Exclusive polymerases repairing DNA breaks the same magics from bacteria to man

Tesis doctoral inédita. Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 28-10-201

Cognitive reserve and AβI-42 in mild cognitive impairment (Argentina-Alzheimer’s disease neuroimaging initiative)

Background: The purpose of this study was to investigate the relationship between cognitive reserve and concentration of Aβ1-42 in the cerebrospinal fluid (CSF) of patients with mild cognitive impairment, those with Alzheimer’s disease, and in control subjects. Methods: Thirty-three participants from the Argentina-Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative database completed a cognitive battery, the Cognitive Reserve Questionnaire (CRQ), and an Argentinian accentuation reading test (TAP-BA) as a measure of premorbid intelligence, and underwent lumbar puncture for CSF biomarker quantification. Results: The CRQ significantly correlated with TAP-BA, education, and Aβ1-42. When considering Aβ1-42 levels, significant differences were found in CRQ scores; higher levels of CSF Aβ1-42 were associated with higher CRQ scores. Conclusion: Reduced Aβ1-42 in CSF is considered as evidence of amyloid deposition in the brain. Previous results suggest that individuals with higher education, higher occupational attainment, and participation in leisure activities (cognitive reserve) have a reduced risk of developing Alzheimer’s disease. Our results support the notion that enhanced neural activity has a protective role in mild cognitive impairment, as evidenced by higher CSF Aβ1-42 levels in individuals with more cognitive reserve.Fil: Harris, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Suarez, Marcos Fernandez. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Surace, Ezequiel Ignacio. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Chrem Mendez, Patricio Alexis. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Martín, María Eugenia. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Clarens, María Florencia. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Tapajoz Pereira de Sampaio, Fernanda. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Russo, María Julieta. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Campos, Jorge. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Guinjoan, Salvador Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Sevlever, Gustavo. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; ArgentinaFil: Allegri, Ricardo Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; Argentin

New methods for nanoparticles characterization by means of single particle lnductively coupled plasma mass spectrometry.

El uso de las nanopartículas (NPs) ha incrementado de manera notable su importancia en el ámbito industrial, con el consecuente aumento de su consumo en la última década. Estos materiales poseen propiedades térmicas y ópticas diferentes del material macroscópico (sales o minerales) de misma composición, posibilitando su aplicación en diversas ramas industriales y de investigaciones innovadoras, tales como catálisis, paneles solares, baterías, dispositivos electrónicos, textiles, cosméticos, alimentación y productos farmacéuticos de diagnóstico y terapias antitumorales, moviendo un mercado evaluado en 20 mil millones de euros anuales. No obstante, el impacto generado por estos materiales en el medioambiente y en los seres vivos no se conoce completamente, y su intenso uso ha despertado la preocupación de diversos organismos internacionales en la última década, tales como la Comisión Europea, que han empezado por definir el término ¿nanomaterial¿ y sugerir técnicas que pueden ser usadas para su caracterización, complementando las legislaciones europeas de cosméticos y alimentos, en las cuales su control es obligatorio. En este contexto, son necesarias nuevas metodologías analíticas capaces de caracterizar este tipo de materiales en los más diversos tipos de muestras, proporcionando información respecto a la nanopartícula (tales como la composición elemental, tamaño y sus concentraciones en masa y en número de partícula) de manera rápida y libre de interferencias. Actualmente existe una amplia gama de técnicas capaces de caracterizar nanomateriales, tales como las Microscopías Electrónicas de Transmisión (TEM) y de Barrido (SEM), Análisis de Rastreo de Partículas (PTA), Dispersión Dinámica de la Luz (DLS), Dispersión de Rayos-X a Bajo Ángulo (SAXS) o Espectrometría Ultravioleta-Visible (UV-Vis) , aunque todas ellas presentan diversas limitaciones, como elevados costes (tanto de análisis como de adquisición y mantenimiento de la instrumentación), incompatibilidad con algunos tipos de muestras y altos límites de detección (LOD), bien de tamaño y/o de concentración de nanopartículas.La Detección Individual de Partículas mediante Plasma de Acoplamiento Inductivo con Detección por Espectrometría de Masas (SP-ICP-MS) es una técnica emergente para análisis de NPs que supone una alternativa interesante y complementaria a las técnicas anteriores. En este modo de trabajo, una dispersión de nanopartículas altamente diluida se introduce en el ICP-MS y se obtiene una señal transitoria intensidad-tiempo con tiempos de adquisición relativamente cortos (10µs ¿ 10ms), de modo que cada nanopartícula genera un pulso/conjunto de pulsos por encima de la señal de fondo. La intensidad de los pulsos está relacionada con la masa/tamaño de la nanopartícula, mientras que el número de pulsos por unidad de tiempo se relaciona con la concentración (número de nanopartículas por unidad de volumen) de la dispersión analizada. Inicialmente, en la técnica de SP-ICP-MS, se empleaban tiempos de adquisición de datos (td) en un rango de 3 a 10 ms. De esta manera y dado que la señal de una nanopartícula tiene una duración estimada de entre 400-500 µs, se asegura que cada nanopartícula genere un único pulso en el ICP-MS. Sin embargo, en los últimos años, se ha empezado a trabajar con td en la escala de los microsegundos, con posibilidad de llegar hasta 10 µs. De este modo, la señal de cada nanopartícula se obtiene como la integración de distintos pulsos consecutivos en el ICP-MS y se reduce la contribución del blanco a la señal de la misma. Por lo tanto, el uso de tiempos de adquisición en microsegundos mejora la separación entre las distribuciones de fondo y de NPs, posibilitando la caracterización de nanomateriales de menor tamaño. Aunque la técnica de SP-ICP-MS presente algunas ventajas frente a las técnicas citadas anteriormente, todavía existe la necesidad de desarrollar métodos capaces de proporcionar resultados correctos y precisos cuando se analizan muestras complejas. Así, tal y como ocurre en cualquier otro método basado en el uso del ICP-MS, el desarrollo de métodos para nanopartículas compuestas de elementos afectados por interferencias espectrales con especies presentes en el plasma es uno de los principales desafíos para la técnica. Además, la detección y cuantificación de NPs en matrices complejas, tales como muestras medioambientales y biológicas se presenta como otro gran desafío para el desarrollo de métodos por SP-ICP-MS. Por esta razón, el objetivo de esta tesis doctoral es desarrollar métodos capaces de caracterizar NPs que presentan interferencias espectrales en el plasma, tales como Si y Fe, y explorar estrategias para la caracterización de NPs en matrices complejas. En la primera parte de esta tesis doctoral (Capítulos 3 y 4), se usa la Celda de Colisión y Reacción (CRC) para la eliminación de interferentes espectrales presentes en el plasma. En el capítulo 3, se desarrolla un método para la caracterización de SiO2NPs mediante Espectrometría de Masas con Plasma de Acoplamiento Inductivo en configuración Tándem (ICP-MS/MS). Primeramente, se optimizó el método para la determinación de Si libre de interferencias usando He como gas de colisión y H2, NH3, O2 y CH3F como gases de reacción. Los mejores resultados se obtuvieron con H2 (midiendo en la masa del analito ¿ on mass) y CH3F (midiendo a la masa del aducto SiF+ m/z = 44¿ mass shift). Tras esta optimización, se procedió a la caracterización de SiO2NPs con los métodos desarrollados mediante SP-ICP-MS, utilizando un instrumento cuyo mínimo td era de 3 ms. De nuevo, los menores Limites de Detección de Tamaño (LODsize) se obtuvieron con H2 (on mass) y CH3F (mass shift) como gases de reacción, con valores de 75 y 85, respectivamente. Con estos métodos, pudieron caracterizarse correctamente SiO2NPs de 400, 300, 200 y 100 nm de diámetro nominal. Para la caracterización completa de una distribución de SiO2NPs de 80 nm, fue necesario utilizar una deconvolución de las señales del ruido de fondo y las NPs para una estimación correcta del de las concentraciones de masa y de numero de partícula. Seguidamente, el método desarrollado con H2 como gas de reacción se aplicó en otra instrumentación cuyo menor td era de 100 µs. Con este td se pudieron caracterizar las SiO2NPs de 80 nm directamente, sin la necesidad de usar el método de deconvoluciones desarrollado anteriormente. Debido a la importancia del uso de la CRC en el desarrollo de métodos capaces de eliminar interferencias espectrales para determinados analitos, en el Capítulo 4 se evaluaron los efectos del uso de esta tecnología en la determinación de NPs mediante SP-ICP-MS. Se evaluó la influencia del tipo de gas utilizado en la CRC, así como el flujo de gas, tamaños y tipos de NPs analizadas. Primeramente, se inició el estudio con NPs de Ag, Au y Pt, utilizando un instrumento ICP-MS tradicional y un espectrómetro de masas ICP en tándem. Estas NPs no están afectadas por interferencias espectrales importantes, por lo que pueden medirse libres de interferencias con o sin CRC, lo que hace posible investigar los efectos del uso de gases de reacción/colisión sobre la señal obtenida. Se demostró que el uso de la tecnología CRC provoca un aumento significativo en el ancho de pico de la señal NP (de 0,5 a 3 ms). Este efecto es más prominente para un gas más pesado (NH3) que para uno más ligero (H2 o He). A un caudal de gas más alto y / o para tamaños de partícula mayores > 100 nm, la duración de la señal de las NP se prolongó en mayor medida. A continuación, se estudiaron los efectos de la CRC en la determinación de Fe3O4NPs de 50 y 200 nm. Primeramente, se optimizó el método para la determinación de Fe en ICP-MS/MS libre de interferencias utilizando H2 y NH3 como gases de reacción y, seguidamente, se procedió con la caracterización de las Fe3O4NPs. En este caso, el uso de NH3 induce un ensanchamiento de pico muy significativo en comparación con el observado cuando se usa H2 (6.10 ± 1.60 frente a 0.94 ± 0.49 ms). Esta extensión del tiempo de detección de la partícula puede atribuirse a las colisiones / interacciones de la nube de iones con el gas de reacción. En general, el efecto de ensanchamiento de la duración de las señales de NPs es más pronunciado para partículas mayores. Para minimizar este efecto, se recomiendan gases ligeros y caudales de gas bajos. En la segunda parte de esta tesis doctoral (Capítulos 5 y 6), se exploran estrategias para la determinación de AgNPs en matrices complejas, tal como la compatibilización de la matriz de la curva de calibración iónica (Capítulo 5) y Análisis por Dilución isotópica (Capitulo 6). En el Capítulo 5, se procedió con la caracterización de AgNPs extraídas de muestras de tejidos biológicos y sangre con una solución de Hidróxido de Tetrametilamonio (TMAH). En este estudio, se caracterizaron AgNPs de 40 y 75 nm y se midieron curvas de calibrado iónicas preparadas en 3 matrices distintas: 1% HNO3, 1 mM de citrato de sodio y 2.5% TMAH + 0.1% Triton X-100. Los resultados muestran que, con la compatibilización de la matriz de la calibración iónica, se obtienen tamaños de partícula más próximos a los valores de referencia determinados por TEM y proporcionados por el fabricante. Además, se aplicaron testes estadísticos para comprobar que los resultados de los diámetros obtenidos para cada curva de calibración eran diferentes entre ellos. De acuerdo con estos testes, los tamaños de NPs obtenidos (para ambas nanopartículas) en la matriz 2.5% TMAH + 0.1% Triton X-100 son estadísticamente distintos de los tamaños de NPs obtenidos con las otras dos curvas de calibración.Otra estrategia comúnmente usada para determinación elemental en matrices complejas es la dilución isotópica (IDA), para lo que se requiere que puedan medirse al menos dos isótopos del analito de interés libres de interferencias. La aplicación de la IDA al análisis mediante SP-ICP-MS no es directa. En los ICP-MS equipados con un cuadrupolo como separador de masas, las medidas de masas diferentes se hacen de manera secuencial y con tiempos de ciclo excesivamente largos como para medir las relaciones isotópicas de Ag para una sola NP. Sin embargo, los analizadores de masas de tiempo de vuelo (TOF), son capaces de registrar todo el espectro de masas (quasi) simultáneamente a una velocidad rápida (cada 30 µs para los instrumentos modernos). De esta manera, se pueden medir relaciones isotópicas de Ag para cada NP y, en consecuencia, se posibilita el uso de IDA. En el Capítulo 6, se desarrolla un método basado en IDA para la determinación del tamaño de partícula de muestras de AgNPs de 75 nm dispersas en 1 mM de citrato de sodio mediante el uso de un ICP-TOF-MS. Para el desarrollo de este método de análisis fue necesario realizar adaptaciones para aplicar la ecuación general IDA al análisis de SP. En este sentido se incluyó la eficiencia de transporte y del td en la ecuación. Además, se realizó un estudio sistemático sobre el efecto de diferentes parámetros en la precisión alcanzada para el análisis: parámetros instrumentales (modo de adquisición de datos y tiempo de integración), optimización de la concentración del patrón isotópico de dopaje y tratamiento de datos (corrección de eventos divididos y cálculo de la masa de la NP). Con el método optimizado se procedió a la caracterización de una muestra de AgNPs de 75 nm de diámetro nominal, obteniéndose valores satisfactorios de diámetro, concentración en número de partículas y concentración en masa. El método optimizado presentó resultados prometedores para la caracterización de AgNPs en matrices complejas por el método IDA.<br /

Synthesis and Characterization of Elongated-Shaped Silver Nanoparticles as a Biocompatible Anisotropic SERS Probe for Intracellular Imaging: Theoretical Modeling and Experimental Verification

Progress in the field of biocompatible SERS nanoparticles has promising prospects for biomedical applications. In this work, we have developed a biocompatible Raman probe by combining anisotropic silver nanoparticles with the dye rhodamine 6G followed by subsequent coating with bovine serum albumin. This nanosystem presents strong SERS capabilities in the near infrared (NIR) with a very high (2.7 × 107) analytical enhancement factor. Theoretical calculations reveal the effects of the electromagnetic and chemical mechanisms in the observed SERS effect for this nanosystem. Finite element method (FEM) calculations showed a considerable near field enhancement in NIR. Using density functional quantum chemical calculations, the chemical enhancement mechanism of rhodamine 6G by interaction with the nanoparticles was probed, allowing us to calculate spectra that closely reproduce the experimental results. The nanosystem was tested in cell culture experiments, showing cell internalization and also proving to be completely biocompatible, as no cell death was observed. Using a NIR laser, SERS signals could be detected even from inside cells, proving the applicability of this nanosystem as a biocompatible SERS probe.España, Regional Ministry of Economy, Junta de Andalucía, P07-FQM-02595 (to CC), P10-FQM-06615 (to JMOM), P10-CTS-6928 (to DP) and PAIDI2020 Program (FQM319 to RFM and CTS677 to DP)Junta de Andalucía, PI-0070/2008 (to PZ) and PI-0068/2008 (to DP

A Survey of Contrastive and Counterfactual Explanation Generation Methods for Explainable Artificial Intelligence

A number of algorithms in the field of artificial intelligence offer poorly interpretable decisions. To disclose the reasoning behind such algorithms, their output can be explained by means of socalled evidence-based (or factual) explanations. Alternatively, contrastive and counterfactual explanations justify why the output of the algorithms is not any different and how it could be changed, respectively. It is of crucial importance to bridge the gap between theoretical approaches to contrastive and counterfactual explanation and the corresponding computational frameworks. In this work we conduct a systematic literature review which provides readers with a thorough and reproducible analysis of the interdisciplinary research field under study. We first examine theoretical foundations of contrastive and counterfactual accounts of explanation. Then, we report the state-of-the-art computational frameworks for contrastive and counterfactual explanation generation. In addition, we analyze how grounded such frameworks are on the insights from the inspected theoretical approaches. As a result, we highlight a variety of properties of the approaches under study and reveal a number of shortcomings thereof. Moreover, we define a taxonomy regarding both theoretical and practical approaches to contrastive and counterfactual explanation.S

Desarrollo de una aplicación Android como rehabilitador visual personalizado para pacientes con degeneración macular

Trabajo de Fin de Grado en Ingeniería Informática, Facultad de Informática UCM, Departamento de Arquitectura de Computadores y Automática, Curso 2021/2022. Acceso al repositorio: Drive: https://drive.google.com/file/d/1BMZCqhv4lfnnvFVDEH-m7- uvX_YG9nJo/view?usp=sharing GitHub: https://github.com/DaniEscUCM/VisualRehabilitator.gitThe Age-related Macular Degeneration (AMD) is an illness that creates one or more stains in the vision that may affect significantly in the everyday life of whoever suffers it. It is a disease that afflicts mostly to people of advanced age and, nowadays, their treatments are not modernized to the digital era. In the present day, it is mainly tested and exercised through paper, as there is not enough investment to digitalize, which would make easier the treatment of the patient, therefore, make easier the professional work. The objective of this project is to develop an application that helps both patients with age-related macular degeneration and professionals who work with them. This application allows the professionals to keep tracking of the progress of their patients, in this way they can follow up on the evolution of the macular degeneration and the progress of the exercises that the patient is doing. The application has evaluations, which can be used by professionals to properly monitor the patients. Thanks to them it is established the location of the reference dot of the patient, to help them see correctly, therefore, the app allows a personalised usage. This dot is the place where the patient has to look so that the stain goes to that location, allowing them to see what they want with the peripheric vision. Besides, the app has 17 exercises to help the patient’s visual rehabilitation. These exercises have different categories, from identifying letters and figures to recognizing parts of the face and everyday objects. Said exercises can be recommended by the professional through a personalized analysis using patient’ clinic data. The aid of the project is that the patient, besides being able to exercise with the professional, also may do it on their own tablet from the comfort of their house without losing their follow-up. Giving the opportunity of doing exercises more frequently than the traditional way where the rehabilitation is only made in person.La Degeneración Macular Asociada a la Edad (DMAE) es una enfermedad que produce una o varias manchas en la visión que puede afectar significativamente en el día a día de las personas que lo padecen. Este trastorno ocular es diagnosticado mayoritariamente a las personas de edad avanzada, y actualmente, los tratamientos no se han actualizado a la era digital. Hoy en día se utilizan principalmente pruebas y ejercicios en papel debido a que no hay suficiente inversión en digitalizarlo, lo cual facilitaría el tratamiento a los pacientes, y por consiguiente, el trabajo de los profesionales. El objetivo de este proyecto es desarrollar una aplicación que ayude tanto a las personas que sufren de la degeneración macular asociada a la edad como a los profesionales de la salud que trabajan con este tipo de pacientes. Esta aplicación permite llevar un seguimiento de los pacientes con los que el profesional trabaja, en el que podrán seguir la evolución de la degeneración macular y el progreso de los ejercicios que va realizando el paciente. La aplicación cuenta con evaluaciones, las cuales pueden ser utilizadas por los profesionales para realizar un seguimiento adecuado de los pacientes. Gracias a esto se puede determinar dónde ubicar el punto de referencia del paciente, el cual es diferente según la persona, para ayudarle a ver correctamente, por lo que la app permite un uso personalizado. Dicho punto indica el lugar donde tiene que fijar la vista para que la mancha quede en esa ubicación, permitiendo así ver su objetivo con la vista periférica. A su vez, la aplicación cuenta con 17 ejercicios para ayudar a los pacientes en su rehabilitación visual. Estos ejercicios son de distintas categorías, desde identificar letras y figuras hasta reconocer partes de una cara y objetos de la vida cotidiana. Dichos ejercicios pueden ser recomendados por el profesional haciendo un análisis personalizado con el uso de los datos clínicos del paciente. La intención del proyecto es que el paciente, además de poder realizar los ejercicios junto con el profesional, también pueda practicar con su tableta personal desde el confort de su casa sin perder seguimiento alguno del progreso y de los resultados. Dando la oportunidad de hacer ejercicios más frecuentemente que por la vía tradicional donde la rehabilitación es efectuada únicamente de manera presencial.Depto. de Arquitectura de Computadores y AutomáticaFac. de InformáticaTRUEunpu

Excess of Yra1 RNA-Binding Factor Causes Transcription-Dependent Genome Instability, Replication Impairment and Telomere Shortening

Yra1 is an essential nuclear factor of the evolutionarily conserved family of hnRNP-like export factors that when overexpressed impairs mRNA export and cell growth. To investigate further the relevance of proper Yra1 stoichiometry in the cell, we overexpressed Yra1 by transforming yeast cells with YRA1 intron-less constructs and analyzed its effect on gene expression and genome integrity. We found that YRA1 overexpression induces DNA damage and leads to a transcription-associated hyperrecombination phenotype that is mediated by RNA:DNA hybrids. In addition, it confers a genome-wide replication retardation as seen by reduced BrdU incorporation and accumulation of the Rrm3 helicase. In addition, YRA1 overexpression causes a cell senescence-like phenotype and telomere shortening. ChIP-chip analysis shows that overexpressed Yra1 is loaded to transcribed chromatin along the genome and to Y’ telomeric regions, where Rrm3 is also accumulated, suggesting an impairment of telomere replication. Our work not only demonstrates that a proper stoichiometry of the Yra1 mRNA binding and export factor is required to maintain genome integrity and telomere homeostasis, but suggests that the cellular imbalance between transcribed RNA and specific RNA-binding factors may become a major cause of genome instability mediated by co-transcriptional replication impairment.España Ministerio de Ciencia e Innovación BFU2010-16372, BFU2013-42918Andalucía, Junta de Andalucía BIO102, CVI4567 and BIO123

An empirical study on how humans appreciate automated counterfactual explanations which embrace imprecise information

The explanatory capacity of interpretable fuzzy rule-based classifiers is usually limited to offering explanations for the predicted class only. A lack of potentially useful explanations for non-predicted alternatives can be overcome by designing methods for the so-called counterfactual reasoning. Nevertheless, state-of-the-art methods for counterfactual explanation generation require special attention to human evaluation aspects, as the final decision upon the classification under consideration is left for the end user. In this paper, we first introduce novel methods for qualitative and quantitative counterfactual explanation generation. Then, we carry out a comparative analysis of qualitative explanation generation methods operating on (combinations of) linguistic terms as well as a quantitative method suggesting precise changes in feature values. Then, we propose a new metric for assessing the perceived complexity of the generated explanations. Further, we design and carry out two human evaluation experiments to assess the explanatory power of the aforementioned methods. As a major result, we show that the estimated explanation complexity correlates well with the informativeness, relevance, and readability of explanations perceived by the targeted study participants. This fact opens the door to using the new automatic complexity metric for guiding multi-objective evolutionary explainable fuzzy modeling in the near futureIlia Stepin is an FPI researcher (grant PRE2019-090153). Jose M. Alonso-Moral is a Ramon y Cajal researcher (grant RYC-2016–19802). This work was supported by the Spanish Ministry of Science and Innovation (grants RTI2018-099646-B-I00, PID2021-123152OB-C21, and TED2021-130295B-C33) and the Galician Ministry of Culture, Education, Professional Training and University (grants ED431F2018/02, ED431G2019/04, and ED431C2022/19). All the grants were co-funded by the European Regional Development Fund (ERDF/FEDER program).S

Systematic review of population-based bladder cancer registries : How criteria heterogeneity affects the comparison of incidences

The population-based registry of bladder cancer (BC) raises specific problems intrinsic to the tumor, as the inclusion of noninfiltrating, potentially malignant and multiple tumors. We performed a systematic review (PRISMA guidelines) of population-based BC registries to obtain information on their geographic areas involved, last dates of real incidence of BC, and rules coding used in BC for uncertain behavior, in situ and multiple tumors. Using MEDLINE and Google Scholar, we identified scientific publications of in the last 10 years in English or Spanish, whether they were related to a national or international cancer registry, provided information on registry rules, and provided data on the incidence of BC. After the first screening, a total of 194 references were obtained. After a second analysis, three registries were selected: International Agency for Research on Cancer (IARC) is a world registry providing real incidence of BC in the period 2008-2012. Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program registered incidence until 2017 in more than 90% of the US population. Spanish Network of Cancer Registries (REDECAN) unifies 14 Spanish registries (27.4% of the population) with real incidence data from 2010 to 2015. The coding and inclusion rules have been modified, but currently, most registries include BC in situ and uncertain behavior tumors. Whenever a new case occurs 36 months after a previous diagnosis, SEER registers those as multiple incident cancers in the same location, while IARC and REDECAN only allow one cancer per location during the lifespan of the patient. Comparison of the incidence of BC among different population-based cancer registries is prone to bias due to the methodological differences regarding the inclusion of carcinomas in situ, indeterminate, and multiple tumors. A good cancer registry could provide better surveillance strategies for BC patients. The bladder cancer registry is complex due to the peculiarities of urothelial tumors. The heterogeneity in the rules to define carcinomas in situ, indeterminate and multiple tumors interfere with the comparability of incidence of bladder cancer