Robust estimation of bacterial cell count from optical density

Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data

Not available.

Os trabalhos aqui desenvolvidos tiveram como principal objetivo o estudo da petrologia e litoquímica de rochas de paleossistemas hidrotermais oceânicos mesoproterozóicos da seqüência vulcanossedimentar do Grupo Serra do Itaberaba. Dentre as rochas básicas ígneas puderam ser separados diferentes litotipos de rochas alteradas hidrotermalmente geradas a partir de rochas blastoporfiríticas de granulação grossa, rochas de granulação grossa com prismas longos de anfibólio, rochas de granulação fina a média e rochas de granulação muito fina. Dentre as rochas básicas vulcanoclásticas puderam ser separados diferentes litotipos de rochas alteradas hidrotermalmente geradas a partir de rochas de metatufos bandados, prováveis lapillistones e lapilli-tuffs, metatufos com porfiroblastos de diopsídio e rochas vulcanoclásticas com aglomerados de anfibólio. Dentre as rochas intermediáris/ácidas puderam ser separadas o grupo das rochas ígneas e vulcanoclásticas. Nestas rochas, associado ao aumento da intensidade da alteração os diferentes litotipos gerados são: incipientemente alterados, da zona de transição, menos intensamente alterados e mais intensamente alterados. Outros litotipos produzidos pelas alterações são os granada-hornblenda anfibolitos, cummingtonita-granada-clorita xistos, clorititos, rochas potassificadas e rochas carbonatizadas. Quanto aos balanços de massa, os metabasitos ígneos não alterados dentro da ZAH já mostram grandes mudanças no seu quimismo, se comparadas com as média metabasitos de fora da ZAH, destacando-se uma lixiviação da maioria dos metais traços, que vão enriquecer as demais rochas alteradas e/ou vão compor a parte metalífera dos metapelitos superpostos e as formações ferríferas. O único exemplar de uma rocha metabásica intensamente cloritizada (489a) mostra grandes enriquecimentos em Mg e também em Fe, Al e Ti e grandes empobrecimentos em Si, Na, K e Ca. A maioria das demais rochas metabásicas ígneas alteradas foram enriquecidas em Mg e Fe e foram empobrecidas em Na, K e Ca. Quanto aos demais elementos maiores observa-se comportamentos diferenciados, tendo sido enriquecidos em algumas das amostra e lixiviados em outras (Fe, Al, Ti, Mn, Si e P), sendo que não mostram grandes variações quanto ao Si. As rochas intermediárias ígneas foram, de forma geral, enriquecidas em Fe, Mg e P, foram empobrecidas em Al, Ti, K e Na e foram lixiviadas em todos os elementos traços, assim como nas REE. As concentrações de Ca, Mn, Mg e Sr diminuem com o aumento da intensidade da alteração. Os diferentes litotipos de rochas vulcanoclásticas intermediárias não mostram um comportamento tão homogêneo mas foram, de forma geral, enriquecidos em Fe, Ti, Al e P e empobrecidos em Ca, Mn e nas REE. Em todas estas rochas as concentrações de Na, Ca e Mn mostram uma tendência de diminuir com o aumento da intensidade da alteração. As rochas vulcanoclásticas carbonatizadas foram enriquecidas em Ca, Mg, K Ba, Rb, Li e U. Nos protolitos de metabásitos ígneos e nos metabasitos ígneos alterados a maioria dos valores de \'DELTA POT. 18\'O%o\', em rocha total, variam entre 5,9%o e 11,8%o, mostrando só uma amostra intensamente alterada um valor de 16,9%o. Nas rochas metaintermediárias ígneas alteradas estes valores variam entre 14,1 e 17,6%o e na maioria das rochas metaintermediárias vulcanoclásticas alteradas entre 15,3 e 17,8%o. A gênese destas rochas está vinculada com atividades hidrotermais em estruturas vulcânicas submarinas, produzidas por intrusões de rochas intermediárias, representando zonas de alteração propilítica. Ocorre também uma carbonatização muito intensa e extensa, especialmente na base das ZAH. Houve, localmente a sobreposição de processos de potassificação, carbonatização e albitização. Os produtos finais das alterações não dependem muito do protolito e sim da permeabilidade, temperatura e composição química do fluido, sendo que as alterações muito intensas geram rochas finais com mineralogias semelhantes, seja o protolito um basalto ou uma rocha intermediária. As zonas de argilização intermediária e avançada, dentro do contexto destes sistemas hidrotermais, foram responsáveis pela geração dos marunditos, rochas ricas em córindon + margarita \'+ OU -\' rutilo \'+ OU -\' muscovita \'+ OU -\' plagioclásio \'+ OU -\' turmalina.The principal aim of this work was the petrological and lithochemical characterization of the rocks of an oceanic by hidrothermal paleosystem from the mesoproterozoic volcanosedimentary sequence of the Serra do Itaberaba Group. Within the igneous metabasites different lithotypes of hidrothermally altered rocks; could be separated including coarse-grained blastoporphyiritic rocks, coarse-grained rocks with long amphibole prisms, fine- to medium- grained rocks and very fine-grained rocks. The hydrothernally altered metavolcanoclastic basic rocks could be separated into banded metatuffs, probable lapillistones and lapilli-tuffs metatuffs with porphyroblast of diopside and volcanoclastic rocks with hornblende aggregates. The hydrothermally altered intermediate to felsic rocks can be also be separated into Diferente igneous and voIcanocastic rocks. In all these rocks, with increasing alteration the lithotypes produced are weakly altered rocks, rocks from the transitional zone, moderately altered rocks and strongly altered rocks. Other lithotypes produced by alteration are garnet-hornblende amphibolites, cummingtonite-garnet-chlorite schists, chloritites, potassified rocks and carbonated rocks. Mass balances shouwed that unaltered igneous metabasites within the hydrothermal alteration zone already show large chemical changes if compared with unaltered igneous metabasites outside this zone. This rocks were depleted in most trace metals, which are enriched in other altered rocks or form part of the overlying metalliferous metapelites and iron formations. Most of altered metabasites were enriched in Mg and Fe and were depeleted in Na, K and Ca. The other maior elements show different behaviours, being enriched in some samples and depleted in others. (Fe, Al, Ti, Mn, si e P). Si does not show, grate variations in these rocks. The only sample of an intensely cloritized metabasite e (489a) is very enriched in Mg but also in Fe, AI and Ti, and is very depleted in Si, Na, K and Ca. The intermediate igneous rocks are generally enriched in Fe, Mg and P, and depleted in AI, Ti, K, Na, tace metals and the REE. The concentrations of Ca, Mn, Mg and Sr decrease with increasing hidrothmal alteration. The different metaintermediate volcanoclastic rocks do not show such an homogeneous behaviour but, in an general way, were enriched in Fe, Ti, Al and P and depleted in Ca, Mn, and the REE. ln all these rocks the concentrations of Na, Ca and Mn tend to decrease with increasing hydrothmal alteration. Carbonated volcanoclastic intermediate rocks were enriched in Ca, Mg, K Ba, Rh, Li and U. In metabasic igneous protoliths and alterad rocks most of the \'delta POT. 18 O%o\' values, in whole rock, vary from 5,9%o to 11,8%o, shouwing only sample of a strongly altered rock a value of 16,9%o. In meta-intermtediate igneous rocks these values vary from 14,1%o to 17,6%o and in most meta-intermediate volcanoclastic rocks from 15,3%o to 17,8%o. The genesis of these rocks is vinclulated to hydrothermal (activities in submarine volcanic structures induced by the emplacement of intermediate rocks and represent zones of propilitic alteration. Extensively carbonated zones occur specially below, the principal alteration zone. Locally some of these altered rocks were later affected by potassfication carbonation and albitization processes. Final alteration products do not depend so much on the nature of protolith but more on the permeability of the rocks, the temperature, and the chemical composition of the fluid. Strong alteration generates rocks with the same mineralogy, independent of the protolith being a basic or intermediate rock. Argililitc alteration zones, within the context of these hidrothermal paleosystems, were responsible for the formation of marundites (rocks rich in corindon + margarite \'+ OU -\' rutile \'+ OU -\' muscovite \'+ OU -\' plagioclase \'+ OU -\' turmaline)

Geologia, petrografia e gênese dos granada-cordierita-cumminatonita / antofilita anfibolitos e rochas associadas do Grupo Serra do Itaberaba, SP

Os trabalhos desenvolvidos nesta dissertação de mestrado tiveram como principal objetivo o estudo da geologia, da petrografia e da gênese dos granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas associadas da Formação Morro da Pedra Preta do Grupo Serra do Itaberaba, que afloram a nordeste da cidade de São Paulo, entre as cidades de Guarulhos e Santa Isabel. Para tanto foi efetuado um mapeamento geológico-estrutural detalhado (1:5000) das principais ocorrências destes anfibolitos, seguido por estudos petrográficos em luz transmitida e pela caracterização da composição química dos minerais por microssonda eletrônica. A integração dos dados possibilitou a definição da gênese destas rochas como tendo sido resultado do metamorfismo em fácies anfibolito de protólitos básicos e intermediários a ácidos alterados hidrotermal-metassomaticamente. No mapa puderam ser separadas sete unidades litotípicas maiores produzidas pelas alterações hidrotermais-metassomáticas, identificadas como das rochas intensamente alteradas, menos intensamente alteradas, rochas de composição intermediária a ácida alteradas, hornblenda-granada anfibolitos, tufos alterados, metabásicas de granulação grossa e metabasitos cálcio-silicáticos. Nestas unidades puderam ser distinguidos 15 litotipos principais, incluindo rochas produzidas pelas alterações que concentraram magnésio e ferro, pela carbonatização e/ou potassificação e pela silicificação de rochas vulcanoclásticas ou ígneas de composição básica ou intermediárias a ácidas. Dentre as rochas básicas foram observadas gradações completas entre rochas não alteradas e as fortemente alteradas, representadas pelos conjuntos das rochas incipientemente alteradas (hornblenda anfibolitos com cordierita e cummingtonita), rochas da zona de transição (onde coexistem dois ou três anfibólios), rochas menos intensamente alteradas (cummingtonita anfibolitos, cordierita-cummingtonita anfibolitos e granada-cordierita-cummingtonita anfibolitos) e as rochas mais intensamente alteradas (granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos). Nas rochas de composição intermediária a ácida foram distinguidos os conjuntos das rochas silicificadas, rochas menos intensamente alteradas (constituídas por cummingtonita/antofilita, clorita, quartzo e plagioclásio) e as mais intensamente alteradas (constituídas por cummingtonita/antofilita, cordierita e quartzo). O conjunto das rochas potassificadas é representado por hornblenda-biotita anfibolitos, biotita-hornblenda anfibolitos e biotita-cummingtonita anfibolitos. Dentre as rochas básicas afetadas pela carbonatização pré-metamórfica foram separadas as fracamente carbonatizadas (representadas por actinolita anfibolitos) e as intensamente carbonatizadas denominadas como metabasitos cálcio-silicáticos, formados essencialmente por diopsídio, actinolita, clinozoisita/epídoto, quartzo, plagioclásio e carbonatos. Foram identificados outros litotipos produzidos pelas alterações, mas que pela falta de afloramentos elucidativos, não puderam ser associados aos conjuntos anteriores, tendo sido, desta forma, separados nos conjuntos dos hornblenda-granada anfibolitos, cummingtonita-granada-clorita xistos e das metabásicas de granulação grossa, estas muito típicas e distintas dos metagabros pela presença de plagioclásio esbranquiçado inalterado. As estruturas e texturas indicam claramente a dissolução dos protólitos, de modo gradativo, até a gênese das rochas mais intensamente alteradas, que constituíram, ao microscópio, granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas constituídas por cummingtonita/antofilita, cordierita e quartzo. Estas estruturas foram afetadas pelas foliações metamórficas \'S IND.1\', \'S IND.2\', e \'S IND.3\' indicando que as alterações hidrotermais-metassomáticas foram produzidas antes dos eventos metamórficos. As principais paragêneses minerais cristalizaram-se concomitantemente ao primeiro evento deformacional, corroborando as informações estruturais de que as alterações químicas foram introduzidas nos protólitos previamente ao metamorfismo, embora possam ter ocorrido reequilíbrios menores causados pelos fluidos metamórficos. As condições metamórficas atuantes durante o desenvolvimento da \'S IND.1\' e da \'S IND.2\' foram da fácies anfibolito e, durante o desenvolvimento da \'S IND.3\', da fácies anfibolito à dos xistos verdes, esta tipicamente associada aos processos retrometamórficos, com reequilíbrio das assembléias de mais alto grau. Os metapelitos encaixantes tem cianita invertida para sillimanita associada à \'S IND.1\', e apenas sillimanita na \'S IND.2\', indicando a existência de dois eventos metamórficos, um anterior, de pressão intermediária, seguido por um de pressão mais baixa, ambos com clímax metamórfico na fácies anfibolito. Geologicamente observa-se uma associação íntima destas rochas alteradas com corpos de rochas andesíticas, dacíticas e riolíticas, definindo formas que podem ser interpretadas como antigos cones de alteração ou zonas alteradas semi-concordantes aos derrames básicos. Os zonamentos observados, juntamente com o contexto geológico/geotectônico regional e os dados bibliográficos, permitem interpretar que estas rochas foram geradas em dois ambientes geotectônicos. O primeiro, menos importante, corresponde a zonas de expansão de cadeias mesooceânicas, e o segundo corresponde à evolução de uma bacia de retro-arco, em regimes compressionais, sendo este o principal período de formação dos protólitos destas rochas. Granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas intermediárias intensamente alteradas ocorrem mundialmente associadas a depósitos de sulfetos maciços de Cu-Zn, onde constituem as zonas mais internas dos cones de alteração hidrotermal-metassomática produzidas pela percolação dos fluídos mineralizantes, tipicamente localizados sob as mineralizações, sugerindo potencial metalogenético para este tipo de mineralização na Formação Morro da Pedra Preta. Neste contexto as rochas menos intensamente alteradas, os hornblenda-granada anfibolitos, as metabásicas de granulação grossa e as rochas potassificadas se distribuem em fácies mais distais nestes cones de alteração. As rochas carbonatizadas estão relacionadas a zonas de alteração mais profundas, sub-concordantes com à estratigrafia vulcano-sedimentar.The principal objective of this Dissertation was the study of the geology, petrology and geneses of the garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and associated rocks of the Morro da Pedra Preta Formation, Serra do Itaberaba Group. For this purpose a detailed 1:5,000 geological-structural map of the principal occurrences of these amphibolites was made, followed by petrographic studies transmitted light, and the characterization of the chemical composition of minerals by electron microprobe analysis. The integration of data made possible to interpretate the genesis of this rocks as being the result of metamorphism in amphibolite facies of hidrothermal-metasomatically altered basic and felsic protoliths. Seven major lithological units produced by alteration could be separated in the map, identified as strongly altered rocks, moderately altered rocks, altered felsic rocks, hornblendegarnet amphibolites, altered tuffites, coarse grained metabasites and calc-silicate metabasites. In these units, feveteen diferent lithotypes, produced by alterations that concentrated magnesium and iron, by carbonization and/ or potassification and by silification of basic or felsic volcanoclastic or igneous rocks could be se separated. In basic rocks a complete gradation between unaltered to strongly altered rocks was observed, represented by the groups of weakly altered (hornblende amphibolites with cordierite and cummingtonite), transitional (where two or tree amphiboles coexist), moderately altered (cummingtonite amphibolites, cordierite-cummingtonite amphibolites and garnet-cordierite-cummingtonite amphibolites) and strongly altered rocks (garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites). In altered felsic rocks silicified, moderately (cummingtonite/anthophillite-chlorite-quartz-plagioclase rocks) and strongly altered rocks (cummingtonite/anthophyllite-cordierite-quartz rocks) were distinguished. The potassified rocks are represented by hornblende-biotite amphibolites, biotite-hornblende amphibolites and biotite-cummingtonite amphibolites. The carbonatized metabasites were separated into weakly (represented by actinolite amphibolites) and strongly carbonatized recognized as calc-silicate metabasites, composed essencially by diopside, actinolite, clinozoisite/epidote, quartz, plagioclase and carbonates. Other lithotypes produced by alteration process were identified but because of the lack of elucidative outcrops, could not be related to the above mentioned groups and were therefore separated as hornblende-garnet amphibolites, cummingtonite-garnet-chlorite schists and coarse grained metabasites, which can be distinguished from metagabbros by the presence of unaltered whitened plagioclase. The structures and textures clearly indicate the gradual and progressive dissolution of protoliths until the protoliths of the strongly altered rocks, garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and cummingtonite-anthopyllite-cordierite-quartz rocks, are produced. These structures were affected by the metamorphic foliations \'S IND.1\', \'S IND.2\' and \'S IND.3\', showing that the hydrotermal-metasomatic alterations occurred before the regional metamorphic events. The main mineral parageneses crystallized during the first deformation event, corroborating the structural evidence, that chemical modifications occurred in the protoliths before metamorphism, although minor reequilibra caused by metamorphic fluid movements may have occurred. The metamorphic conditions present during the development of \'S IND.1\' and \'S IND.2\' were in the amphibolite facies and during the development of the \'S IND.3\', in the amphibolite facies grading to the green schists facies, this one typically associated with retrometamorphism of assemblages of higher grade. In metapelites from the host rocks kyanite inverted to sillimanite, asociated to the \'S IND.1\',is found, and only sillimanite is found associated to \'S IND.2\', indicating the existence of two different metamorphic events, the former of intermediate pressure, and the latter of low pressure, both of them having their metamorphic climax in the amphibolite facies. A close association of the altered rocks with felsic rocks is observed, and their forms can be interpreted as old alteration pipes or semi-conformable altered zones within basic flows. The zonations observed, associated with the geological/geotectonic environment and the bibliographic references lead to the interpretation that these rocks were generated in two different geotectonic environments. The first one, less important, was in meso-oceanic expansion zones, and the other in compressive regime, during the evolution of a back-arc basin. Garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and felsic rocks strongly altered are associated world-wide with massive sulfide deposits of Cu-Zn, where they form the inner parts of alteration pipes produced by the percolation of the mineralized fluids, and are typically localized under the mineralizations, suggesting a metallogenetical potencial for this type of mineralization in the Morro da Pedra Preta Formation. In this context, the intermediately altered rocks, the hornblende-garnet amphibolites, the coarse grained metabasites and the potassified rocks correspond to distal facies of these alteration pipes. The carbonatized rocks are related to lower-level semi-conformable alteration zones

Geologia, petrografia e gênese dos granada-cordierita-cumminatonita / antofilita anfibolitos e rochas associadas do Grupo Serra do Itaberaba, SP

Os trabalhos desenvolvidos nesta dissertação de mestrado tiveram como principal objetivo o estudo da geologia, da petrografia e da gênese dos granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas associadas da Formação Morro da Pedra Preta do Grupo Serra do Itaberaba, que afloram a nordeste da cidade de São Paulo, entre as cidades de Guarulhos e Santa Isabel. Para tanto foi efetuado um mapeamento geológico-estrutural detalhado (1:5000) das principais ocorrências destes anfibolitos, seguido por estudos petrográficos em luz transmitida e pela caracterização da composição química dos minerais por microssonda eletrônica. A integração dos dados possibilitou a definição da gênese destas rochas como tendo sido resultado do metamorfismo em fácies anfibolito de protólitos básicos e intermediários a ácidos alterados hidrotermal-metassomaticamente. No mapa puderam ser separadas sete unidades litotípicas maiores produzidas pelas alterações hidrotermais-metassomáticas, identificadas como das rochas intensamente alteradas, menos intensamente alteradas, rochas de composição intermediária a ácida alteradas, hornblenda-granada anfibolitos, tufos alterados, metabásicas de granulação grossa e metabasitos cálcio-silicáticos. Nestas unidades puderam ser distinguidos 15 litotipos principais, incluindo rochas produzidas pelas alterações que concentraram magnésio e ferro, pela carbonatização e/ou potassificação e pela silicificação de rochas vulcanoclásticas ou ígneas de composição básica ou intermediárias a ácidas. Dentre as rochas básicas foram observadas gradações completas entre rochas não alteradas e as fortemente alteradas, representadas pelos conjuntos das rochas incipientemente alteradas (hornblenda anfibolitos com cordierita e cummingtonita), rochas da zona de transição (onde coexistem dois ou três anfibólios), rochas menos intensamente alteradas (cummingtonita anfibolitos, cordierita-cummingtonita anfibolitos e granada-cordierita-cummingtonita anfibolitos) e as rochas mais intensamente alteradas (granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos). Nas rochas de composição intermediária a ácida foram distinguidos os conjuntos das rochas silicificadas, rochas menos intensamente alteradas (constituídas por cummingtonita/antofilita, clorita, quartzo e plagioclásio) e as mais intensamente alteradas (constituídas por cummingtonita/antofilita, cordierita e quartzo). O conjunto das rochas potassificadas é representado por hornblenda-biotita anfibolitos, biotita-hornblenda anfibolitos e biotita-cummingtonita anfibolitos. Dentre as rochas básicas afetadas pela carbonatização pré-metamórfica foram separadas as fracamente carbonatizadas (representadas por actinolita anfibolitos) e as intensamente carbonatizadas denominadas como metabasitos cálcio-silicáticos, formados essencialmente por diopsídio, actinolita, clinozoisita/epídoto, quartzo, plagioclásio e carbonatos. Foram identificados outros litotipos produzidos pelas alterações, mas que pela falta de afloramentos elucidativos, não puderam ser associados aos conjuntos anteriores, tendo sido, desta forma, separados nos conjuntos dos hornblenda-granada anfibolitos, cummingtonita-granada-clorita xistos e das metabásicas de granulação grossa, estas muito típicas e distintas dos metagabros pela presença de plagioclásio esbranquiçado inalterado. As estruturas e texturas indicam claramente a dissolução dos protólitos, de modo gradativo, até a gênese das rochas mais intensamente alteradas, que constituíram, ao microscópio, granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas constituídas por cummingtonita/antofilita, cordierita e quartzo. Estas estruturas foram afetadas pelas foliações metamórficas \'S IND.1\', \'S IND.2\', e \'S IND.3\' indicando que as alterações hidrotermais-metassomáticas foram produzidas antes dos eventos metamórficos. As principais paragêneses minerais cristalizaram-se concomitantemente ao primeiro evento deformacional, corroborando as informações estruturais de que as alterações químicas foram introduzidas nos protólitos previamente ao metamorfismo, embora possam ter ocorrido reequilíbrios menores causados pelos fluidos metamórficos. As condições metamórficas atuantes durante o desenvolvimento da \'S IND.1\' e da \'S IND.2\' foram da fácies anfibolito e, durante o desenvolvimento da \'S IND.3\', da fácies anfibolito à dos xistos verdes, esta tipicamente associada aos processos retrometamórficos, com reequilíbrio das assembléias de mais alto grau. Os metapelitos encaixantes tem cianita invertida para sillimanita associada à \'S IND.1\', e apenas sillimanita na \'S IND.2\', indicando a existência de dois eventos metamórficos, um anterior, de pressão intermediária, seguido por um de pressão mais baixa, ambos com clímax metamórfico na fácies anfibolito. Geologicamente observa-se uma associação íntima destas rochas alteradas com corpos de rochas andesíticas, dacíticas e riolíticas, definindo formas que podem ser interpretadas como antigos cones de alteração ou zonas alteradas semi-concordantes aos derrames básicos. Os zonamentos observados, juntamente com o contexto geológico/geotectônico regional e os dados bibliográficos, permitem interpretar que estas rochas foram geradas em dois ambientes geotectônicos. O primeiro, menos importante, corresponde a zonas de expansão de cadeias mesooceânicas, e o segundo corresponde à evolução de uma bacia de retro-arco, em regimes compressionais, sendo este o principal período de formação dos protólitos destas rochas. Granada-cordierita-cummingtonita/antofilita anfibolitos e rochas intermediárias intensamente alteradas ocorrem mundialmente associadas a depósitos de sulfetos maciços de Cu-Zn, onde constituem as zonas mais internas dos cones de alteração hidrotermal-metassomática produzidas pela percolação dos fluídos mineralizantes, tipicamente localizados sob as mineralizações, sugerindo potencial metalogenético para este tipo de mineralização na Formação Morro da Pedra Preta. Neste contexto as rochas menos intensamente alteradas, os hornblenda-granada anfibolitos, as metabásicas de granulação grossa e as rochas potassificadas se distribuem em fácies mais distais nestes cones de alteração. As rochas carbonatizadas estão relacionadas a zonas de alteração mais profundas, sub-concordantes com à estratigrafia vulcano-sedimentar.The principal objective of this Dissertation was the study of the geology, petrology and geneses of the garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and associated rocks of the Morro da Pedra Preta Formation, Serra do Itaberaba Group. For this purpose a detailed 1:5,000 geological-structural map of the principal occurrences of these amphibolites was made, followed by petrographic studies transmitted light, and the characterization of the chemical composition of minerals by electron microprobe analysis. The integration of data made possible to interpretate the genesis of this rocks as being the result of metamorphism in amphibolite facies of hidrothermal-metasomatically altered basic and felsic protoliths. Seven major lithological units produced by alteration could be separated in the map, identified as strongly altered rocks, moderately altered rocks, altered felsic rocks, hornblendegarnet amphibolites, altered tuffites, coarse grained metabasites and calc-silicate metabasites. In these units, feveteen diferent lithotypes, produced by alterations that concentrated magnesium and iron, by carbonization and/ or potassification and by silification of basic or felsic volcanoclastic or igneous rocks could be se separated. In basic rocks a complete gradation between unaltered to strongly altered rocks was observed, represented by the groups of weakly altered (hornblende amphibolites with cordierite and cummingtonite), transitional (where two or tree amphiboles coexist), moderately altered (cummingtonite amphibolites, cordierite-cummingtonite amphibolites and garnet-cordierite-cummingtonite amphibolites) and strongly altered rocks (garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites). In altered felsic rocks silicified, moderately (cummingtonite/anthophillite-chlorite-quartz-plagioclase rocks) and strongly altered rocks (cummingtonite/anthophyllite-cordierite-quartz rocks) were distinguished. The potassified rocks are represented by hornblende-biotite amphibolites, biotite-hornblende amphibolites and biotite-cummingtonite amphibolites. The carbonatized metabasites were separated into weakly (represented by actinolite amphibolites) and strongly carbonatized recognized as calc-silicate metabasites, composed essencially by diopside, actinolite, clinozoisite/epidote, quartz, plagioclase and carbonates. Other lithotypes produced by alteration process were identified but because of the lack of elucidative outcrops, could not be related to the above mentioned groups and were therefore separated as hornblende-garnet amphibolites, cummingtonite-garnet-chlorite schists and coarse grained metabasites, which can be distinguished from metagabbros by the presence of unaltered whitened plagioclase. The structures and textures clearly indicate the gradual and progressive dissolution of protoliths until the protoliths of the strongly altered rocks, garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and cummingtonite-anthopyllite-cordierite-quartz rocks, are produced. These structures were affected by the metamorphic foliations \'S IND.1\', \'S IND.2\' and \'S IND.3\', showing that the hydrotermal-metasomatic alterations occurred before the regional metamorphic events. The main mineral parageneses crystallized during the first deformation event, corroborating the structural evidence, that chemical modifications occurred in the protoliths before metamorphism, although minor reequilibra caused by metamorphic fluid movements may have occurred. The metamorphic conditions present during the development of \'S IND.1\' and \'S IND.2\' were in the amphibolite facies and during the development of the \'S IND.3\', in the amphibolite facies grading to the green schists facies, this one typically associated with retrometamorphism of assemblages of higher grade. In metapelites from the host rocks kyanite inverted to sillimanite, asociated to the \'S IND.1\',is found, and only sillimanite is found associated to \'S IND.2\', indicating the existence of two different metamorphic events, the former of intermediate pressure, and the latter of low pressure, both of them having their metamorphic climax in the amphibolite facies. A close association of the altered rocks with felsic rocks is observed, and their forms can be interpreted as old alteration pipes or semi-conformable altered zones within basic flows. The zonations observed, associated with the geological/geotectonic environment and the bibliographic references lead to the interpretation that these rocks were generated in two different geotectonic environments. The first one, less important, was in meso-oceanic expansion zones, and the other in compressive regime, during the evolution of a back-arc basin. Garnet-cordierite-cummingtonite/anthophyllite amphibolites and felsic rocks strongly altered are associated world-wide with massive sulfide deposits of Cu-Zn, where they form the inner parts of alteration pipes produced by the percolation of the mineralized fluids, and are typically localized under the mineralizations, suggesting a metallogenetical potencial for this type of mineralization in the Morro da Pedra Preta Formation. In this context, the intermediately altered rocks, the hornblende-garnet amphibolites, the coarse grained metabasites and the potassified rocks correspond to distal facies of these alteration pipes. The carbonatized rocks are related to lower-level semi-conformable alteration zones

Fluoride in the groundwater of the Tubarao and Crystaline aquifers, Salto-Indaiatuba region (SP)

Anomalous concentrations of fluoride in groundwater were identified in 19 drilling wells in the Salto-Indaiatuba region, Sao Paulo State, with an average concentration of 3.03 mg dm(-3) and a maximum of 6.95 mg dm(-3), which constitute a restriction for the water`s usage in terms of human consumption. The wells exploit water from the Tubarao Aquifer (sedimentary, granular) and Crystalline Aquifer (granitic, fractured), used for sanitary or industrial purposes. These groundwaters are typically HCO(3) and HCO(3)-SO(4) types, with high concentrations of HCO(3) -and Na(+) and high pH-values between 7.5 and 10.0. The highest concentrations of F-are associated to the Tubarao and Tubarao/Crystalline aquifer drilling wells. The presence of F-in groundwater is controlled by these high pH-values, alkalinity, and fluorine availability. The source of fluoride in the Tubarao and Crystalline Aquifers can be related to the percolation of hydrothermal fluids associated with Mesozoic lava flow, emplaced due to the opening of Atlantic Ocean and/or hydrolysis of fluorine-rich minerals and clay minerals

Neopaleozoic striated surfaces in the granitic basement and clast pavement remains of Salto, SP

Near Guarau Ceramic, localized southwest of Salto city in the State of Sao Paulo, two granite outcrops, distant some tens of meters from each other, display Neopaleozoic striated surfaces. These surfaces are in contact with diamictites from the Itarare Subgroup. The striae correspond to sub parallel grooves with millimetric spacing and depth, oriented about N48E and dipping 12 degrees to 42 degrees towards SE. Observed features and association with diamictites indicate an origin by glacial abrasion due to ice movement from southeast towards northwest. About 1.8 km east of Salto, unconsolidated material containing flat-iron-shaped and striated clasts was found on top of granite outcrops, interpreted as clasts pavement remains

Prospective observational cohort study on grading the severity of postoperative complications in global surgery research

Background The Clavien–Dindo classification is perhaps the most widely used approach for reporting postoperative complications in clinical trials. This system classifies complication severity by the treatment provided. However, it is unclear whether the Clavien–Dindo system can be used internationally in studies across differing healthcare systems in high- (HICs) and low- and middle-income countries (LMICs). Methods This was a secondary analysis of the International Surgical Outcomes Study (ISOS), a prospective observational cohort study of elective surgery in adults. Data collection occurred over a 7-day period. Severity of complications was graded using Clavien–Dindo and the simpler ISOS grading (mild, moderate or severe, based on guided investigator judgement). Severity grading was compared using the intraclass correlation coefficient (ICC). Data are presented as frequencies and ICC values (with 95 per cent c.i.). The analysis was stratified by income status of the country, comparing HICs with LMICs. Results A total of 44 814 patients were recruited from 474 hospitals in 27 countries (19 HICs and 8 LMICs). Some 7508 patients (16·8 per cent) experienced at least one postoperative complication, equivalent to 11 664 complications in total. Using the ISOS classification, 5504 of 11 664 complications (47·2 per cent) were graded as mild, 4244 (36·4 per cent) as moderate and 1916 (16·4 per cent) as severe. Using Clavien–Dindo, 6781 of 11 664 complications (58·1 per cent) were graded as I or II, 1740 (14·9 per cent) as III, 2408 (20·6 per cent) as IV and 735 (6·3 per cent) as V. Agreement between classification systems was poor overall (ICC 0·41, 95 per cent c.i. 0·20 to 0·55), and in LMICs (ICC 0·23, 0·05 to 0·38) and HICs (ICC 0·46, 0·25 to 0·59). Conclusion Caution is recommended when using a treatment approach to grade complications in global surgery studies, as this may introduce bias unintentionally

The surgical safety checklist and patient outcomes after surgery: a prospective observational cohort study, systematic review and meta-analysis

© 2017 British Journal of Anaesthesia Background: The surgical safety checklist is widely used to improve the quality of perioperative care. However, clinicians continue to debate the clinical effectiveness of this tool. Methods: Prospective analysis of data from the International Surgical Outcomes Study (ISOS), an international observational study of elective in-patient surgery, accompanied by a systematic review and meta-analysis of published literature. The exposure was surgical safety checklist use. The primary outcome was in-hospital mortality and the secondary outcome was postoperative complications. In the ISOS cohort, a multivariable multi-level generalized linear model was used to test associations. To further contextualise these findings, we included the results from the ISOS cohort in a meta-analysis. Results are reported as odds ratios (OR) with 95% confidence intervals. Results: We included 44 814 patients from 497 hospitals in 27 countries in the ISOS analysis. There were 40 245 (89.8%) patients exposed to the checklist, whilst 7508 (16.8%) sustained ≥1 postoperative complications and 207 (0.5%) died before hospital discharge. Checklist exposure was associated with reduced mortality [odds ratio (OR) 0.49 (0.32–0.77); P\u3c0.01], but no difference in complication rates [OR 1.02 (0.88–1.19); P=0.75]. In a systematic review, we screened 3732 records and identified 11 eligible studies of 453 292 patients including the ISOS cohort. Checklist exposure was associated with both reduced postoperative mortality [OR 0.75 (0.62–0.92); P\u3c0.01; I2=87%] and reduced complication rates [OR 0.73 (0.61–0.88); P\u3c0.01; I2=89%). Conclusions: Patients exposed to a surgical safety checklist experience better postoperative outcomes, but this could simply reflect wider quality of care in hospitals where checklist use is routine

Critical care admission following elective surgery was not associated with survival benefit: prospective analysis of data from 27 countries

This was an investigator initiated study funded by Nestle Health Sciences through an unrestricted research grant, and by a National Institute for Health Research (UK) Professorship held by RP. The study was sponsored by Queen Mary University of London