Escherichia coli EHEC Germany outbreak preliminary functional annotation using BG7 system

We have annotated the European outbreak E. coli EHEC genome sequenced by BGI (6-2-2011) and assembled with MIRA by Nick Loman (6-2-2011 ). Our system BG7, Bacterial Genome annotation of Era7 Bioinformatics, predicts ORFs and annotates them based on fragments of similarity with Uniprot proteins. We have predicted 6327 genes, 6156 encoding proteins y 171 corresponding to ribosomal and tRNA. Based on the preliminary results of our semi-automated method of annotation we have selected some predicted proteins with potential implications in pathogenicity and virulence.
There are 33 predicted genes annotated as toxins and we have found three putative hemolysins: Hemolysin E, a putative hemolysin expression modulating protein and a channel protein, hemolysin III family. We have found 31 predicted genes that could be related to specific antibiotic resistance: beta-lactamic, aminoglycoside, macrolide, polymyxin, tetracycline, fosfomycin and deoxycholate, novobiocin, chloramphenicol, bicyclomycin, norfloxacin and enoxacin and 6-mercaptopurine. This strain is rich in adhesion, secretion systems, pathogenicity and virulence related proteins. It seems to have a restriction-modification system, many proteins involved in Fe transport and utilization (siderophores as aerobactin and enterobactin), lysozyme, one inhibitor of pancreatic serine proteases, proteins involved in anaerobic respiration, antimicrobial peptides, and proteins involved in quorum sensing and biofilm formation that could confer competitive advantage to this strain

ExtraTrain: a database of Extragenic regions and Transcriptional information in prokaryotic organisms

BACKGROUND: Transcriptional regulation processes are the principal mechanisms of adaptation in prokaryotes. In these processes, the regulatory proteins and the regulatory DNA signals located in extragenic regions are the key elements involved. As all extragenic spaces are putative regulatory regions, ExtraTrain covers all extragenic regions of available genomes and regulatory proteins from bacteria and archaea included in the UniProt database. DESCRIPTION: ExtraTrain provides integrated and easily manageable information for 679816 extragenic regions and for the genes delimiting each of them. In addition ExtraTrain supplies a tool to explore extragenic regions, named Palinsight, oriented to detect and search palindromic patterns. This interactive visual tool is totally integrated in the database, allowing the search for regulatory signals in user defined sets of extragenic regions. The 26046 regulatory proteins included in ExtraTrain belong to the families AraC/XylS, ArsR, AsnC, Cold shock domain, CRP-FNR, DeoR, GntR, IclR, LacI, LuxR, LysR, MarR, MerR, NtrC/Fis, OmpR and TetR. The database follows the InterPro criteria to define these families. The information about regulators includes manually curated sets of references specifically associated to regulator entries. In order to achieve a sustainable and maintainable knowledge database ExtraTrain is a platform open to the contribution of knowledge by the scientific community providing a system for the incorporation of textual knowledge. CONCLUSION: ExtraTrain is a new database for exploring Extragenic regions and Transcriptional information in bacteria and archaea. ExtraTrain database is available at

Modelo híbrido Pull y Push en el sector de las telecomunicaciones (un estudio de caso) empleando dinámica de sistemas

Trabajo de investigaciónA través de esta investigación se establece la importancia de la aplicación del estudio del comportamiento de los niveles de inventarios, específicamente en el sector de las telecomunicaciones (Caso de estudio Claro Colombia), teniendo en cuenta su complejidad y la relación que existe entre la determinación de los niveles de inventarios con respecto a las fluctuaciones de la demanda de equipos, por lo cual se aborda el problema por medio de dinámica de sistemas. De acuerdo con lo anterior se elaboró un modelo empleando dinámica de sistemas que permite determinar los niveles de inventarios en cada una de las etapas de almacenaje de equipos requeridos para la operación, que responde a los cambios de la demanda, buscando los niveles mínimos de inventario.MaestríaMagister en Ingeniería Industria

Bacterial repetitive extragenic palindromic sequences are DNA targets for Insertion Sequence elements

BACKGROUND: Mobile elements are involved in genomic rearrangements and virulence acquisition, and hence, are important elements in bacterial genome evolution. The insertion of some specific Insertion Sequences had been associated with repetitive extragenic palindromic (REP) elements. Considering that there are a sufficient number of available genomes with described REPs, and exploiting the advantage of the traceability of transposition events in genomes, we decided to exhaustively analyze the relationship between REP sequences and mobile elements. RESULTS: This global multigenome study highlights the importance of repetitive extragenic palindromic elements as target sequences for transposases. The study is based on the analysis of the DNA regions surrounding the 981 instances of Insertion Sequence elements with respect to the positioning of REP sequences in the 19 available annotated microbial genomes corresponding to species of bacteria with reported REP sequences. This analysis has allowed the detection of the specific insertion into REP sequences for ISPsy8 in Pseudomonas syringae DC3000, ISPa11 in P. aeruginosa PA01, ISPpu9 and ISPpu10 in P. putida KT2440, and ISRm22 and ISRm19 in Sinorhizobium meliloti 1021 genome. Preference for insertion in extragenic spaces with REP sequences has also been detected for ISPsy7 in P. syringae DC3000, ISRm5 in S. meliloti and ISNm1106 in Neisseria meningitidis MC58 and Z2491 genomes. Probably, the association with REP elements that we have detected analyzing genomes is only the tip of the iceberg, and this association could be even more frequent in natural isolates. CONCLUSION: Our findings characterize REP elements as hot spots for transposition and reinforce the relationship between REP sequences and genomic plasticity mediated by mobile elements. In addition, this study defines a subset of REP-recognizer transposases with high target selectivity that can be useful in the development of new tools for genome manipulation

Falangismo y propaganda cultural en el "Nuevo Estado": La Revista Escorial (1940-1950)

Tesis Univ. Granada. Departamento de Literatura Española. Leída el 7 de mayo de 200

Caracterización del comportamiento térmico de materiales constructivos usados comúnmente en Colombia para la construcción de envolventes de edificaciones

El comportamiento térmico de los materiales constructivos utilizados en Colombia no se encuentra caracterizado actualmente, lo cual es esencial para obtener las bases necesarias para un diseño arquitectónico fundamentado en eficiencia energética. La determinación de propiedades térmicas y la obtención de evaluaciones del desempeño térmico y energético de los materiales constructivos usados comúnmente en el país, son los principales retos que esta investigación aborda. La metodología planteada implica la construcción de modelos de transferencia de calor a través de diferentes medios y geometrías, el diseño y construcción de una plataforma propia de caracterización de materiales y configuraciones en construcciones, donde se llevarán a cabo los ensayos requeridos. Obteniendo información relevante para desarrollar por parte del gobierno estándares de calidad energética de los materiales constructivos, e incentivar las políticas nacionales de construcciones sostenibles consignadas en el Plan Nacional de Desarrollo 2010-2014 y 2015-2019 ; y por parte de entidades del sector privado como el Consejo Colombiano de Construcciones Sostenibles (CCCS) y la Asociación Colombiana del acondicionamiento del aire y Refrigeración (acaire), fortalecer el Sello Ambiental para Edificaciones Sostenibles y El reglamento de instalaciones térmicas en edificaciones (RITE) respectivamente. De los 17 materiales constructivos evaluados 4 poseen una resistencia térmica mayor a la mínima tabulada por la AHSRAE para elementos constructivos, además se evidencia que se debe dar un proceso de estandarización en los procesos de fabricación de los componentes para envolventes desde el punto de vista térmico.MaestríaMagister en Ingeniería Mecánic

Sistema de Monitorización para ULL-CloudIDE

Máster Universitario en Ingeniería Informática Por la Ul

Transculturación y oralidad en Lydia Cabrera

El hilo conductor de la tesis es precisamente el diálogo entre la oralidad, la transculturación y la literatura de Lydia Cabrera. Cabe aclarar que. al hablar de oralidad frente a la literatura, se trata de retomar aspectos constitutivos de las fuentes culturales de Cuba, es decir, este país hay que observarlo desde su historia afrocubana con los matices religiosos y todo lo relacionado con la transculturación afrocubana. Por ello este trabajo va encaminado a analizar cómo a través de la oralidad se evidencia la transculturación de la cultura yoruba y la cultura cubana.The theme of thc thesis is precisely the dialogue bctwccn orality and literature transculturation of Lydia Cabrera. It is clear tliat. speaking of orality versus literature. is to resume constitutional aspeéis of cultural sources of Cuba, that is, this country musí observe it from his Afro-Cuban story with religious overtones and cvcrything related to Afro-Cuban transculturation. Thereforc, this work is aimed at analyzing how through orality acculturalion of Yomba culture and Cuban culture is evidentMagíster en LiteraturaMaestrí

MPLS como solución metropolitana al transporte de datos

El enrutamiento IP tradicional tiene varias limitaciones bien conocidas, que van desde los problemas de escalabilidad a los problemas para implementar la ingeniería del tráfico y la deficiente integración con los backbones de Capa 2 ya existentes en las redes de los grandes proveedores de servicios. Con el rápido crecimiento de la red de Internet y el establecimiento de IP como protocolo de Capa 3 en la mayoría de los entornos, los inconvenientes del enrutamiento IP tradicional son cada vez más y más obvios. MPLS se ha creado para combinar las ventajas del enrutamiento y el envío sin conexiones de Capa 3 con el envío de Capa 2, que sí emplea conexiones. MPLS claramente separa el plano de control, donde los protocolos de enrutamiento de Capa 3 establecen las rutas utilizadas para el envío de paquetes, del plano de datos, donde las rutas conmutadas por etiquetas de Capa 2 envían los paquetes de datos a través de la infraestructura MPLS. MPLS también simplifica el envío de datos mediante saltos, sustituyendo la función de consulta de Capa 3 realizada en los routers tradicionales por una sencilla conmutación por etiquetas. La simplicidad del envío de paquetes del plano de datos y sus similitudes con las tecnologías de Capa 2 existentes, permiten al equipamiento WAN tradicional (ATM o switches Frame Relay) volver a desplegarse como nodos MPLS (soportando el enrutamiento IP en el plano de control) simplemente con unas actualizaciones del software de su plano de control