Critical Hysteresis in Random Field XY and Heisenberg Models

We study zero-temperature hysteresis in random-field XY and Heisenberg models in the zero-frequency limit of a cyclic driving field. We consider three distributions of the random field and present exact solutions in the mean field limit. The results show a strong effect of the form of disorder on critical hysteresis as well as the shape of hysteresis loops. A discrepancy with an earlier study based on the renormalization group is resolved.Comment: 10 pages, 6 figures; this is published version (added some text and references

Quantum Pattern Retrieval by Qubit Networks with Hebb Interactions

Qubit networks with long-range interactions inspired by the Hebb rule can be used as quantum associative memories. Starting from a uniform superposition, the unitary evolution generated by these interactions drives the network through a quantum phase transition at a critical computation time, after which ferromagnetic order guarantees that a measurement retrieves the stored memory. The maximum memory capacity p of these qubit networks is reached at a memory density p/n=1.Comment: To appear in Physical Review Letter

Large-scale mapping of bioactive peptides in structural and sequence space

Health-enhancing potential bioactive peptide (BP) has driven an interest in food proteins as well as in the development of predictive methods. Research in this area has been especially active to use them as components in functional foods. Apparently, BPs do not have a given biological function in the containing proteins and they do not evolve under independent evolutionary constraints. In this work we performed a large-scale mapping of BPs in sequence and structural space. Using well curated BP deposited in BIOPEP database, we searched for exact matches in non-redundant sequences databases. Proteins containing BPs, were used in fold-recognition methods to predict the corresponding folds and BPs occurrences were mapped. We found that fold distribution of BP occurrences possibly reflects sequence relative abundance in databases. However, we also found that proteins with 5 or more than 5 BP in their sequences correspond to well populated protein folds, called superfolds. Also, we found that in well populated superfamilies, BPs tend to adopt similar locations in the protein fold, suggesting the existence of hotspots. We think that our results could contribute to the development of new bioinformatics pipeline to improve BP detection.Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimento

How is structural divergence related to evolutionary information?

The analysis of evolutionary information in a protein family, such as conservation and covariation, is often linked to its structural information. Multiple sequence alignments of distant homologous sequences are used to measure evolutionary variables. Although high structural differences between proteins can be expected in such divergent alignments, most works linking evolutionary and structural information use a single structure ignoring the structural variability within protein families. The goal of this work is to elucidate the relevance of structural divergence when sequence-based measures are integrated with structural information. We found that inter-residue contacts and solvent accessibility undergo large variations in protein families. Our results show that high covariation scores tend to reveal residue contacts that are conserved in the family, instead of protein or conformer specific contacts. We also found that residue accessible surface area shows a high variability between structures of the same family. As a consequence, the mean relative solvent accessibility of multiple structures correlates better with the conservation pattern than the relative solvent accessibility of a single structure. We conclude that the use of comprehensive structural information allows a more accurate interpretation of the information computed from sequence alignments. Therefore, considering structural divergence would lead to a better understanding of protein function, dynamics, and evolution.Fil: Zea, Diego Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Monzón, Alexander. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Parisi, Gustavo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Marino, Cristina Ester. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Implantación del Método Madre canguro en la percepción de enfermeras de un hospital universitario

OBJETIVO: Compreender a percepção de enfermeiras de uma Unidade Neonatal, acerca da implantação do Método Mãe-Canguru. MÉTODOS: Trata-se de um estudo exploratório-descritivo, de abordagem qualitativa, realizado na Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo, do qual participaram cinco enfermeiras. A coleta de dados foi realizada através de entrevistas, as quais foram transformadas em narrativas e categorizadas. RESULTADOS: Das narrativas foram extraídas três categorias interpretadas à luz da mudança planejada, a saber: o processo de tomada de decisão e de sensibilização da equipe de saúde, os fatores intervenientes e as crenças e sentimentos relacionados a implantação do Método Mãe-Canguru. CONCLUSÃO: O estudo permitiu verificar a importância do envolvimento dos colaboradores da instituição nos processos de mudança e a necessidade de adequação dos recursos humanos e físicos para a efetiva implantação do método. Dessa forma, forneceu subsídios para a reorganização das atividades assistenciais e gerenciais no referido serviço.OBJECTIVE: To understand the perception of nurses in a Neonatal Unit about the implantation of the Kangaroo Mother Method. METHODS: This is an exploratory-descriptive, qualitative study, performed at the Neonatal Unit at Hospital das Clínicas, Universidade de São Paulo, with the participation of five nurses. Data collection occurred through interviews, which were transformed into narratives and then categorized. RESULTS: Three categories were extracted from the narratives and interpreted according to the planned changes: the decision-making and awareness processes of the healthcare team, the intervenient factors and the beliefs and feelings associated to the implantation of the Kangaroo Mother Method. CONCLUSION: This study showed the importance of the involvement of the collaborators at the institution during the processes of change and the need to adequate the human and physical resources for the effective implantation of the method. Therefore, it yielded subsidies for the reorganization of the healthcare and managerial activities of the service.OBJETIVO: Comprender la percepción de enfermeras de una Unidad Neonatal, respecto a la implantación del Método Madre canguro. MÉTODOS: Se trata de un estudio exploratorio-descriptivo, de abordaje cualitativo, realizado en la Unidad Neonatal del Hospital de las Clínicas de la Universidad de Sao Paulo, en la que participaron cinco enfermeras. La recolección de los datos fue realizada a través de entrevistas, las mismas que fueron transformadas en narrativas y luego categorizadas. RESULTADOS: De las narrativas fueron extraídas tres categorías interpretadas a la luz del cambio planificado, a saber: el proceso de toma de decisión y sensibilización del equipo de salud, los factores intervinientes y las creencias y sentimientos relacionados a la implantación del Método Madre Canguro. CONCLUSIÓN: El estudio permitió verificar la importancia del involucramiento de los colaboradores de la institución, en los procesos de cambio y la necesidad de adecuación de los recursos humanos y físicos para la implantación efectiva del método. De esta forma, dio subsidios para la reorganización de las actividades asistenciales y gerenciales en el referido servicio

Effects of stunning methods on pre rigor changes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) reared at two different temperatures

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MAGNET RECOGNITION PROGRAM: REVISÃO INTEGRATIVA DE LITERATURA

Objetivo: analisar a produção científica acerca do processo de implementação do Magnet Recognition Program. Método: revisão integrativa de literatura, realizada de 2004 a 2014, no portal de dados da BVS e na base de dados CINAHL. A amostra constituiu-se de 16 artigos. Resultados: grande parte dos estudos era oriunda de revistas de enfermagem. Duas categorias emergiram da análise dos estudos: Estratégias de implementação do Magnet, sobre as etapas que constituem o processo de implementação; e Componentes do Magnet, que versa sobre governança compartilhada, prática profissional exemplar e estrutura de empowerment, fundamentais para a certificação. Conclusão: o processo de implementação é constituído, basicamente, das etapas aplicação, avaliação, visita local, premiação, manutenção e redesignação, mediante a utilização de consultores, visitas a organizações credenciadas, utilização de profissional experiente na elaboração do relatório, envolvimento de todos e apoio do corpo diretivo.Descritores: Hospitais; Enfermagem; Acreditação; Avaliação de Serviços de Saúd

Estudio de la ocurrencia de péptidos bioactivos en proteínas de secuencia conocida mediante métodos bioinformáticos

Los péptidos bioactivos (PB) son secuencias cortas (3-20 residuos) que se encuentran encriptados en proteínas alimentarias y son capaces, al ser ingeridos, de modular la actividad biológica de diferentes enzimas humanas desempeñando papeles clave en diferentes metabolismos tales como la regulación de la presión sanguínea, estimulando o suprimiendo la acción del sistema inmunológico, modulando la actividad del sistema nervioso entre otros. Si bien es aceptado que cualquier proteína puede ser fuente de péptidos bioactivos, aun no se ha indagado en las características globales de las proteínas que los contienen y si es que existe alguna relación estructural y secuencial entre las misma. Se seleccionaron de la base de datos BIOPEP 1.679 péptidos con longitudes mayores a 5 residuos para realizar la búsqueda de ocurrencias exactas en proteínas de secuencia conocida utilizando la base de datos no redundante de NCBI. De esta forma se identificaron 88.909 secuencias con longitudes que abarcan desde 6 a 13.256 residuos que presentaron de 1 a 65 ocurrencias exactas de al menos un PB en su secuencia. Con el objeto de caracterizar las secuencias que contienen al menos un péptido y estudiar si existe correlación entre la estructura, tipo de plegamiento o superfamilia estructural y la ocurrencia y actividad del PB se realizó la asignación de dominios estructurales mediante búsquedas de similitud secuencial con el algoritmo BLAST contra la base de datos de dominios estructurales de CATH. Se asignó estructura a 58.167 secuencias (72,2 % de la cantidad inicial). Las secuencias a las cuales fue posible asignar estructura se agruparon en 333 superfamilias de dominios según CATH de los cuales solo cuatro plegamientos agrupan el 87,54 % de las secuencias. Se estudió la distribución de los distintos tipos de PBs por superfamilia estructural, encontrándose que, las distintas superfamilias pueden tener varios PBs iguales o con distintas propiedades biológicas. El total de superfamilias fue divido en dos, considerando arbitrariamente el número de 5 ocurrencias de PBs como límite. Con el objetivo de indagar si las proteínas con más de 5 PBs tienen alguna particularidad funcional, se analizó las distribuciones del número de términos GO (Gene Ontology) asociados a cada superfamilia, que describen la función molecular, el proceso biológico en donde participa la proteína y el componente celular al que pertenece. Encontramos que las superfamilias con más de 5 PBs son secuencialmente y estructuralmente más diversas que el grupo con menor número de PB y, además, son secuencialmente y estructuralmente más diversas que todas las superfamilias de CATH tengan o no PBs. Estos resultados son promisorios para desarrollar herramientas bioinformáticas para identificar nuevas posibles proteínas conteniendo PBs basándose en características globales de la proteína y no en el conocimiento previo de PBs ya caracterizados y depositados en bases de datos.Universidad Nacional de La Plat

Estudio de la ocurrencia de péptidos bioactivos en proteínas de secuencia conocida mediante métodos bioinformáticos

Los péptidos bioactivos (PB) son secuencias cortas (3-20 residuos) que se encuentran encriptados en proteínas alimentarias y son capaces, al ser ingeridos, de modular la actividad biológica de diferentes enzimas humanas desempeñando papeles clave en diferentes metabolismos tales como la regulación de la presión sanguínea, estimulando o suprimiendo la acción del sistema inmunológico, modulando la actividad del sistema nervioso entre otros. Si bien es aceptado que cualquier proteína puede ser fuente de péptidos bioactivos, aun no se ha indagado en las características globales de las proteínas que los contienen y si es que existe alguna relación estructural y secuencial entre las misma. Se seleccionaron de la base de datos BIOPEP 1.679 péptidos con longitudes mayores a 5 residuos para realizar la búsqueda de ocurrencias exactas en proteínas de secuencia conocida utilizando la base de datos no redundante de NCBI. De esta forma se identificaron 88.909 secuencias con longitudes que abarcan desde 6 a 13.256 residuos que presentaron de 1 a 65 ocurrencias exactas de al menos un PB en su secuencia. Con el objeto de caracterizar las secuencias que contienen al menos un péptido y estudiar si existe correlación entre la estructura, tipo de plegamiento o superfamilia estructural y la ocurrencia y actividad del PB se realizó la asignación de dominios estructurales mediante búsquedas de similitud secuencial con el algoritmo BLAST contra la base de datos de dominios estructurales de CATH. Se asignó estructura a 58.167 secuencias (72,2 % de la cantidad inicial). Las secuencias a las cuales fue posible asignar estructura se agruparon en 333 superfamilias de dominios según CATH de los cuales solo cuatro plegamientos agrupan el 87,54 % de las secuencias. Se estudió la distribución de los distintos tipos de PBs por superfamilia estructural, encontrándose que, las distintas superfamilias pueden tener varios PBs iguales o con distintas propiedades biológicas. El total de superfamilias fue divido en dos, considerando arbitrariamente el número de 5 ocurrencias de PBs como límite. Con el objetivo de indagar si las proteínas con más de 5 PBs tienen alguna particularidad funcional, se analizó las distribuciones del número de términos GO (Gene Ontology) asociados a cada superfamilia, que describen la función molecular, el proceso biológico en donde participa la proteína y el componente celular al que pertenece. Encontramos que las superfamilias con más de 5 PBs son secuencialmente y estructuralmente más diversas que el grupo con menor número de PB y, además, son secuencialmente y estructuralmente más diversas que todas las superfamilias de CATH tengan o no PBs. Estos resultados son promisorios para desarrollar herramientas bioinformáticas para identificar nuevas posibles proteínas conteniendo PBs basándose en características globales de la proteína y no en el conocimiento previo de PBs ya caracterizados y depositados en bases de datos.Universidad Nacional de La Plat

The articles.ELM resource: Simplifying access to protein linear motif literature by annotation, text-mining and classification

Modern biology produces data at a staggering rate. Yet, much of these biological data is still isolated in the text, figures, tables and supplementary materials of articles. As a result, biological information created at great expense is significantly underutilised. The protein motif biology field does not have sufficient resources to curate the corpus of motif-related literature and, to date, only a fraction of the available articles have been curated. In this study, we develop a set of tools and a web resource, 'articles.ELM', to rapidly identify the motif literature articles pertinent to a researcher's interest. At the core of the resource is a manually curated set of about 8000 motif-related articles. These articles are automatically annotated with a range of relevant biological data allowing in-depth search functionality. Machine-learning article classification is used to group articles based on their similarity to manually curated motif classes in the Eukaryotic Linear Motif resource. Articles can also be manually classified within the resource. The 'articles.ELM' resource permits the rapid and accurate discovery of relevant motif articles thereby improving the visibility of motif literature and simplifying the recovery of valuable biological insights sequestered within scientific articles. Consequently, this web resource removes a critical bottleneck in scientific productivity for the motif biology field.Fil: Palopoli, Nicolás. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Marino Buslje, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gibson, Toby James. Ruprecht Karls Universitat Heidelberg; AlemaniaFil: Davey, N.E.. The Institute of Cancer Research; Reino Unid