A robust multivariate, non-parametric outlier identification method for scrubbing in fMRI

Functional magnetic resonance imaging (fMRI) data contain high levels of noise and artifacts. To avoid contamination of downstream analyses, fMRI-based studies must identify and remove these noise sources prior to statistical analysis. One common approach is the "scrubbing" of fMRI volumes that are thought to contain high levels of noise. However, existing scrubbing techniques are based on ad hoc measures of signal change. We consider scrubbing via outlier detection, where volumes containing artifacts are considered multidimensional outliers. Robust multivariate outlier detection methods are proposed using robust distances (RDs), which are related to the Mahalanobis distance. These RDs have a known distribution when the data are i.i.d. normal, and that distribution can be used to determine a threshold for outliers where fMRI data violate these assumptions. Here, we develop a robust multivariate outlier detection method that is applicable to non-normal data. The objective is to obtain threshold values to flag outlying volumes based on their RDs. We propose two threshold candidates that embark on the same two steps, but the choice of which depends on a researcher's purpose. Our main steps are dimension reduction and selection, robust univariate outlier imputation to get rid of the effect of outliers on the distribution, and estimating an outlier threshold based on the upper quantile of the RD distribution without outliers. The first threshold candidate is an upper quantile of the empirical distribution of RDs obtained from the imputed data. The second threshold candidate calculates the upper quantile of the RD distribution that a nonparametric bootstrap uses to account for uncertainty in the empirical quantile. We compare our proposed fMRI scrubbing method to motion scrubbing, data-driven scrubbing, and restrictive parametric multivariate outlier detection methods

Sources of residual autocorrelation in multiband task fMRI and strategies for effective mitigation

In task fMRI analysis, OLS is typically used to estimate task-induced activation in the brain. Since task fMRI residuals often exhibit temporal autocorrelation, it is common practice to perform prewhitening prior to OLS to satisfy the assumption of residual independence, equivalent to GLS. While theoretically straightforward, a major challenge in prewhitening in fMRI is accurately estimating the residual autocorrelation at each location of the brain. Assuming a global autocorrelation model, as in several fMRI software programs, may under- or over-whiten particular regions and fail to achieve nominal false positive control across the brain. Faster multiband acquisitions require more sophisticated models to capture autocorrelation, making prewhitening more difficult. These issues are becoming more critical now because of a trend towards subject-level analysis, where prewhitening has a greater impact than in group-average analyses. In this article, we first thoroughly examine the sources of residual autocorrelation in multiband task fMRI. We find that residual autocorrelation varies spatially throughout the cortex and is affected by the task, the acquisition method, modeling choices, and individual differences. Second, we evaluate the ability of different AR-based prewhitening strategies to effectively mitigate autocorrelation and control false positives. We find that allowing the prewhitening filter to vary spatially is the most important factor for successful prewhitening, even more so than increasing AR model order. To overcome the computational challenge associated with spatially variable prewhitening, we developed a computationally efficient R implementation based on parallelization and fast C++ backend code. This implementation is included in the open source R package BayesfMRI.Comment: 26 pages with 1 page of appendix, 11 figures with 1 figure of supplementary figur

Et kültürü ile tanınan Gaziantep mutfağının vejetaryen yönü

Vejetaryen beslenme mutfak gelişim ve değişimleri içerisinde kendine oldukça büyük bir yeredinmiştir. Ortaya çıktığı günden bu güne kadar bu beslenme tarzını seçenlerin sayısı hızlaartmıştır. Bu nedenle insanlar seyahatlerine giderken beslenme yöntemlerini karşılayacakyerleri daha çok tercih etmektedirler. Yemek ve kültür kavramını birleştiren gastronomi, turizm pazarlamasında avantaj sağlayarak bu alanda turizm gelişmesine katkı sağlamıştır. Türkiye'ninsahip olduğu coğrafik ve iklimsel çeşitlilikle birlikte birçok kültüre ev sahipliği yapmasısonucunda kültürel etkileşim ile mutfak kültürü çeşitlilik kazanmıştır. Büyük bir gastronomideğerine sahip olan Türkiye'nin, bu değerlerinin tanıtımının yapılması ve sahip çıkılmasıgerekmektedir. Turizm sektörü her geçen gün gelişmekte ve turistlerin tatil yerlerinden beklentileri artmaktadır. Coğrafi konumu, ürün çeşitliliği, tarihsel süreç içinde ilişki kurulan uygar lıklar sayesinde yeme - içme geleneğine getirdiği yeni açılımlar Türk Mutfak kültüründekiçeşitliliğin belirleyici etkilerini özetliyor. Tarihi zenginliği ve coğrafi konumuyla ülkemizin enönemli yerleşim merkezlerinden biri olan Gaziantep, yemeklerinin çeşitliliği ile Türk Mutfakgeleneğini renklendiren özgün bir kültürel yapı ortaya koymaktadır. Gaziantep ili, bu bağlamdaköklü ve zengin mutfağıyla farklı beslenme şekillerini de içinde barındırması ve kaynakolmasıyla sahip olduğu bu potansiyeli akademik olarak gösterebilmek ve tanıtımına katkıda bulunabilmek amacıyla bu çalışmanın yapılması gerekli olduğu görülmüştür. Bu çalışmanıntemel amacı Gaziantep ilinin genel olarak bilinen et mutfağı karakterinin altında farklı ihtiyaç veya tercihlere de cevap vereb ileceği orijinal yemek tariflerine sahip bir alt yapısının olduğunukanıtlamak ve bölgesel mutfak kalkınmasına katkı sağlaması için de bu çeşitliliğindenfaydalanıla bilineceğini göstermektir

Premiére Vision'un Ardından: 2004/2005 Sonbahar Kış Renkleri

Bu makale, 17-20 Eylül 2003 tarihleri arasında, Parc des Expositions, Villepinte, Paris'te düzenlenen Premiere Vision kumaş fuarında sergilenen tekstil ve giyim sektörlerine yönelik 200 4/ 2005 Sonbahar-Kış renklerini konu almaktadır. Sözkonusu sezonun renk paletini, "Colour-Range Area" denilen özel alanda sergilenen 24 farklı renk oluşturmuştur. Bu alan ziyaretçilerin her bir rengi tek tek görebilecekleri, dokunabilecekleri, tutabilecekleri, birleştirebilecekleri, hatta üzerinde oturabilecekleri şekilde, sezonungüçlü kromatik titreşimlerini hissedebilecekleri bir tarzda özenle hazırlanmıştır. Bu sezon, denimde renkler yoğunlaşmakta, erkek giyiminde ultra koyulardan oluşan sofistike bir renk paleti görülmektedir.Tonlar özellikle griye kaçarken, koyular ise adeta gökyüzü mavisi karanlığına bürünmüş, bu koyu renk paletini gri çimento rengi <sp

Premiére Vision'un Ardından: 2004/2005 Sonbahar Kış Giysilik Kumaşları

Bu makale 17-20 Eylül 2003 tarihleri arasında, Parc des Expositions, Villepinte, Paris'te düzenlenen Premiere Vision Fuarı'nda sergilenen 2004/2005 Sonbahar-Kış'ına yönelik giysilik kumaş trendlerinin altını çizmektedir. PV'de sergilenen kumaşlardaki etkilenmelerin ve en belirgin özelliklerin aşağıdaki şekilde yedi ana tema altında toplandığı gözlemlenmiştir:&nbsp;-Farklılaşma.-Zıtlıkların sezonu.-Birleşmelere bir davetiye.-Sıklığın ve yumuşaklığın/esnekliğin birlikteliği.- Takımlıkların etkisi.-Sıklık ve rahatlık.-Mükemmelsizliğin mükemmelliği.Her bir kumaş hikayesi için sezonun en belirgin özellikleri ifade edilmiştir. Kumaşlardaki en belirgin özellik farklılaşma olmuştur, bazen ahenksiz, hatta zıtlıkların bir araya gelmesiyle farklılaşma, ancak herkes kendi yolunu izleyecek şekilde, ancak genel trendlerde buluşacak tarzda bir farklılaşma. Diğer bir deyişle, bireysellik ve değişiklik yeni kumaşların geliştirilmesinde anahtar kelimeler halini almıştır. Bu sezon materyallerde, tutumlarda, görünümlerde ve renklerdeki zıtlıkların sezonudur. Takım elbiselikten spor giyimliğe, kumaşlarda sıkılık ve yoğunluk artıyor, sıkı, sert görünümlü ancak son derece yumuşak ve esnek kumaşlar ön plana çıkıyor. Tüm sektörlerde çok yaygın olarak görülen esneklik özelliğinde etkilenmenin, ipekli kumaşlardan, özel muamelelerden ve farklı materyallerin karıştırılmasından kaynaklandığı gözlemlenmektedir. Kumaşlara yumuşak tutumlar kazandırma ve görselliğin arttırılması amacıyla, kumaş yüzeyinin çeşitli tekniklerle kabartılması, fırçalanması ve süet efektlerinin verilmesi büyük önem kazanmıştır. Kumaşlara hacim kazandırma ve koruma özellikleri ön plana çıkmış ve kumaşa hacim kazandırma kaşmir, alpaka veya angora karışımları gibi özel materyallerin kullanımıyla olabilirken, matelasse, cloque, buklet, bal peteği, kaba sepet örgü türevleri gibi çeşitli dokusal konstrüksiyonlarla da olabilmektedir. Özellikle de yünlü kategorisinde yer alan bu kumaşlar, konforlu, hacimli ancak son derece hafif ve yumuşak kumaşlardır. Kumaşlar adeta birleşmeleri oynuyorlar; nakışlı aplikasyonlar, çeşitli şekillerde birbiriyle bağlanmış örmeler, keçeleştirilmiş ve fırçalanmış yünlüler. Kumaşın yüzünde veya arkasında insanı şaşırtan zıtlık oyunları çift yüzlü, çok katlı ya da kapitoneli kumaşlarda kendini gösteriyor. Bazen birbiriyle tamamen zıt, bazen de beklenmedik bir şekilde kumaşların, renklerin, desenlerin ve tutumların birlikteliği.&nbsp;Özellikle takım elbiseliklerin etkisi her sektörde kendini gösteriyor. Çizgili kumaşlar, özellikle de noktalı, ince, tebeşir ya da düzensiz çizgililer kışlık kumaşların en belirgin temalarından biri halini alıyor. Ancak farklı ve özel dokular, tutumlar ve görsel unsurlar katmak amacıyla, bu sezon bu kumaşlar yeni zemin dokuları ile ve renklerle oynanarak tekrar yorumlanıyorlar ve güncelleştiriliyorlar. Takım elbiselikler spor giyimle buluşuyor ve dinamik bir şehir giyimine yönelik son derece ince ve kaliteli kamgarn yünlü kumaşların yanında sentetik kumaşlar da yer alıyor. Son derece ince yünlü desenler ve gölgeli dekorasyonlar büyük başarı sağlıyor.Mükemmelsizlikler içinde mükemmelliği arama değişik şekillerde yorumlanmış; geliştirilmiş düzensizliklerle, puslu görünümlerle, dalgalı desenlerle, yıkanmış ve kötü ütülenmiş görünümlerle gibi. Kumaşlar fantezi, şık, akıcı ve hafif ancak bir o kadar da rahat ve konforlu. Görsel ve fonksiyonel performansları arttırmak amacıyla, kumaşlar yeni yüksek performanslı materyallerden yapılıyor ve çeşitli bitim işlemleri uygulanıyor. Kumaş konstrüksiyonlar basit ancak etkili. Düzgünlük kendisini, satenlerle, çeşitli işlemlerle ve parlaklık kazandırma aplikasyonlarıyla gösteriyor. Esneklik ve akıcılık tüm sektörleri etkiliyor.Diğer taraftan, uluslararası satın alıcılar tarafından seçilen sezonun en çok talep gören renkleri ve kumaşları PV'nin en iyileri adı altında verildi.</p

Transformation of Architectural Types: From Garden-House to Apartment Block, the Case of Güven Housing Cooperative in Ankara, Turkey

The Italian school of typo-morphology reformulates the definition of architectural type in such a way that it refers to a set of quantitatively dominant buildings with common formal characteristics as a result of certain factors effective in particular geography and in particular period. Due to their physical dominance in the urban context, in-depth analysis of architectural types is crucial to have a better understanding of any city.This study is concerned with the transformation process of the planned capital city Ankara from a garden city with its garden-houses to a city of apartment blocks from the 1930s towards the 1970s. It aims to investigate the underlying factors effective in the formation and transformation of a neighborhood with garden-houses into an urban fabric of apartment block types through the case of Güven Housing Cooperative. The cooperative project, the first collective housing project completed by a private enterprise in Turkey, provides agood case to investigate the typo-morphological transformation process with its predominantly residential character

Dijital Dönüşüm ve Eğitim: Öğretmenlerin Karşılaştığı Yenilikçi Yaklaşımlar

Bu çalışmanın amacı dijital dönüşüm ve eğitim konusunda öğretmenlerin karşılaştığı yenilikçi yaklaşımları değerlendirmektir. Bu çalışma nitel araştırma tekniklerinden biri olan durum çalışması ile gerçekleştirilmiştir. Araştırmanın çalışma grubunu maksimum çeşitlilik örneklemesi ile araştırmaya dahil edilen 14 öğretmen oluşturmaktadır. Araştırmada veri toplama aracı olarak 5 açık uçlu sorudan oluşan yarı yapılandırılmış görüşme formu kullanılmıştır. Çalışmanın verileri yüz yüze görüşmeler yoluyla toplanmıştır. Görüşmelerden elde edilen veriler, içerik analizi kullanılarak analiz edilmiştir. Araştırmadan elde edilen sonuçlara göre, öğretmenlerin öğrenci başarısını artırmak için kullandıkları en etkili stratejiler arasında dijital araçların etkin kullanımı, oyun tabanlı öğrenme, işbirlikçi öğrenme, görsel işitsel materyal kullanımı, tekrar stratejisi, sorgulamaya dayalı öğrenme, araştırma-inceleme stratejisi, bireyselleştirilmiş öğrenme, tam öğrenme stratejisi ve istasyon stratejisi bulunmaktadır. Öğretmenlerin eğitim teknolojilerini entegre etmek için ihtiyaç duyduğu destek ve eğitimler ise okuryazarlık, teknolojiye uyum eğitimi, teknolojik araç kullanımı uygulamalı eğitimler, robotik kodlama, akıllı tahta kullanımı, yapay zekâ, ders içeriği hazırlama programları, STEM eğitimi, bilgisayar programcılığı ve eğitim teknolojilerini içermektedir. Dijital dönüşüm öğretmen-öğrenci etkileşimini artırarak olumlu tutum geliştirme, adaptasyon sağlama ve iş birliğini teşvik ederken, öğrenci motivasyonunu artırarak kalıcı öğrenme ve daha fazla öğrenci katılımı sağlamaktadır. Öğrenme materyallerinin kullanımı ve müfredat kişiselleştirmesi, öğrenme stillerine uyum, uygun materyal kullanımı, esneklik ve çeşitlilik gibi faktörlerle ilişkilendirilmiştir. Dijital dönüşüm sürecindeki endişeler, veri gizliliği, dijital güvenlik ve siber güvenlikle ilgilidir ve bu sorunların çözümü için güçlü şifreler, dijital güvenlik eğitimi ve güvenilir yazılım ve platform kullanımı gibi önlemler önerilmektedir

Delayed diagnosis of chronic pancreatitis with cystic fibrosis and pancreas divisium

The incidence of pancreatitis in children and adolescents has increased in recent years. The etiology of pancreatitis is more diverse in children compared to adults. Pancreatitis may present as acute pancreatitis, recurrent acute pancreatitis or chronic relapsing pancreatitis. The majority of children with chronic pancreatitis had identifiable genetic risk factors associated with pancreatitis or congenital anomalies of the pancreaticobiliary system. Pancreatitis is a known complication of cystic fibrosis (CF) and may be the first manifestation of the disease in some cases. We report a case of late-diagnosed CF presenting with chronic pancreatitis and pancreas divisum. [Med-Science 2017; 6(3.000): 557-9

The Relationship Between Seizure After Ischemic Stroke and Microbleeds

Objectives:Although ischemic stroke is known to be related to epilepsy, the relationship between epilepsy and microbleeds has not been fully described. In this study, we aimed to find out the relationship between the microbleeds and epilepsy after stroke.Methods:The patients diagnosed with epilepsy after stroke that were followed up as stroke and epilepsy clinic patients were retrospectively determined between March 2018–March 2020. The patients who underwent SWI scans in the MRI were included in this study. All the demographic information and the vascular risk factors were noted. Early onset epilepsy is defined to be in seven days after stroke and late onset epilepsy is defined to be after seven days according to International League Against Epilepsy. The microbleeds were divided into three groups by a radiologist who was blind to the patients: lobar, deep and posterior fossa localization. Also, the amount and the severity of the hemorrhages were noted.Results:In this study, 36 patients were included. The mean age was 68.3±1.4 (min: 26–max: 88). There were 16 female (44.4%) and 20 male (55.6%) patients. The most common risk factor was hypertension (n=28) and 18 patients had early onset epilepsy, whereas the other 18 patients had late onset epilepsy. The most common infarction was seen in the middle cerebral artery region (n=28 77.8%). Five patients had posterior cerebral artery infarcts (13.9%) and three patients had lenticulostriate artery territory infarcts (8.3%) and 22 patients had microbleeds. However, the type of epilepsy did not differ significantly between the microbleeds and non-microbleeds group (p=0.63).Conclusion:Although microhemorrhages were found in epilepsy patients (61.1%), there was no strong connection with epilepsy after stroke. To find out the effects of microhemorrhages on epilepsy after stroke, we need further multicenter studies