Unstained viable cell recognition in phase-contrast microscopy

AbstractIndividual cell recognition is a relevant task to be accomplished when single-ion microbeam irradiations are performed. At INFN-LNL facility cell visualization system is based on a phase-contrast optical microscope, without the use of any cell dye. Unstained cells are seeded in the special designed Petri dish, between two mylar foils, and at present the cell recognition is achieved manually by an expert operator. Nevertheless, this procedure is time consuming and sometimes it could be not practical if the amount of living cells to be irradiated is large. To reduce the time needed to recognize unstained cells on the Petri dish, it has been designed and implemented an automated, parallel algorithm. Overlapping ROIs sliding in steps over the captured grayscale image are firstly pre-classified and potential cell markers for the segmentation are obtained. Segmented objects are additionally classified to categorize cell bodies from other structures considered as sample dirt or background. As a result, cell coordinates are passed to the dedicated CELLView program that controls all the LNL single-ion microbeam irradiation protocol, including the positioning of individual cells in front of the ion beam. Unstained cell recognition system was successfully tested in experimental conditions with two different mylar surfaces. The recognition time and accuracy was acceptable, however, improvements in speed would be useful

Reanimacje i rewitalizacje : relacje ustne jako czynnik innowacji w badaniach historycznych : głosy w dyskusji

Tekst jest zapisem głównych tez wystąpień wygłoszonych podczas debaty, która odbyła się na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu 14 listopada 2019 roku. W moderowanej przez Marcina Stasiaka dyskusji udział wzięli: Piotr Filipkowski, Marta Kurkowska-Budzan oraz Tomasz Rakowski. Punktem wyjścia dla rozmowy były teksty panelistów dotyczące kondycji historii mówionej i jej roli w badaniach dziejów najnowszych w Polsce. Kluczowym elementem rozważań stał się potencjał relacji ustnych w proponowaniu obrazów przeszłości odmiennych od utrwalonych w narracjach profesjonalnych historyków akademickich.The paper is a summary of speeches delivered during the debate held on the Faculty of Humanities at Nicolaus Copernicus University in Toruń on 14th November 2019. The discussion was anchored in panelists’ recent texts concerning state of art in Polish oral history and its significance in contemporary history academic research. The key problem discussed was ability of oral history to create innovative, fresh images of the past – especially in the field of professional, academic historiography

Carp land - Region-marketing and fish farm economics in Europe

European carp farmers face many challenges in our days. Changed consumer habits, droughts, fish loss through birds endanger their profitability. Our study have selected two European carp regions as case study: The Aischgrund in Germany and Barycz Valley in Poland. Since the new millennium, opinion leaders have introduced initiatives to increase the tourist attractiveness of the regions. To explore the essence of these region-marketing concepts stakeholders were interviewed. Further, focus groups with carp farmers defined typical farms to compare the costs and profitability of carp enterprises and explore the potential impact of region-marketing effects. Our results show, that the single grow-out and sale of fresh carp is hardly profitable. At the same time there are only limited adaptation strategies for the farmers to improve their profitability. Small scale carp farms do not profit from region-marketing effects yet. Future transfer payments could honor their ecosystem and cultural services to maintain the peasant carp farming and thus the unique pond landscape. In case of medium sized carp farms region-marketing seems to be a good strategy to enhance direct marketing opportunities and enhance new income sources via diversification. Large carp farms could indirectly benefit from region-marketing, which could improve the recognition of their products on national level

Urgent pericardiocentesis is more frequently needed after left circumflex coronary artery perforation

Background: Coronary artery perforation (CAP) is a rare but potentially life-threatening complication of percutaneous coronary interventions (PCIs) due to the risk of cardiac tamponade. Strikingly, in contrast to numerous analyses of CAP predictors, only few studies were focused on the predictors of tamponade after PCI, once iatrogenic CAP has occurred. Our aim was to search for clinical and periprocedural characteristics, including the coronary artery involved, associated with the development of acute cardiac tamponade among patients experiencing CAP. Methods: From the medical records of nine centers of invasive cardiology in southern Poland, we retrospectively selected 81 patients (80% with acute myocardial infarction) who had iatrogenic CAP with a visible extravasation jet during angiography (corresponding to type III CAP by the Ellis classification, CAPIII) over a 15-year period (2005–2019). Clinical, angiographic and periprocedural characteristics were compared between the patients who developed acute cardiac tamponade requiring urgent pericardiocentesis in the cathlab (n = 21) and those with CAPIII and without tamponade (n = 60). Results: CAPIII were situated in the left anterior descending artery (LAD) or its diagonal branches (51%, n = 41), right coronary artery (RCA) (24%, n = 19), left circumflex coronary artery (LCx) (16%, n = 13), its obtuse marginal branches (7%, n = 6) and left main coronary artery (2%, n = 2). Acute cardiac tamponade occurred in 24% (10 of 41), 21% (4 of 19) and 37% (7 of 19) patients who experienced CAPIII in the territory of LAD, RCA and LCx, respectively. There were no significant differences in the need for urgent pericardiocentesis (37%) in patients with CAPIII in LCx territory (i.e., the LCx or its obtuse marginal branches) compared to CAPIII in the remaining coronary arteries (23%) (p = 0.24). However, when CAPIII in the LCx were separated from CAPIII in obtuse marginal branches, urgent pericardiocentesis was more frequently performed in patients with CAPIII in the LCx (54%, 7 of 13) compared to subjects with CAPIII in an artery other than the LCx (21%, 14 of 68) (p = 0.03). The direction of this tendency remained consistent regardless of CAP management: prolonged balloon inflation only (n = 26, 67% vs. 13%, p = 0.08) or balloon inflation with subsequent stent implantation (n = 55, 50% vs. 24%, p = 0.13). Besides LCx involvement, no significant differences in other characteristics were observed between patients according to the need of urgent pericardiocentesis. Conclusions: CAPIII in the LCx appears to lead to a higher risk of acute cardiac tamponade compared to perforations involving other coronary arteries. This association may possibly be linked to distinct features of LCx anatomy and/or well-recognized delays in diagnosis and management of LCx-related acute coronary syndromes

Wyniki odległe przezskórnych interwencji obwodowych w zakresie tętnic kończyn dolnych u chorych z ostrym zespołem wieńcowym i współistniejącą cukrzycą

Wstęp: Współwystępowanie cukrzycy i ostrych zespołów wieńcowych (OZW) jest częstym zjawiskiem. Obecność cukrzycy jest predyktorem niekorzystnego rokowania chorych po zabiegach przezskórnej angioplastyki tętnic kończyn dolnych (ang. percutaneous transluminal angioplasty, PTA). Cel: Porównanie bezpośrednich wyników leczenia chorych z cukrzycą i bez cukrzycy metodą przezskórnej interwencji wieńcowej (ang. percutaneous coronary intervention, PCI) oraz PTA w czasie tej samej hospitalizacji oraz określenie wyników leczenia w 12-miesięcznej obserwacji. Materiał i metody: Stu szesnastu chorych z OZW bez uniesienia odcinka ST zostało włączonych do prospektywnego rejestru w czasie badania w latach 2003–2009 w jednym centrum akademickim w Krakowie. Wyniki: Analizowano dane chorych, którzy przebyli procedury PCI i PTA w czasie jednego pobytu szpitalnego. Spośród tych chorych 16 (14%) miało rozpoznaną cukrzycę, pozostali nie byli leczeni z tego powodu [100 (86%)]. Obie grupy różniły się istotnie statystycznie ze względu na płeć i wywiad. W ciągu rocznej obserwacji 12,5% osób zmarło w grupie chorych na cukrzycę w przeciwieństwie do 2% zgonów w grupie chorych bez cukrzycy (p = 0,033). Cukrzyca okazała się również silnym czynnikiem konieczności wykonania ponownych interwencji przezskórnych w ciągu 12-miesięcznej obserwacji. Wnioski: Pacjenci z cukrzycą mieli bardziej obciążający wywiad chorobowy z licznymi chorobami towarzyszącymi. Obecność cukrzycy u chorych z OZW leczonych metodą PCI i PTA jest związana z istotnie pogorszonym przeżyciem w 12-miesięcznej obserwacji. Cukrzyca jest ponadto silnym predyktorem konieczności ponownych rewaskularyzacji przezskórnych.Background: Diabetes mellitus is a quite frequent comorbidity among patients with acute coronary syndromes (ACS). The presence of diabetes has also predicted poor outcome after lower limb percutaneous transluminal angioplasty (PTA). Aim: To determine outcomes of patients with and without diabetes mellitus treated with PCI and PTA at index hospital stay during a 12-month follow-up. Material and methods: There were 116 NSTACS (non ST elevation acute coronary syndromes) patients gathered in this prospective registry study in 2003-2009 in one academic center in Krakow, Poland. Results: Data on consecutive patients who underwent PTA and PCI procedure during the same hospital stay were analyzed. Of these, 16 (14%) had diabetes mellitus, the other 100 (86%) had no history of diabetes. Both groups differed significantly with regard to gender and past medical history. During one-year observation 12.5% patients died in diabetes group vs. 2% in non-diabetes group (p = 0.033). Diabetes mellitus has turned out to be a strong predictor of outcome measured by the occurrence of repeated percutaneous peripheral procedure in 12-month observation. Conclusions: Patients with diabetes mellitus have more aggravating past medical history with more frequently coexisting comorbidities. Diabetes mellitus in patients with ACS treated by PCI and PTA is associated with impaired 1-year survival. Diabetes itself is a strong predictor of repeated PTA procedures

Codzienna praktyka kliniczna w ostrych zespołach wieńcowych bez uniesienia odcinka ST w szpitalach rejonowych - rejestr w Małopolsce

Wstęp: Ostre zespoły wieńcowe bez uniesień odcinka ST (NSTE ACS) rozpoznaje się u ponad połowy pacjentów przyjmowanych do szpitali z powodu ostrego zespołu wieńcowego (ACS). Ze względu na całodobową dostępność pracowni hemodynamicznych w Małopolsce każdy pacjent z NSTE ACS wysokiego ryzyka przyjęty do szpitala rejonowego może zostać przetransportowany do ośrodka kardiologii interwencyjnej. Celem badania była ocena częstości kierowania pacjentów z rozpoznaniem NSTE ACS na badanie diagnostyczne tętnic wieńcowych do ośrodków kardiologii interwencyjnej oraz charakterystyka demograficzna i zastosowana farmakoterapia w tej grupie. Materiał i metody: Korzystając z ankiet, zebrano dane dotyczące 2382 kolejnych pacjentów z rozpoznaniem ACS, przyjętych do szpitali rejonowych w Małopolsce w okresie od kwietnia 2002 do lutego 2003 r. U 1396 chorych potwierdzono ostatecznie przy wypisie rozpoznanie ostrego zespołu wieńcowego bez uniesienia odcinka ST. Wyniki: U 42% (n = 582) chorych z końcowym rozpoznaniem NSTE ACS stwierdzono podwyższone stężenie markerów martwicy mięśnia sercowego, takich jak troponina T/I lub CK-MB (CM+), natomiast u 58% (n = 814) pacjentów nie odnotowano podwyższonego stężenia markerów (CM-). W grupie CM+ zaobserwowano większą śmiertelność wewnątrzszpitalną niż w grupie CM- (3,3% vs. 0,4%; p = 0,0002). Tylko 17,7% pacjentów z całej grupy CM+ skierowano w trakcie hospitalizacji do ośrodka kardiologii interwencyjnej w celu wykonania koronarografii i ewentualnego leczenia inwazyjnego. Wraz ze wzrostem ryzyka określanego w skali TIMI Risk Score zwiększał się odsetek osób kierowanych do pracowni hemodynamiki (TIMI Risk Score 0-2 pkt: 14%; 3-4 pkt: 15%; 5-7 pkt: 22%; p = 0,02 dla 3-4 vs. 5-7 oraz p = 0,01 dla 0&#8211;2 vs. 5&#8211;7). Jednocześnie obserwowano wzrost śmiertelności wewnątrzszpitalnej w grupie pacjentów nieskierowanych na leczenie inwazyjne 0,8% vs. 1,9% vs. 3,5% (p = 0,02 dla 0-2 vs. 5-7) odpowiednio dla grup z ryzykiem wynoszącym w skali TIMI Risk Score 0-2 vs. 3-4 vs. 5-7. Pacjenci kierowani na leczenie inwazyjne znamiennie częściej otrzymywali tienopirydyny (68,3% vs. 44,5%; p < 0,0001), blokery receptora IIb/IIIa (1,5% vs. 0,3%; p = 0,04), heparyny (92,7% vs. 85%; p = 0,003) oraz ß-blokery (88,3% vs. 78,8%; p = 0,002). Wnioski: Pomimo 24-godzinnego dostępu do pracowni hemodynamiki tylko niewielki odsetek pacjentów z NSTE ACS jest kierowanych ze szpitali rejonowych. U pacjentów z grup wysokiego ryzyka według klasyfikacji TIMI (TIMI Risk Score 5&#8211;7 pkt, w tym z podwyższonymi stężeniami markerów martwicy mięśnia sercowego), niekierowanych na leczenie inwazyjne, pomimo stosowanej terapii farmakologicznej rokowanie nadal jest złe. (Folia Cardiol. 2005; 12: 21&#8211;31

National and subnational short-term forecasting of COVID-19 in Germany and Poland during early 2021

We compare forecasts of weekly case and death numbers for COVID-19 in Germany and Poland based on 15 different modelling approaches. These cover the period from January to April 2021 and address numbers of cases and deaths one and two weeks into the future, along with the respective uncertainties. We find that combining different forecasts into one forecast can enable better predictions. However, case numbers over longer periods were challenging to predict. Additional data sources, such as information about different versions of the SARS-CoV-2 virus present in the population, might improve forecasts in the future

Nonstandard Errors

In statistics, samples are drawn from a population in a data-generating process (DGP). Standard errors measure the uncertainty in estimates of population parameters. In science, evidence is generated to test hypotheses in an evidence-generating process (EGP). We claim that EGP variation across researchers adds uncertainty-nonstandard errors (NSEs). We study NSEs by letting 164 teams test the same hypotheses on the same data. NSEs turn out to be sizable, but smaller for more reproducible or higher rated research. Adding peer-review stages reduces NSEs. We further find that this type of uncertainty is underestimated by participants

Non-Standard Errors

In statistics, samples are drawn from a population in a data-generating process (DGP). Standard errors measure the uncertainty in estimates of population parameters. In science, evidence is generated to test hypotheses in an evidence-generating process (EGP). We claim that EGP variation across researchers adds uncertainty: Non-standard errors (NSEs). We study NSEs by letting 164 teams test the same hypotheses on the same data. NSEs turn out to be sizable, but smaller for better reproducible or higher rated research. Adding peer-review stages reduces NSEs. We further find that this type of uncertainty is underestimated by participants