Development of MOSGUITO: a user-friendly graphical interface for meta-omics data analyses

Dissertação de mestrado em BioinformaticsComplex microbial communities are essential to all ecosystems, and by linking microbial identity to function, meta-omics technologies facilitate the interpretation of the processes cat alyzed by microorganisms. MOSCA is a command-line pipeline that performs bioinformatics analyses of metagenomics, metatranscriptomics, and metaproteomics. MOSGUITO is a web based tool developed in React, which allows the configuration of MOSCA’s workflow and the visualization of MOSCA outputs. Although the metadata and the configuration options of MOSCA could be easily customized and downloaded through MOSGUITO, MOSGUITO was unable to interact with MOSCA automatically. In this thesis, a third-tier client-server architecture was developed containing the Client MOSGUITO, the Server MOSCA, and a Database. MOSGUITO as a client-side can retrieve, store and delete data from the Database and start running analysis on MOSCA as a server. MOSCA as a server can receive files from the client-side and start an analysis run. The database can store results from MOSCA, input files from users, and respective user information from their login session. A full guide to how to utilize this new version of MOSGUITO is provided. MOSGUITO client-side can interact with MOSCA as a server using Flask APIs, end users don’t need to have knowledge on command-line pipelines to use MOSCA, nor the computer resources to download it. There fore users using MOSGUITO can optimize the usage and configuration of MOSCA, being able to analyze the data from omics experiments with a simple interaction with MOSGUITO.Comunidades microbianas complexas são essenciais em todos os ecossistemas, as tecnologias metaómicas facilitam a interpretação dos processos catalisados pelos microrganismos, pois permitem ligar a identidade dos microrganismos a sua função. MOSCA é um pipeline que funciona a base de linha de comandos que realiza análises de bioinformática de meta- genómica, metatranscriptómica e metaproteómica. O MOSGUITO é uma ferramenta web desenvolvida em React, que permite a configuração do fluxo de trabalho do MOSCA e a visualização dos resultados. Embora os metadados e as opções de configuração do MOSCA possam ser facilmente personalizados e transferidas através do MOSGUITO, o MOSGUITO não conseguia interagir com o MOSCA automaticamente. Nesta tese, foi desenvolvida uma arquitetura cliente-servidor de terceiro nível contendo o Cliente MOSGUITO, o Servidor MOSCA e uma Base de Dados. O MOSGUITO como cliente pode recuperar, armazenar e excluir dados da base de dados e começar a executar análises no MOSCA como servidor. O MOSCA como servidor pode receber arquivos do lado do cliente e iniciar uma execução de análise. A base de dados pode armazenar resultados do MOSCA, ficheiros de input submetidos pelos utilizadores e respetivas informações da sessão de Login do utilizador. E apresentado um guia completo de como utilizar esta nova versão do MOSGUITO. O lado do cliente MOSGUITO pode interagir com o MOSCA como um servidor usando APIs construídas utilizando a framework Flask. Os Utilizadores finais não precisam ter conhecimento sobre linhas de comando para usar o MOSCA e sem a necessidade de recursos de computador para o transferir. Assim, os utilizadores do MOSGUITO otimizam o uso e a configuração do MOSCA, podendo analisar seus dados com uma simples interação com o MOSGUITO

O público e o privado na gestão do património cultural: sobre o Programa Revive

O tema desta dissertação é a requalificação do património cultural imóvel em Portugal. Mais especificamente discute-se a relação público/privado e as possíveis soluções com vista a viabilizar a valorização deste património. Para abordar este tema tomamos como objeto de análise o Programa Revive, aprovado em setembro de 2016. Este programa incide sobre a questão da “privatização” da gestão do património imóvel do Estado na ótica económica e turística, sendo assim uma política pública que visa dar resposta ao problema do abandono e degradação do património cultural imóvel através da sua recuperação e valorização. Ao contrário de outros países, a gestão privada de património cultural público é ainda muito residual em Portugal. Isto pode dever-se às resistências de algumas forças políticopartidárias, que tendem a ver nesta solução a entrega de património público a privados numa perspetiva meramente economicista. Por outro lado, os defensores desta solução tendem a valorizar a importância de mobilização de fundos privados como forma de ultrapassar as limitações do Estado. Sendo assim, este estudo baseia-se na análise do impacto do Programa Revive no espaço público tomando como observável central as notícias veiculadas pelos média a fim de conseguir identificar os termos do debate que surge entre o binômio Público vs Privado na sua gestão, que é um dos pontos mais delicados das politicas públicas em torno da cultura e de promoção do bem público, ao qual o património cultural é um dos mais importantes para essa promoção de bem-estar e qualidade.The following objective on this dissertation, is the analysis on the relation between the private management and public management on the program valorize cultural heritage, created and approved by the current government in September 2016 most commonly known as «Programa Revive». This program befalls the question of “privatization” of public heritage in economic and touristic based perspective, thus functioning as a “public policy” which answers the problem of abandonment and destruction of built heritage, by re-functioning and giving it a new purpose, which in return, allows it to become an attractive to permit socio-economic betterment on local and national levels. In comparison with other European countries, the private management of Public Cultural Heritage is still in quite marginal, on which there is effective resistance from some political forces, which tend to regard this measures of assign Public Heritage to private management a solution merely based on economic perspectives. On the other side, those defending this solution, seem to recognize the importance of mobilization of private funding as a mean to overcome the limitations of the State. Thus, this study uses content analysis on the media reception and its impacts to better identify the arguments between the «public» vs «private» management, which is a one of the most delicate points of intervention in public policies of culture, and its promotion of the sense of public good, on which Cultural heritage is one of the most important players in the sense of promoting well-being and quality

Propriedades mecânicas dos materiais dentários restauradores: contribuição relativa dos ensaios laboratoriais

Uma grande variedade de produtos odontológicos que são lançados no mercado faz da seleção do material uma difícil tarefa. Apesar das propriedades mecânicas não representarem necessariamente o seu real desempenho clínico, os testes são utilizados para orientar os efeitos das alterações das composições do material ou a evolução das suas propriedades. Além disso, estas propriedades podem ajudar o clínico de alguma forma na seleção correta, uma vez que a comparação entre as formulações anteriores e as mais recentes, assim como as líderes de mercado são mais destacadas pelos fabricantes. Este artigo apresenta uma revisão dos testes laboratoriais mais importantes. Desta forma, o conhecimento destes ensaios fornecerá uma opinião crítica relacionada às propriedades dos diferentes materiais dentários.A wide variety of dental products that are launched on the market becomes the correct selection of these materials a difficult task. Although the mechanical properties do not necessarily represent their actual clinical performance, they are used to guide the effects of changes in their composition or processing on these properties. Also, these tests might help somehow the clinician to choose once comparisons between former formulations and new ones, as well as, with the leading brand, are highlighted by manufactures. This paper presents a review of the most important laboratory tests. In this manner, the knowledge of these tests will provide a critical opinion related to the properties of different dental materials

Evaluation of internal adaptation of Class V resin composite restorations using three techniques of polymerization

OBJECTIVE: The purpose of this in vitro study was to evaluate the internal adaptation of Class V composite restorations to the cavity walls using three different techniques of polymerization. METHODS: Standard cavities were prepared on the buccal and lingual surfaces of 24 extracted human third molars with margins located above and below the cementoenamel junction. Restorations were placed in one increment using two restorative systems: 3M Filtek A110/ Single Bond (M) and 3M Filtek Z250/ Single Bond (H) in the same tooth, randomly in the buccal and lingual surfaces. Resin composites were polymerized using three techniques: Group 1 - Conventional (60 s - 600 mW/cm²); Group 2 - Soft-start (20 s - 200 mW/cm² , 40 s - 600 mW/cm²); Group 3 - Pulse Activation (3 s - 200 mW/cm², 3-min hiatus, 57 s - 600 mW/cm²). Buccolingual sections were polished, impressions taken and replicated. Specimens were assessed under scanning electron microscopy up to X1000 magnification. Scores were given for presence or absence of gaps (0 - no gap; 1 - gap in one wall; 2 - gap in two walls; 3 - gap in three walls). RESULTS: The mean scores of the groups were (±SD) were: G1M-3.0 (± 0.0); G2M-2.43 (± 0.8); G3M- 1.71 (± 0.9); G1H- 2.14 (± 1.2); G2H- 2.00 (± 0.8); G3H- 1.67 (± 1.1). Data were analyzed using Kruskal-Wallis and Dunnet's tests. No statistically significant difference (p>;0.05) was found among groups. Gaps were observed in all groups. CONCLUSIONS: The photocuring technique and the type of resin composite had no influence on the internal adaptation of the material to the cavity walls. A positive effect was observed when the slow polymerization techniques were used

Correlation between serum cystatin C and markers of subclinical atherosclerosis in hypertensive patients

BACKGROUND: Serum cystatin C (s-CC), an endogenous marker of kidney function, has also been proposed as a cardiovascular risk marker. However, it is unknown whether it is a direct marker of atherosclerosis, independently of kidney function. OBJECTIVE: The aim of this study was to correlate s-CC with two surrogate markers of subclinical atherosclerosis. METHODS: This is a cross-sectional study involving 103 middle-aged (57.49 ± 11.7 years) hypertensive outpatients, being 60 female (58.25%), most with preserved kidney function. S-CC was correlated with carotid intima media thickness (IMT) and flow-mediated dilation of brachial artery (FMD), both assessed by ultrasound, as well as with measured creatinine clearance and established cardiovascular risk factors. RESULTS: S-CC was neither significantly correlated with IMT (r = -0.024; p = 0.84) nor with FMD (r = -0.050 and p = 0.687) and no significant association was observed with conventional risk factors and inflammatory markers. In univariate analysis, s-CC was correlated with measured creatinine clearance (r = -0,498; p < 0,001), age (r = 0,408; p < 0,001), microalbuminuria (r = 0,291; p = 0,014), uric acid (r = 0,391; p < 0,001), ratio E/e' (r = 0,242; p = 0,049) and Framingham score (r = 0,359; p = 0,001). However, after multiple regression analysis, only the association with measured creatinine clearance remained significant (r = -0,491; p < 0,001). CONCLUSION: In middle-aged hypertensive outpatients, s-CC correlated with measured creatinine clearance, as expected, but no association was observed with markers of atherosclerosis neither with established cardiovascular risk factors.FUNDAMENTO: A cistatina C sérica (s-CC), um marcador endógeno da função renal, tem sido proposta também como um marcador de risco cardiovascular. No entanto, ainda não está estabelecido se se trata de um marcador direto de aterosclerose, independentemente da função renal. OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi correlacionar a s-CC com dois marcadores substitutos de aterosclerose subclínica. MÉTODOS: Trata-se de um estudo transversal envolvendo 103 pacientes hipertensos ambulatoriais, de meia idade (57,49 ± 11,7 anos), sendo 60 do sexo feminino (58,25%) e a maioria com função renal preservada. A s-CC foi correlacionada com a espessura mediointimal carotídea (EMIc) e a dilatação mediada por fluxo de artéria braquial (DMF), ambas avaliadas por ultrassonografia, bem como com o clearance de creatinina medido e fatores de risco cardiovascular estabelecidos. RESULTADOS: A s-CC não se correlacionou significativamente nem com a EMIc (r = -0,024, p = 0,84) nem com a DMF (r = -0,050 e p = 0,687), e não foi observada também associação significativa com fatores de risco convencionais nem marcadores inflamatórios. Na análise univariada, a s-CC se correlacionou com o clearance de creatinina medido (r = - 0,498, p < 0,001), idade (r = 0,408, p < 0,001), microalbuminúria (r = 0,291, p = 0,014), ácido úrico (r = 0,391, p < 0,001), relação E/e' (r = 0,242, p = 0,049) e escore de Framingham (r = 0,359, p = 0,001). No entanto, após análise de regressão múltipla, apenas a associação com o clearance de creatinina medido permaneceu significativa (r = -0,491, p <0,001). CONCLUSÃO: Em pacientes hipertensos ambulatoriais de meia idade, a s-CC se correlacionou com o clearance de creatinina medido,como esperado, mas não foi observada associação com marcadores de aterosclerose nem com fatores de risco cardiovascular estabelecidos.Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Universidade Federal do MaranhãoUNIFESPSciEL

Desempenho agronômico de híbridos de milho cultivados na região sul do estado de Rondônia / Agronomic performance of corn hybrids cultivated in the southern region of the state of Rondônia

O milho é um cereal de grande importância para a alimentação animal, sendo fornecido nas rações, ou como silagem para ruminantes, a produção vem crescendo já que a demanda está cada vez maior, com isso surge também a demanda por novas cultivares mais resistentes a pragas e doenças, e com maior produtividade. Deste modo, o presente trabalho tem como objetivo avaliar o desempenho agronômico de 4 híbridos simples no cone sul de Rondônia. O experimento foi conduzido no período de fevereiro de 2021 a maio de 2021, em condições de campo, na área experimental do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Rondônia, Campus Colorado do Oeste, no município de Colorado do Oeste, RO. Foi utilizado delineamento inteiramente casualizado com 4 híbridos diferentes (BM 3063 PRO 2, K9606 VIP 3, K8774 PRO 3 e TBS 19-4510 VIP 3), plantados em 4 talhões com 1 ha cada, o espaçamento utilizado entre linhas foi de 0,80 m, e uma população 57.500 plantas/ha. Houve diferença significativa entre os 4 híbridos e praticamente todos os quesitos avaliados do desempenho agronômico. Dentre os 4 híbridos o TBS 19-4510 VIP 3 foi o que apresentou os melhores resultados em relação a produtividade e massa verde, juntamente com o K8774 PRO 3, que são indicadores buscados na hora da escolha de uma cultivar

Avaliação Agronômica de híbridos de milho cultivados no Cone Sul de Rondônia

O Brasil assume grande importância na agricultura mundial, um dos motivos que contribui para tal feito é o aumento na produção de grãos. A importância econômica do milho, surge principalmente por ser uma planta com grande potencial produtivo e diversificação de uso, visto que, está presente na alimentação humana e animal. A sua utilização para a produção de silagem é uma ótima estratégia para fornecer alimento aos animais, durante os períodos de escassez de alimento. Deste modo, o objetivo foi analisar as características agronômicas de dois híbridos de milho, que foram cultivados no Cone Sul de Rondônia. O experimento foi conduzido no período de novembro de 2021 a fevereiro de 2022, em condições de campo, na área experimental do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Rondônia, Campus Colorado do Oeste, no município de Colorado do Oeste, RO. Foi utilizado delineamento inteiramente casualizado com 2 híbridos diferentes (GNZ 7740 VIP 3 e AG 8480 PRO), cultivados em 3 hectares, divididos em 2 talhões com aproximadamente 1,5 ha cada, sendo 1 híbrido por talhão, a população de plantas utilizadas foi de 75.000 plantas/ha, com espaçamento entre linhas de 0,80 m e 0,20 m entre plantas. Houve variação no desempenho agronômico dos dois híbridos de milho cultivados na região Sul de Rondônia. O híbrido AG 8480 PRO destacou-se quanto à produtividade de massa verde, diâmetro de colmo, número de folhas, comprimento da espiga, massa da espiga com casca, e massa da espiga sem casca

Biological availability of phosphorus from natural phosphates for bovines by the isotope dilution technique

Com o objetivo de determinar a absorção real do fósforo das rochas fosfáticas de Tapira e Patos, foi feito este experimento. Foram utilizados nove bovinos com idade média inicial de 18 meses, em um delineamento de blocos ao acaso, distribuídos em três tratamentos: com fosfato bicálcico (FB), fosfatos de Patos (FP) e de Tapira (VF),o experimento foi repetido três vezes, totalizando 27 observações. Os animais foram mantidos individualmente, em gaiolas metabólicas, recebendo uma ração basal de Brachiaria decumbens "ad libitum" e um concentrado, ao qual foram adicionadas as fontes de P. Cada bovino recebeu uma dose de 30 MBq de 32P (Na2HPO4), livre de carregador, para a determinação do P endógeno, através da técnica de diluição isotópica. A digestibilidade verdadeira do P para FB, FP e FT foi de 65,88±8,46; 46,21±7,15 e 44,43±9,67%, respectivamente. A disponibilidade biológica, tendo o FB como padrão (100%), foi de 70,14 e 67,44%, respectivamente para FP e FT.A metabolism trial was carried out with steers to study the true absorption of phosphorus from dicalcium phosphate and Brazilian rock phosphates from Patos and Tapira. Twenty-seven steers were assigned to three treatment groups in a randomized block design: dicalcium phosphate (DICAL) and natural rock phosphate from Patos de Minas (FP) and Tapira (FT). The animals were confined in metabolic cages and received a basal ration of Brachiaria decumbens hay and a concentrate with the appropiate phosphorus source. The endogenous fecal loss of phosphorus was estimated by the isotope dilution method using 32P as a tracer. The true absorption of phosphorus was 65,88±8,46; 46,21±7,15 and 44,43±9,67% for DICAL, FP and FT, respectively. True phosphorus absorption was higher (P < 0,01) for the streers receiving DICAL than for those fed FP and FT

Avaliação comparativa das associações cetamina-butorfanol-dexmedetomidina e cetamina-butorfanol-xilazina nas respostas de parâmetros fisiológicos, períodos anestésicos e recuperação anestésica de cutias (Dasyprocta spp.) / Comparative evaluation of ketamine-butorphanol-dexmedetomidine and ketamine-butorphanol-xylazine associations in the responses of physiological parameters, anesthetic periods and anesthetic recovery of agoutis (Dasyprocta spp.)

Para contenção química de cutias (Dasyprocta spp.) comumente utiliza-se dissociativos, dos quais, a cetamina combinada a opioides, benzodiazepínicos e agonistas α-2 adrenérgicos têm sido empregados destacando-se os tempos anestésicos, parâmetros fisiológicos e eletrocardiograma, entretanto, a busca por protocolos mais seguros que provoquem efeitos depressores mais brandos ou inexistentes e ainda proporcionem melhor recuperação é desejável. O experimento em questão comparou os efeitos fisiológicos, qualidade da anestesia e recuperação anestésica de dois protocolos: CeBuDex - cetamina (20 mg/kg) + butorfanol (0,02 mg/kg) + dexmedetomidina (0,05mg/kg) e CeBuXi - cetamina (20 mg/kg) + butorfanol (0,02 mg/kg) + xilazina (1,5 mg/kg), ambos por via intramuscular. Os parâmetros vitais, períodos anestésicos e eletrocardiograma computadorizado foram analisados e comparados entre os grupos. Os dois protocolos apresentaram período de latência rápido (PLATÊNCIA &lt; 5 minutos). Período hábil médio para CeBuDex foi de 83,9 ± 32,9 min. e para CeBuXi foi de 57,1 ± 10,78 min. Períodos de recuperação total médios foram de 48,6 ± 35,3 min. para CeBuDex e 44,1 ± 13 min. para CeBuXi. Quanto à qualidade de recuperação, em CeBuDex os animais apresentaram retorno mais tranquilo, enquanto em CeBuXi mais agitado. Para a frequência cardíaca houve diminuição progressiva e menores valores em CeBuXi. Quanto aos valores de SpO2 CeBuDex, apresentou menores valores que CeBuXi, porém sem intercorrências como membranas mucosas hipocoradas e/ou cianóticas, tendo os níveis de saturação atingido valores acima de 90% a partir de 30 minutos após aplicação dos fármacos, em ambos os protocolos. Deve-se ter em consideração a ocorrência de possíveis complicações, como hipóxia total e necessidade de suplementação de oxigênio, ambos não presentes ao longo do experimento