Structure and tree diversity of lowland limestone forest on Seram Island, Indonesia

There have previously been very few studies of forests on Seram Island in the Eastern Indonesian archipelago and none before on lowland limestone primary forests. The COLUPSIA project on collaborative land use planning has therefore chosen Seram as one of two project sites. The objective of the COLUPSIA project is to establish collaborative and equitable land use planning. In order to achieve its objective the COLUPSIA project aims to improve understanding of traditional resource management and how it interacts with governmental systems, as well as enhancing knowledge about tropical landscapes and ecosystem services. The aim of this study was to contribute to the COLUPSIA project through describing lowland limestone forest on Seram Island in respect to (1) forest structure, (2) tree species richness and (3) tree species composition. We set up 5 plots, each of 0.2 ha, at one site, Mawalai, and collected data on tree variables (tree diameter ≥10 cm) as well as for some other life forms and environmental data. I made comparisons both within the Mawalai site and between sites, where I compared data from the Mawalai site with two 1 ha plots that were already set up at one site each, within the same forest type. Results varied depending on scale; tree species composition differed between some plots within one site, but much more between different sites where groupings per site were clear in NMS ordinations. Forest structure, in terms of diameter and stem density, differed between sites. A combination of the two, basal area, also varied within site. Species richness differed between one less species rich site (one 1 ha plot, 59 species) and the two other, more species rich sites (one 1 ha plot, 96 species and five 0.2 ha plots, 95 species), but did not differ significantly within the Mawalai site. Spatial distance and the amount of surface rock cover might explain a large portion of the variation seen both in between sites and between plots within site. It is however not possible to distinguish between the two in this study since they correlate and the rock cover gradient is insufficient. As one of few studies on limestone forest in Malesia this is also an example of what tree species might occur there. The distributions of tree species found in the study, based on a small sample, varied; some species have distributions towards New Guinea and Australia, others have Western distributions and some are restricted to the near region.Tropisk regnskog är kanske det mest artrika ekosystemet och samtidigt ett av de minst Tropisk regnskog är kanske det mest artrika ekosystemet på jorden och samtidigt ett av de minst kända. Det finns många platser som sällan eller aldrig studerats och den höga artrikedomen försvårar för ekologiska studier eftersom många av arterna är okända. I Indonesiens övärld har ekologiska studier främst gjorts på de stora öarna medan det på ön Seram, i östra delen av landet, bara har genomförts ett fåtal studier. Seram är speciell eftersom en stor del av ön består av kalk, något som är ovanligt, och eftersom avskogningen inte har varit så stor där än. Tropisk kalkskog är ofta mindre produktiv och har inte studerats särskilt mycket. Det finns exempel på några studier av kalkskog på öar i Sydostasien, men ingen har tidigare gjorts av låglänt kalkskog på Seram. Ett större tvärvetenskapligt projekt (COLUPSIA) som arbetar för att främja gemensam markanvändningsplanering använder Seram som ett av två studieområden. Ett mål med projektet är att testa metoder som kan användas för att olika parter som berörs ska kunna vara delaktiga i planeringen av hur mark används. För att nå projektmålen så behövs mer information om både traditionell resurshantering och statliga styrsystem. Det behövs samtidigt en ökad kunskap om marken som planeringen berör: de tropiska landskapen och deras ekosystemtjänster. Syftet med min studie var att bidra till COLUPSIA -projektet genom att beskriva låglänt naturskog på kalkmark på ön Seram. Det gjorde jag med avseende på (1) skogens struktur, (2) trädartsrikedom och (3) trädartssammansättning. Tillsammans med fältassistenter från den närmsta byn mätte jag diameter och höjd på träd och samlade in löv för att träden skulle kunna artbestämmas. För att försöka förstå vad sammansättningen av trädarter påverkas av så samlade jag även in information av några olika miljöfaktorer (t ex andel mark täckt av sten, markens lutning, förekomst av vatten). Sedan jämförde jag de data som jag samlat in med data från två andra områden som redan studerats inom ramarna för COLUPSIA -projektet. Det visade sig att både geografiskt avstånd och mängden ytlig sten skulle kunna förklara en stor del av variationen i trädartsammansättning både mellan olika om-råden och inom samma område. Artrikedomen var generellt hög men lägre i ett område (en yta 1 ha, 59 trädarter) än i de två andra områdena (en yta 1 ha, 96 trädarter och fem ytor á 0,2 ha, 95 trädarter). Det är viktigt att veta hur variationen inom en skogstyp ser ut vid markanvändningsplanering. Det kan t ex gälla utvärdering av hur mycket kol som lagras i olika delar av skogen (t ex för REDD+). Det kan också handla om i vilka delar av skogen som det finns flest arter, något som kan vägas in vid prioritering av områden vid naturvårdsplanering. På grund av den dåliga kunskapen är också den grundläggande beskrivningen av trädartsammansättningen av intresse

Responses of tree-associated species to forest management

In forests there are many organisms that depend on trees. When forests are managed the environment for tree-associated species changes, and a lot of their habitat is lost. In boreal forests it is common with clearcutting, where almost all trees are harvested. In addition, with an increased demand for biofuel, the extraction of tree tops, branches and stumps is expanding. At the same time, some trees are retained in the open conditions after clearcutting for conservation purposes. In the boreal forests of Sweden, tree species richness is poor but the richness of flora and fauna of species associated with trees is high. I have analyzed the responses of epiphytic lichens to the environmental change on retained trees when the surrounding forest is clearcut. I have also analyzed the responses of saproxylic beetles to stump extraction in the landscape. Overall, there is a wide variety of species responses, and they can be difficult to predict. Sometimes tree traits, such as successional strategy, can help predict the responses of tree-associated species to environmental change. Sometimes the traits of the tree-associated species themselves can drive their response to environmental change. For lichens, species associated with the late-successional Norway spruce occur less on trees retained at clearcuts than on trees in closed-canopy forest. The pattern is the opposite for lichen species associated with early-successional tree species. Some lichen traits can also drive species responses to the open environment after clearcutting; characteristics that seem to increase the probability of lichens to occur on trees retained at clearcutting are a foliose or fruticose growth form, thallus sunscreen, or asexual reproduction. The responses of saproxylic beetles to landscape stump extraction varies, with predators more negatively affected than lower trophic levels. In an attempt to elucidate different aspects of the distribution of responses, I suggest ways to develop the concept of response diversity. The diverging responses of species to forest management entails different requirements for their conservation

Biomarkers of brain function in psychosis and their genetic basis

Psychotic disorders, including schizophrenia and bipolar disorder, are amongst the most severe and enduring mental illnesses. Recent research has identified several genetic variants associated with an increased risk of developing psychosis; however, it remains largely unknown how these lead to the illness. This is where endophenotypes – heritable traits associated with the illness and observed in unaffected family members of patients – could be valuable. Endophenotypes are linked to the genetic underpinnings of disorders, and can help elucidate the functional effects of genetic risk variants. This thesis investigates endophenotypes for psychosis, with the overall aim of identify such biological markers, as well as to examine the relationships between different endophenotypes and their associations with genetic risk for psychosis. A family design has been used throughout, including patients with psychosis, their unaffected first-degree relatives, as well as healthy controls. In chapter 1, I review the endophenotype approach and those markers proposed for psychosis genetic research. Chapters 2 and 3 investigate whether different neurophysiological measures are potential endophenotypes for psychosis. In chapter 2, resting state EEG was studied and it was shown that risk groups, including unaffected relatives and people with an at-risk mental state, presented no abnormalities. This suggests that – rather than endophenotypes – the low frequency electrophysiological abnormalities seen in chronic patients in this study might be related to illness progression or long-term medication effects, and be more useful as biomarkers in non-genetic research. In chapter 3, I used dynamic causal modelling to investigate effective connectivity – the influence that one neuronal system exerts over another – underlying the mismatch negativity evoked potential, a marker of pre-attentive auditory perception. Results indicate that, compared to controls, both patients and their relatives show abnormalities of the excitability of superficial pyramidal cells in prefrontal cortex. Hence, this appears to be linked to the genetic aetiology of psychosis, and constitutes a potential endophenotype. Chapters 4 and 5 investigate several pre-identified endophenotypes for psychosis: Electrophysiological (the P300 event related potential), cognitive (working memory, spatial visualisation, and verbal memory), and neuroanatomical (lateral ventricular volume). In chapter 4, the associations between these endophenotypes were examined. Results showed that the P300 amplitude and latency are independent measures; the former indexing attention and working memory and the latter possibly a correlate of basic speed of processing. Importantly, individuals with psychosis, their unaffected relatives, and healthy controls all showed similar patterns of associations between all pairs of endophenotypes, supporting the notion of a continuum of psychosis across the population. Lastly, in chapter 5, polygenic risk scores – a measure of the combined effect of a large number of common genetic risk variants – were used to investigate the relationships between genetic risk for schizophrenia and bipolar disorder, and the endophenotypes studied in the previous chapter. Results showed that higher polygenic score for schizophrenia nominally predicts poorer performance on a spatial visualisation task; providing some evidence that the two traits share genetic risk variants as hypothesised. No other associations approached significance, possibly due to insufficient statistical power. However, as discovery samples grow, the use of polygenic scores is promising. This thesis has thus contributed to the field of mental health research by investigating key electrophysiological, cognitive and imaging endophenotypes for psychosis, as well as their genetic influences. Well defined and reliably measured endophenotypes are valuable in mental health research by clarifying the functional effects of identified genetic risk factors, and by providing ways of identifying groups of people with similar abnormalities, both within and between current diagnostic categories

Tillstånd för gräsmarksnaturtyper 2020 – 2022

Inom NILS inventeringar ingår sedan 2020 variabler som samlar in data på naturtypers kvalitet. I den här rapporten presenterar vi resultaten av ett första test i att använda data från de kvalitetsvariablerna för att skatta hur stora andelar av naturtypers areal som är i fullgott tillstånd

Arealskattningar utifrån NILS gräsmarks- och lövskogsinventeringar 2020-2022

NILS gräsmarks- och lövskogsinventeringar startade 2020 och har nu tre års fältdata. Syftet med inventeringarna är bl.a. att bidra med information om arealer och tillstånd för naturtyper nationellt i Sverige. Det gäller såväl naturtyper inom annex I i EU:s art- och habitatdirektiv (annex I-naturtyper) som mer generella naturtyper, där kraven för annex I inte nödvändigtvis är uppfyllda, för att ge en helhetsbild av svenska gräsmarker och lövskogar. I den här rapporten presenterar vi kombinerade arealskattningar och relativa medelfel för gräsmarks- och lövskogsnaturtyper baserat på data från åren 2020–2022. De tre årens data omfattar 342 804 flygbildsinventerade provytor varav 4 861 provytor är inventerade i fält. Inventeringarna inom NILS nya generella ramverk följer ett femårigt inventeringsintervall, återinventeringen börjar 2025 för gräsmarks- och lövskogsinventeringarna

Associations between polygenic risk scores for four psychiatric illnesses and brain structure using multivariate pattern recognition

Psychiatric illnesses are complex and polygenic. They are associated with widespread alterations in the brain, which are partly influenced by genetic factors. There have been some attempts to relate polygenic risk scores (PRS) - a measure of the overall genetic risk an individual carries for a disorder - to brain structure using univariate methods. However, PRS are likely associated with distributed and covarying effects across the brain. We therefore used multivariate machine learning in this proof-of-principle study to investigate associations between brain structure and PRS for four psychiatric disorders; attention deficit-hyperactivity disorder (ADHD), autism, bipolar disorder and schizophrenia. The sample included 213 individuals comprising patients with depression (69), bipolar disorder (33), and healthy controls (111). The five psychiatric PRSs were calculated based on summary data from the Psychiatric Genomics Consortium. T1-weighted magnetic resonance images were obtained and voxel-based morphometry was implemented in SPM12. Multivariate relevance vector regression was implemented in the Pattern Recognition for Neuroimaging Toolbox (PRoNTo). Across the whole sample, a multivariate pattern of grey matter significantly predicted the PRS for autism (r = 0.20, pFDR = 0.03; MSE = 4.20 × 10-5, pFDR = 0.02). For the schizophrenia PRS, the MSE was significant (MSE = 1.30 × 10-5, pFDR = 0.02) although the correlation was not (r = 0.15, pFDR = 0.06). These results lend support to the hypothesis that polygenic liability for autism and schizophrenia is associated with widespread changes in grey matter concentrations. These associations were seen in individuals not affected by these disorders, indicating that this is not driven by the expression of the disease, but by the genetic risk captured by the PRSs

Uppföljning av 2021 års inventeringar av gräsmarker och lövskogar inom NILS

Inför gräsmarks- och lövskogsinventeringarna 2021 genomfördes vissa förändringar i metodiken såväl i flygbilds-som fältinventeringen jämfört med 2020. På initiativ från Naturvårdsverket gjordes en reducerad inventering av gräsmarker jämfört med 2020, med fokus på gräsmarker inom art- och habitatdirektivets annex 1. Vi anpassade stickprovstätheten mer efter regionala behov, vilket innebar en förtätning i kontinental region och ett glesare stickprov i alpin region jämfört med 2020. Vi minskade även antalet provytor per trakt för att istället kunna öka antalet trakter i inventeringarna. Förändringarna har gett resultat med förbättrad precision för arealskattningar av ett flertal annex 1-naturtyper. Vi kan även konstatera att det finns en relativt stor synergi mellan lövskogs- och gräsmarksinventeringen där 65 % av trakterna inventeras inom båda inventeringarna. Det finns även synergier med NILS fjällinventering där vissa provytor för fältbesök ligger i anslutning till varandra. Arbetet med att göra sammanvägningar av artinformation och kvalitetsvariabler för att bedöma inventerade ytors naturvärde, och i förlängningen naturtypers status i Sverige, är under utveckling i samarbete med Artdatabanken

Nationell flygbildsinventering av gräsmarker och lövskogar med hjälp av ortofoton, NILS 2020

Under 2020 pågick ett intensivt utvecklingsarbete inom alla delar av de nya gräsmarks- och lövskogsinventeringarna, på uppdrag av Naturvårdsverket. För flygbildsinventeringen togs en ny metodik fram med grund i den mångåriga erfarenhet som finns vid avdelningen för landskapsanalys, Institutionen för skoglig resurshushållning, SLU. I den här arbetsrapporten beskrivs arbetet som gjordes för att kunna genomföra en flygbildsinventering anpassad till de nya behov som finns i och med den stickprovsdesign, med två faser, som utvecklats och används i de nya inventeringarna. Det här är även en beskrivning av den metodik som användes inom flygbildsinventeringen för gräsmarks- och lövskogsinventeringarna 2020. Målen för inventeringarna var att inventera såväl ovanliga som vanliga naturtyper under samma paraply. Nyckeln till att det är möjligt är flygbildsinventeringen. Genom klassningar av provytor i flygbildsinventeringen kan fältinventeringen fokuseras till de naturtyper som ligger inom uppdraget från Naturvårdsverket. Klassningen inom flygbildsinventeringen gör det också möjligt att inventera ovanliga naturtyper i tätare stickprov och att anpassa stickprovstätheter utifrån regionala skillnader. Hur detta gjordes för flygbildsinventeringen 2020 beskrivs i den här arbetsrapporten. Under 2020 baserades flygbildsinventeringen framförallt på ortofoto. För att säkerställa att inventeringarna inkluderade alla provytor som potentiellt kunde innehålla en naturtyp av intresse för inventeringarna så tillämpades en princip om överklassning. Det är en statistiskt viktig princip som i praktiken innebar att provytor där marktypsklassningen var osäker gavs en aktuell klass för gräsmark- och/eller lövskogsinventeringen så att provytan gavs möjligheten att vidare väljas för fältbesök. För att försöka skilja på marktyper med olika potential för hög kvalitet användes en tidsserie av gamla ortofoton för att bedöma marktypens historiska kontinuitet i provytan. Även andra digitala skikt användes som stöd i flygbildsinventeringen

Utvärdering av NILS fjällinventering 2021

I rapporten beskriver vi den nya designen för NILS fjällinventeringen 2021. Inventeringen använder en balanserad tvåfas-stickprovsdesign som i grunden bygger på NILS löv- och gräsmarksinventeringar. Till skillnad mot NILS löv- och gräsmarksinventeringar använder vi inte flygbildstolkning för att styra urvalet av fältprovytor, istället använder vi satellitbildsinformation tillsammans med LIDAR-data som kombineras i matematiska modeller. Syftet med förändringarna är främst att skapa ett bättre dataunderlag för Artikel 17-rapportering till EU:s art- och habitatdirektiv jämfört med den information som erhållits från tidigare NILS basinventerings utlägg i fjällregionen. I rapporten visas att vi kommer att uppfylla Naturvårdsverkets krav för kvalitén av annex 1-naturtyper i relation till arealskattningar, upptäckbara förändringar samt att vi har samlat in fler variabler och information om artförekomst för statusbedömningen av annex 1-naturtyper. Utöver en ökad datakvalité för annex 1-naturtyper kan vi även redovisa andra variabler med en högre detaljnivå om fjällens tillstånd och förändringar, t.ex. arealskattningar för olika myrtyper, snölegor, substratmarker, förekomst av skräp, mänskligt tramp och renspillning. Med utgångspunkt från erfarenheterna vi gjort under 2021 identifierar vi förbättringsmöjligheter inför fältsäsongen 2022 för att få en ännu mer stabil och hållbar fjällinventering

Summaries of plenary, symposia, and oral sessions at the XXII World Congress of Psychiatric Genetics, Copenhagen, Denmark, 12-16 October 2014

The XXII World Congress of Psychiatric Genetics, sponsored by the International Society of Psychiatric Genetics, took place in Copenhagen, Denmark, on 12-16 October 2014. A total of 883 participants gathered to discuss the latest findings in the field. The following report was written by student and postdoctoral attendees. Each was assigned one or more sessions as a rapporteur. This manuscript represents topics covered in most, but not all of the oral presentations during the conference, and contains some of the major notable new findings reported