Cadmium triggers an integrated reprogramming of the metabolism of Synechocystis PCC6803, under the control of the Slr1738 regulator

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Cadmium is a persistent pollutant that threatens most biological organisms, including cyanobacteria that support a large part of the biosphere. Using a multifaceted approach, we have investigated the global responses to Cd and other relevant stresses (H₂O₂and Fe) in the model cyanobacterium <it>Synechocystis </it>PCC6803.</p> <p>Results</p> <p>We found that cells respond to the Cd stress in a two main temporal phases process. In the "early" phase cells mainly limit Cd entry through the negative and positive regulation of numerous genes operating in metal uptake and export, respectively. As time proceeds, the number of responsive genes increases. In this "massive" phase, Cd downregulates most genes operating in (i) photosynthesis (PS) that normally provides ATP and NADPH; (ii) assimilation of carbon, nitrogen and sulfur that requires ATP and NAD(P)H; and (iii) translation machinery, a major consumer of ATP and nutrients. Simultaneously, many genes are upregulated, such as those involved in Fe acquisition, stress tolerance, and protein degradation (crucial to nutrients recycling). The most striking common effect of Cd and H₂O₂is the disturbance of both light tolerance and Fe homeostasis, which appeared to be interdependent. Our results indicate that cells challenged with H₂O₂or Cd use different strategies for the same purpose of supplying Fe atoms to Fe-requiring metalloenzymes and the SUF machinery, which synthesizes or repairs Fe-S centers. Cd-stressed cells preferentially breakdown their Fe-rich PS machinery, whereas H₂O₂-challenged cells preferentially accelerate the intake of Fe atoms from the medium.</p> <p>Conclusion</p> <p>We view the responses to Cd as an integrated "Yin Yang" reprogramming of the whole metabolism, we found to be controlled by the Slr1738 regulator. As the Yin process, the ATP- and nutrients-sparing downregulation of anabolism limits the poisoning incorporation of Cd into metalloenzymes. As the compensatory Yang process, the PS breakdown liberates nutrient assimilates for the synthesis of Cd-tolerance proteins, among which we found the Slr0946 arsenate reductase enzyme.</p

Apport et défis des Big Data en cancérologie

International audienceDepuis le premier séquençage du génome humain en 2001, le développement de nouvelles technologies à haut débit, ainsi que la diminution considérable du coût du séquençage ont permis des avancées importantes en oncologie. La caractérisation moléculaire des cancers a notamment permis d’identifier des anomalies oncogéniques clés au cours du processus tumoral, permettant le développement de stratégies thérapeutiques personnalisées. Cependant, la quantité d’information considérable ainsi générée a créé de nouveaux défis à relever comme le stockage, le traitement ou encore l’exploitation de l’information. Dans cet article, nous décrivons l’apport et les défis représentés par les Big Data en cancérologie

Bespuiting van tomaten met Plantfood (19-22-16), 1953

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Cadmium triggers an integrated reprogramming of the metabolism of PCC6803, under the control of the Slr1738 regulator"</p><p>http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/350</p><p>BMC Genomics 2007;8():350-350.</p><p>Published online 2 Oct 2007</p><p>PMCID:PMC2190772.</p><p></p> indicated durations on solid BG11 medium with or without HO(3 mM), CdSO(50 μM), Co(NO)(350 μM), (NH)FeHCHO(350 μM) or ZnSO(350 μM or 776 μM). The spectra (normalized to light scattering at 800 nm) are displayed in panels A to F. These experiments were repeated three to five times

Étude de la non détectabilité de la souche de Legionella pneumophila Sequence Type 47 pulsotype Lorraine dans l’environnement

The recently identified strains of Legionella pneumophila serogroup 1 belonging to Sequence Type (ST) 47 and pulsotype Lorraine are now responsible for an increasing number of Legionnaires’ disease (LD) cases mainly in the North of Europe. The major paradox is that ST47 strains are extremely rarely detected in environmental samples when investigations to identify the source of ST47 associated LD cases are undertaken. Thus its environmental habitat is unknown. The aim of our work was to study the non-detectability of this strain in environmental samples. Firstly, we have observed that pre-treatments (heat, acid) could interfere with recovery of an environmental ST47 Lorraine strain, and secondly, that GVPC medium imposed by the French standard NF T90-431, was not recommended for detection of Legionella spp. In clinical samples and potentially in environmental samples. Thus, to detect and identify ST47 Lorraine strains from clinical and ultimately, environmental samples in order to find the potential source of infection, we developed a strain specific realtime PCR method, in collaboration with Tim Harrison’s team (London, United Kingdom). We have also sought to target these sources. Then, we have shown that L. pneumophila could be detected in aerosols of a tap water. Moreover, epidemiologic French data have demonstrated that most of the LD cases associated with ST 47 strains occurred mainly in North East and were mainly community-acquired. Improved epidemiologic knowledge and the use of the strain specific real-time PCR should enable identification of environmental sources of ST47 Lorraine strain without culturingLes souches de Legionella pneumophila sérogroupe 1 ST47 Lorraine sont actuellement responsables d'un nombre croissant de cas de légionelloses particulièrement dans le Nord de l'Europe. Cependant, elles ne sont retrouvées que très rarement dans l'environnement quand des investigations sont menées pour rechercher la source de cas de légionellose. Son environnement naturel reste donc méconnu. Notre objectif était donc d'étudier le phénomène de non détectabilité de la souche ST47 dans l'environnement. Nous avons observé que les traitements pré-analytiques (acidification, chauffage) pouvaient interférer avec les paramètres de culture pour certaines souches Lorraine environnementales, et que le milieu GVPC utilisé dans la norme NF T90-431 n'était pas recommandé pour la recherche des légionelles dans les prélèvements respiratoires, et donc potentiellement dans les prélèvements environnementaux. Ainsi, la PCR spécifique ST47, développée en collaboration avec l'équipe de Tim Harrison (Londres, Royaume-Uni), peut constituer un outil de détection intéressant dans les différentes matrices environnementales pour identifier les réservoirs de la souche. Nous avons cherché à cibler ces réservoirs. Nous avons montré, d'une part, que les robinets pouvaient être des réservoirs potentiels de légionelles. D'autre part, les données clinicoépidémiologiques et géographiques des souches Lorraine ST47 ont montré que les cas survenaient essentiellement hors institution (hôpital, maison de retraite) et principalement dans le quart Nord-Est du pays. L'amélioration des connaissances clinico-épidémiologiques et l'utilisation de la PCR spécifique ST47 devraient permettre, en s'affranchissant ou en améliorant les paramètres culturaux, d'identifier les réservoirs environnementaux de cette souch

Analysis of non detectability of the L. pneumophila Sequence Type 47 pulsotype Lorraine strain in environment

Les souches de Legionella pneumophila sérogroupe 1 ST47 Lorraine sont actuellement responsables d'un nombre croissant de cas de légionelloses particulièrement dans le Nord de l'Europe. Cependant, elles ne sont retrouvées que très rarement dans l'environnement quand des investigations sont menées pour rechercher la source de cas de légionellose. Son environnement naturel reste donc méconnu. Notre objectif était donc d'étudier le phénomène de non détectabilité de la souche ST47 dans l'environnement. Nous avons observé que les traitements pré-analytiques (acidification, chauffage) pouvaient interférer avec les paramètres de culture pour certaines souches Lorraine environnementales, et que le milieu GVPC utilisé dans la norme NF T90-431 n'était pas recommandé pour la recherche des légionelles dans les prélèvements respiratoires, et donc potentiellement dans les prélèvements environnementaux. Ainsi, la PCR spécifique ST47, développée en collaboration avec l'équipe de Tim Harrison (Londres, Royaume-Uni), peut constituer un outil de détection intéressant dans les différentes matrices environnementales pour identifier les réservoirs de la souche. Nous avons cherché à cibler ces réservoirs. Nous avons montré, d'une part, que les robinets pouvaient être des réservoirs potentiels de légionelles. D'autre part, les données clinicoépidémiologiques et géographiques des souches Lorraine ST47 ont montré que les cas survenaient essentiellement hors institution (hôpital, maison de retraite) et principalement dans le quart Nord-Est du pays. L'amélioration des connaissances clinico-épidémiologiques et l'utilisation de la PCR spécifique ST47 devraient permettre, en s'affranchissant ou en améliorant les paramètres culturaux, d'identifier les réservoirs environnementaux de cette soucheThe recently identified strains of Legionella pneumophila serogroup 1 belonging to Sequence Type (ST) 47 and pulsotype Lorraine are now responsible for an increasing number of Legionnaires’ disease (LD) cases mainly in the North of Europe. The major paradox is that ST47 strains are extremely rarely detected in environmental samples when investigations to identify the source of ST47 associated LD cases are undertaken. Thus its environmental habitat is unknown. The aim of our work was to study the non-detectability of this strain in environmental samples. Firstly, we have observed that pre-treatments (heat, acid) could interfere with recovery of an environmental ST47 Lorraine strain, and secondly, that GVPC medium imposed by the French standard NF T90-431, was not recommended for detection of Legionella spp. In clinical samples and potentially in environmental samples. Thus, to detect and identify ST47 Lorraine strains from clinical and ultimately, environmental samples in order to find the potential source of infection, we developed a strain specific realtime PCR method, in collaboration with Tim Harrison’s team (London, United Kingdom). We have also sought to target these sources. Then, we have shown that L. pneumophila could be detected in aerosols of a tap water. Moreover, epidemiologic French data have demonstrated that most of the LD cases associated with ST 47 strains occurred mainly in North East and were mainly community-acquired. Improved epidemiologic knowledge and the use of the strain specific real-time PCR should enable identification of environmental sources of ST47 Lorraine strain without culturin