O gênero Colletotrichum é considerado o agente causal de várias doenças em uma ampla gama de hospedeiros. Em cafeeiro, C. gloeosporioides está associado à seca de ramos, folhas e frutos. Apesar disso, ainda não foi possível comprovar a patogenicidade do fungo ao cafeeiro, uma vez que sintomas externos dificilmente aparecem após a inoculação. Diante disso, existe a hipótese de que o fungo C. gloeosporioides seja endofítico e oportunista ao cafeeiro, podendo causar injúrias quando a planta é submetida a algum tipo de estresse. A fim de esclarecer a interação entre C. gloeosporioides e cafeeiro, isolados provenientes de Coffea arabica e C. canephora, com sintomas de necrose e mancha manteigosa, foram marcados com o gene GFP, que codifica para uma proteína verde fluorescente. Após a confirmação molecular dos transformantes por PCR e Southern blot, foi avaliada a patogenicidade de C. gloeosporioides em hipocótilos e em flores de C. arabica, por meio de inoculações com discos de micélio e suspensão de conídios, respectivamente. Foram utilizados isolados não transformados como controle. Os hipocótilos de mudinhas de café inoculados não apresentaram sintomas nem sinais do fungo. Além disso, não foi observado nenhum crescimento vegetativo ou reprodutivo do fungo marcado no interior dos tecidos, após a análise feita por microscópio de fluorescência em cortes histológicos. Entretanto foi possível re-isolar o fungo marcado a partir dos tecidos inoculados. Isso sugere que o fungo foi capaz de penetrar no hipocótilo, embora não tenha sido observada fluorescência nos tecidos. As inoculações em botões florais de café foram feitas visando detectar estruturas do fungo nos frutos em diferentes estádios de desenvolvimento (chumbinho, verde e maduro). As análises foram feitas por meio da observação da fluorescência dos tecidos. Embora existam alguns indícios de que o fungo penetrou nas flores de plantas de café inoculadas com o fungo marcado, evidenciado por pequenos pontos fluorescentes nos tecidos dos frutos, ainda é prematuro afirmar que C. gloeosporioides utiliza a flor para infectar a planta