees located in the canopy and emerging strata (canopy layer). The adjustment and comparison of the structures of spatial continuity of the four forest formations were performed by means of a geostatistic model, and the selection of models by the Akaike information criterion. It was found that the structures of spatial continuity were distinct between the four forest formations strata, being most pronounced in the understory. Considering the forest formation it was found that the spatial structures were different, more pronounced for the Savanna and Dense Rain Forest

Detecção de padrões espaciais na ocorrência do tripes (Thrips tabaci) na cultura da cebola

Onion (Allium cepa) is one of the most cultivated and consumed vegetables in Brazil and its importance is due to the large laborforce involved. One of the main pests that affect this crop is the Onion Thrips (Thrips tabaci), but the spatial distribution of this insect, although important, has not been considered in crop management recommendations, experimental planning or sampling procedures. Our purpose here is to consider statistical tools to detect and model spatial patterns of the occurrence of the onion thrips. In order to characterize the spatial distribution pattern of the Onion Thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms under different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test proved to be a useful tool to test for spatial correlation which, when detected, was described by a mixed spatial Poisson model with a geostatistical random component and parameters allowing for a characterization of the spatial pattern, as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation throughout the area.A cebola é uma das hortaliças mais cultivadas e consumidas no Brasil e sua importância social se deve à grande demanda por mão-de-obra. Uma das principais pragas que afeta essa cultura é o tripes do prateamento (Thrips tabaci) e sua distribuição espacial, embora importante, não tem sido considerada nas recomendações de manejo da cultura, planejamento de experimentos ou estudos amostrais. O objetivo desse artigo foi considerar métodos estatísticos para detectar e modelar padrões espaciais na ocorrência do tripes do prateamento da cebola. Para caracterizar o padrão espacial da dispersão do tripes do prateamento da cebola foi feito um levantamento anotando-se o número de insetos por fase de desenvolvimento em folhas de plantas de cebola, em diferentes datas e pontos amostrais dentro de quatro propriedades com fazendas vizinhas apresentando diferentes níveis de infestação e métodos de plantio. O teste de aleatorização de Mantel mostrou-se útil para testar a presença de padrão espacial, que quando detectado foi descrito por um modelo de Poisson misto espacial com componente aleatório geoestatístico com parâmetros que possibilititam a caracterização do padrão espacial, bem como a obtenção de mapas de predição dos níveis de susceptibilidade à infestação na área.Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES

Spatial pattern detection modeling of thrips (Thrips tabaci) on onion fields

Onion (Allium cepa) is one of the most cultivated and consumed vegetables in Brazil and its importance is due to the large laborforce involved. One of the main pests that affect this crop is the Onion Thrips (Thrips tabaci), but the spatial distribution of this insect, although important, has not been considered in crop management recommendations, experimental planning or sampling procedures. Our purpose here is to consider statistical tools to detect and model spatial patterns of the occurrence of the onion thrips. In order to characterize the spatial distribution pattern of the Onion Thrips a survey was carried out to record the number of insects in each development phase on onion plant leaves, on different dates and sample locations, in four rural properties with neighboring farms under different infestation levels and planting methods. The Mantel randomization test proved to be a useful tool to test for spatial correlation which, when detected, was described by a mixed spatial Poisson model with a geostatistical random component and parameters allowing for a characterization of the spatial pattern, as well as the production of prediction maps of susceptibility to levels of infestation throughout the area.A cebola é uma das hortaliças mais cultivadas e consumidas no Brasil e sua importância social se deve à grande demanda por mão-de-obra. Uma das principais pragas que afeta essa cultura é o tripes do prateamento (Thrips tabaci) e sua distribuição espacial, embora importante, não tem sido considerada nas recomendações de manejo da cultura, planejamento de experimentos ou estudos amostrais. O objetivo desse artigo foi considerar métodos estatísticos para detectar e modelar padrões espaciais na ocorrência do tripes do prateamento da cebola. Para caracterizar o padrão espacial da dispersão do tripes do prateamento da cebola foi feito um levantamento anotando-se o número de insetos por fase de desenvolvimento em folhas de plantas de cebola, em diferentes datas e pontos amostrais dentro de quatro propriedades com fazendas vizinhas apresentando diferentes níveis de infestação e métodos de plantio. O teste de aleatorização de Mantel mostrou-se útil para testar a presença de padrão espacial, que quando detectado foi descrito por um modelo de Poisson misto espacial com componente aleatório geoestatístico com parâmetros que possibilititam a caracterização do padrão espacial, bem como a obtenção de mapas de predição dos níveis de susceptibilidade à infestação na área

A proposal for using data from antimicrobial prescriptions: the EUREQA experience

This study demonstrates that the use of information from medical prescriptions is essential for understanding the dynamics of community bacterial resistance. The resulting analysis can also influence and help establish more adequate public health policies on the control and optimization of antimicrobial use. The article demonstrates the use of a logical model developed by the EUREQA project for acquisition, classification, interpretation, and analysis of data from prescriptions for oral antimicrobial use.A presente nota pesquisa demonstra que o uso das informações de receituário ou prescrição médica tem fundamental valor para a compreensão das correlações da dinâmica da resistência bacteriana comunitária. Além disso, a análise dos dados gerada pode ajudar a estabelecer medidas e políticas de saúde pública mais adequadas para o controle e a otimização do consumo de antimicrobianos. Para isso, o artigo usa como base o modelo lógico desenvolvido pelo Projeto EUREQA voltado para aquisição, classificação, interpretação e análise das informações relacionadas à prescrição dos antimicrobianos de uso oral.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Instituto Nacional de Pesquisas EspaciaisUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Escola Paulista de MedicinaUniversidade Federal do Paraná Laboratório de Estatística e GeoinformaçãoUNIFESP, EPMSciEL

Um Ambiente para Monitoramento da Morte Súbita dos Citrus

This article describes the implementation and applications of computational-statistical surveillance system for the Citrus Sudden Death Disease. The data is stored in a spatio-temporal TerraLib database and statistical analysis are performed using functions written as a add-on package for the R language called Rcitrus which implements some specialized statistical methods and also interfaces with other packages such as geoR, geoRglm and splancs. The interaction between the statistical environment and the database is provided by the package aRT.Pages: 223-23

Aplicação de métodos geoestatísticos para identificação de dependência espacial na análise de dados de um ensaio de espaçamento florestal em delineamento sistemático tipo leque Application of geostatistical methods to identify spatial dependence in the data analysis of a forest spacing experiment with a fan systematic design

Os delineamentos sistemáticos se destacam pela sua compacidade e abrangência e por permitir testar maior número de espaçamentos possíveis. No entanto, não é utilizado devido ao arranjo sistemático (não casualizado) das plantas e à alta sensibilidade para valores perdidos. O objetivo deste trabalho foi descrever o modelo geoestatístico e métodos associados de inferência no contexto de análise de experimentos não aleatorizados, reportando resultados aplicados para identificar a dependência espacial em um particular experimento em delineamento sistemático tipo leque de Eucalyptus dunnii. Também foram propostas, analisadas e comparadas diferentes alternativas para tratar dados faltantes que pudessem advir de falhas e, ou, mortalidade de plantas. Os dados foram analisados seguindo-se três modelos que diferiram, com co-variáveis, na forma de tratar os dados faltantes. Para cada um destes foi construído um semivariograma, com o ajuste de três modelos de função de correlação, sendo os parâmetros estimados pelo método de máxima verossimilhança e selecionados pelo critério de Akaike. Esses modelos, com e sem o componente espacial, foram comparados pelo teste da razão de verossimilhança. De acordo com os resultados, verificou-se que: (1) as co-variáveis interagiram positivamente com a variável de resposta, evitando que dados coletados sejam desperdiçados; (2) a comparação dos modelos, com e sem o componente espacial, não confirmou a existência de dependência; (3) a incorporação da estrutura de dependência espacial aos modelos observacionais recuperou a capacidade de fazer inferências válidas na ausência de aleatorização, permitindo contornar problemas operacionais e, assim, garantindo que os dados possam ser submetidos a uma análise clássica.<br>The systematic design stands out for its compactness, broadness and for allowing the testing of a larger number of spacings. However, it is not used due to the systematic arrangement (non-randomized) of the plants and the high sensibility for missing values. The aim of this work was to describe the geostatistic model and associated methods of inference in the analysis context of non-randomized experiment, reporting applied results to identify the spatial dependence in a fan systematic design of Eucalyptus dunnii. Furthermore, different alternatives for treating missing values that can occur from flaws and/or mortality of plants were proposed, analyzed and compared. Data were analyzed by three models that differed, with covariates, in the form of modeling missing data values. A semivariogram was built for each model, adjusting three correlation function models, being the parameters estimated through the maximum likelihood method and selected by the Akaike's criterion. These models, with and without the spatial component, were compared by the likelihood ratio test. The results showed that: (1) the covariates interacted positively with the response variable, avoiding data to be discarded; (2) the model comparison, with and without the spatial component, did not confirm the existence of dependence; (3) the incorporation of the spatial dependence structure into the observational models recovered the capacity to make valid inferences in the absence of randomization, overcoming operational problems and guaranteeing that the data can be subjected to classic analysis