The endoxylanases from family 11: Computer analysis of protein sequences reveals important structural and phylogenetic relationships

Indexación: Scopus.Eighty-two amino acid sequences of the catalytic domains of mature endoxylanases belonging to family 11 have been aligned using the programs MATCHBOX and CLUSTAL. The sequences range in length from 175 to 233 residues. The two glutamates acting as catalytic residues are conserved in all sequences. A very good correlation is found between the presence (at position 100) of an asparagine in the so-called 'alkaline' xylanases, or an aspartic acid in those with a more acidic pH optimum. Four boxes defining segments of highest similarity were detected; they correspond to regions of defined secondary structure: B5, B6, B8 and the carboxyl end of the alpha helix, respectively. Cysteine residues are not common in these sequences (0.7% of all residues), and disulfide bridges are not important in explaining the stability of several thermophilic xylanases. The alignment allows the classification of the enzymes in groups according to sequence similarity. Fungal and bacterial enzymes were found to form mostly separate clusters of higher similarity.https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165602000020?via%3Dihu

Structures of apo IRF-3 and IRF-7 DNA binding domains: effect of loop L1 on DNA binding

Interferon regulatory factors IRF-3 and IRF-7 are transcription factors essential in the activation of interferon-β (IFN-β) gene in response to viral infections. Although, both proteins recognize the same consensus IRF binding site AANNGAAA, they have distinct DNA binding preferences for sites in vivo. The X-ray structures of IRF-3 and IRF-7 DNA binding domains (DBDs) bound to IFN-β promoter elements revealed flexibility in the loops (L1–L3) and the residues that make contacts with the target sequence. To characterize the conformational changes that occur on DNA binding and how they differ between IRF family members, we have solved the X-ray structures of IRF-3 and IRF-7 DBDs in the absence of DNA. We found that loop L1, carrying the conserved histidine that interacts with the DNA minor groove, is disordered in apo IRF-3 but is ordered in apo IRF-7. This is reflected in differences in DNA binding affinities when the conserved histidine in loop L1 is mutated to alanine in the two proteins. The stability of loop L1 in IRF-7 derives from a unique combination of hydrophobic residues that pack against the protein core. Together, our data show that differences in flexibility of loop L1 are an important determinant of differential IRF-DNA binding

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 31 Número 7-8

Estudio comparativo de los óxidos libres de hierro y aluminio y sílice libre en algunos suelos españoles, por J. Rodríguez Sanchidrián.-- Line X tester analysis in sorghum, by T. Madhava Rao and J. V. Goud.-- Algunas observaciones sobre la multiplicación del olivo mediante nebulización por A. Troncoso, J. Prieto y C. Troncoso.-- Estudio del contenido foliar diferencial de macro y micronutrientes en distintas variedades de manzano. Su ciclo vegetativo, por C. González, A. de Ioannes y M. Lachica.-- Determinación del error de muestreo en el análisis foliar del fresón, por S. Jaime, M. Lachica y L. Recalde.-- Determinación de la capacidad de nitrificación en suelos, por E. Celorio y V. Hernando.-- Contribución al estudio de los lapillis volcánicos de las Islas Canarias para su utilización en los cultivos hidropónicos. I. Estudio general y de las propiedades físicas y químicas, por A. Carlos Blesa y Angel Luque.-- Variación estacional de ácidos fenoles en hojas de árboles vegetativos y productivos de Olea europea L., por R. Sarmiento. L. Catalina y M. Valpuesta.-- Actividad de la indolacético-oxidasa en hojas y yemas de Olea europea L. durante el período primaveral, por L. Catalina, R. Sarmiento y M. Valpuesta. .-- Alteraciones sinecológicas de la población microbiana en un antiguo bosque de Quercus toza bosch. Repoblado con Pinus pinaster Sol., por J. M. Lozano Calle y F. Velasco de Pedro.-- Sobre la fórmula de Angström para la predicción de las temperaturas mínimas nocturnas, por E. Hemández. M. P. Garmendia y J. Garmendia.-- Fertilidad de los suelos de cultivo de la comarca de la sierra de Francia (Salamanca), por Luisa Prat .-- Método rápido de determinación de elementos mayores, menores y trazas en rocas y suelos, por J. Saavedra Alonso y A. García Sánchez.-- Notas.-- Los Príncipes de España presiden diversos actos en la Estación Biológica de Doñana.-- Nombramiento de Profesor Agregado.-- Congresos, Reuniones y Becas.-- Coloquio de Mastozoología.-- XIII Reunión de la Comisión Rectora de la Estación Experimental La Mayora.-- Centros de Edafología.-- Premios del C. S. I. C.-- El primer microscopio electrónico de la tercera generación.-- VIII Coloquio sobre Análisis por Espectrometría de Rayos X.-- BibliografíaPeer reviewe