PhagePro: prophage finding tool

Dissertação de mestrado em BioinformáticaBacteriophages are viruses that infect bacteria and use them to reproduce. Their reproductive cycle can be lytic or lysogenic. The lytic cycle leads to the bacteria death, given that the bacteriophage hijacks hosts machinery to produce phage parts necessary to assemble a new complete bacteriophage, until cell wall lyse occurs. On the other hand, the lysogenic reproductive cycle comprises the bacteriophage genetic material in the bacterial genome, becoming a prophage. Sometimes, due to external stimuli, these prophages can be induced to perform a lytic cycle. Moreover, the lysogenic cycle can lead to significant modifications in bacteria, for example, antibiotic resistance. To that end, PhagePro was created. This tool finds and characterises prophages inserted in the bacterial genome. Using 42 features, three datasets were created and five machine learning algorithms were tested. All models were evaluated in two phases, during testing and with real bacterial cases. During testing, all three datasets reached the 98 % F1 score mark in their best result. In the second phase, the results of the models were used to predict real bacterial cases and the results compared to the results of two tools, Prophage Hunter and PHASTER. The best model found 110 zones out of 154 and the model with the best result in dataset 3 had 94 in common. As a final test, Agrobacterium fabrum strC68 was extensively analysed. The results show that PhagePro was capable of detecting more regions with proteins associated with phages than the other two tools. In the ligth of the results obtained, PhagePro has shown great potential in the discovery and characterisation of bacterial alterations caused by prophages.Bacteriófagos são vírus que infetam bactérias usando-as para garantir a manutenção do seu genoma. Este processo pode ser realizado por ciclo lítico ou lipogénico. O ciclo lítico consiste em usar a célula para seu proveito, criar bacteriófagos e lisar a célula. Por outro lado, no ciclo lipogénico o bacteriófago insere o seu código genético no genoma da bactéria, o que pode levar à transferência de genes de interesse, tornando-se importante uma monitorização dos profagos. Assim foi desenvolvido o PhagePro, uma ferramenta capaz de encontrar e caracterizar bacteriófagos em genomas bactérias. Foram criadas features para distinguir profagos de bactérias, criando três datasets e usando algoritmos de aprendizagem de máquina. Os modelos foram avaliados durante duas fases, a fase de teste e a fase de casos reais. Na primeira fase de testes, o melhor modelo do dataset 1 teve 98% de F1 score, dataset 2 teve 98% e do dataset 3 também teve 98%. Todos os modelos, para teste em casos reais, foram comparados com previsões de duas ferramentas Prophage Hunter e PHASTER. O modelo com os melhores resultados obteve 110 de 154 zonas em comum com as duas ferramentas e o modelo do dataset 3 teve 94 zonas. Por fim, foi feita a análise dos resultados da bactéria Agrobacterium fabrum strC68. Os resultados obtidos mostram resultados diferentes, mas válidos, as ferramentas comparadas, visto que o PhagePro consegue detectar zonas com proteínas associadas a fagos que as outras tools não conseguem. Em virtude dos resultados obtidos, PhagePro mostrou que é capaz de encontrar e caracterizar profagos em bactérias.Este estudo contou com o apoio da Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) portuguesa no âmbito do financiamento estratégico da unidade UIDB/04469/2020. A obra também foi parcialmente financiada pelo Projeto PTDC/SAU-PUB/29182/2017 [POCI-01-0145-FEDER-029182]

Constellation Queries over Big Data

A geometrical pattern is a set of points with all pairwise distances (or, more generally, relative distances) specified. Finding matches to such patterns has applications to spatial data in seismic, astronomical, and transportation contexts. For example, a particularly interesting geometric pattern in astronomy is the Einstein cross, which is an astronomical phenomenon in which a single quasar is observed as four distinct sky objects (due to gravitational lensing) when captured by earth telescopes. Finding such crosses, as well as other geometric patterns, is a challenging problem as the potential number of sets of elements that compose shapes is exponentially large in the size of the dataset and the pattern. In this paper, we denote geometric patterns as constellation queries and propose algorithms to find them in large data applications. Our methods combine quadtrees, matrix multiplication, and unindexed join processing to discover sets of points that match a geometric pattern within some additive factor on the pairwise distances. Our distributed experiments show that the choice of composition algorithm (matrix multiplication or nested loops) depends on the freedom introduced in the query geometry through the distance additive factor. Three clearly identified blocks of threshold values guide the choice of the best composition algorithm. Finally, solving the problem for relative distances requires a novel continuous-to-discrete transformation. To the best of our knowledge this paper is the first to investigate constellation queries at scale

Transparent cross-system consistency

This paper discusses the motivation and the challenges for providing a systematic and transparent approach for dealing with cross-system consistency. Our high level goal is to provide a way to avoid violations of causality when multiple systems interact, while (a) avoiding the redesign of existing systems, (b) minimizing the overhead, and (c) requiring as little developer input as possible.We sincerely thank the anonymous reviewers for their insightful comments and suggestions. The research of R. Rodrigues has received funding from the European Research Council under the starting grant ERC-2012-StG-307732 and from the FCT under the grant UID/CEC/50021/2013. N. Preguica is supported by the FCT/MCTES under the NOVA LINCS project UID/CEC/04516/2013. C. Baquero research has received funding from the European Union's Horizon 2020 - The EU Framework Programme for Research and Innovation 2014-2020, under grant agreement No. 732505, project LightKone.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Spatial practices in digital work : calling for a spatial turn in information systems research

The growing use of digital media in the workplace is shifting work to digital platforms, this study explores the role of the physical office space in modern organisations where digital work is the norm. We capture the way in which digital media modulates the production of space by tracing the physical and digital interactions of a software development team in a global IT company. Taking a performative and ontogenetic view of space we conceptualise two types of spatial practices that form distinct modulations and assemblages of features of the physical and digital environment. The first spatial practice modulates space to support recurrent work activities, while the second spatial practice modulates space to support ephemeral and focused work activities. This study contributes to the IS literature with a conceptual basis to study the interconnected nature of physical space in digital work in modern workplace settings. It calls for greater attention to space as a performative and constitutive element of digital work in information systems research

Satisfacción con la vida, afectos en la escuela y síntomas depresivos en adolescentes

La literatura indica que la satisfacción con la vida influye directamente en síntomas depresivos. Para una mejor comprensión de la depresión en la adolescencia, esta investigación examinó la relación entre la satisfacción con la vida y los síntomas depresivos en adolescentes brasileños, y verificó los efectos directos de los afectos positivos y negativos en la escuela, así como el efecto mediador de estas variables en la relación entre la satisfacción con la vida y los síntomas depresivos. Participaron en la investigación 428 adolescentes, con edad media igual a 14,88. Se utilizaron la Escala Baptista de Depresión, la Escala de Satisfacción de Vida y la Escala de Bienestar Escolar Subjetivo. Los modelos se probaron utilizando Path Analysis. Los resultados indicaron que los afectos en la escuela mediaron la relación entre la satisfacción con la vida y los síntomas depresivos. Las iniciativas de prevención que tengan en cuenta las afecciones relacionadas con el contexto escolar pueden ser una estrategia útil para promover salud mental de jóvenes.The literature indicates that life satisfaction has a direct effect on depression symptoms. For better understanding depression in adolescence, this research examined the relation between life satisfaction and depression symptoms among Brazilian adolescents, and verified the direct effects of positive and negative affects at school, in addition to the mediating effect of these variables on the relation between life satisfaction and depression symptoms. A total of 428 adolescents participated in the research, with mean age equal to 14.88. The Baptista Depression Scale, the Life Satisfaction Scale, and the School Subjective Well-being Scale were used. The models were tested using Path Analysis. The results indicated that affects at school mediated the relation between life satisfaction and depression symptoms. Prevention initiatives that consider the affects related to the school context can be a useful strategy for the promotion of youth mental health.A literatura indica que satisfação com a vida possui efeito direto em sintomas depressivos. Para melhor compreensão da depressão na adolescência, esta pesquisa teve como objetivo examinar a relação entre satisfação com a vida e sintomas depressivos em adolescentes brasileiros, e verificou os efeitos diretos dos afetos positivos e negativos na escola, bem como o efeito mediador destas variáveis na relação entre satisfação com a vida e sintomas depressivos. Participaram da pesquisa 428 adolescentes, com média de idade igual a 14,88. Foram utilizadas Escala Baptista de Depressão, Escala Global de Satisfação com a Vida e Escala de Bem-Estar Subjetivo Escolar. O teste dos modelos foi feito por meio de Path Analysis. Os resultados indicaram que os afetos na escola mediaram a relação entre satisfação com a vida e sintomas depressivos. Iniciativas de prevenção que considerem os afetos relacionados ao contexto escolar podem ser uma estratégia útil para promoção da saúde mental de jovens

Escala de Bem-Estar Subjetivo Escolar (EBESE): elaboração e validação de uma medida para avaliação educacional

The aim of this study was to develop the Escala de Bem-Estar Subjetivo Escolar - EBESE (School Subjective Well-being Scale - SSWBS) and investigate its psychometric properties. A process of item development, test content validation, study of evidence of validity based on internal structure, and calculation of internal consistency coefficients was carried out. A total of 434 Brazilian students, from the 7th year of Elementary School (7th grade) to the 2nd year of High School (11th grade), of both sexes, between 12 and 19 years of age (M= 14.88; SD= 1.70) participated in the study. Exploratory factor analysis results indicated a three-factor structure, with adequate fit indices and Cronbach's alpha = 0.91. The SSWBS presented good internal consistency indices and a factor structure in agreement with the underlying theory. The instrument is important because it allows an assessment of student well-being levels, subsidizing interventions and improvements in the school context.El objetivo del estudio fue elaborar la Escala de Bem-Estar Subjetivo Escolar - EBESE (Escala de Bienestar Subjetivo Escolar) y investigar sus propriedades psicométricas. Inicialmente fue realizado el proceso de construcción de los ítems y la validación de contenido, así como realizar estudio de evidencias de validez con base en la estructura interna y cálculo de los coeficientes de consistencia interna. La muestra contó con 433 estudiantes brasileños que estaban cursando del 7º año de la Enseñanza Primaria al 2º año de la Enseñanza Secundaria, varones y niñas, con edades entre 12 y 19 años (M= 14,88; DE= 1,70). Por medio de análisis factoriales exploratorios, los resultados indicaron una estructura con tres factores con índices de ajuste considerados adecuados y coeficiente alfa de Cronbach de 0,91. Se concluyó que la EBESE presenta índices adecuados de consistencia interna y una estructura factorial de acuerdo con la teoría subyacente. La importancia del instrumento puede ser observada en relación a la posibilidad de evaluación de los niveles de bienestar del alumno, subsidiando intervenciones y mejoras en el contexto escolar.O presente estudo teve por objetivo o desenvolvimento da Escala de Bem-Estar Subjetivo Escolar (EBESE) e investigar suas propriedades psicométricas. Realizou-se o processo de elaboração de itens e validação do conteúdo, bem como a realização de estudo de evidências de validade com base na estrutura interna e cálculo dos coeficientes de consistência interna. Participaram 434 estudantes brasileiros, do 7ª ano do Ensino Fundamental ao 2º ano do Ensino Médio, ambos os sexos, com idades entre 12 e 19 anos (M= 14,88; DP= 1,70). Os resultados indicaram, por meio de análises fatoriais exploratórias uma estrutura com três fatores, com índices de ajuste considerados adequados e coeficiente alfa de Cronbach de 0,91. Conclui-se que a EBESE apresentou bons índices de consistência interna e uma estrutura fatorial de acordo com a teoria subjacente. O instrumento tem a sua importância por possibilitar a avaliação dos níveis de bem-estar do aluno, subsidiando intervenções e melhorias no contexto escolar

Desmobilização, desarmamento e reintegração

A desmilitarização de um conflito e de uma sociedade é essencial para a construção de uma paz sustentável em países que saem de uma guerra civil. À medida que conflitos prolongados terminam, os processos que facilitam a potencialmente volátil transição de paz formal para paz social são igualmente importantes. Para isso é essencial transformar a cultura e os instrumentos de guerra – desmilitarização – incluindo o desarmamento, desmobilização e reintegração de antigos combatentes, bem como isentar a sociedade de arma

Symptoms Impact and eHealth Intervention for Menopausal Women with Urinary Incontinence

inexistenteinfo:eu-repo/semantics/draf

Examining spatial proximity to health care facilities in an informal urban setting

This study explores the following research questions using OpenStreetMap-based mapping approach and healthcare facility survey from one of seven slums being studied in Africa and Asia. What are the differentials of spatial proximity to health care providers in informal settlements like slum? What are some of the lessons learnt from using OpenStreetMap-based mapping approach for slum health research? Preliminary findings suggest that residents can access four categories of healthcare facilities (Clinics/Maternity Centres; Patent Medicine Stores; Traditional/Faith Healers; Eye Health Centre) within a walking distance (under 1km) where Clinics and Maternity Centres are farthest from most residents