Patogenicidade de Colletotrichum gloeosporioides em cafeeiro utilizando isolados transgênicos.

O gênero Colletotrichum é considerado o agente causal de várias doenças em uma ampla gama de hospedeiros. Em cafeeiro, C. gloeosporioides está associado à seca de ramos, folhas e frutos. Apesar disso, ainda não foi possível comprovar a patogenicidade do fungo ao cafeeiro, uma vez que sintomas externos dificilmente aparecem após a inoculação. Diante disso, existe a hipótese de que o fungo C. gloeosporioides seja endofítico e oportunista ao cafeeiro, podendo causar injúrias quando a planta é submetida a algum tipo de estresse. A fim de esclarecer a interação entre C. gloeosporioides e cafeeiro, isolados provenientes de Coffea arabica e C. canephora, com sintomas de necrose e mancha manteigosa, foram marcados com o gene GFP, que codifica para uma proteína verde fluorescente. Após a confirmação molecular dos transformantes por PCR e Southern blot, foi avaliada a patogenicidade de C. gloeosporioides em hipocótilos e em flores de C. arabica, por meio de inoculações com discos de micélio e suspensão de conídios, respectivamente. Foram utilizados isolados não transformados como controle. Os hipocótilos de mudinhas de café inoculados não apresentaram sintomas nem sinais do fungo. Além disso, não foi observado nenhum crescimento vegetativo ou reprodutivo do fungo marcado no interior dos tecidos, após a análise feita por microscópio de fluorescência em cortes histológicos. Entretanto foi possível re-isolar o fungo marcado a partir dos tecidos inoculados. Isso sugere que o fungo foi capaz de penetrar no hipocótilo, embora não tenha sido observada fluorescência nos tecidos. As inoculações em botões florais de café foram feitas visando detectar estruturas do fungo nos frutos em diferentes estádios de desenvolvimento (chumbinho, verde e maduro). As análises foram feitas por meio da observação da fluorescência dos tecidos. Embora existam alguns indícios de que o fungo penetrou nas flores de plantas de café inoculadas com o fungo marcado, evidenciado por pequenos pontos fluorescentes nos tecidos dos frutos, ainda é prematuro afirmar que C. gloeosporioides utiliza a flor para infectar a planta

Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.

Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformátic

Diversidade genética de Hemileia vastatrix utilizando marcador molecular AFLP.

Esse estudo teve como objetivo analisar a diversidade genética de 14 isolados de Hemileia vastatrix utilizando o marcador AFLP. Dentre eles, dois isolados do CIFC, Oeiras, Portugal biologicamente caracterizados como raça II, três do Brasil, caracterizados em 1986, como raça I, II e III, e nove provenientes de lavouras cafeeiras de Minas Gerais e Espírito Santo coletadas em 2006. As amplificações seletivas dos DNAs foram feitas utilizando quatro combinações de oligonucleotídeos iniciadores contendo três bases adicionais na extremidade 3?. As 93 bandas polimórficas analisadas geraram um dendrograma que dividiu os isolados em seis grupos. No grupo I foram agrupados os isolados de Portugal, Brasil (caracterizados como raças em 1986) e um isolado do Triângulo Mineiro, e no grupo II, os isolados da Zona da Mata, Alto Paranaíba e Sul de Minas Gerais. Os demais isolados formaram os grupos individuais III (região central de MG), IV (Zona da Mata, MG), V (Região Serrana, Espírito Santo) e VI (Zona da Mata, MG). A diversidade genética total (Ht) dos isolados agrupados dentro das nove populações definidas pelas origens foi de 0,313 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,916. Baseado no agrupamento UPGMA os isolados foram agrupados em seis populações onde a diversidade genética total (Ht) foi de 0,285 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,886. Esses resultados indicam que a variabilidade genética de H. vastatrix entre os isolados é bastante elevada e que os isolados provenientes Do campo possuem baixa similaridade genética com as raças caracterizadas em 1986 e a raça II de Portugal. Um estudo mais amplo e detalhado envolvendo outros isolados, mais representativos da população atual no campo será necessário para definir os isolados prevalecentes em cada região

Vermicompost biostimulants: nutrients and auxin for root growth.

The present study was undertaken to establish if biostimulants diferently extracted from vermicompost causes root development and how mineral nutrients and plant growth substances are associated to diferent extraction methods

Colletotrichum gloeosporioides E C. boninense associados à antracnose do café no Brasil.

Colletotrichum gloeosporioides sempre esteve associado ao sintoma de antracnose do cafeeiro, embora não tenha sido possível provar a sua patogenicidade à planta. Em 2010, de amostras de Coffea spp. do Espírito Santo e Bahia, foi isolado, além de C. gloeosporioides, um Colletotrichum com características morfológicas diferentes (colônia branca a róseo-alaranjada, com halos concêntricos escuros). A identificação da espécie foi feita pela amplificação da região ITS (internal transcribed spacer) do rDNA com o primer universal ITS4 em combinação com os primers CaInt2, CgInt e Col1, específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e C. boninense, respectivamente. Os primers ITS4 e Col1 amplificaram um produto único de aproximadamente 500pb, esperado para C. boninense. A região ITS do rDNA e o gene GAPDH do isolado do Espírito Santo foram amplificados pelos primers ITS1 e ITS4, e GDF e GDR, respectivamente. As sequências resultantes foram depositadas no GenBank com números de acessos JF683320 e JF331654, respectivamente, e analisadas filogeneticamente com outras espécies de Colletotrichum. A região do rDNA apresentou 99% de identidade com sequências de C. gloeosporioides e C. boninense. No entanto, a análise do gene GAPDH confirmou que o isolado era definitivamente C. boninense sensu lato, por se mostrar idêntico a outras sequências em um amplo clado de isolados da espécie. Para avaliar a patogenicidade de C. boninense ao cafeeiro foi usada uma suspensão de conídios a 106 conídios.mL-1 para inoculação em hipocótilos, com e sem ferimento. Trinta dias após a inoculação foi detectada necrose em 30% dos hipocótilos com ferimento. Folhas destacadas foram inoculadas com discos de micélio e apresentaram lesão sete dias após a inoculação, somente no tratamento com ferimento. No momento, estão sendo inoculados frutos verdes destacados de cafeeiro e os resultados sugerem a associação entre C. gloeosporioides e C. boninense no estabelecimento da doença. Este é o primeiro relato de C. boninense associado à antracnose do café no Brasil

The effect of claw horn disruption lesions and body condition score at dry-off on survivability, reproductive performance, and milk production in the subsequent lactation

The objective of this study was to evaluate the effects of claw horn disruption lesions (CHDL; sole ulcers and white line disease) and body condition score (BCS) at dry-off on survivability, milk production, and reproductive performance during the subsequent lactation. An observational prospective cohort study was conducted on a large commercial dairy in Cayuga County, New York, from September 2008 until January 2009. A total of 573 cows enrolled at dry-off were scored for body condition and hoof trimmed; digits were visually inspected for the presence of CHDL. The BCS data were recategorized into a 3-level variable BCS group (BCSG), with cows with BCS \u3c3 placed in BCSG 1 (n = 113), cows with BCS = 3 placed in BCSG 2 (n = 254), and cows with BCS \u3e3 placed in BCSG 3 (n = 206). Cows in BCSG 2 were 1.35 and 1.02 times more likely to conceive than cows in BCSG 1 and 3, respectively. The cull/death hazard for BCSG 1 cows was 1.55 and 1.47 times higher than for cows in BCSG 2 and BCSG 3, respectively. Milk yield for cows in BCSG 2 (44.6 kg/d, 95% CI 43.4–45.8) was significantly greater than that for cows in BCSG 1 (41.5 kg/d, 95% CI 39.8–43.3). Cows with previous lactation days open ≤91 had 1.6 times higher odds of being classified into BCSG 1 at dry-off; cows with previous lactation mature-equivalent 305-d milk \u3e14,054 kg had a similar 1.6 times higher odds of being classified into BCSG 1. Claw horn disruption lesions were found in 24.4% of the cows (n = 140) at dry-off. Cows without CHDL were 1.4 times more likely to conceive than cows with CHDL. Additionally, lesion cows were 1.7 times more likely to die or be culled than nonlesion cows. Absence of CHDL did not have a significant effect on milk yield. These findings highlight the importance of claw health and BCS at the end of lactation on future survival and performance

Differential expression of molecular rust resistance components have distinctive profiles in Coffea arabica - Hemileia vastatrix interactions.

Countering the economic hurdle caused by coffee leaf rust disease is most appealing at this time as it has posed a major threat to coffee production around the world. Establishing differential expression profiles at different times following pathogen invasion in both innate and acquired immunities unlocks the molecular components of resistance and susceptibility. Suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify genes differentially over-expressed and repressed during incompatible and compatible interactions between Coffea arabica and Hemileia vastatrix. From 433 clones of expressed sequence tags (ESTs) sequenced, 352 were annotated and categorized of which the proportion of genes expressed during compatible interaction were relatively smaller. The result showed upregulation and downregulation of various genes at 12 and 24 h after pathogen inoculation in both interactions. The use of four different databases in searching for gene homology resulted in different number of similar sequences. BLASTx against EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute) database being with the maximum (100%) hits for all the annotated sequences. RT-qPCR analysis of seven resistance-signaling genes showed similar expression patterns for most of the genes in both interactions, indicating these genes are involved in basal (nonspecific) defense during which immune reactions are similar. Using SSH, we identified different types of resistance related genes that could be used for further studies towards resistant cultivar development. The potential role of some of the resistance related proteins found were also discussed