Uncertainty Visualization using Hypothetical Outcome Plots

Project Work presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Information Management, specialization in Knowledge Management and Business IntelligenceData-driven decision-making is crucial for any business. With an increasing interest in Business Intelligence, Data Visualization is playing a major role in decision-making processes. For making a well-informed and accurate decision, it is important to understand uncertainty in the data visualizations. Uncertainty visualizations improve the way users understand the data, as well as the confidence in their conclusions. An important type of uncertainty visualizations is the Hypothetical Outcome Plots (HOPs), which allow the audience to gain an intuitive idea of uncertainty through animated sequences of random draws from a distribution, leading to a more accurate understanding and decision. This document intends to detail a proof-of-concept by carrying out a comparison of static visualization vs. HOPs in terms of efficiency and accuracy of results interpretation for Wayne Enterprises (fictional name) forecasting projects, in particularly the ones related with product launches and product loss of exclusivity. Wayne Enterprises is a world-leading supplier of advanced analytics, technological services and clinical investigation solutions for the life sciences industry. For that objective, it was built two prototypes using Python to support the proof-of-concept execution. A between-group experiment was carried out with 40 members of the German consulting team of Wayne Enterprises, where half answered a survey based on static visualizations and the other half based on HOPs. From this experiment, it is possible to conclude that HOPs can achieve similar results that static visualizations, with people taking the decision in less than half of the time when visualizing a HOP. Thus, it is possible to improve Wayne Enterprises decision-making process by accelerating it with Hypothetical Outcome Plots.A tomada de decisões baseada em dados é crucial para qualquer negócio. Com um interesse crescente em Business Intelligence, a Visualização de Dados está a desempenhar um papel importante nos processos de tomada de decisão. Para se tomar uma decisão bem informada e precisa, é importante compreender a incerteza nas visualizações de dados. As visualizações de incerteza melhoram a forma como os utilizadores compreendem os dados, bem como a confiança nas suas conclusões. Um tipo importante de visualizações de incerteza é o Hypothetical Outcome Plots (HOPs), que permite ao público obter uma ideia intuitiva da incerteza através de sequências animadas de desenhos aleatórios de uma distribuição, conduzindo a uma compreensão e decisão mais precisas. Este documento pretende detalhar uma prova de conceito através da realização de uma comparação entre visualizações estáticas e HOPs em termos de eficiência e exactidão de interpretação de resultados para projectos de forecast da Wayne Enterprises (nome fictício), em particular os relacionados com lançamentos de produtos e perda de exclusividade de produtos. A Wayne Enterprises é um líder mundial de análises avançadas, serviços tecnológicos e soluções de investigação clínica para a indústria das ciências da vida. Para esse objectivo, foram construídos dois protótipos utilizando Python para apoiar a execução da prova de conceito. Foi realizada uma experiência entre grupos com 40 membros da equipa de consultoria alemã da Wayne Enterprises, onde metade respondeu a um inquérito baseado em visualizações estáticas e a outra metade com base em HOPs. A partir desta experiência, é possível concluir que os HOPs podem alcançar resultados semelhantes aos das visualizações estáticas, com as pessoas a tomarem a decisão em menos de metade do tempo quando visualizam um HOP. Por conseguinte, é possível melhorar o processo de tomada de decisão da Wayne Enterprises, acelerando-o com Hypothetical Outcome Plots

Infecção pelo Papilomavírus Humano (HPV) em mulheres portadoras de HIV/AIDS

Objective: Verify the predominance of HPV in women bearers of HIV/AIDS, and know the social demographic, clinic and behavior characteristics of this population.  Methods: Documental, exploratory, descriptive and quantitative study that included the promptuary of 32 women with HIV/AIDS in the CERDI system and that were submitted to the Papanicolaou test during the period of study.Results: HPV lesions were found in (15.6%) of the women, having the classification of LSIL low grade (60%) of these. Age varied between 18 to 39 (62.5%), married or in common-law marriage (75.1%) and the majority hasn’t finished middle school (37.5%). Regarding to family income, 46.9% informed income same or lower to the minimum wage. They started their sexual activity with age lower than  17 (62.5%), had less than four sexual partners in their life (56.3%) and only one partner during the last year (96.9%). No women referred to the regular use of condoms before the diagnosis of HIV, after the diagnosis, 62.5% started to use  in all their sexual relations.  Sexual diseases prior history were reported by (40.6%), probable way of virus transmission were by sexual means (93.8%) and the diagnosis of infection was done over five years for the majority (56.3%). Most of them also make use of TARV (65.6%) and presented a CD4 cell count same or over 500 cells/ml (59.4%) in the last test. Conclusions: There were prevalence of HPV in 15.6%, similar to other studies. The need of a periodic Papanicolaou test to detect early alterations is highlighted to avoid cervical cancerObjetivo: Verificar la prevalencia del VPH en mujeres viviendo con VIH/AIDS, y conocer las características sociodemográficas, clínicas y comportamentales de esa población. Métodos: Estudio documental, exploratorio, descriptivo, cuantitativo, que incluyó los historiales de 32 mujeres viviendo con VIH/AIDS registradas en el CERDI y que realizaron el examen de Papanicolaou en el período de estudio.Resultados: Se encontraron lesiones de VPH en (15,6%) de las mujeres, siendo clasificada como LSIL bajo grado (60%) de estas. La edad varió de 18 a 39 años (62,5%), casadas o vive en unión estable (75,1%) y la mayoría tiene bachillerato incompleto (37,5%). En cuanto a la renta familiar, 46,9% informó renta igual o inferior a un sueldo mínimo. Iniciaron actividad sexual con edad inferior a 17 años (62,5%), tuvieron menos de cuatro parejas sexuales en la vida (56,3%) y pareja única en el último año (96,9%). Ninguna mujer se refirió al uso regular de preservativos antes del diagnóstico de VIH, siendo que, tras el diagnóstico, 62,5% pasaron a usar el insumo en todas las relaciones sexuales. Historia anterior de DST fue relatada por (40,6%), probable forma de transmisión del virus fue la vía sexual (93,8%) y el diagnóstico de la infección se realizó hace más de cinco años (56,3%) para la mayoría. La mayoría también hace uso de TARV (65,6%) y presentó recuento de células CD4 igual o mayor que 500 células/mL (59,4%), en el último examen realizado. Conclusiones: Hubo prevalencia de VPH de 15,6%, semejante a otros estudios. Se destaca la necesidad de examen de Papanicolaou periódico para detectar precozmente alteraciones, evitándose el cáncer cervical.Objetivo: Verificar a prevalência do HPV em mulheres vivendo com HIV/AIDS, e conhecer as características sociodemográficas, clínicas e comportamentais dessa população.Métodos: Estudo documental, exploratório, descritivo, quantitativo, que incluiu os prontuários de 32 mulheres vivendo com HIV/AIDS cadastradas no CERDI e que realizaram o exame de Papanicolaou no período do estudo.Resultados: Foram encontradas lesões de HPV em (15,6%) das mulheres, sendo classificadas como LSIL baixo grau (60%) desses. A idade variou de 18 a 39 anos (62,5%), casadas ou vive em união estável (75,1%) e a maioria tem ensino fundamental incompleto (37,5%). Quanto à renda familiar, 46,9% informaram renda igual ou inferior a um salário mínimo. Iniciaram atividade sexual com idade inferior a 17 anos (62,5%), tiveram menos de quatro parceiros sexuais na vida (56,3%) e parceiro único no último ano (96,9%). Nenhuma mulher referiu uso regular de preservativos antes do diagnóstico de HIV, sendo que, após o diagnóstico, 62,5% passaram a usar o insumo em todas as relações sexuais. História anterior de DST foi relatada por (40,6%), provável forma de transmissão do vírus foi a via sexual (93,8%) e o diagnóstico da infecção foi realizado há mais de cinco anos (56,3%) para a maioria. A maioria também faz uso de TARV (65,6%) e apresentou contagem de células CD4 igual ou maior que 500 células/mL (59,4%), no último exame realizado.Conclusões: Houve uma prevalência de HPV de 15,6%, semelhante a outros estudos. Destaca-se a necessidade do exame de Papanicolaou periódico para se detectar precocemente alterações, evitando-se o câncer cervical

inTB - a data integration platform for molecular and clinical epidemiological analysis of tuberculosis

This deposit is composed by the main article plus the supplementary materials of the publication.Tuberculosis is currently the second highest cause of death from infectious diseases worldwide. The emergence of multi and extensive drug resistance is threatening to make tuberculosis incurable. There is growing evidence that the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis may have important clinical consequences. Therefore, combining genetic, clinical and socio-demographic data is critical to understand the epidemiology of this infectious disease, and how virulence and other phenotypic traits evolve over time. This requires dedicated bioinformatics platforms, capable of integrating and enabling analyses of this heterogeneous data.Instituto Gulbenkian de Ciência, Programa Nacional de Luta contra a Tuberculose, Instituto Nacional de Saúde Ricardo Jorge, Administração Regional de Saúde de Lisboa e Vale do Tejo

Recurrence of alveolar capillary dysplasia with misalignment of pulmonary veins in two consecutive siblings

Alveolar capillary dysplasia with misalignment of pulmonary veins (ACD/MPV) is a rare, developmental lung disorder, which has been increasingly reported. This entity usually presents as neonatal persistent pulmonary hypertension that is unresponsive to treatment, and is known to be uniformly fatal. Recent discoveries in the genetic field, and intensive treatments, may change the natural course of this disease, permitting easier diagnosis and giving new hope for the dismal prognosis. The authors present two cases of siblings, with two years of difference, from different fathers - one of them was a first-degree and the other a second-degree cousin of the mother. Both patients were full-term babies born apparently without malformations and were sent to the nursery. Both siblings near 35 hours of age presented severe respiratory failure due to pulmonary hypertension. The outcome was fatal in both cases and at autopsy ACD/MPV was diagnosed. The authors call attention to this entity in the differential diagnosis of acute respiratory distress in early life

SEGURANÇA DO PACIENTE E PASSAGEM DE PLANTÃO EM UNIDADES DE CUIDADOS INTENSIVOS NEONATAIS

Objetivo: identificar como a segurança do paciente é contemplada na passagem de plantão de equipes de Enfermagem em Unidades de Cuidados intensivos neonatais. Método: pesquisa quantitativa, exploratório-descritiva realizada entre 2012 e 2014. Amostra constituída por 51 observações não participantes em três Unidades de Cuidados Intensivos Neonatais mediante formulário de observação, notas de campo e gravações em áudio. Para análise de dados utilizou-se frequência absoluta e relativa. Resultados: foram verificados comportamentos não benéficos à segurança do paciente durante a passagem de plantão, como os atrasos, saídas antecipadas, as conversas paralelas e a não utilização de recursos tecnológicos. Conclusão: existe um reconhecimento por parte dos profissionais de Enfermagem sobre a importância da passagem de plantão de forma que se garanta a continuidade e a segurança das ações de cuidado instituídas. No entanto, algumas práticas se mostraram frágeis e mudanças são necessárias para garantir segurança e nortear as práticas de cuidados realizadas.Descritores: Segurança do Paciente; Enfermagem; Comunicação; Unidades de Terapia Intensiva Neonatal.

Nutritional quality of Brazil nuts from different trees and under different storage conditions

A castanha-da-amazônia é um alimento naturalmente orgânico, considerado funcional por promover boa nutrição e saúde do organismo. Seu consumo regular já foi associado com a redução de várias doenças, graças à elevada atividade antioxidante e anti-inflamatória de alguns fitoquímicos, principalmente do Selênio (Se). Os objetivos deste estudo foram: 1) avaliar se matrizes superiores de castanheiras, que apresentam maior produção de frutos, também possuem maior teor de Se; 2) analisar se castanhas (safra 2021) sementes são alteradas após um ano armazenamento em diferentes condições controladas; 3) verificar se a composição centesimal das castanhas (safra 2022) é alterada após pré-secagem e armazenamento no campo. O teor médio de Se foi 143 mg kg-1, variando de 33 a 544 mg kg-1, com maiores valores nas amêndoas de castanhas coletadas em matrizes com menor produção de frutos. As amêndoas armazenadas nos próprios frutos durante um ano apresentaram teor de umidade (21%) e atividade de água (0,91) superiores aos daquelas armazenadas na câmara fria e na sala do laboratório, além de mais carboidratos e menos lipídeos. Isso comprovou a eficiência do armazenamento das sementes nos ouriços para manter sua viabilidade germinativa. De modo geral, não houve alterações significativas na composição centesimal e nutricional de castanhas que passaram pelos paióis de pré-secagem e pelo armazém do comprador local, comprovando que nessas condições é possível manter a qualidade da castanha fresca. Esses resultados podem subsidiar ações de comercialização, melhoramento e valorização da cadeia produtiva da castanha que favoreçam sua qualidade enquanto alimento funcional e nutracêutico.The Amazon nut is a naturally organic food, considered a functional food for promoting good nutrition and health of the body. Its regular consumption has already been associated with reducing several diseases due to the high antioxidant and anti-inflammatory activities of some phytochemicals, mainly Selenium (Se). The objectives of this study were: 1) to evaluate whether Brazil nut trees that present higher fruit production also have higher Se content, 2) to check for alterations in Brazil nut (2021 harvest) seeds after one year of storage under different controlled conditions; 3) to check for alterations in the proximate composition of seeds (2022 harvest) after pre-drying and storage in the field. The average Se content was 143 mg kg-1, varying from 33 to 544 mg kg-1, with higher values in Brazil nuts collected from trees with lower fruit production. Seeds stored in their fruit for one year had higher moisture content (21%) and water activity (0.91) than those in the climate-controlled cold room and laboratory room, in addition to more carbohydrates and less lipids. This proved the efficiency of seed storage in fruit to maintain germination viability. In general, no significant changes were found in the proximate and nutritional composition of Brazil nuts taken to storehouse of pre-drying and the local buyer’s warehouse, proving that these conditions enable the quality maintenance of fresh Brazil nuts. These results can support commercialization, improvement, and valorization actions in the Brazil nut production chain that favor its quality as a functional and nutraceutical food

Evidencia de validad de la versión portuguesa del Índice de Reactividad Interpersonal en Parejas

The main objective of this study was to translate and adapt the Interpersonal Reactivity Index for Couples (IRIC) to Portuguese, and analyze the psychometric properties of the Portuguese version. This instrument that assesses empathy in couples, resulted from the adaptation of one of the most widely used empathy scales - Davis's Interpersonal Reactivity Index - for the context of intimate relationships. The IRIC assesses dimensions of cognitive (perspective taking) and emotional (empathic concern) empathy, both essential for stable and satisfactory marital relationships. The original scale was translated to Portuguese and administered to 148 participants involved in an intimate relationship with a minimum duration of one year. Most of the participants were women, with a mean age of 27 years old. Our results revealed the Portuguese version has a factorial structure similar to the original version, adequate internal consistency values (Cronbach's α=.82), and good external validity with a scale of dyadic adjustment.Este estudo teve como principal objetivo traduzir e adaptar para língua portuguesa o Índice de Reatividade Interpessoal para Casais (IRIC), analisando as propriedades psicométricas da versão portuguesa. Esse é um instrumento de avaliação da empatia em casais, que resultou da adaptação de uma das mais usadas escalas de empatia, o Índice de Reatividade Interpessoal de Davis, para o contexto das relações íntimas. O IRIC avalia dimensões de empatia cognitiva (tomada de perspetiva) e emocional (preocupação empática), importantes para a estabilidade e satisfação das relações conjugais. A escala original foi traduzida para português e administrada a 148 sujeitos que estavam numa relação amorosa há pelo menos um ano. A maioria dos sujeitos eram mulheres com uma média de idades de 27 anos. Os resultados revelam uma estrutura fatorial semelhante à escala original, valores adequados de consistência interna (alfa de Cronbach=0,82) e bons níveis de validade externa com uma escala de ajustamento diádico.El principal objetivo de este estudio fue traducir y adaptar a la lengua portuguesa el Índice de Reactividad Interpersonal para Parejas (IRIP), analizando las propiedades psicométricas de la versión portuguesa. Este es un instrumento de evaluación de empatía en parejas, que resultó de la adaptación de una de las más usadas escalas de empatía, el Índice de Reactividad de Davis, para el contexto de las relaciones íntimas. El IRIP evalúa dimensiones de empatía cognitiva (toma de perspectiva) y emocional (preocupación empática), importantes para la estabilidad y satisfacción de las relaciones conyugales. La escala original fue traducida al portugués y administrada a 148 sujetos que mantenían una relación amorosa desde hace por lo menos un año. La mayoría de los sujetos eran mujeres con una edad media de 27 años. Los resultados revelaron una estructura factorial semejante a la escala original, valores adecuados de consistencia interna (Cronbach’s α=.82) y buenos niveles de validación externa con una escala de ajustamiento diádico.Este projeto foi financiado pela Fundação BIAL (Bolsa com a referência: 87/12)info:eu-repo/semantics/publishedVersio

perfis socioeconômicos da recente mobilidade residencial

UID/HIS/04209/2013 UID/SOC/04647/2013As mudanças que têm ocorrido recentemente na cidade de Lisboa estão associadas, em grande medida, às dinâmicas de mobilidade residencial, suas causas e consequências. A escolha da área de residência, determinada por fatores econômicos, sociais, culturais e psicológicos, resulta numa alteração gradual da estrutura social da cidade e dos padrões de ocupação do território. Este artigo, partindo dos dados de um inquérito realizado aos munícipes de Lisboa entre 2016 e 2017, procura contribuir para melhor compreender essas mudanças, analisando as dimensões territorial e temporal da mobilidade, assim como os perfi s socioeconômicos dos residentes mais antigos e dos novos. Perante a diversidade de experiências de mobilidade residencial, recorreu-se à análise multivariada para defi nir cinco perfi s com características sociais distintas.publishersversionpublishe

Extracellular vesicles shed by trypanosoma brucei brucei manipulate host mononuclear cells

Funding Information: Funding: This study was supported by FCT—Foundation for Science and Technology, I.P., through research grant PTDC/CVT-CVT/28908/2017 and by national funds within the scope of Centro de Investigação Interdisciplinar em Sanidade Animal (CIISA, UIDB/00276/2020) and Global Health and Tropical Medicine (GHTM, UID/04413/2020). Funding Information: This study was supported by FCT?Foundation for Science and Technology, I.P., through research grant PTDC/CVT-CVT/28908/2017 and by national funds within the scope of Centro de Investiga??o Interdisciplinar em Sanidade Animal (CIISA, UIDB/00276/2020) and Global Health and Tropical Medicine (GHTM, UID/04413/2020). Publisher Copyright: © 2021 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.African trypanosomiasis or sleeping sickness is a zoonotic disease caused by Trypanosoma brucei, a protozoan parasite transmitted by Glossina spp. (tsetse fly). Parasite introduction into mammal hosts triggers a succession of events, involving both innate and adaptive immunity. Macrophages (MΦ) have a key role in innate defence since they are antigen-presenting cells and have a micro-bicidal function essential for trypanosome clearance. Adaptive immune defence is carried out by lymphocytes, especially by T cells that promote an integrated immune response. Like mammal cells, T. b. brucei parasites release extracellular vesicles (TbEVs), which carry macromolecules that can be transferred to host cells, transmitting biological information able to manipulate cell immune response. However, the exact role of TbEVs in host immune response remains poorly understood. Thus, the current study examined the effect elicited by TbEVs on MΦ and T lymphocytes. A combined approach of microscopy, nanoparticle tracking analysis, multiparametric flow cytometry, colourimetric assays and detailed statistical analyses were used to evaluate the influence of TbEVs in mouse mononuclear cells. It was shown that TbEVs can establish direct communication with cells of innate and adaptative immunity. TbEVs induce the differentiation of both M1-and M2-MΦ and elicit the expansion of MHCI+, MHCII+ and MHCI+ MHCII+ MΦ subpopulations. In T lymphocytes, TbEVs drive the overexpression of cell-surface CD3 and the nuclear factor FoxP3, which lead to the differentiation of regulatory CD4+ and CD8+ T cells. Moreover, this study indicates that T. b. brucei and TbEVs seem to display opposite but complementary effects in the host, establishing a balance between parasite growth and controlled immune response, at least during the early phase of infection.publishersversionpublishe

Nutritional quality of Brazil nuts from different trees and under different storage conditions

A castanha-da-amazônia é um alimento naturalmente orgânico, considerado funcional por promover boa nutrição e saúde do organismo. Seu consumo regular já foi associado com a redução de várias doenças, graças à elevada atividade antioxidante e anti-inflamatória de alguns fitoquímicos, principalmente do Selênio (Se). Os objetivos deste estudo foram: 1) avaliar se matrizes superiores de castanheiras, que apresentam maior produção de frutos, também possuem maior teor de Se; 2) analisar se castanhas (safra 2021) sementes são alteradas após um ano armazenamento em diferentes condições controladas; 3) verificar se a composição centesimal das castanhas (safra 2022) é alterada após pré-secagem e armazenamento no campo. O teor médio de Se foi 143 mg kg-1, variando de 33 a 544 mg kg-1, com maiores valores nas amêndoas de castanhas coletadas em matrizes com menor produção de frutos. As amêndoas armazenadas nos próprios frutos durante um ano apresentaram teor de umidade (21%) e atividade de água (0,91) superiores aos daquelas armazenadas na câmara fria e na sala do laboratório, além de mais carboidratos e menos lipídeos. Isso comprovou a eficiência do armazenamento das sementes nos ouriços para manter sua viabilidade germinativa. De modo geral, não houve alterações significativas na composição centesimal e nutricional de castanhas que passaram pelos paióis de pré-secagem e pelo armazém do comprador local, comprovando que nessas condições é possível manter a qualidade da castanha fresca. Esses resultados podem subsidiar ações de comercialização, melhoramento e valorização da cadeia produtiva da castanha que favoreçam sua qualidade enquanto alimento funcional e nutracêutico