Evaluation of habitat preferences for the establishment of reed passerine territories

As zonas húmidas palustres na região mediterrânica são dos ecossistemas mais ameaçados na Europa. Estes habitats denominam-se caniçais dada a presença abundante da espécie Phragmites australis. Algumas espécies de passeriformes dependem das zonas húmidas para realizar parte ou a totalidade do seu ciclo de vida anual, como tal são bons bioindicadores para compreender o estado de conservação destes habitats. Este estudo decorreu em duas zonas húmidas do centro-oeste de Portugal durante a época de reprodução de passeriformes de caniço. Com o objetivo de avaliar as preferências de habitat destas espécies, foram recolhidas variáveis ambientais relativas à dinâmica e heterogeneidade de habitat. Os resultados permitiram compreender a importância da altura do caniço e a presença de vegetação lenhosa para as espécies de passeriformes de caniço. Este estudo destaca a importância destas características quando se tomam medidas para promover a utilização sustentável e a conservação de zonas húmidas, evitando a perda de habitats de grande importância ecológica; Evaluation of habitat preferences for the establishment of reed passerine territories Abstract: The palustrine wetlands in the Mediterranean region are among the most threatened ecosystems in Europe. These habitats are called reedbeds and are dominated by Phragmites australis. Some passerines species depend on wetlands at least for part of their annual life cycle, as such they are good bioindicators to understand the conservation status of these habitats. This study took place in two wetlands in central-western Portugal during the breeding season of reed passerines. In order to assess the habitat preferences of these species, environmental variables relating to the dynamics and heterogeneity habitats were collected. The results reveled the importance of reed height and presence of woody vegetation for reed passerine species. This study highlights the relevance of these habitat characteristics when taking measures to promote the sustainable use and conservation of wetlands, avoiding the loss of such ecologically important habitats

Ermida de Santa Marta. (Casal de Cambra, Sintra).

During the last decades of the 19th century, the Chapel of Santa Marta (Casal de Cambra, Sintra) was made into a house. Consequently, its original features were altered and the archaeological levels under it were, to a significant extent, destroyed. With the excavations of the Chapel, we attempted to recover the maximum amount of informacion possible about its original construction. This information is being used as a basis for the reconstruction of the Chapel

Photovoltaic self-consumption and behaviour changes in electricity consumption

Self-consumption enables, through the decentralised generation of energy, to meet the consumption needs of the producer, decreasing the dependence of the grid and reducing the electricity bill. The residential photovoltaic (PV) self-consumption allows households to consume all the energy produced through their solar panels. This paradigm has been changed in the electricity generation mix, putting the households as producers, it is important to increase their energy awareness. The environmental and energy perception of prosumers (i.e. simultaneously producers and consumers) is expected to change with the transition to a more sustainable electricity generation. Also, their electricity consumption patterns change and will contribute to smooth the electricity load diagram. Thus, it is necessary to understand which are the main factors that stimulate this shift. Based on primary data collection through a survey to Portuguese prosumers, this work studies the changes in environmental behaviour and household’s electricity consumption, using Ordered Logit Regression (OLR) and Generalized Ordered Logit Model (GOLM) approaches. The results show that energy awareness of prosumers increases after PV self-consumption. These systems have the capacity to boost interest in energy, influence the family for energy-saving and increase knowledge about consumption. This effect is more pronounced when the PV installation is driven by environmental concerns. This impact is also positive for load shifting, as these environmental motivations are crucial for efficient energy management. Despite the consumption increase after self-consumption, this is shifted to follow the electricity generation and can be caused by the growing global electricity demand. Overall, it may be said that the prosumer’s role makes households more informed energy consumers, making a more efficient electricity consumption management.O autoconsumo permite, através da produção descentralizada de energia, satisfazer as necessidades de consumo do produtor, diminuindo a dependência da rede e reduzindo a fatura de eletricidade. O autoconsumo fotovoltaico (PV) no setor residencial permite às famílias consumir a energia produzida através dos seus painéis PV. Esta mudança de paradigma no sistema elétrico, colocando as famílias como produtores, é importante para aumentar a sua consciência energética. A perceção energética e ambiental dos prosumers (isto é, simultaneamente produtores e consumidores) é esperada que mude nesta transição para uma geração de eletricidade mais sustentável. Além disso, os padrões de consumo de eletricidade mudam e vão contribuir para o alisamento do diagrama de carga de eletricidade. Deste modo, é necessário entender quais são os principais fatores que estimulam esta mudança. Com base na recolha de dados primários através de um inquérito feito aos prosumers portugueses, este trabalho tem como objetivo o estudo do comportamento ambiental e no consumo de eletricidade das habitações, utilizando as abordagens Ordered Logit Regression (OLR) e Generalized Ordered Logit Model (GOLM). Os resultados mostram que a consciencialização energética dos prosumers aumenta após o autoconsumo PV. Este efeito é mais notável quando a instalação é feita devido a preocupações ambientais. Este impacto também é positivo no load shifting, sendo que as motivações ambientais são cruciais para uma gestão eficiente da energia. Embora se verifique um aumento do consumo após a instalação, este é deslocado para acompanhar a produção de eletricidade, sendo que pode ser causado pelo crescente aumento da procura de eletricidade. Com isto, pode-se afirmar que o papel de prosumer torna as famílias consumidores mais informados sobre energia, fazendo uma gestão mais eficiente do consumo de eletricidade

Re-annotation of the genome sequence of Helicobacter pylori 26695

Helicobacter pylori is a pathogenic bacterium that colonizes the human epithelia, causing duodenal and gastriculcers, and gastric cancer. The genome of H. pylori 26695 has been previously sequenced and annotated. In addition, two genome-scale metabolic models have been developed. In order to maintain accurate and relevant information on coding sequences (CDS) and to retrieve new information, the assignment of new functions to Helicobacter pylori 26695s genes was performed in this work. The use of software tools, on-line databases and an annotation pipeline for inspecting each gene allowed the attribution of validated EC numbers and TC numbers to metabolic genes encoding enzymes and transport proteins, respectively. 1212 genes encoding proteins were identified in this annotation, being 712 metabolic genes and 500 non-metabolic, while 191 new functions were assignment to the CDS of this bacterium. This information provides relevant biological information for the scientific community dealing with this organism and can be used as the basis for a new metabolic model reconstruction.This work was supported by the project FCOMP-01-0124-FEDER-009707, entitled HeliSysBio molecular Systems Biology in Helicobacter pylori (Ref.: FCT PTDC/EBB-EBI/104235/2008). Daniela Correia is grateful for financial support from the FCT (PhD grant: SFRH/BD/47596/2008)

Covid-19: the impact on the hotel industry - the Nh hotel group case study

This work project aims at measuring the impact of the COVID-19 outbreak on the hotel industry by taking NH Hotel Group as a case study. Firstly, an analysis of the surrounding environment and the crisis originated by the pandemic was performed, focusing on the tourism sector and, specifically, the lodging industry. Thereafter, a research on the above-mentioned company was conducted in order to understand its business model and market context. Finally, a valuation of NH Hotel Group was completed based on a 5-year business plan under three different scenarios related with a vaccine development. An enterprise value of €5,063 million and €2,786 million was obtained in the best and worst-case scenarios, respectively, which translated to a stock price of €7.25 and €1.44in each. These results illustrate how a faster vaccine develop mentis expected to lead to a lower COVID-19 outbreak impact on NH Hotel Group value

Monitoring coastal benthic colonization of artificial substrates with the support of DNA metabarcoding approaches

Tese de doutoramento em Biology (ramo do conhecimento em Integrated Management of the Sea)The aptitude and potential of DNA metabarcoding for high-throughput monitoring of marine macrozoobenthos has been recently demonstrated. However, there are still significant challenges retarding the widespread implementation of DNA-based monitoring strategies in coastal ecosystems. In this thesis, we tested a DNA metabarcoding-based system, coupled with artificial substrates, for monitoring marine macrozoobenthic communities. To this end, we a) assembled a comprehensive reference library of DNA barcodes for marine macroinvertebrate species of Atlantic Iberia, and evaluated gaps in species coverage, b) investigated the efficiency of different marker loci (COI and 18S) and primer-pairs in macrozoobenthos detection, c) compared the performance of DNA metabarcoding and morphology in species detection, d) compared the impact of artificial substrates, made of different materials (slate, PVC and granite) and shapes (ARMS and ASMS), on the patterns of colonization of macrozoobenthos, and e) investigated the temporal and regional variation in macrozoobentos from artificial substrates deployed in NW Atlantic Iberia. Through the compilation of a comprehensive reference library, we recorded a large portion of taxa pending barcode coverage (63%) and signaled a high proportion of species with significant intraspecific divergence (16%). The high complementary of species detection among primers and markers (maximum 13% overlap) indicated that no single marker or primer can provide a complete diagnosis of the macrozoobenthos diversity. Until more extensive monitoring data is available, DNA metabarcoding and morphology should be used in combination, to avoid missing relevant taxa and obtain abundance estimates. Unlike substrate materials,substrate shape strongly affected the colonization of species. Taxonomic diversity varied between substrates, especially when comparing ARMS and ASMS (maximum overlap 30%). Important fractions of diversity may be overlooked if only one substrate is used for monitoring. Substrate deployment periods also displayed a strong influence in the colonization of macrozoobenthos, signaling the importance of this factor for the monitoring design. We conclude that DNA metabarcoding combined with artificial substrates (especially through the combination of ARMS and ASMS) have great potential to be used in comprehensive coastal biomonitoring programs targeting macroinvertebrate biodiversity.A capacidade e o potencial do DNA metabarcoding para a monitorização de alto rendimento do macrozoobentos marinho têm sido demonstrados em estudos relativamente recentes. Contudo, existem ainda desafios significativos que têem retardado a sua implementação generalizada na monitorização de ecossistemas costeiros. Nesta tese, testamos uma abordagem de monitorização de comunidades macrozoobentónicas marinhas que conjuga DNA metabarcoding com substratos artificiais. Para esse feito, a) criámos uma biblioteca de referência de DNA barcodes para espécies macrozoobentónicas marinhas da Ibéria Atlântica, e avaliámos as lacunas na cobertura de espécies, b) investigámos a eficiência de diferentes marcadores moleculares (COI e 18S) e de primers na deteção de macrozoobentos, c) comparámos o desempenho entre morfologia e DNA metabarcoding na deteção de espécies, d) comparámos o impacto do material (ardósia, PVC e granito) e da forma (ARMS e ASMS) dos substratos artificiais nos padrões de colonização de macrozoobentos, e e) investigámos variações temporais e regionais na colonização de macrozoobentos em substratos artificiais implantados no noroeste Ibero Atlântico. Através da compilação da biblioteca de referência registou-se uma porção elevada de taxa sem DNA barcode (63%) e sinalizou-se uma grande proporção de espécies com divergência intraespecífica significativa (16%). A elevada complementaridade entre primers e marcadores na deteção de espécies (máximo 13% sobreposição), indicou que nenhum marcador ou primer consegue fornecer individualmente um diagnóstico completo da diversidade macrozoobentónica. Enquanto não estiveram disponíveis dados de monitorização mais sistematizados, tanto o DNA metabarcoding como a morfologia deverão ser utilizados, de modo a não discurar de taxa relevantes, e a obter estimativas de abundância. Contrariamente ao material, a forma dos substratos afetou fortemente a colonização de espécies. A diversidade taxonómica variou entre todos os substratos, especialmente ao comparar ARMS e ASMS (máximo 30% sobreposição). Frações importantes de diversidade poderão ser subestimadas se for apenas usado um substrato para monitorização. Os períodos de submersão dos substratos influenciaram fortemente na colonização de macrozoobenthos, evidenciando a importância deste fator no desenho da monitorização. Concluímos que o DNA metabarcoding conjugado com substratos artificiais (nomeadamente ARMS e ASMS) tem um potencial elevado para aplicação em programas de biomonitorização costeira que visem a biodiversidade de macroinvertebrados.I am grateful to the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) for supporting my PhD grant PD/BD/127994/2016, hosted by the University of Minho (Portugal) and the University of Vigo (Spain), in the scope of the PhD programme in Marine Science Technology and Management (Do*Mar). I would also like to thank the project “The NextSea: Next generation monitoring of coastal ecosystems in a scenario of global change” (NORTE-01-0145-FEDER-000032), supported by NORTE 2020 (Norte Portugal Regional Operational Programme), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), and the “Contrato-Programa” UIDB/04050/2020 funded by national funds through the FCT I.P. (Fundação para a Ciência e Tecnologia) for supporting this work

Implication of Laboratory Findings in Clinical Protocols for CAD-CAM Blocks Adhesion

Introdução: Espera-se que protocolos que conseguem bons resultados nos testes laboratoriais in vitro, relativamente à adesão dos blocos CAD-CAM, provoquem impacto nos protocolos clínicos do profissional médico dentista no tratamento de seus pacientes, sempre que tais protocolos sejam aplicáveis à rotina clínica. Objetivo: Analisar as implicações dos achados laboratoriais obtidos in vitro nos protocolos clínicos in vivo para a adesão eficiente de blocos de CAD-CAM, pela realização de uma revisão sistemática integrativa. Materiais e Método: A pesquisa foi realizada nos bancos de dados PUBMED, EbscoHost e ScienceDirect, pela combinação dos termos na fórmula de busca [(CAD/CAM) E (adesivo OU adesão OU colagem OU cimentação) E (cerâmica OU bloco) E protocolo] publicados em inglês, com texto integral disponível e entre 01jan2015 e 31jul2021. Resultados: A pesquisa recuperou 508 artigos, mas apenas 39 foram selecionados de acordo com os critérios de inclusão, 37 estudos laboratoriais e 2 casos clínicos. Vita Enamic® (VITA) e IPS e.max® (Ivoclar) são os blocos CAD-CAM mais usados. Rely X® Ultimate Dual (3M) foi a resina de cimentação mais usada, e μSBS o teste de força adesiva mais usado. Conclusões: Embora tenhamos padrões precisos de testes in vitro individuais, é necessário um maior nível de padronização entre os pesquisadores, a fim de promover maior fidelidade na reprodução de protocolos na prática cotidiana

Assignment of novel functions to Helicobacter pylori 26695’s genome and reconstruction of a genome-scale metabolic model

Helicobacter pylori is a pathogenic organism associated with human gastric diseases. The development of mathematical models of metabolism is now considered a fundamental part of the study of the cell. For the particular case of microorganisms associated with human diseases, information on metabolic and regulatory networks can be used to understand the molecular factors of the microorganism that are likely to interact with the host and cause diseases. The availability of the genome sequence of H. pylori 26695 and its annotation has allowed in the past the construction of a metabolic model for this organism. The first genome-scale metabolic model for H. pylori 26695 was published in 2002 (iCS291) and a corrected reconstruction was published in 2005 (iIT341 GSM/GPR). The main goal of the present work was to update H. pylori’s genome-scale metabolic model based on the new information made available. For that purposes, using new annotation methodologies and data available in databases, an assignment of novel functions to H. pylori 26695’s genome was performed. For a total of 510 “hypothetical proteins” (almost 1/3 of the genes) identified in the last re-annotation, 137 new functions were attributed. A total of 581 E.C. numbers were assigned to CDS, being 528 complete E.C. numbers. This new information was used as the basis of the model reconstruction. In addition, transport reactions in the model were updated. The biomass equation was reviewed and H. pylori biomass coefficients and composition were adjusted. The obtained model successfully predicted the nutritional requirements and amino acids essentialities, which were experimentally validated. As a result, the present work presents a new H. pylori 26695 genome-scale metabolic model with more accurate and reliable predictions and can be used to identify potential targets for designing more effective drugs for H. pylori inactivation

Assignment of novel functions to Helicobacter pylori 26695’s genome

Helicobacter pylori is a pathogenic bacterium that colonizes the human epithelia, causing duodenal and gastric ulcers as well as gastric cancer. The genome of H. pylori 26695 has been sequenced and annotated. In addition, two genome-scale metabolic models have been developed. In order to maintain accurate and relevant information on coding sequences (CDS) and to retrieve new information, the assignment of new functions to Helicobacter pylori 26695’s genes was performed. The use of software tools, on-line databases and an annotation pipeline for inspecting each gene allowed the attribution of validated E.C. numbers to metabolic genes, and the assignment of 177 new functions to the CDS of this bacterium. This information provides relevant biological information for the scientific community dealing with this organism and can be used as the basis for a new metabolic model reconstruction.(undefined

Estudo da marcha de crianças em idade escolar que transportam mochilas às costas usando cinemática

Este estudo teve como objectivo analisar a cinemática do ciclo da marcha de crianças em idade escolar, transportando mochilas às costas. Foram estudadas 4 crianças (3 do sexo masculino e 1 do sexo feminino) do 3º ano do primeiro ciclo do ensino básico (8 anos idade). Cada criança caminhou num tapete rolante a velocidades incrementais (1.11 m.s-1, 1.38 m.s -1e 1.67 m.s -1) e com diferentes cargas relativas à massa corporal (0 %, 10 % e 20 %) numa mochila escolar. Todos os procedimentos foram filmados no plano sagital e frontal e tratados com software específico para análise cinemática do movimento humano. Foi efectuada a análise cinemática de um ciclo completo, para cada carga e velocidade. Foram avaliados os parâmetros gerais do ciclo da marcha, parâmetros de cinemática angular, assim como, parâmetros de cinemática linear. Como principais conclusões deste estudo pode-se afirmar que de 0 % para 10 % de carga os parâmetros seguem uma tendência e para cargas superiores a 10 % e com marcha mais rápida essa tendência não se mantém. Será portanto espectável que o valor de carga máxima a transportar na mochila esteja entre 10 e 20 % da massa corporal