Effects on Dopaminergic Neurons Are Secondary in COX-Deficient Locomotor Dysfunction in Drosophila

Dopaminergic (DA) neurons have been implicated as key targets in neurological disorders, notably those involving locomotor impairment, and are considered to be highly vulnerable to mitochondrial dysfunction, a common feature of such diseases. Here we investigated a Drosophila model of locomotor disorders in which functional impairment is brought about by pan-neuronal RNAi knockdown of subunit COX7A of cytochrome oxidase (COX). Despite minimal neuronal loss by apoptosis, the expression and activity of tyrosine hydroxylase was decreased by half. Surprisingly, COX7A knockdown specifically targeted to DA neurons did not produce locomotor defect. Instead, using various drivers, we found that COX7A knockdown in specific groups of cholinergic and glutamatergic neurons underlay the phenotype. Based on our main finding, the vulnerability of DA neurons to mitochondrial dysfunction as a cause of impaired locomotion in other organisms, including mammals, warrants detailed investigation.Peer reviewe

Investigating the effects of cytochrome c oxidase deficiency in dopaminergic and serotonergic neurons in Drosophila melanogaster.

Bu çalışma Pamukkale Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi’nin 14-08-2018 tarih ve 18 nolu kararı ile desteklenmiştir (2018TIPF034).Mitokondriyal hastalıklar, en sık görülen kalıtsal metabolik bozukluklar arasındadır.Sitokrom c oksidaz (COX) mutasyonları mitokondriyal fonksiyon bozukluklarının en sık sebeplerinden biridir. Pan-nöronal COX eksikliğinin, Drosophila melanogaster’de lokomosyonu bozduğunu gösterilmiştir. Dopaminerjik nöronların hareket bozukluğu ile seyreden hastalıklarda rol oynadığı bilinmektedir. Hipotezimiz Pan-nöronal COX eksikliğinde oluşan hareket bozukluğunun atofizyolojisinde rol alan temel nöron grubunun dopaminerjik nöronlar olabileceğiydi. Bu amaçla çalışmamızda dopaminerjik nöronlarda oluşturulan COX eksikliğinin harekete olan etkilerini araştırmayı ve oluşturulan eksikliğin pupa gelişimine, ömür uzunluğuna etkilerini incelemeyi amaçladık. Gal4/UAS ikili sistemini kullanılarak sadece dopaminerjik (THKD), dopaminerjik ve serotonerjik (DDCKD), sadece serotonerjik (TRHKD) ve pan-nöronal (PKD) COX enzimi susturulmuş gruplar oluşturuldu. Gruplar tırmanma deneyine tabi tutuldu. PKD grubunda hareket bozukluğu oluştuğu görülürken diğer gruplarda anlamlı bir fark bulunamadı. Bunun yanında grupların ömür uzunluklarının ve pupal letalite oranlarının farkı değerlendirildi. PKD grubu diğerlerine göre anlamlı şekilde kısa ömre sahip olup, THKD grubu kontrole göre kısa ömürlü olduğu gözlemlendi. Grupların pupal ölüm oranları arasında anlamlı bir fark bulunamadı.Kullandığımız sinek hatlarının teyidi için Gal4 hatlarının nükleer GFP ifade etmeleri sağlandı ve anti-TH antikor ile ikili immun boyaması yapılarak kolokalizasyonlar değerlendirildi. Sonuç olarak nöronlarda COX eksikliği sonucu oluşan bozukluğun dopaminerjik ve serotonerjik nöronlardan kaynaklanmadığı ve PKD ve THKD grubunda yaşam süresinin kısaldığı gösterilmiştir.Mitochondrial diseases are among the most common inherited metabolic disorders. Cytochrome c oxidase (COX) mutations are some of the most common causes of mitochondrial disorders. Previous studies have shown that pan-neuronal COX deficiency impairs locomotion in Drosophila melanogaster. Dopaminergic neurons play a significant role in locomotion disorders such as Parkinson’s disease. In this study, our hypothesis was that dopaminergic neurons play a significant role in the underlying mechanism of locomotion deficit related to COX deficiency. Consequently, we aimed to investigate the effects of COX deficiency in dopaminergic neurons on mobility and on pupal development and fly longevity. Only dopaminergic (THKD), dopaminergic and serotonergic (DDCKD), serotonergic (TRHKD), and panneuronal (PKD) COX deficiency groups were formed by using the Drosophila Gal4 / UAS binary expression system. The groups were subjected to climbing assay, lifespan assay, and pupal lethality assay. THKD, TRHKD, or DDCKD groups did not show locomotion disorders. Pan-neuronal COX deficiency lead to impaired locomotion as expected but no significant difference was found in other groups. The PKD group had a significantly shorter lifespan than the others and, the THKD group had a shorter lifespan than the control group. Pupal lethality assay showed no significant difference between COX knockdown groups and control group. Additionally, nuclear GFPexpressing Gal4 fly lines co-immunostained using anti-TH antibody to evaluate colocalizations which is a proof of dopaminergic expression. As a result, it is shown that dopaminergic and serotonergic neurons are not likely to be responsible for the locomotion disorder caused by COX deficiency in neurons and that the life span in PKD and THKD group is shortened

Successful Treatment of a Child with Hemoglobin Hammersmith with Hematopoietic Stem Cell Transplantation

Hemoglobin (Hb) Hammersmith, formed by serine substitution for phenylalanine at residue 42 in the beta-globin chain, is a very rare variant of unstable hemoglobin with low oxygen affinity. For patients with hemoglobinopathies, it is well-established that hematopoietic stem cell transplantation provides a complete cure, but the literature on its role for those with Hb Hammersmith is limited. A seven-month-old girl who was examined for anemia and splenomegaly was followed up for congenital hemolytic anemia. The patient with visible cyanosis of the lips and whose p50 was low in blood gas was diagnosed with Hb Hammersmith through the DNA sequence analysis. During the follow-up, frequent blood transfusions had to be given due to anemia aggravated by infections. Following a successful hematopoietic stem cell transplant from an HLA-matched sibling, the patient completely recovered from Hb Hammersmith. The case is presented because of its rarity

Veri Yönetiminde Araştırmacılarla Etkileşim: Örnek Çalışmalar Kitabı

Veri yönetimi açık bilim ekosisteminde son derece önemli bir yere sahiptir. Veri yönetimi konusunda en yeni kaynaklardan biri olan “Veri Yönetiminde Araştırmacılarla Etkileşim” adlı bu kitabın çevrilmesindeki amaç, araştırma verilerini yönetmeyi, araştırmacılarla iletişimi ve etkileşimi tüm dünyadan ve bizden örnek olaylar yoluyla, kurumlarda Araştırma Verileri Yönetimi (AVY) konusunda sorumlu kişilere anlatmak, onlara ilham vermek, böylelikle daha iyi bir veri yönetimi için gerekli kültürel değişime ön ayak olmalarına yardımcı olmaktır. Bu kitap aynı zamanda bu alanda Türkçe literatürdeki önemli bir eksikliği giderecek ve yapılacak diğer araştırmalara temel teşkil edecektir

Engaging researchers with data management: The cookbook

Araştırma Verileri Yönetimi artık günümüz araştırmacıları için yeni veya bilinmeyen bir kavram değil, ancak yine de göz korkutucu olabilir. Birçok üniversite, enstitü, kuruluş ve fon sağlayıcı kuruluşun veri yönetimi ile ilgili yönergeleri, talimatları ve hatta politikaları var. Yalnız bu, işi daha az ürkütücü hale getirmiyor; gerçekten de veri üreten araştırma faaliyetlerine sıklıkla karmaşık bir çalışma ve çaba katmanı eklemektedir. Alan ve disipline özgü veriler her boyutta ve şekilde ortaya çıkmaktadır, bu nedenle doğru Araştırma Verileri Yönetimini gerçekleştirmek için uzmanlaşmış bilgi gereklidir. Ayrıca, son yıllarda çok önemli ve oldukça popüler olan 'FAIR' ilkeleri de resme dahil edildi. Veri Yönetiminde Araştırmacılarla Etkileşim: Örnek Çalışmalar Kitabı, Araştırma Verileri Yönetimini anlama ve yollarını bulmalarında araştırmacılara yardımcı olan herkesi desteklemek ve çözüm bulmak için Araştırma Verileri Birliği (AVB) uzmanları tarafından derlenmiş ve hazırlanmıştır. AVB8 araştırma verilerinin paylaşılmasını ve yeniden kullanılmasını sağlamak için sosyal ve teknik köprüler kuran uluslararası bir forumdur. Odak Çalışma Grupları ve İlgi Grupları tarafından geliştirilen çıktılar sayesinde birçok paydaşa açık çözümler sunar. Bu gruplar dünyanın dört bir yanından gönüllü uzmanlar tarafından oluşturulmuş ve akademi, özel sektör ve hükümetten üyeleri kendine çekmektedir. Bu yayın bu tür bir çıktıdır. Araştırma Verileri Kütüphaneler İlgi Grubu9 , 85’in üzerindeki AVB grubundan birisidir ve oldukça başarılı olan 23 Şey: Araştırma Verileri için Kütüphaneler10 dokümanını yayınladılar. Bu çıktı, Araştırma Verileri Yönetimini kütüphanecilik uygulamanıza dahil etmek için bugün kullanmaya başlayabileceğiniz pratik, ücretsiz, çevrimiçi kaynaklara ve araçlara genel bir bakış sunar. Doküman on iki dilde mevcuttur. Bir 23 Şey programı oluşturulmuş ve altıdan fazla alana özgü senaryoya uyarlanmıştır. Örnek Çalışmalar Kitabı bu İlgi Grubundan çıkan diğer bir harika çalışma ve AVB topluluğundaki gönüllü çabaların somut bir örneği olmasının yanı sıra Araştırma Verileri Kütüphaneler İlgi Grubunun AVB'ye ve genel olarak topluluğa devam eden katkısıdır. İşbirliği, dayanışma ve birlikte yaratma, AVB'nin ve Örnek Çalışmalar Kitabı ekibinin faaliyetlerinin ayırt edici özellikleridir. Editörler, yazarlar, çizerler ve örnek olay çalışmaları katılımcılarından oluşan büyük ekibin her bir üyesine çabaları ve uzmanlıklarından dolayı müteşekkirim. İçtenlikle umuyorum ki; siz okuyucular, bu yayını okuduktan sonra ilham alacak, daha fazla girişimde bulunacaksınız, ve eğer bir araştırmacıysanız, Araştırma Verileri Yönetiminin genelde inanıldığının aksine sadece daha az ürkütücü değil, aynı zamanda kariyeriniz için bir kazan-kazan olduğuna inanan meslektaşlar topluluğuna katılacaksınız